台湾专家学者也纷纷发表谈话，认为此事有突破性意义，当局不应禁止，而应乐观其成。
台湾当局一再坚持其顽固立场，力主严究《自立晚报》有关人员的责任。9月24日，“新闻局”重申“依法处理”《自立晚报》事件的立场。9月27日，当李永得、徐璐抵台北当日，“新闻局”就发布了处罚《自立晚报》的声明，处理决定共三项：
(1)由于《自立晚报》及其记者以不实之文书蒙骗本局申请出台；被发现后复拒绝本局取消前往大陆采访之要求，违反“大众传播事业派遣从业人员申请出国审核办法”第十五条(第十五条规定：大众传播事业派遣“出国”及从业人员，在“国外”活动与原申请事由不符时，原派遣事业应遵照主管机关之通知负责促其依限“归国”。“出国”人员未依限“归国”前，主管机关得视实际情形限制该事业再派遣其人员“出国”)，及第十六条“大众传播事业及‘出国’人员之申请条件如记载不实、伪造或有前条情事者，除‘依法’办理外，本局决定于2年内停止受理该报及其人员‘出国’之申请”。
(2)依“国安法”第三条第二项第二款及施行细则第十三条第四款规定，对曾经前往“沦陷区”而“有事实足证认为有妨害‘国家’安全或社会之重大嫌疑者”，得不予许可其再出境，故本局将本案亦移请“内政部入出境管理局”“依法”处理《自立晚报》涉案人员日后出境事宜。
(3)《自立晚报》社社长吴丰山、记者李永得与徐璐均有触犯“刑法”第二一四条之罪嫌，本局决定将全案有关人员移请台北地方法院检察处侦办。
“新闻局”的举措招致台湾社会各界反弹，“立委”黄泽清、王义雄、刘兴善于28日提出呼吁，肯定李、徐的大陆行，并要求当局“采前瞻性做法”。30日，民进党“立委党团”联名向“行政院”提出紧急质询，要求“新闻局”撤销对《自立晚报》的行政处分。此案直闹到翌年3月24日，台湾地方法院宣判吴丰山、李永得两人无罪，“新闻局”只好表示“尊重司法审判权的独立”，对于此一判决“自应尊重”。至此，《自立晚报》派记者赴大陆采访引发的案件才宣告终结。尽管台湾当局声色严厉地宣称查处《自立晚报》案，但他不得不承认此事件对台湾社会所造成的震撼及对开放台湾民众赴大陆探亲的影响。就在李永得、徐璐飞赴祖国大陆一月之际，作为台湾的大家长蒋经国终于开启了返乡探亲的闸门，使海峡两岸关系有了历史性的突破。
其四，“台独”势力猖獗与美国的压力也迫使蒋经国调整其“大陆政策”。
蒋经国宣布解除“戒严”与开放“党禁”的构想是企图缓和台湾社会内部矛盾。但在事实上此举却为党外势力中的“台独”分子鼓吹“自决”提供了可乘之机。他们要求全面改造“民意机构”代表，同国民党争夺台湾前途的主控权。“台独”猖獗成为台湾现时最不安定的因素。基于上述形势，蒋经国决定开放台湾民众赴大陆探亲，通过两岸交往，以淡化台湾意识，增强“中国意识”，遏制“台独”势力的发展。
蒋经国修订“大陆政策”也有来自岛外特别是美国方面的压力。近年来，国际社会对中共和平统一方针普遍表示赞誉。相反，对台湾僵硬的“三不政策”表示了反感与不满。许多国家与地区出于自身利益，都不希望台湾海峡局势动荡而影响这一地区的稳定，他们要求蒋经国与大陆对话。特别是美国，害怕台湾问题影响中美关系，妨碍其全球战略利益。在处理两岸关系的态度上，也开始出现某些变化，间接或直接地促进台湾当局调整“大陆政策”，缓和两岸关系。1987年3—4月，美国国务卿舒尔茨和助理国务卿西古尔又分别在上海和旧金山重申美国坚持“一个中国”的立场，表示“支持台湾问题和平解决”的过程，欢迎两岸开展“包括间接贸易和日益频繁的人员交流”，以“有助于缓和台湾海峡的紧张局势”。
舒尔茨与西古尔的讲话，颇令台湾当局惊慌，认为此话透露出美国对两岸统一问题由不介入的袖手政策转为乐观其成的意向。台湾《民众日报》称舒尔茨之言“弦外有音”，“不可掉以轻心”。《大众晚报》刊文称：舒尔茨“措词颇不寻常”，“对于中国统一问题，采用比以往更积极暖昧的字眼，使得原本按部就班的台美实质关系一度陷人紧张”。《中国时报》则认为：西古尔强调，美国对于如何解决台湾问题，并无“任何特殊的观点”。“综观演说内容，可以看出解决台湾问题被列为美国政策中最低的优先次序，经济关系，尤其是支持中国大陆的现代化，居于最优地位。’’台湾当局令其驻美代表钱复就此事展开调查，当确定“一个中国与和平解决台湾问题”仍是美国政府的政策立场后，台湾“外交部长”朱抚松在“立法院”澄清舒尔茨讲话带来的影响说：美国与台湾之间的“实质关系没有任何改变，美国对海峡两岸的中国统一问题仍采取不介人、不干预、不施用压力的态度”。
然而当台湾当局尚未宣布开放台湾民众赴大陆探亲之际，美国驻中国大使洛德10月2日在接受美国国家广播公司采访时，抢先公开对开放大陆探亲的“和平进展”表示欢迎。1988年3月，吴学谦出访美国时，里根总统再次表明：“美国欢迎去年以来台湾两岸人民的往来，希望这一趋势继续，美国将努力促成有利于上述发展的环境。”尽管美国一再表白处理两岸关系的立场并未改变，但支持两岸关系发展的态度已相当明显，台湾当局最害怕的是“可能被再次出卖”。在这种压力下，蒋经国不能不考虑调整“大陆政策”，以两岸关系的正常化，换取台湾岛内政局的稳定。
大陆探亲案
当蒋经国下决心不做“民族罪人”，要“向历史交待”，推进两岸关系后，遂召国民党中央秘书长马树礼来见，令其研拟开放台湾民众赴大陆探亲案。
1987年初，马树礼奉命集中有关部门开会研讨开放大陆探亲案。据台报称：研讨结果反映不一，保守气氛浓厚，阻力大。这种阻力主要来自国民党元老派与情治部门。这些要员们反共大半生，虽绝大多数祖籍在大陆，迟暮之年不免暗生思乡之情，但他们根深蒂固的反共情绪，令他们成为两岸关系正常化的绊脚石。台湾的警察、边防与情治部门因非常时期权力恶性膨胀，在求新求变的潮流中，这些部门的首脑似乎预感到自己操纵的生杀大权即将被削弱，故一味强调安全利益，为两岸交流设置重重障碍。一些官僚过惯苟且偷生的日子，亦以十分消极的心态看待两岸关系，并：不乐意有一番开创性的作为。但上司交下来的任务不能否决，最后便提出“准出不准进”、“条件从严”，使有资格到大陆探亲的人减到最少为好。马树礼将此研究结果上报给蒋经国后，蒋极不满意，：立即要求马树礼组织研议。此时已是4—5月间，国民党全力从事解除“戒严”的研究工作，马树礼分身乏术，后来又为去留问题煞费思量，事情暂时耽搁下来。
5月下旬，蒋经国在例行接待外宾后，特将担任第一局副局长的英文秘书马英九留下，询问他对最新政情及舆情的意见。马英九答称：最近“立法院”及舆论均强烈要求“政府”开放老兵返乡探亲，“政府”在这方面应考虑积极回应。“蒋经国听后，要马与“总统府副秘书长”张祖诒联系，并尽快研究开放大陆探亲的可行性方案。
据台报称：这一时期蒋经国的决策理念，似乎受到媒体的相当影响，尤其对朝野“立委”有关开放探亲的发言内容，及民间团体对突破两岸闭锁政策的建言声浪，几乎都能全盘掌握。他曾不止一次亲口告诉亲近的僚属说：“离开家乡三四十年的人，没有人不想家的，这是人之常情。‘政府’对开放民众赴大陆探亲，应乐观其成。”
6月2日，马英九完成《民众往返大陆探亲问题之研析》初稿，经“总统府”第一文胆副秘书长张祖诒修正，于6月4日将本案依“总统府”内的公文作业程序正式提出签呈，并经张祖诒、沈昌焕层层转呈蒋经国核处。马英九出于保密起见，私下将该草案定名为“颖考专案”。所谓“颖考”，乃取材于《左传》中《郑伯克段于鄢》一篇。该文记载：郑国发生内乱，郑庄公打败其弟段于鄢，并放逐其母姜氏，而郑国大夫颖考叔以事亲至者感动郑庄公，并促成郑庄公与其母姜氏重逢团聚的故事。
“颖考专案”出炉后，蒋经国指示李登辉与马树礼，分别从党政系统的立场，进一步研拟因应方案的具体做法。7月份马树礼去职，李焕接掌国民党中央党部，直接策划开放大陆探亲案，并很快订出了原则方案。当蒋经国将方案交“总统府”研议时，发生了严重的意见分歧，其焦点在于是限制开放探亲还是普遍开放民间交往。
一派观点主张，把开放探亲看做是调整“大陆政策”的第一步，随之将开放、观光、贸易、体育交流与文化交流。他们主张两岸“官方”关系仍坚持“三不政策”，而民间则开放接触，使台海两岸由封闭进入互动关系，由紧张对峙进入和平竟赛。开放探亲事实上等于打破两岸的封闭关系，今后的关系如奔腾的江水，不易再阻拦。他们还认为：台湾在经济上与政治上已有优越性，可以经由积极开放的“大陆政策”对大陆进行“政治反攻”，开放接触对台有利无害。“立委”孙胜治就曾说过，“政府”常花数千万元将台湾的富足及安乐利用空飘介绍给大陆同胞，如果再开放探亲，这些进入大陆的人将是“免费宣传者”。同时，开放对大陆的接触，也有助于减低台湾人对大陆的疏离感，从而减少“台独”的影响。这一派观点的首倡与代表者应是李焕。9月4日，李在高雄市党部举办的“党政工作研讨会”上发表的讲话表述了上述主张。他说：开放台湾民众赴大陆探亲，实际上是“国民党以其台湾地区的经济繁荣、政治民主、教育发达、文化进步，向大陆展开实际有效的‘政治反攻’行动”。李焕还宣称：“这种‘政治反攻’，绝对不是要取代大陆上的中共政权，而是要促进大陆上的政治民主、新闻自由、经济开放，使中国解除共产主义的桎梏，成为民主自由的现代化国家。”
李焕的上述讲话是比较大胆的，有人认为此种主张是蒋经国及当局“大陆政策”的改弦更张，是“指导思想与战略目标巨大转变”，是有前瞻性创新的做法。李焕之所以有这样的胆量与气魄，有人说这是与李焕一贯作风相一致的，同时也是蒋经国对他支持的后果。当李焕提出上述观点后，蒋经国深表“赞同”与“嘉许”。
另一派主张是所谓的“人道论”，即把开放探亲仅看做是基于人道的弹性措施，不是对“大陆政策”的调整，所以除探亲之外，其他一切不变。他们主张对民间探亲采取不协助、不禁止、不鼓励的原则，官方“三不”立场不变，保持海峡两岸敌对状态。他们还认为，如果开放接触与往来，将表示海峡两岸敌对关系已结束，如此一来，根据“与台湾关系法”美国就可停止对台军售。而且，两岸扩大交流可能冲淡“敌情”观念，对台安全造成不利。这一派观点的代表人物是“行政院长”俞国华。俞与李焕的观点针锋相对，双方争执不小。当李焕在高雄讲话后，俞国华立刻发表了接见《远东经济评论》编辑的一段讲话，讲话中俞攻击中共的“三通”是颠覆台湾的“阴谋手段”，强调当局“尚无计划放宽‘国人’赴大陆探亲或其他方面的限制”。
在开放探亲本身是否设限或其他方面的限制上，也有两种主张：
(1)应否对探亲者年龄和亲等的限制。
一种观点认为应加限制，如年龄应限制在55岁以上，亲等限三等亲以内，如果不限年龄和亲等，无异变成开放观光。
另一种观点则认为限年龄不合情理，孙子为何不可探望祖父母?且限亲等无法核证，难以执行，其结果形同虚设，不如不限。
(2)应否对探亲者作职业和省籍的限制。
一种观点认为现役军人及公职人员(包括公立学校教师)，不得到大陆探亲，原为台湾省籍也不行。
另一种观点则认为，现职公务人员中，大陆籍所占比例相当高，若限制其返乡探亲，开放探亲的意义与效果将大打折扣，作籍贯的限制也不符合在“法律”面前人人平等的原则。
(3)应否同时允许大陆同胞去台湾探亲。
一种观点认为不允许，因为大陆可以有计划地组织探亲，从而威胁台湾安全。
另一种观点认为允许大陆同胞赴台探亲，尤其是在大陆的两万多名台胞“更应允许”，既为“人道”，又为“政策”平衡。但持两种观点的人均主张大陆人人台要符合“国安法”施行细则。
因两种主张各不相让，最后只好交蒋经国裁决。蒋经国本意支持李焕主张，但此时此刻又不能不考虑俞国华等人的意见，经深思熟虑，只得采取折衷方案，不偏不倚。9月14日，蒋经国召见郝柏村和许历农时，就探亲问题谈了三点意见：
(1)“基于人道原则，将开放大陆来台人民回大陆探亲”，“回大陆探亲纯为民间私人行为”。
(2)“探亲管理制由安全局、警总及境管局派人支援，实际操作者为‘中华民国红十字会”’。
(3)“‘政府’不与中共政权接触、谈判、妥协之政策不变”。
9月16日，针对在探亲问题上的意见分歧，蒋经国在国民党中常会上提出：
“面对新的形势，产生若干新的现象，大家有很多不同的意见和看法。”而执政党则“始终把目标看得很清楚，掌握住正确的方向，踏着稳健的脚步，绝对不会迷失”。
会议原则决定开放台湾民众赴大陆探亲，同时蒋经国提议由李登辉、俞国华、倪文亚、吴伯雄、何宜武等5位国民党中常委组成专案小组，就“行政院”所提及台湾民众返乡探亲的原则及中常会的意见，“迅作审议，并将结论提报中央常会讨论”。蒋经国何以让“副总统”李登辉主导制订开放大陆探亲案的细则呢?蒋经国的用意：一是加速省籍意识的融合，反对分裂主义；二是让李累积台湾内部对“大陆政策”的共识。
蒋经国既想照顾老兵的情绪，缓和社会矛盾，抑制“台独”思潮，并为“三民主义统一中国”进行新的尝试，但又怕返乡探亲使老兵被中共“统战”，反共心防遭破坏，遂特别强调：
目前，中共仍然时时威胁我们复兴基地的安全，“我们必须充分提高警觉，加强戒备，不予敌人可乘之机”。处理“返乡探亲”问题的基本前提是：“反共基本‘国策’不变，‘光复国土’目标不变，确保‘国家’安全的原则不变。”
在“双十节”庆祝会上，蒋经国就以“把炽热的反共心力投向大陆”为题发表讲话。此间，他多次强调“国人”要警惕中共的“统战阴谋，为赴大陆探亲老兵消毒。