但是，革命党在武昌起义后建立起来的军队，袁世凯既不能也不敢公然用武力加以根本解决。而这支庞大的力量正是其复辟帝制的巨大障碍，不设法解决又不行。
最初，袁世凯三令五申军人必须绝对服从命令、遵守纪律，企图以此加以控制。
但是，袁世凯这样做是十分困难的。革命党的军队怎能听他的呢？于是，他又用裁军的办法削弱南方军事力量。
1912年4月下旬，袁世凯亲自主持召开了一次“高级军事会议”，专门研究和制定了一个规划：第一步先把全国九十五万军队裁减一半，缩编为五十个师。在29日的会上，袁世凯说：“军队太多必须裁减”。陆军总长段祺瑞说：“武昌起义以来，各省相继召募。于是军队林立，较原有者增一倍不止，且率多仓猝成军，未受教育，既难保不为地方之祸，而值此国家经济万分困难之时，饷项亦必不能继”。必须大力裁减“地方军队”，“以恢复地方秩序”。而北洋军因为“训练有素”，不仅不裁减？反而用各种借口扩充。如4月份段芝贵就招募拱卫军十营三千人，稍后雷震春在河南又招募豫军六营，奉天将旧巡防营扩编为两个师等等。如从减轻全国人民负担着想，应该南北方军队一起裁减；如从保卫共和国出发，应该多留南方军队，少留北洋军队，然而事实却不是这样。
仅仅裁减南方军队无疑是不公平的，是一个阴谋。
可惜，革命党领导人缺乏革命警惕，对此认识非常不足。特别是担任整顿军队责任的黄兴，错误地认为和平时期没有保留大量军队的必要，自动请求辞职，放弃军队的领导权。
为此，谭人凤曾专门去南京见黄兴。批评他不以保障共和为意，徒博功成身退虚名，劝其保存军队，打消辞意。
黄兴不但不听，反而大说革命大义，动员各省军队回本省，不愿回者给川资遣散。
黄兴接着提出辞职。
本来袁世凯对此求之不得。但是他又极其虚伪地致电黄兴留任，并电孙中山代为挽留之。
袁世凯还致电谭人凤说：“大局甫定，亟想借重，业已迭电慰留，并无裁撤之意，乞勿误会”。
谭人凤来到北京见袁世凯说：“大总统既诚意慰留，即应代为解困，现统兵数万，无饷分发。奈何！”
袁世凯皱着眉头说：“此事累黄留守为难，殊深抱歉。但现时库币如洗，请转达暂时勉强支持，俟有来源自当竭力补助”。
黄兴的辞呈又到了。
谭人凤问：“如何处理？”
袁世凯答：“克强辞意坚决，不便强以所难，只得成其高尚之志耳”。
于是袁世凯准许黄兴辞职，下令凡隶属于留守府的驻江苏部队，除由陆军部直接统辖一部分外，改归江苏都督程德全接管。
他们按照袁世凯的要求，把驻江苏部队大部分解散。
湖南、四川、江西、安徽等省也被裁减。
7月31日，上海都督陈其美去职，驻沪部队为程德全接收。
袁世凯针对各省不同的情况，采取区别对待，分化瓦解的策略，重点放在裁减革命党人掌握的军队。如对于广西的陆荣廷、云南的蔡锷以及贵州、浙江、山西、陕西，允许维持原有军队数额不变，以换取他们的支持。而湖北的军队，既有黎元洪的嫡系，又有革命党人直接统率的。袁世凯决定利用矛盾各个击破。袁世凯暗中支持黎元洪解散革命党人掌握的军队，但黎的行动遭到了革命党人张振武等的坚决抵制。
张振武是湖北着名的革命党人，武昌起义的功臣，时为湖北军务司副司长。另一革命党人方维为将校团团长。
辛亥革命间，黎元洪屠杀革命党人，有短处被张振武所掌握。革命后，两人的矛盾逐渐激化。黎想除掉张，又怕因激起革命党人的强烈反击，而丧失人心。
此时，袁世凯虚情假意地来函邀聘人才，内称：张振武、刘公等十四人“才识优长，功猷卓着，统祈转告诸君，联袂来京，共谋民国进行之法”。
黎元洪是个十分阴险的家伙，他玩弄起阴谋手腕，欲借袁世凯的屠刀诛除异己。
于是，黎元洪持着袁世凯的信，对张振武、方维说：“中央将授你们以重任，请你们即日进京”。
张振武一行十余人8月10日抵京。
11日黎元洪密电袁世凯，说张振武、方维“蛊惑军士，勾结土匪，破坏共和，图谋不轨”。并说：“元洪爱既不能，忍又不敢，回肠荡气，仁智俱穷。伏乞将张振武立予正法；其随行方维，系属同恶相济，并乞一律处决”。并说自己“抚驭无才，致起义健儿变为罪首”，请给处分。
袁世凯一看电报，就知道黎元洪是想借刀杀人。他决定将计就计。他不露声色，令冯国璋、段祺瑞、姜桂题等高级将领轮番设宴，热情欢迎张振武一行。袁世凯也亲自在公府设宴接待，气氛非常融洽。同时为了稳妥起见，他召集赵秉钧、冯国璋、段祺瑞、梁士诒、陆建章、段芝贵等人密商措施。段祺瑞首先发言，主张乘机杀掉张、方二人，就此拉拢黎元洪就范，共同对付革命党人。梁士诒当即表示反对，认为目前民国初创，人心未稳，倘仅凭黎元洪三寸纸条就擅杀有功人员，恐会招来各方非议，徒徒惹火烧身。提议再给武昌去一电，验证杀张密电是否确系黎元洪本人的意思。袁世凯同意按梁的意思办。
15日凌晨黎元洪的复电再度传到了北京总统府，陈明13日密电确系黎元洪本人的主意，肯定了前述的张振武、方维二人的“罪名”，并要求袁世凯从速执行。当日袁复电黎元洪：“已饬步军统领、军政执法处将张振武、方维查看，即按军法惩办。所请处分，应无庸议。”当即命段芝贵执行。是日晚，张振武和方维在六国饭店宴请同盟会和共和党两党重要人员之后，突然被逮捕，解送军政执法处，不经任何法律手续即被宣判二人死刑，于16日凌晨秘密处决。
在宣布的罪状中，黎元洪的电报被录了进去，最后是袁世凯的一段话：
查张振武既经立功于前，自应始终策励，以成全人。乃披阅黎副总统电陈各节，竟渝初心，反对建设，破坏共和，以及方维同恶相济。本总统一再思维，诚如黎副总统所谓爱既不能，忍又不可。若事姑容，何以对烈士之英魂。不得已，即着步军统领军政执法处总长遵照办理。此令。
这一事件引起中外各方面震动，舆论哗然。
邓云麟、孙武等人闻讯，于当日晨3点往见陆建章，陆出示军令，时等哀痛异常。
8时，他们又会同刘成禺、张伯烈、哈汉章等往总统府谒袁。袁世凯表现出万般无奈的样子说：“我明知对不住湖北人，天下人必将骂我，我实不能救他”。
接着，袁世凯又严肃地说：“国法为维持治安惟一之大物，共和只赖此法以得生息。若曲法徇情，则公安不保，人民无时不在危险中，此事实迫于万不得已。吾人念其首功，惟有厚恤其家族。”
黄兴十分气愤，立电袁世凯，指出所宣布的罪状，皆属言行不谨，无一条与“破坏共和，图谋不轨”符合。
袁世凯回电说已让黎元洪明白宣布该案件的始末。
黄兴再电袁世凯，斥其不经审判，立毙创造共和有功之人，“人权国法，破坏俱尽”。
蔡元培、王芝祥、李怀霜、戴天仇、张人杰、姚雨平等在上海发起法律维持会，通告说：大总统与前总统无直接杀人之权。张君振武等所得罪状，皆暧昧不明，未经裁判，即行枪毙。尤为可奇者，犹复加恤赠金，掩饰耳目。此种举动，明明故意违犯《约法》，玩弄国民，若不讨论其究竟，无以为法律生命之保障，尚何共和政体。
上海《民立报》亦为此发表宣言，痛斥袁、黎“妄施权威、破坏司法”、“故杀”、“嗜杀”、“滥杀”，与“独夫民贼”无异。孙武、邓玉麟等人为示抗议，要求袁发给“免死券”。湖北籍议员活动最激烈，他们一面电黎严词质问，一面于19日在参议院提出质问案，要求政府拿出张的犯罪证据，陆军总长段祺瑞务必到院答复。袁、段哪里拿得出证据呢？只得闪烁其词，此举更使议员恼火，强烈要求段必须于次日到席答复。袁世凯无法，在答辩书中把责任一股脑地推到黎身上，说等黎电文到后再行答复。段祺瑞知这种答复无法过关，不敢出席参议院会议，命法制局长施愚将答辩书送去。议员越发忿怒，将施大骂一顿，提出弹劾政府。
黎元洪
黎只想借刀杀人，不知袁根本不会代之受过，把责任又推到自己身上。袁并非不知屠杀革命党人会产生强烈反响，其所以照办，一是从黎之请，杀了可以推卸责任；二可挑拨黎与革命党人的关系，迫其倒向自己。黎元洪掉入陷阱，不能自拔。袁世凯宣布以大将军礼厚葬张振武，发给张、方二人遗属抚恤金各三千元，并将被捕的湖北将校团团员全部释放，各给一千元为回籍川资。通过这些作法，果然全国舆论为之一变，对袁由怀疑变为谅解，认为他是处于被动的地位，碍于副总统的面子，而使自己成为替罪羊。在此之前，人们都骂袁是刽子手、阴谋家，而称赞黎是忠厚长者。通过这一血案，大家才认识到“忠厚长者”的阴险毒辣，亦令人惊讶！
黎元洪弄巧成拙，声誉大损，只好厚着面皮，凭借饶汉祥的一枝生花妙笔，再三通电全国，一面罗列张振武的罪状，证明其死“罪有应得”；一面沉痛检讨，提出优加抚恤，赡养其母终年，抚育其子成人；派员迎柩归葬，亲自祭奠，将其事迹编集成书，请求袁世凯宣示天下。
同时，黎元洪也声明引咎辞职，求得革命党人谅解。
可是他又怕弄假成真，特授意湖北头面人物刘心源、夏寿康等人和汉口总商会、统制黎本唐等二十余人通电挽留。
黎本唐在通电中汹汹叫嚷：“湖北非副总统无以有今日，设一旦动摇，议院诸君能否担此重负？”
同盟会总部鉴于黎元洪暴戾恣睢，擅杀元勋，破坏约法，动摇民国，议决革去其同盟会协理职务并开除出会。
黎元洪本是被迫“革命”的，经此一番折腾，威信丧失殆尽。黎为了保持个人地位，遂投向袁的怀抱。
由于袁世凯向同盟会发动了一连串的政治攻势，逼走唐绍仪，威胁参议院，裁减革命军队及杀害张振武等，使得他和同盟会的关系十分紧张。为了缓和日益尖锐的矛盾，他马上变换手法，于1912年8月邀请同盟会领袖孙中山和黄兴入京，共商国是，并派广东人黄某专程赴上海劝说孙、黄北上，同时也邀请黎元洪。黎与他刚刚合谋杀害了张振武，正受各方责难，不敢贸然进京，婉言拒绝。袁世凯估计前途有两种可能性：一种是孙、黄二人在此动荡多事之秋，不会也不敢冒险到北京来。如果是这样，他就可以记下一笔账，责备同盟会没有合作之诚意，留作下一步讨伐南方的借口；一种是二人应召北来，那就更好，既可以利用跟他们二人的合作关系，压制同盟会中的急进派，又可以借以粉饰中国的真正统一，争取各国早日承认中华民国。
上海众革命党人认为“此等现象，一若并非真共和，殊形危险”。于是，众人力劝孙中山、黄兴不要轻入虎穴。
同时，河南、安徽、广东等省也纷纷致电孙中山与黄兴，劝阻他们进京，误入圈套。
孙中山自辞去临时大总统后，以在野党领袖的身份在南方各省旅行，宣传民生主义，鼓吹发展实业和修筑铁路，来实现“国富民强”的理想。对于同盟会与袁之间的冲突，他一向抱着和平解决的愿望，并公开表示他不参加竞选正式大总统，“尽让政权于袁氏”。革命党人鉴于袁的手段毒辣，一致劝孙中山不要轻入魔窟。但孙却说：“无论如何不失信于袁总统，且他人皆谓袁不可靠，我则以为可靠，必欲一试吾目光”。他毅然决定北上。
对于进京与否，黄兴也曾有所犹豫，于是，孙中山也劝黄兴暂上其行，以防突然。
黄兴正踟蹰时，仆人乘机把他的行李搬回家中。
孙中山从同孚路黄兴的寓所起程，在袁世凯的迎孙专使张肪、程克陪同下，登上了商局的“安平”号轮船。
与孙中山同行的有其夫人卢慕贞、秘书宋霭龄，还有魏宸组、居正、王君复等十多个人。
在码头上，欢送孙中山的中外记者、各界人士，人山人海，他们将孙中山围住，并一再力劝他不要贸然进京。
但是，孙中山早已把个人安危置之度外，仍然决意北上。
孙中山一再向人们解释，让人们相信袁大总统，并声明他这次进京，主要是想帮助袁世凯当好民国总统，解决好迁都、治政、建军等一系列大事，并能一心一意搞些实业来改造中国。
袁为迎接孙来京用心很深。指示接待仪式要十分隆重，供奉要十分丰盛，完全与大总统同等待遇。馆舍选择在石大人胡同原来的总统府，这里建筑宽敞轩朗，铺陈富丽堂皇．而且便于警卫。他令人重加修缮，供孙下榻，自己却搬到铁狮子胡同国务院去办公。指派了高级军事参议唐在礼和大礼官黄开文负责照料生活起居，秘书长梁士诒陪同活动。
8月24日，孙中山一行由天津到了北京。他在距离张振武案不满十天就来到北京，使袁世凯暗叫一声惭愧。他想：“往日我不敢到南京去，今日他却敢到北京来”。他特令打开正阳门，派自己所乘的金漆朱轮双马车前往迎接。全城市民悬挂国旗，军警仪仗队和军乐队在前门车站恭候，军警沿途警戒，热烈隆重地将孙中山迎至宾馆。次日孙中山前往总统府拜会袁世凯，袁亲至在大门口迎接。这是两人初次见面，袁世凯显出一见如故的样子，十分亲切。事后袁也恭敬如仪地作了回拜。一时石大人胡同车水马龙，前往谒孙的人很多。孙中山北上前说过，他此行的惟一宗旨在赞助袁谋国利民福之政策，并疏通南北感情，融和意见。他抵京后便开始了疏通工作，对有关方面人士谈：“袁总统可与为善，绝无不忠民国之意。国民对袁总统万不可存猜疑心，妄肆攻讦……”对震骇全国的张振武案件，也明确表态，认为张有罪，袁、黎不依法律审判，在法律手续上有不当之处。27日，袁世凯在总统府举行盛大的欢迎宴会，致词说：“前大总统孙中山君来京，予之寸衷，不胜欢喜。值此好机，听孙君伟大经纶，以补予施政之不足。孙君创立民国，功绩赫赫，垂名后世。予不肖承乏其后，窃虑难堪其任。今夕相会，益当为民国努力，勿背孙君初志”。孙中山在答词中也对袁说了一通赞扬之词。
袁世凯与孙中山边筵边谈改革振兴大计，尽欢而散。
袁世凯为了表示竭诚招待，特派唐在礼和大礼官黄开文在石大人胡同孙中山的行邸照料，并派有侍从多人听从孙中山等人的支派使唤。
孙中山外出，即有人安排车马，预备休憩餐膳之所。
同时，袁世凯又特别命令巡警总厅：凡孙先生出入除派车马侍从外，沿途均派军警护卫，并断绝交通。