当时的北京大学，校舍破旧简陋短缺。原本正在建造的校舍也因为辛亥武昌起义后清廷款项支绌而被迫停工。为此事，教育总长蔡元培要求：北京大学建造工程不可半途而废；且大学为全国学校之模范，观瞻所系。他还当即与范源濂次长商定，派官员为监修员，又酌派会计、庶务司事数人继续往工程处办事，并筹款项，以便即行开工。
1912年7月蔡元培辞去教育总长。时在教育部任职的蒋维乔曾提议政府委任蔡元培就任北京大学校长，并由教育部正式向袁世凯报告。当时袁世凯极力反对，他认为：蔡元培为国民党员，又力倡革命学说，目前许多反对事件，已多和他有关；如再给他做北京大学校长，大培养起革新人才来，政府定会弄到没有办法，使他本人不安于位了。旁的都可商量，只有此事，是绝对办不到的。不久蔡元培便离国赴欧留学去了。
1913年3月宋教仁遇刺，5月蔡元培回国，6月到达上海。5月18日吴稚晖公开提出袁世凯下台，提议蔡元培与张謇为总统候选人。而6月21日蒋维乔又从北京专程来上海拜访蔡元培，因当时北京大学校长何燏时处理学潮不当被迫辞职，故代表教育部商请蔡元培出任北京大学校长，以整顿北大、振兴北大。后因蔡元培去法国留学而未果。
而到了1916年9月1日，正在法国的蔡元培突然接到中国驻法使馆转来的教育总长范源濂的电报，邀请蔡元培回国出任北大校长：“现以首都最高学府，尤赖大贤主宰，师表群伦。海内人士，咸深景仰。用特专电敦请我公担任北京大学校长一席，务祈鉴允，早日归国，以慰瞻望。”
1916年，蔡元培回国经停上海、杭州并回乡省亲后于12月21日到达北京。当时上海《中华新报》即有报道蔡孑民先生于二十二日抵北京，大风雪中，来此学界泰斗，如晦雾之时，忽睹一颗明星也。”
12月26日，总统黎元洪正式发布命令，任命蔡元培为北京大学校长。
蔡元培说广我回来，初到上海，友人中劝不必就职的颇多，说北大太腐败，进去了，若不能整顿，反于自己的声名有碍。这当然是出于爱我的意思。但也有少数的人说，既然知道他腐败，更应进去整顿，就是失败，也算尽了心。这也是爱人以德的说法。我到底服从后说，进北京。”（蔡元培：《我在北京大学的经历》）12月29日，上海《时报》发表《欢迎蔡元培》：“政府昨已正式任命蔡元培氏为国立大学校长矣，此诚教育前途之一线曙光。夫国立大学，所以绾全国文明之枢纽，树全国学风之模范，其关系至巨。今蔡氏秉绩学之奇姿，以刚毅之精神出而任此，我知其必大有造于教育界也。”
果然，蔡元培没有让国人失望。蔡元培出任北大校长，不仅大有造于教育界，“蔡先生实不止属于北大的，他是属于整个学术界文化界的。对于蔡先生，只要是读书人，都不能没有一份好感与敬意”；更重要的是其“从大学冒出的智慧之火，便将整个国家燃烧出一个新的生命。”（金耀基：《蔡元培先生象征的学术世界》）如果说民国元年担任教育总长的蔡元培是“中国现代教育的奠基人”的话，那么北京大学校长蔡元培便是“北京大学之父”、“中国新文化运动的保姆”了。
杜威是位美国教育家，他的中国学生有胡适、张伯苓、陶行知、陈鹤琴、蒋梦麟等。他在蔡元培去世六年后的1946年说广拿世界各国的大学校长来比较一下，牛津、剑桥、巴黎、柏林、哈佛、哥伦比亚等，这些校长中，在某些学科上有卓越贡献的，固不乏其人；但是以一个校长身份，而能领导那所大学对一个民族、一个时代起到转折作用的，除蔡元培而外，恐怕找不出第二个。”
北大的蔡元培时代，其实时间并不长，但蔡元培就是蔡元培，一露峥嵘，便成为百年来一直无法被超越的高峰。
当年也曾经有人问过北大教授冯友兰，说：“北大的学生都很高傲，怎么到了蔡先生面前都成了小学生？”冯友兰只能期期艾艾，顾左右而言他，但他内心一定戚戚然总有所思吧。
我们不妨设问：假如北大没有蔡元培会怎样？或者，假如北大校长不是蔡元培又将如何？
北京大学的前身是京师大学堂。这是1898年戊戌年间的维新产物，也是变法失败后的仅存硕果。但从1898年到1911年辛亥革命，尽管其间历经清末新政与科举废除等大事，但京师大学堂作为一所大学，却一直业绩平庸、乏善可陈。
1898年7月4日，年轻的光绪皇帝正式下诏批准设立京师大学堂，并且特命教授自己20年的恩师孙家鼐出任官学大臣即校长。孙家鼐是咸丰九年及第状元，旧学功底那是没有话说。试看他拟的一副对联：亿万年济济绳绳，顺天心，康民意，雍和其体，乾见其行，嘉气遍九州，道统维羲皇尧舜；二百载绵绵奕奕，治绩昭，熙功茂，正直在朝，隆平在野，庆云飞五色，光华照日月星辰。
这副对联巧妙地将咸丰以前历代清朝皇帝的年号嵌于其中，气势磅礴又自然天成，不露痕迹地歌颂了清王朝的丰功伟绩。拟对联、写八股，孙家鼐行，可是管理一所大学，显然他不行。他在职一年零十四天，充其量只有些苦劳而已。孙家鼐之后的张百熙、张亨嘉，在京师大学堂的领导岗位上也算兢兢业业，但对于一所现代大学如何办理依旧摸不着头脑。
民国成立后，严复就任京师大学堂改名为北京大学后的首任校长。严复是中国近代著名的启蒙思想家、翻译家和教育家。早年曾留学英国，回国后先后担任福州船政学堂教习，天津北洋水师学堂总教习、会办、总办，上海复旦公学校长和安徽安庆高等学校监督等。严复在个人资历与社会知名度方面自然可圈可点，但他的思想还是停留在“中体西用”上，成天想的只是“欲将大学经、文两科合并为一，以为完全讲治旧学之区，用以保持吾国四、五千载圣圣相传之纲纪彝伦道德文章于不坠”，显然渐趋落伍，加之吸食鸦片，到处兼职，没有功名，不是科举正途，上任之后成天忙于筹款发薪，总是无法摆平各方势力、各色人等，一年没有干完，趁着教育部准备更换他之际，自己主动辞职。
严复之后，北京大学俨然烫手山芋，无人敢接。袁世凯任命章士钊，章以年轻才浅德薄为由未敢就任，再任命马相伯，马却遭到多数学生莫名反对。
这时教育部竟有停办北大或将北大并入天津北洋大学之动议。毕竟进入民国，环顾全球，一个国家没有一所国字号的大学，怎么也说不过去。多方争吵之下，北大总算保下来了，但校长还是走马灯似的换。马相伯之后，换上了何燏时，不久又换成胡仁源。胡仁源是蔡元培南洋公学特班时的学生，他在代理校长时，捉襟见肘、难孚众望。
古老的中国在等待一所新型大学的诞生，这所新型大学也在等待一位优秀出色的大学校长，就像一艘将要扬帆远行的巨轮需要一位指挥若定的舵手去开辟崭新的航道。
这所大学诞生于古老中国的晚清帝制时代，现在却要面对民主共和科学进步的新时代。它的校长在学问上，包括旧学新学、中学西学，要过得硬；在政治上，要能与政府打交道，尽量获取官方的信任，特别是经费上的支持；同时，大学在古老中国还算是一件新生事物，校长自然不能仅有办好大学的良好愿望、深孚众望的学识修养，还应具备应对自如的管理智慧一什么是真正的大学？这是如何办好大学的根本一校长首先对什么是真正的大学要有清醒坚定的认识与通盘周全的考量。
民国转眼就已经六年了，但国内政治依旧黑暗如故，军阀依旧混战争地，政客依旧鼓噪争利，国民依旧愚弱懒散，国力依旧积贫积弱。北京大学办学与现代大学相去甚远甚至南辕北辙。比如，校工称学生为“老爷”、“少爷”，学生叫校工为“听差”；学生有事与校长接洽，要写呈文；校长回复，要在布告牌上揭晓。教师中不是吃饭混日子的不学无术之辈，便是学问不大、架子不小的旧式官僚，还有就是死守旧书本、毫无新思想新知识的迂儒，真正有学问才识的，久居其中不得其志差不多也快泯然众人了。而学生多为官僚富家子弟，他们来北大大多并不是为求学问而来，而是将北大视作将来谋取官位的“终南捷径”。在校极力巴结官僚，甚至在同学间盛行结拜兄弟一十个气味相投的同学结成“十兄弟”，毕业后大家钻营做官，谁的官大，其他九人就到他手下当科长、当秘书，这叫大家“有福同享”。课余则带听差、打麻将、吃花酒、捧名角、逛妓院。当时社会上盛传“两院一堂”之说，就是指出入北京“八大胡同”的人中，多数为参众两院及京师大学堂的人。
1917年的蔡元培，论资望，前清进士，翰林院编修，旧学硕儒，游学日本，留学德法，新派海归；讲资格，光复会会长，同盟会前辈，民国元老；论资历，前清京官，多年办学，民国首任教育总长。常言道，经师易求，人师难寻。蔡元培可谓既是经师也是人师。而吴稚晖还说：“学人难，惟通人更难，学人惟守先待后，通人则会中西、知古今、开风气者。蔡先生是学人而兼通人。”这样的一个蔡元培，做个北大校长，应该说是很适合的，甚至是“舍蔡其谁”！
不过，蔡元培适合不适合当校长是一回事，蔡元培愿意不愿意当校长那是另一回事。自1916年9月1日在法国接到范源濂电报，至10月2日启程返国，到11月8日抵上海，再到12月26日黎元洪正式任命，再到1917年1月4日正式到任，其间蔡元培也是一半在观望一半在等待，一点点在做准备。
他既不愿仓促上马，也不愿错失良机。他一直在考量，一直在盘算，一直在抉择。
蔡元培与吴稚晖算是老朋友了，无论是辛亥前为推翻清政府统治，还是民国后同在法国留学，他们一直情投意合、志同道合。蔡元培接到范源濂电报后，曾专门去法国南部吴稚晖居住的地方与吴商议此事。吴知道蔡元培毕生理想是致力于办大学，也知道他为什么主张办大学一因为一个国家，只有办出一流的大学，培养出大学问家来，那样这个民族才可以之而贵，一般人才可以之而尊。
1914年至1916年间，蔡元培与吴稚晖、汪精卫等在法国一道酝酿发起创办了华法教育会，组织开展国内青年留法勤工俭学。1916年下半年蔡元培回国后他还一直兼任华法教育会会长。从1915年起，直至五四运动以后，赴法国勤工俭学，几乎是那个时代国内进步青年所热切向往的最佳选择。这些进步青年中就包括想去法国后因经费等原因而未果的毛泽东。当年曾在华法教育会担任会计的吴玉章回忆说：“当时适值俄国十月革命胜利’马克思列宁主义革命学说，遂为这般青年所欢迎，这就造成了中国共产党许多优秀干部：如我党著名的周恩来、李富春、罗迈、陈毅、王若飞同志及在大革命时或十年奋斗中所英勇牺牲的赵世炎、陈延年、陈乔年等诸同志，都是中国新时代的杰出人才。这也应归功于孑民先生倡导勤工俭学之力。”（吴玉章：《纪念蔡孑民先生》）吴玉章这篇文章写于蔡元培去世时的1940年，他所提的这些人名显然没有尽举，要不然他怎么也不会漏掉像邓小平、聂荣臻、徐特立等人的名字的。陈毅在法国勤工俭学期间，曾专门写信给蔡元培，为留学经费等事向蔡先生求助。事隔二十多年后的1949年，当陈毅以上海市市长的身份坐镇上海时，听说蔡元培先生的夫人留居上海，他特别指示：蔡夫人所居华山路故居免交租金，直至蔡夫人过世。
1917年3月15日，蔡元培给汪精卫的信中透露出他对北大校长之作用的认识：
在弟观察，吾人苟切实从教育着手，未尝不可使吾国转危为安。而在国外经营之教育，又似不及在国内之切实。弟之所以迟迟不进京，欲不任大学校长，而卒于任之者，亦以此。昔普鲁士受拿破仑蹂躏时，大学教授菲希脱为数次爱国主义之演说，改良大学教育，卒有以救普之亡。而德意志统一之盛业，亦发端于此。
先生即今日之菲希脱也，弟深愿先生惠然肯来，主持国文类教科，以真正之国粹，唤起青年之精神。弟进京后，受各政团招待时，竟老实揭出不涉政界之决心，彼等不特不加反对，且有表同情者，亦可见今之政客，其头脑亦较前几年为清晰矣。（转引自高平叔：
《蔡元培年谱长编》）本着“教育救国”的思想，本着“当官为办事”，而非“干事为当官”的信念，本着将北大改造成纯粹研究学问机构的雄心，本着“我不入地狱，谁入地狱”的牺牲精神，蔡元培终于不顾多数朋友的反对，直奔北大而来了。
蔡先生就是蔡先生。这是北大同人的共感。言下之意似乎含有无限的爱戴及尊敬，也似乎说天下没有第二个蔡先生。别人尽管可有长短处，但是对于蔡先生大家一致，再没有什么可说的。所以也没人称他为蔡校长。做北大校长也好、中央研究院院长也好、教育部长也好，总是给人心悦诚服的。一个国家有这么一个老成人，大家总觉得兴奋一点。何以这样？因为他是蔡先生。论资格，他是我们的长辈；论思想精神，他也许比我们年轻。论著作，北大教授很多人比他多；论启发中国新文化的功劳，他比任何人大。
——林语堂（1895—1976）《想念蔡元培先生》
1917年1月4日，作为北大历史上的第六任校长，蔡元培坐着马车进入北京大学校门。等候在门口的校工们恭恭敬敬地向他行礼。蔡元培一改历任校长目中无人的惯例，也恭敬地脱下自己头上的礼帽，郑重其事地向校工们回鞠一躬，表现出了一位民主教育家平易近人的风范。
1月7日，北京大学第三宿舍一同学外出，未将屋内明火管好，致使炉火将其床上被褥烧着，当时北风劲烈，火越烧越大，最后把房屋焚为焦土，屋内书物救出甚少。蔡元培获悉后第一时间亲临现场，首先关心学生有没有受伤，继而立即表示捐资相助，并希望其他教职员工也自愿相助。有同学建议组织救济会，在北京青年会举办戏剧义演，以售票收入补助受灾同学。蔡元培当场批准了这一建议，并要求相关部门予以协助。
1月9日，北大举行开学典礼。作为新任校长，蔡元培发表就职演说。
一开口他便放下身段，与同学们套起了近乎：“五年前，严几道（严复）先生为本校校长时，予方服务教育部，开学日曾有所贡献于同校。”蔡元培这里说的是1912年5月15日他曾参加那年北京大学的开学典礼这件事。那次他已指出大学应成为“研究高尚学问之地”。
接着他正色道：“予今长斯校，请更以三事为诸君告：一是抱定宗旨，去除读书做官思想，树立大学是研究高深学问之地的思想。二是砥砺德行，明确大学生为社会中坚，责任重大’务必束身自爱’以身作则’力矫颓俗。三是敬爱师友，做到对教员以诚相待，敬礼有加，对同学互相亲爱，共同切磋，开诚布公。”