南方军直属的川口支队（以第18师团步兵第35旅团长川口清健少将指挥的步兵第124联队为基干）于1941年12月16日占领了婆罗洲北部的米里和诗里亚，同月25日占领了古晋。这次攻占婆罗洲北部要地，除取得基地外，还有确保当地资源的目的。随后，川口支队于1942年3月被调转到菲律宾。为了迅速在婆罗洲实行军事管制，1942年4月，日军在婆罗洲编成了守备军司令部，并将其编入南方军的战斗序列。军司令官由前田利为中将担任，以独立混成第4联队为骨干的部队被编入其隶属之下。
1941年12月20日，第16军的坂口支队同第14军的三浦支队一起，占领了棉兰老岛的达沃，又于25日占领了和乐岛。
日军第38师主力直扑苏门答腊岛的巨港。这里是东南亚陆上石油储量最大的地区。1942年2月14日，日军伞兵第1旅500多人在巨港伞降着陆。与此同时，日军地面部队主力约1万人在巨港登陆，陆空配合于15日占领巨港，守军炸毁部分炼油设备后撤至爪哇。
这样，第一阶段态势的整备工作便在马来、英属婆罗洲、和乐岛、棉兰老岛、帛琉群岛一线作好了。第16军为攻占爪哇本土所进行的前哨战就在这样的态势下开始了。
当时担任攻占爪哇的第16军主力正逐渐在金兰湾和马尼拉附近集中，随后前往和乐岛附近集结，堪称先遣队的前方基地的攻夺部队，从1月初以来已逐渐开始作战。
1942年1月20日，日本派出了一支强大的舰队由婆罗州与西里伯斯岛的望加锡海峡全速南下，其中运输舰、货轮共22艘，由巡洋舰、驱逐舰护航。此刻舰队把巴厘巴板这块南有油北有煤矿的重要港口作为攻占目标。
1月21日，盟军接到电令后，立即派飞机沿婆罗洲海岸巡逻。23日，南下的日军在途中遭到盟军陆军航空队轰炸机的攻击，货轮“南阿丸”被炸沉。当晚，日舰在巴厘巴板附近下锚。哈特上将感到形势严峻，急忙命令他的副手威廉·格拉斯福德少将率领6艘美国军舰火速北上，狙击日军舰队。
在急速行驶中，由于黑暗中的望加锡海峡能见度太差，新式装甲巡洋舰“博伊西”号不幸触礁，舰体底部被划开一条38米长的大裂口，必须脱离战斗编队。格拉斯福德乘坐的“马波亥德”号巡洋舰的发动机出现严重故障。
格拉斯福德派遣剩下的4艘驱逐舰“福特”号、“波普”号、“帕罗特”号、“保罗·琼斯”号继续北上，他们以每小时27海里的速度，绕过苏拉威西曼达尔角驶向敌舰队锚地。4艘驱逐舰上的官兵士气高昂，斗志旺盛，准备勇敢地投入战斗。夜晚11时，各舰进入战斗准备状态。
接近午夜时分，四周漆黑一片，忽然旗舰左舷前方出现亮光。望哨报告说，发光处是一艘巨型舰只在焚烧，熊熊的火焰在漆黑的夜幕里显得特别明显，海风送来阵阵焚烧的汽油的气味，原来那是早上被荷兰轰炸机击毁的日本“南阿丸”号油船。
舰队远远绕过还在燃烧的日本油轮继续前进。24日凌晨2时许，远方透出微微的闪光，海风又送来阵阵汽油味，航程员报告“前方就是巴厘巴板”，全体舰员立即警觉起来。黑暗掩护了美军舰队，也蒙蔽了日舰。
★巴厘巴板海面夜袭战
凌晨3时，黑暗中一队庞大的日本驱逐舰队破浪迎面而来，与盟军舰队擦肩而过。由于速度太快，距离又近，美军驱逐舰无法发射鱼雷，没有发起攻击，而此时日本人也丝毫没有察觉盟军已经兵临城下。又过不大一会儿，行驶在最前面的“福特”号望哨高声呼喊着报告：“四周全是日本舰船！”只见1艘巡逻艇在前带队，12艘运输船在后，慢吞吞地驶出巴厘巴板海湾南下。塔尔博特见此情形喜出望外，他当机立断发布命令：“向敌舰攻击。”4艘驱逐舰开足马力，向日本护航舰队冲过去，在距离几百米时，迅速发射鱼雷。
这时巴厘巴板地区的油井仍旧在燃烧，蔓延的火光把整个天空照得透亮，把日本舰队的船只轮廓映的清清楚楚，给美国舰队的攻击制造了极大的方便。随着美舰的一颗鱼雷的发射，一艘日舰当即中弹爆炸，浓烟烈火腾空而起。这边冲天的爆炸巨浪还没有落下，另一艘日军运输船又遭同样的命运。无数的鱼雷在海面上穿梭，航迹在火光映衬的海面上依稀可见。日舰顿时乱作一团，爆炸声此起彼伏，震耳欲聋。被击中爆炸的日军舰船迅即燃烧，引起冲天大火，照亮了夜幕和烟云笼罩的巴厘巴板海面。
日舰晕头转向，不知所措。由于上半夜时荷兰K－18号潜艇对停泊该处的运兵船“贺丸”实施鱼雷攻击，把担任护航的西村祥治海军少将的驱逐舰都吸引过去了。此刻日本人以为遭到了空中袭击，那些动作快的日舰开始向空中发射防空炮火。只见探照灯强大的光柱直刺夜空，在空中扫来扫去，岸基高炮也盲目地向夜空射击。美军舰队纵横驰骋，就如同冲进了无人之地一样。
当塔尔博特的48枚鱼雷全部发射完毕，他下令进行炮击。这时日本人才恍然大悟，明白自己遭到的是海上袭击而不是空袭，而且西村祥治海军少将的驱逐舰也返回来向美舰还击。
“5艘日军舰船炸裂开来，在熊熊火焰中逐渐下沉，闪光中可以看到日本兵纷纷离舰，海面上到处都是救生艇和慌乱着逃命的人。”有人这样回忆道。
凌晨4时左右，塔尔博特下令脱离接触，退出战斗，南返泗水港。美军舰队击沉日军4艘运输舰，击伤多艘，还击中一艘P－37巡逻舰。美军的此次战斗可谓是顺利无比，战果辉煌。
巴厘巴板海面夜袭战，曾有人作如此评价：“自从美国海军1898年杜威将军驶入马尼拉湾击溃西班牙舰队以来，在远东海面上第一次作战。”尼米兹上将后来对此役评价到：“在整个荷属东印度群岛作战期间，这次夜袭是盟军部队唯一一次取得了胜利的海上作战。
盟军虽然在巴厘巴板海上突击战中取得胜利，但毕竟对日军只是一场小规模的打击，此次作战并没阻止日军南下的步伐。
担任攻占爪哇的第16军主力首先在金兰湾和马尼拉附近集中。随后前往和乐岛附近集结。堪称先遣队的前方基地的攻夺部队，从1月初以来已逐渐开始作战。作战大致情况如下：
1月11日，坂口支队作战于打拉根；
1月24日，坂口支队作战于巴厘巴板；
1月31日，东方支队作战于安汶岛；
2月10日，坂口支队作战于马辰；
2月15日，第38师团主力作战于巴邻旁；
2月19日，金村支队（以第48师团的步兵一个大队为基干）作战于巴厘岛；
2月20日，东方支队作战于帝汶岛；
上述各项作战，其大部分都是由陆海军部队紧密配合进行的，只有马辰一地是陆军单独攻占的。此外，海军于1月11日占领了万雅老，又于22日占领了肯达里。
到1月底，盟国防守爪哇岛的北部屏障不复存在，日军在该地区获得了许多空军基地，为下一阶段爪哇作战提供了制空权。
在日军进攻爪哇外围岛屿的过程中，美英荷澳四国的舰艇部队多是各自为战，没有集中使用。这样根本不可能给日本海军以有力的反击，扭转被动局面。日本马来方面的战况取得了显著的进展，正在该方面作战的第3飞行集团，从1941年12月28日到次年2月13日，对苏门答腊地区的机场进行了5次攻击，取得了击毁敌机105架的战果。在此期间，1月31日在双溪大年，第1挺进团（团长久米精一大佐）也被纳入该集团指挥之下，继续致力于训练奇袭攻击巨港的部队和搜集情报等工作。
1942年2月2日，美英荷澳联合海军司令部在泗水举行会议，并作出了一个重要决定：第二天组织一支突击舰队。实际上，关于组建这支突击舰队的会谈早在1月下旬已开始，目的是为更好地打击在望加锡海峡的日军舰艇。会议决定将四国的军舰集中起来，合编为一支海上突击编队。起初只编入美国2艘巡洋舰（“休斯敦”、“马波亥德”号）、4艘驱逐舰，以及荷兰2艘巡洋舰（“德鲁伊特尔”、“特罗姆普”号）、3艘驱逐舰，后来又把英、澳两国的军舰也编入其中，准备随时出海迎击来袭的日军。
编队由荷兰海军少将卡雷尔·多尔曼统一指挥。多尔曼1889年4月23日生于荷兰乌得勒支城，17岁进入登赫尔德的荷兰皇家海军学院学习，1910年8月毕业后成为军官，1938年8月17日到1940年5月16日，在东印度任荷兰海军航空兵指挥官，后晋升海军少将并任东方荷兰空军中队指挥官。他是一个具有航空头脑的人。
当哈特海军上将得知日军正在巴厘巴板附近增援，企图突破望加锡海峡进击爪哇时，立即命令多尔曼海军少将率领泗水港内所有舰只，再次北上攻击巴厘巴板的日军船舰。当时这里还集结着从菲律宾和马来方面逃来的同盟军海军舰艇，其兵力还是有相当战斗力的，可是日本海军已经像刹不住闸不住的车一样几乎没有对这股敌人进行研究作战，他们所想的只有进攻。
2月3日至5日，日军攻击了爪哇地区盟军的空军和海军。3日，盟军被击毁飞机84架，4日，日军在苏腊巴亚东方海面攻击了由7艘巡洋舰、5艘驱逐舰组成的敌联合海军舰队。5日，盟军被击毁飞机16架。
2月3日，日本派出了70余架轰炸机，他们首先对盟军在爪哇的主要海军基地泗水进行了大规模空袭。这是在此战区内，日本空中部队进行的最猛烈的一次空袭。泗水港损失惨重，更为不妙的是，附近的荷兰战斗机被炸得支离破碎，致使依靠岸基飞机掩护海军舰队的计划成为泡影。4日晨，接到日军部队再度在巴厘巴板集结的报告后，多尔曼率领海上突击编队从泗水港出航，准备北上袭击巴厘巴板的日本舰船。当天天气晴朗，水面平静，日军侦察机很快就发现了高速北上的盟军舰队，突击舰队在甘尼安附近遭到9架在12000英尺高空的日本轰炸机的轰炸。日机首先向目标显著的“休斯敦”号重巡洋舰和“马波亥德”号轻型巡洋舰冲来。盟军舰队无战斗机掩护，处境十分险恶，被迫一边分散闪避，一边对空射击。“休斯敦”号发出的猛烈炮火，虽然击中了一架向其俯冲的日机，但却招致了马蜂般日机的集中攻击。中午时分，一枚1000磅重的炸弹命中“休斯敦”号，将其后炮塔炸毁，50余名舰员当场毙命，舰面燃起了熊熊大火。这时“马波亥德”号也处境危险，它极力向西向北转舵，闪避一枚又一枚凌空而下的炸弹，但不幸于13时左右被一枚炸弹击中舰尾，炸坏了驾驶装置，引起了火灾。不久，“马波亥德”号又连中数弹，大量海水涌入舰内，处境十分危险。
多尔曼见战况不利，急令撤退，两艘受伤的巡洋舰在驱逐舰掩护下，穿过海峡驶往爪哇岛南部的芝拉扎军港。之后，“马波亥德”号返回美国修理。经此一战，日军得以派大量的舰只开至苏拉威西岛的望加锡，虎视爪哇岛。日军依靠陆基飞机掌握了爪哇海的制空权，扩张更是畅通无阻，盟国舰队处境不妙。
日军按预定计划开始对爪哇岛西边的苏门答腊岛开始发动进攻，目标就是该岛上的重要石油资源地区——巨港。为了确保在守军破坏炼油设备之前占领巨港，日军决定实施奇袭。
盟军只剩苏门答腊东岸的巨港这唯一油田，盟军采取一切措施加快石油的生产和用各种手段防止日军占领该地区。可爪哇战区西线还是传来了不好的消息：日军已在苏门答腊岛登陆。多尔曼少将闻讯立即率领“德鲁伊特尔”号、“特罗姆普”号等5艘巡洋舰和10艘驱逐舰向西远征，前往支援苏门答腊东部的大油港巨港。
2月13日夜晚，盟军舰队驶抵邦加岛海域。据报该地区有轻型舰只护航的日运输舰14艘，多尔曼少将下令搜索海面，但没有发现日舰踪影。翌日清晨，正在搜索日舰的多尔曼舰队突然遭到一大批日机的袭击，盟国军舰被迫应战。经过3个小时的海空激战，盟军舰队受到损失。多尔曼连忙率舰返航。不想在途中，盟军舰队又遭日机轰炸。2月15日，多尔曼舰队驶抵雅加达港。多尔曼舰队数次惨遭空袭，元气大伤。
这个时候，东印度群岛的局势正在急剧变化。2月15日，新加坡失陷，第二天，日军就占领了巨港附近的重要油田，这使日本控制了荷属东印度一半的石油储备。日军立刻向明达鲁和直落勿洞推进。
此时，托马斯·哈特将四国联合海军司令部的指挥权交给荷兰海军中将赫尔弗里希，并指定美国海军少将威廉·格拉斯福德为东南亚美国海军的负责人，自己返回了美国。
新加坡失守后，韦维尔不得不向盟军参谋长联席会议报告，如果没有大批增援部队，就很难守住马来屏障。2月21日，韦维尔将军接到回音，大意是“驻各岛的所有战斗部队必须竭尽全力坚守爪哇。”正在途中的海军和空军可以直接前往其指定目的地，但陆军的增援部队必须改道前进。
不久，盟军得到报告：日军正在靠近爪哇岛的巴厘岛登陆！这使盟国海军首脑们大为震惊。因为巴厘岛和爪哇岛相距很近，一旦巴厘失守，对爪哇威胁极大。盟海军立即商量对策，决定倾全力阻止日军占领巴厘岛的企图，主张趁日舰立足未稳，用重兵给予毁灭性的打击。多尔曼率西征的舰队刚刚返回，他也极力主张趁日军运输舰船立足未稳，用重兵给日军以毁灭性打击，夺回巴厘岛，粉碎日军对爪哇岛的钳形攻势。此时，盟军的舰船虽然在数量上占优势，但因分别驻泊于泗水和芝拉扎等地，只好分三批相继实施攻击。
29日黄昏时分，多尔曼少将率舰队从芝拉扎出发，对日军登陆舰船实施首次攻击。多尔曼决定采用的战术是：由巡洋舰做前锋，惊扰日舰，使其先开火，等日舰暴露自身位置，便由驱逐舰“皮德·海英”、“福特”、“波普”号趁机进行鱼雷攻击，此时日军登陆舰队只有两艘驱逐舰护航。当多尔曼舰队开足马力驶入狭窄的龙目海峡时，不幸被日舰发现。日舰突然打开探照灯，炮弹随之像雨点似地向盟国军舰射来，日舰发射的鱼雷在黑黝黝的海面上飞窜。
盟国军舰“爪哇”号首先被击中，“皮德·海英”号随即也遭到了两艘日本巡洋舰的凶猛炮击，转眼之间，随着大火的肆虐消失在洋面上。只剩“福特”号以30节高速向前猛冲，并向日舰发射了鱼雷。对方船只方向传来一声巨响，一艘日运输舰在刹那间燃起了火焰。这时日舰已经完全警觉，排好阵势挡在了多尔曼舰队前方，多尔曼舰队已经无法冲过龙目海峡。晚11点，多尔曼被迫撤离战场折返芝拉扎，第一此攻击以失败告终。
凌晨1时34分，巴厘海夜战又掀起高潮。盟军开始了第二波攻。