麦克阿瑟对失败主义的消极战略进行了坚决的抵制，认为这只能导致最后的失败，使澳大利亚变成另一个巴丹。他在到达墨尔本后不久，驱车前往堪培拉会晤约翰·柯廷总理，与柯廷达成“通力合作，坚持到底”的共识。不久，他提出了一个积极防御计划，计划中把保卫澳大利亚的战斗放到了澳大利亚境外去进行。这样既可以使澳大利亚免受侵犯，也可提供一个反守为攻、向前推进机会。
★美国内部对“欧洲第一”还是“亚洲第一”的争论
与此同时，华盛顿的决策者们就“欧洲第一”还是“亚洲第一”的问题展开了激烈的争论。以欧内斯特·约瑟夫·金海军上将为首的海军作战部试图修改“欧洲第一”的战略，主张向太平洋增援部队，尽早向日本人进攻，阻止其南下进攻澳大利亚。以马歇尔和艾森豪威尔为首的陆军参谋部则坚持“欧洲第一”的战略，认为德国的垮台必定导致日本的毁灭，要想最终打败轴心国，把力量集中在大西洋战区是绝对必要的，即使失掉澳大利亚也在所不惜。
3月16日，在参谋长联席会议上陆军部取得了最后胜利：仍维持“欧洲第一”战略，在太平洋地区只取守势。同时，参谋长联席会议还决定，将太平洋战场分成两个独立的战区：即西南太平洋战区和太平洋战区，前者包括澳大利亚、所罗门群岛、俾斯麦群岛、新几内亚、荷属东印度和菲律宾，由麦克阿瑟任总司令；后者包括中南美洲航线以外的其他太平洋海区，由太平洋舰队司令切斯特·尼米兹海军上将任总司令。此外，鉴于太平洋战区辽阔，又将其划分为北、中、南3个次战区，其中南太平洋战区单独成立了以罗伯特·戈姆利为首的司令部。
30日，麦克阿瑟于收到上述决定后十分气恼。他始终深信不疑地认为：“在有关这场战争的所有错误决定中，最令人费解的恐怕就是没有建立对太平洋战争的统一指挥，其结果是分散了力量，延长了战争，增加了伤亡和费用。”但不管怎样，麦克阿瑟现在毕竟有了新的职务。4月18日，他正式就任西南太平洋战区最高司令。
在麦克阿瑟接受新任命期间，他的遥远的巴丹守军正面临着最后的灾难。
1942年4月3日，恰逢耶稣受难日，它实际上也成了巴丹守兵们的受难日。这天晚上，已经得到加强的日军在飞机、大炮的狂轰滥炸之后，开始向马里韦莱斯防线大举进攻。
至4月初，日军方面向巴丹增派的兵力有：第4师全部，第5、第18、第21师各1个团，重炮兵1个团又1个连，山炮1个团，飞行第60、第62战队，且两个飞行战队均装备重型轰炸机。其中，日军大本营派遣的炮兵部队尤为强大。他们共有190门大炮，包括更大型的火炮如150毫米榴弹炮和罕见的96式240毫米榴弹炮，这种大炮只曾参加过巴丹半岛的战役。日军大本营命令本间雅晴的日本第14军在3月底前结束战事，因此日军准备进行最后的大规模进攻。
4月3日，日军发起总攻，主攻目标是马里伯莱斯山脉的巴丹山。3日早上9时至下午3时，守军的整条防线遭到100架日军飞机及300门大炮的猛烈轰击，使那里变成了燃烧的地狱。
在之后的3天，日军第65独立混成旅团及第4师团的先头部队全力进攻在左翼的菲律宾第2军，在防线的每一处，都有筋疲力尽的美菲守军被大批的日军坦克及步兵蹂躏的场面。
此时的巴丹守军几乎完全丧失了战斗力。长时间的饥饿使得他们十分憔悴，个个骨瘦如柴，有的甚至连举起枪的力气都没有了。在日军强大的攻势面前，他们一触即溃，纷纷弃阵而逃。巴丹东半部防线出现了4～5公里长的大缺口，帕克将军虽派出预备队，企图堵住缺口，但是根本无济于事。到4日下午，太阳旗在巴丹山山顶升起，这预示着巴丹半岛即将守不住了。
第二道防线的右翼的全线崩溃，使守军不得不连连后撤。本间雅晴趁机扩大战果，调整兵力，开始向巴丹防线左翼展开攻击。
根据之前两次的进攻经验，本间雅晴将军已预计最后之总攻击需一个星期就能攻破守军防线，然后要一个月扫荡残余敌军。他在4月6日要求部队到达守军反攻的正面，日军的进攻则集中在中路，剌入菲律宾第21师第22及第23团的侧翼。
此时，远在澳大利亚的麦克阿瑟向温赖特发出了这样的一份电报：“在任何情况下都不许投降，如果食物和弹药不足，就向日军发动一次进攻，夺取敌人的补给以扭转局面。”
虽然守军已经不可能发动这样的进攻了，但温赖特还是服从了这一命令，要求前线指挥官爱德华·金少将立即发动反攻。金少将此时面对的是无情的现实：他的战线已被分割，部队正在溃散，根本没有赖以反攻的兵力和阵地，第2军已经崩溃了，第1军也快支持不住了。
4月8日下午，金少将发出了绝望的信号：“我们再也没有办法进行有组织的抵抗了。”黄昏时分，金少将的前线司令部被日军炮火摧毁，他意识到最后的时刻马上就要到来了。午夜，他把参谋人员召集在一起，告诉他们抵抗已经没有希望了，为了挽救更多人的生命，他命令第二天早上6点挂起白旗。他没有把这一决定通知温赖特，因为他不想让温赖特承担责任。
4月9日晨，整个巴丹防线一片沉寂，阵地上到处飘起白色的投降旗。上午9点，金少将乘坐吉普车来到达拉瓦奥日军司令部，把手枪放在桌子上。金少感受到了前所未有耻辱，他的投降代表了7.5万的丹巴守军，这是美军历史上缴械投降的一支最为庞大的部队。
巴丹最终投降是麦克阿瑟早已预料到的，但这一天真的到来时，他还是感到震惊，他十分气愤但也十分沮丧。他强打起精神举行了一次记者招待会，对他的巴丹守军给予了高度评价：
“巴丹部队按照自己的愿望参加了战斗，只要还有一线希望，它就会战斗到底。没有哪一支部队在力量如此弱小的情况下作出如此巨大的贡献，它在最后时刻所经受的考验和苦难比谁都多。”
对于投降的部队来说，考验和苦难还仅仅是个开始。在协商投降事宜过程中，金少将要求日方停止无谓的流血，优待放下武器的将士，按照国际法对待战俘。但是后来所发生的血淋淋的事实，让世界再次看清了日本侵略者伪善的嘴脸。
7.5万名饥病交加、筋疲力尽的俘虏兵，在烈日的暴晒和日军刺刀的威逼下开始在巴丹的丛林中长途跋涉，前往100余公里外的圣费尔南多战俘营。一路上，他们很少甚至根本得不到食物，掉队的俘虏还要受到毒打。有的坚持不住倒地而毙，有的奄奄一息便被弃之路旁或被活活埋掉，还有的被兽性大发的日本兵用刺刀活活挑死。这就是以虐待俘虏、杀戳战俘而著称的“巴丹死亡行军”，共夺去了7000多名战俘的性命，在历史上写下了悲惨的一页。
巴丹守军投降后4个星期，科雷希多岛的末日也来临了。这4个星期成了极为恐怖的日子，因为日军在攻占巴丹后，得以集中全部力量对付科雷希多岛。日军的飞机、大炮把更多的炸弹集中投射到这个只有1700英亩的小岛上，这对坚守在海滩防御工事后面的官兵们来说，犹如处在靶心一样胆战心惊。
猛烈的炮击首先在4月29日夜晚开始了，铺天盖地的炮弹迎面而来，暴露在海滩阵地上的美菲军官兵死伤无数，唯一能够躲避的地方就是马林塔隧道。于是隧道里挤满了人，里面充满了绝望的气氛，士兵们惊慌失措。
5月3日，岛上淡水供应出现危机，温赖特向远在澳大利亚的麦克阿瑟告急：“这里的局势已近绝望。敌人随时可能发起最后的总攻击。”
5日晚至6日，日军第61步兵团的两个营在岛上东北登陆，虽然1.5万名美菲军依托坑道工事抗击，组织敢死队展开白刃战。但日军在坦克及炮火支援下很快就夺取了炮兵阵地并建立了滩头阵地。
6日黎明时分，威廉斯少校带领一队人马凭着一股以死相拼的勇气，成功地对占领炮兵阵地的日军发动了一次反击，但在坦克大炮的轰击下，他所建立的临时防线很快就被摧垮了。日军正在一步步向马林塔隧道进逼。
马林塔隧道到处都挤满了人的场面浮现在温赖特脑子里，他担心一旦日军攻入隧道，躲在里面的几千名伤员将面临一场屠杀。于是他给罗斯福总统发电报，说他将“怀着一颗破碎的心，因为悲伤而不是羞愧而低下头。”然后，他命令前沿指挥官把“美菲军将在6日中午12时停火”这一决定告诉日本人。
5月7日，温赖特被带到马尼拉。最初，他拒绝在“要求驻菲律宾所有美军停止抵抗”的投降书上签字，但是本间雅晴威胁温赖特说，如不照办，日军就要在科雷希多岛上继续进攻。他在迫不得已的情况下，为了避免不必要的牺牲，温赖特抑制住自己的感情，忍受着耻辱在投降书上签了字。随后，他哽咽着向菲律宾全国广播了投降书，命令所有美菲军队遵守投降条件，停止抵抗。科雷希多岛的1.5万美菲军从此成了日军的俘虏，日军占领了该岛。
麦克阿瑟在澳大利亚听到温赖特命令菲律宾全国投降的消息后，犹如当头一棒，气愤致极。他致电马歇尔：“我相信温赖特不过是一时神经错乱，他的处境使他易受敌人的利用。”随后，他广播了撤销投降的命令，要求坚守菲律宾南部的部队不惜一切代价继续战斗，开展游击运动，并电告在棉兰老的夏普将军：“温赖特将军发布的命令无效。”
但是没有等几天，日军令温赖特的一位助手飞抵该岛，敦促他们停火，否则就屠杀被关押的战俘。在这种情况下，夏普只好把麦克阿瑟的命令拋到脑后，下令部队投降。对这一结局，麦克阿瑟在愤怒之后也只能无可奈何的接受了。
10日，驻棉兰老岛和北吕宋山区的美军投降。18日，驻班乃岛美军停止抵抗。至此，日军控制菲律宾全境。
战败后盟军的生还者开始了3年半的艰辛生活，这其中就包括残暴的“巴丹死亡行军”及令人痛苦的日军战俘营。
日军把盟军战俘运到日本作为在工厂及矿场的苦工，数千名战俘在日军监视下被关进这些船只，他们缺乏食物、水及足够流通空气，日军没有在船的甲板上标明装载战俘，其中一些被美军飞机击沉，事实说明日军这样对待战俘如同纳粹对待犹太人一样。
美菲军在巴丹及科雷希多岛的预定防线上的抵抗坚持了6个月之久，而同时英国在其殖民地香港、马来亚及新加坡则已经崩溃。每年4月9日，美军及菲律宾军士兵均会庆祝“英勇日”或“勇士节”，以纪念这段历史。
此役，是第二次世界大战中日本陆军协同海军占领广阔群岛的第一个大规模战役。日军死伤约1.4万人，损失飞机80余架、舰船4艘。日军击毁美菲军飞机250余架、各型作战舰艇8艘、商船26艘（美军资料为驱逐舰1艘、潜艇2艘、其他舰船2艘）。
日军先发制人，实施航空火力突击，夺取制海制空权；陆海军协同作战，多点登陆，迅速夺取敌基地和机场；航空兵迅速前移，配合陆军地面行动；以及陆军先北后南、南北夹击的岛屿进攻行动等，为达成战役目的提供了保证。菲律宾的丧失使美军在太平洋的战略态势急剧恶化。
此次战役表明，夺取制空权和制海权对于登陆兵上陆成功和陆军在岛上的后续行动起着决定性作用。它的重要特点就是登陆兵连续上陆：先是小部队登陆，占领某些设有基地或机场的地域，而后是主力在转移到这些基地或机场来的航空兵支援下登陆，占领整个岛屿。登陆兵几乎同时在吕宋岛的几个地方和群岛的其他一些岛屿上展开行动，并从各个方向实施进攻，迫使守军分散其兵力。美、菲军队未能在各主要方向上阻遏敌人迅速推进。
菲律宾失陷，使美军司令部不得不采取紧急措施：在澳大利亚建立大型军事基地，加强太平洋西南群岛屿、夏威夷群岛和阿拉斯加的基地防务。日军占领菲律宾群岛后，控制了日本本土到南洋之间的海上交通线，取得了进攻荷属东印度的跳板和基地。
1月初，美国的亚洲舰队调往爪哇，以便参加荷属印度诸岛的防御。