据蒋孝勇回忆：“我先向母亲报告，父亲过世了。母亲很激动，就想到父亲的房里，但我不让她去。”“我跟母亲讲，父亲在换衣服，换好衣服您再过去吧。因为当时急救，房间里一团乱，担心她看到处处血迹的惨况会受不了。”当蒋方良坐着轮椅到蒋经国身边时，她痛哭流涕，抓着蒋经国的手，不断呼唤着他的名字。随后她被蒋孝勇劝回房间。在蒋经国丧事期间，蒋方良一方面料理丧事，一方面答谢来自各地对蒋经国哀悼与追念的人。蒋方良还声称：她与家人对在“国丧”期间电视台节目改为黑白，并播出纪念与追思经国先生的节目等许多表达哀思的心意，表示十分感谢，但她认为“以经国先生的个性，定不愿因他的逝世而造成对民众日常生活的不便”。
因为忙乱，蒋孝勇竟未直接通知蒋孝武。蒋孝勇事后说：“父亲过去之后，我哥哥是王家骅通知的，这是我的不是，应该是我自己通知才对。不过，那时乱成一团，我一时也没想到这么多。”蒋孝武是在晚上8点才得到消息。
蒋孝武不敢相信，立刻打电话回台北才得到证实。父亲去世，蒋孝武在4小时之后：才得知消息，可见这段时间，蒋家官邸如何慌乱。
由于蒋孝武得知蒋经国病逝消息已快晚间8时，新加坡至台湾的班机已经停飞，故蒋孝武于次日才赶回来奔丧。“参谋总长”郝柏村与蒋经国三公子蒋孝勇专程到机场去迎接。尽管此种做法从体制上看不妥当，但体现出郝柏村对蒋家的一片忠诚和对蒋二公子的浓厚感情。当蒋孝武看到其弟后，悲从心头来，神情哀伤，与他紧紧拥抱哀恸，久久不能自已。随后直奔设在“荣总”怀远堂的灵堂叩祭。蒋孝武夫人蔡惠媚女士及子女蒋友松、蒋友兰稍后也返台奔丧。
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丧事期间，蒋孝武与蒋孝勇之间发生了一些不快。蒋孝武问其弟，父亲生前有没有对自己家人的交待。蒋孝勇回答没有。蒋孝武说：“没有?凭什么要我相信你一句话?”他认为身在海外，父亲过世前，竟然对他没有只字片语，他难以接受。蒋孝勇事后回忆到这件事时感慨地说：“这倒不是我兄弟之间感情不好，但生长在政治家庭，许多变得很现实。”
蒋家的太上家长宋美龄在得知蒋经国病逝消息之后，立即驱车到大直官邸探视，“悲伤不能言语”。据台报报道：9l岁高龄的宋美龄连续4天无心饮食，并指令子孙精心料理蒋经国丧事，谨守蒋经国遗训。
蒋孝章得知乃父病逝后，也同其夫俞扬和于1月15日晚7时40分从美国旧金山回台奔丧。蒋经国长子蒋孝文也在瞻仰蒋经国遗容的最后一天，在夫人徐乃锦和女儿陪同下，前往父亲灵前致祭。
蒋家的另一位重要成员蒋纬国，在蒋经国病逝后，以“国安会秘书长”的身份，在阳明山仰德大道安全局主持安全会议，召集重要的情治系统，分派任务，在蒋经国丧期加强安全警戒。
丧 事
李登辉继任“总统”后，首先颁布“治丧令”，特派严家淦、俞国华、倪文亚、林洋港、孔德成、黄尊秋、张群、陈立夫、谢东闵、黄少谷、谷正纲、薛岳、沈昌焕、李焕、李璜、王世宪、吴三连、吴伯雄、郑为元、丁懋时、郝柏村等21人为治丧大员。
随后，“行政院”召开紧急会议决议，宣布“国丧”30天，并依照“戡乱时期临时条款”规定，请“总统”发布紧急处分事项，“国丧”期间，一律禁止聚众集会、游行及请愿等活动。“行政院”另行拟定了志哀办法，规定：
(1)公教人员自1月14日起至2月12日应缀佩章。
(2)各部处、机关、学校、军舰及驻外“使馆”等应自1月14日起至2月12日止下半旗志哀。
(3)各娱乐场所，自1月14日至1月16日应停止娱乐3天。
13日晚，蒋经国遗体由大直官邸移到“荣总”医院，“荣总怀远堂设灵堂。次日，台湾党、政、军官员分别到“荣总”怀远堂吊唁蒋经国。国民党中央委员会发表《告大陆同胞书》，向大陆同胞通告蒋经国逝世，并宣称：
“本党遵照蒋主席经国先生遗嘱，矢志团结一致，奋斗到底”。
16日，蒋经国治丧会举行第一次治丧大员会议。会议由李登辉主持，治丧大员及蒋经国家属蒋纬国、蒋孝武、蒋孝勇等参加。会议决定：
(1)从元月22日起至29日由治丧大员每天下午7时至次日晨7时，分3批在“忠烈祠”守灵。
(2)为崇敬蒋经国对“荣民”的爱护，将台北“荣民总医院”择日更名为“经国纪念医院”，以永垂纪念。
(3)成立蒋经国哀思录编纂小组。
1月20日，治丧大员举行第二次会议，会议决议，30日为蒋大殓奉厝，各机关学校在停厝典礼前举行追思礼拜，并决定民众默哀一分钟，警报器施效一分钟等。
1月22日，蒋经国遗体由“荣总”怀远堂移灵圆山“忠烈祠”。移灵仪式由李登辉主持，16位治丧大员陪祭，蒋经国家属分列灵堂两侧答礼。在灵堂前，最引人注目的是李登辉送的挽联：
“厚泽岂能忘，40年汗尽血枯，注斯土斯民始有今日；遗言犹在耳，亿万人水深火热，誓一心一德早复中原。”
“早复中原”是一句空话，是说给别人听的，蒋氏父子奋斗后半生，也未实现此一心愿，李登辉凭什么这么说。所谓“厚泽岂能忘”，“遗言犹在耳”，也同样是说给别人听的。蒋经国病逝至今，李登辉不仅忘记了蒋经国对他的厚爱与期望，而且在各项政策上都已经彻底背离了蒋经国政策的轨道。
1月30日是蒋经国安灵奉厝大典日。上午8时整，在圆山“忠烈祠”举行追思礼拜。主持仪式的是为蒋介石主持追思礼拜的牧师周联华。当时，岛内外许多人对蒋经国的信仰相当好奇，．牧师周联华答称：
蒋经国受过洗，并且也到凯歌堂作礼拜，只是他一直很忙碌，从他任“救国团主任”之后，星期假日经常到乡下巡视，晚年因身体很坏，需要多休息，所以接触较少。此次蒋经国奉厝大典要以宗教仪式举行，完全是他家属的意思。
3000多位宾客及23个国家的特使团为蒋经国祈祷、证道，并由声乐家范宇文与“救国团”幻狮合唱团献唱7首圣歌。周联华在他所读的经文中，以《圣经》腓立比书和马太福音登山宝训，形容蒋经国一生以基督的心为心，自己卑微、存心顺服，以至于死。追思礼拜在圣歌与牧师的祝福中结束。
8时40分，大殓典礼开始，由李登辉主持，蒋经国家属在旁亲视大殓。在哀乐声中，李登辉率领全体与祭人员向蒋经国献花行礼致敬。低回的哀乐声后，国民党中央考核纪律委员会副主任马鹤凌恭读祭文。接着恭行大殓，蒋方良带领家属亲视灵柩。蒋经国生前两名侍从人员揭起蒋经国灵柩上的玻璃罩。灵柩中的蒋经国身着长袍马褂，胸前佩带采玉大勋章。随后，侍从人员缓缓盖上棺盖。蒋经国次子蒋孝武封盖后，向灵柩跪拜三叩首。李登辉率领所有与祭人员再次向灵柩行礼，谢东闵、黄少谷、薛岳、沈昌焕、李焕、吴伯雄、丁懋时、郑为元分立灵柩两侧，将一面中国国民党党旗覆盖在灵柩上。继由李登辉、俞国华、倪文亚、林洋港、孔德成、黄尊秋、陈立夫、王世宪将一面青天白日满地红的“国旗”覆盖在灵柩的党旗上。
8时58分启灵仪式开始，全体肃立。9时整，2l响礼炮响起，致哀警报与各地教堂、寺庙钟声亦同时响起。礼炮结束，蒋经国灵柩被安放在灵车上，跟随在后的是手执“国旗”、党旗、统帅旗、蒋经国遗嘱令的三军仪仗队。蒋经国家属、“政府”官员、各国政要、“国大代表”、“立监”两院委员、各社团代表等陆续步出“忠烈祠”。灵车及灵车车队于9时30分驶往桃园大溪灵寝。
蒋经国灵柩暂厝的大溪陵寝，原为头寮宾馆，坐落在大溪前往慈湖的路上，距蒋介石陵寝——慈湖约有2公里。从蒋经国病逝的第二天起，头寮宾馆的修缮工程按蒋经国家属的意见全部整修完成。此宾馆是蒋介石驻跸处所，蒋介石去世后，蒋经国赴慈湖谒陵，有时留住此处。此刻大溪陵寝的大门及边门，镶缀着黄色素菊，门楣上以蓝底白字写着：“蒋故‘总统’经国先生陵寝。”走人大门，则是一座圆型花坛，种着苍松龙柏。陵寝为中国传统四合院建筑，正厅的正中央是奉厝蒋经国灵榇之处。黑色发亮的大理石外椁，黄巾幔、蓝地毯，正中壁上悬挂着蒋经国的遗像。
下午1时零2分，蒋经国的灵车在李登辉、蒋纬国、蒋孝武等家属、治丧大员和400多位参加安灵典礼人员的护送下，缓缓驶到大溪陵寝门前。侍卫将蒋经国灵柩移入陵寝正厅。在灵柩移人正厅前，蒋方良坐在轮椅上带领蒋孝勇、蒋孝武等家属跪拜迎灵柩入厅。1时13分，举行安灵典礼，李登辉主祭，俞国华等治丧大员陪察，“总统府资政”及其他官员、各界代表400多人与祭。
随着蒋经国长眠大溪，台湾社会进入了“李登辉时期”。