随着海峡两岸关系的发展与台湾岛内“台独”势力的猖獗，蒋经国虽未放弃“三民主义统一中国论”与顽固的反共立场，但其对和谈的调子有所降低。此点可从时任“行政院长”俞国华的讲话中得到说明。俞说：“台湾并有拒绝谈判，只有不愿意在不平等的地位上、在受压力的情况下进行关系到国家命运前途的谈判。”
1987年8月8日，《自立晚报》在第三版上刊登了一幅邓小平在北戴河游泳的照片，照片宽8．5厘米，高7．5厘米，并有说明与标题，标题是《老邓水中秀》。
当大兴安岭发生大火灾时，蒋经国看了新闻报道后倍感痛心。他说：“这次火灾是整个中华民族的不幸，不能进行讽刺和挖苦”，并且发出号召：“无论是谁，如有灭火的方法，请提出来。”此外在“国旗”、“国号”问题上，蒋经国也有所让步。例如“亚行模式”(台湾称“亚银模式”)。众所周知，在台湾当局拥有会籍的少数官方国际组织中，亚洲开发银行是惟一比较有影响的国际组织。1986年2月，该会理事会决定接纳中华人民共和国政府为委员，并要求台湾当局改名为“中国台北”。台湾当局则要求中华人民共和国政府改名为“中国北京”，这一要求遭到拒绝。1986年3月19日，国民党中常会举行会议，“外交部长”朱抚松与“总统府秘书长”沈昌焕分别对亚行作说明，强调亚行会籍案实为中共“一国两制”“统战”态度的一部分，并认为英、美、日的态度为“帮助中共统战”。认为若“接受更名留在亚银即可恢复各国际组织席位，是办不到的事”。从上述立场出发，台湾当局改变了过去“中共参加，自己退出”的做法，采取了“不退出、不接受、不参加”的方针，没有出席第十九届、二十届亚行年会。1989年4月6日，台湾当局宣布决定派国民党中常委、“财政部长”郭婉容率团参加在北京举行的第二十二届亚行理事会年会。中国台北代表团全体成员佩戴“中国台北”字牌出席会议。台湾当局派代表参加在北京举行的亚行年会，是海峡两岸关系发展中的一个历史性突破。
上述迹象已经表明蒋经国与台湾当局对国共两党和谈及中国统一问题，比1979年至1981年时前进了一步，尽管时有倒退，但这些微小变化的确令每一位炎黄子孙感到欣慰。
正当蒋经国尚未从陈年的牛角尖中钻出来之际，突发了震撼两岸的华航货机事件。此一事件的突发，从某种意义上讲，开始动摇了蒋经国的反共政策与“三不”方针，迫使蒋经国不得不调整大陆政策，从而为两党接触开创了契机。
华航货机事件的原委是：1986年5月3日下午3时10分，一架台湾中华航空公司(简称“华航”)的波音747F(编号B198号)货机，从曼谷飞往香港途中，该机机长王锡爵将飞机转航大陆，降落在广东白云机场，同机抵达大陆的还有副驾驶员董光兴、机械师邱明志二人及货物22万磅。王锡爵本人要求在大陆定居，和家人团聚。
就在华航货机抵达广州当日，中国民用航空局迅速作出反应，给华航发电，电文如下：
台北
中华航空公司：
你公司的波音747货机一架于5月3日15时10分飞抵广州白云机场。机长王锡爵要求在大陆定居。我局邀请你们尽早派人来北京同我局商谈有关飞机、货物和机组其他成员的处理问题。请用电报挂号22101CAXTCN或电话(北京)558861同我局联系。中国民用航空局
华航货机事件的突发，立即在台湾岛内引起强烈反响。据台报称：就在事发当晚，华航董事长乌钺连忙向台湾“交通部长”连战报告事件经过，并请示处理意见。连战在电话中至少有一两分钟无言对答，乌钺还以为电话出了毛病，连喊：“喂!”“喂!”喊了十余声才听到连战的声音：“怎么会发生这事!怎么会发生这事!”接着电话就被挂断了。“交通部”政务次长朱登皋，闻此讯息后连说：“糟糕!不幸!”连战绞尽脑汁苦思，实无上策，一面命朱登皋尽快发一声明，华航货机事件与“政府”无关，将由华航通过第三者处理；并上报“行政院长”俞国华、“总统府秘书长”沈昌焕。俞、沈见事件太大，不敢怠慢，急忙呈报蒋经国。蒋经国闻知此事后，“颇为激动，捏着拳头脸色涨红”，心情极其沉重。连战、朱登皋、乌钺更是彻夜未眠，研商处理办法。
5月4日，蒋经国召见郝柏村，谈及华航货机事件，蒋与郝都想通，王锡爵过去是优秀U2飞行员，为什么要“叛逃”呢?蒋经国认为：大陆中共必然会利用此事件进行“统战”。郝柏村认为华航今后经营必须改革。
就当时蒋经国与连战等人的心态而言，他们非常害怕华航货机事件被中共借机“统战”，难以招架；又怕处理不好，会失去民心，自毁形象。但事情总是要处理的，于是由蒋经国拍板定案：不与中共直接接触，以免造成两党谈判的印象，委托香港国泰航空公司全权处理。此外，还委请英国保险公司索机，通过国际红十字会索人。从第二天起，蒋经国指示各大机构大肆报道此一决定，并通过各种媒介，多次宣传：绝不与中共谈判，要华航依国际惯例，迅即向大陆索人、机、货物。
针对台湾当局的上述决定，中国民航局再次致电华航重申：贵公司这架飞机的机长王锡爵先生希望在祖国大陆定居，董光兴、邱明志两位先生表示愿意回台湾。我们的态度十分明确：飞机、货物及愿回台湾的董光兴、邱明志两人都交台湾，请贵公司派人来商谈并办理具体交接事宜。
我们早已申明，这纯属两个民航公司之间的业务性商谈，并不涉及政治问题。既然是交谈，就应由当事双方直接地、负责地办妥交接事宜，以确保飞机和愿回台湾的人员安全返回台湾。
因此，还是请你们派人来商谈解决为好，不必经过第三者，如果你们觉得到北京来不方便，那么你们认为什么地方合适，也可以提出来商量。
我们这一要求是合情合理的，是对贵公司的处境困难作了充分考虑后提出的。如贵公司仍不愿来办理接收事宜，则人和货机之所以不能迅速返回台湾，责不在我，望贵公司三思。我们再次吁请贵公司速作决断，并尽快答复我们。
面对大陆合情合理的要求，台湾华航立即召开会议，反复研讨对策。12日，台湾“交通部”民航局长刘德敏举行记者招待会，表示：“此一事件是单纯的民航事件，不牵涉到任何政治问题，因此，基本上应由华航自行处理。”他还强调：“华航为一民营公司，其透过可能途径要求对方交还人及货物的举措，自当由该公司自行处理。”同日，蒋经国指定12名国民党中常委成立研究规划小组，进行细节讨论。在12日前的几次讨论中，对该事件的处理意见相当不一致。元老派持顽固立场，坚称不与大陆中共谈判。而少壮派则倾向于“把索要人机与政治分开”，主张与大陆谈判。在他们看来，国民党的这些教条，多年来经过党外的挞伐挑战，早已成为名存实亡的政治笑话。因此，与其让国民党这样苟延残喘下去，倒不如举行谈判让岛内外的对手都措手不及。经过12日台湾最高决策机构的紧急磋商，出人意料地于5月13日经华航宣布，“基于人道立场”，决定由该公司驻港分公司代表在香港与中航洽谈。华航再次宣布：此为“纯属单一飞行事件”，华航与“政府”没有关系。同日，“行政院新闻局局长”张京育重申“不与中共接触的立场与政策不变”。台湾文宣部门动用各种宣传工具，宣称华航这一决定纯为救人，纯粹是一项权宜措施，绝不致因影响及改变“政府”有与中共接触的政策立场。
台湾当局何以在事件发生10天之后改变初衷，打破“三不政策”让华航与中航谈判呢?其原因主要有四个方面：