崇德元年以后，皇太极虽然举行了多次祭天地大典，但大多都不亲自参加，而是派大臣们代替自己前去祭祀，所以，这个新修的天坛和地坛就成了王公大臣们非常熟悉的地方。到了顺治元年清入关后，这个地坛也就人去坛空了，荒凉地矗立在盛京的一隅。到了乾隆四十三年，乾隆东巡祭祖的时候曾下旨修整地坛，此后，再没有皇帝对盛京地坛进行修葺。
盛京除了天坛、地坛外，雍正帝还曾在这里修建过社稷坛、风云雷雨山川坛、先农坛。社稷坛是皇帝祭祀五谷之神和土地的场所，雍正十一年修建，位于天佑门外西南角；风云雷雨山川坛在社稷坛的南边，也是在雍正十一年的时候修建的；先农坛是皇帝为了表示对农业的重视而修建的，盛京先农坛在德盛门外的东南角，是雍正五年修建的。
皇家寺院长宁寺
长宁寺在清初的时候叫御花园，因为这里地处沈阳的北郊，树木葱郁，环境优雅，所以努尔哈赤迁都沈阳后就在这里修建了御花园。到了皇太极时代，因为当时的痘症十分猖獗，但又没有有效的方法治疗，为了躲避痘症，皇太极一到夏天就带着后妃和阿哥们到御花园里来，既避暑又避痘。
清入关后，这里归留守的内务府管理，顺治十三年的时候，这座美丽的花园改为长宁寺。长宁寺因为是由御花园改建的，所以跟一般的寺庙有很大的不同，而它的地位也因为其特殊的地理位置和意义而与众不同。在盛京，长宁寺属于皇家庙宇，所以历代皇帝东巡都要到长宁寺礼佛，而正是由于长宁寺的地位的不同，寺院里僧侣的待遇也比一般寺院的要好很多。长宁寺的第一代大喇嘛德尔登，是正三品官位，还被授予“头等侍卫品级”，他的弟子也食四品官俸。而寺内的一切用度，也都是由内廷供应的。
每年农历四月初一，长宁寺都要大摆筵席，宴请本城的显贵们。每年农历六月，长宁寺还要把存放在这里的皇太极的衣物寝具拿出来晾晒，俗称“晒龙衣”。农历七月十五日是鬼节，盛京城内的各庙喇嘛都要齐聚长宁寺念经拜佛，同时举行庙会。
长宁寺还有一项民俗活动，就是“跳墙”。在沈阳民间，谁家生下孩子后，不论男女都要在脑后留一缕头发不剃掉，据说这样可以避邪。等孩子长到六七岁的时候，家长便把孩子带到长宁寺，送上香火钱，请专职的剃头喇嘛剃头。
长宁寺的建筑
长宁寺因为是皇家寺庙的关系，所以建筑及装饰都比较金碧辉煌。长宁寺坐北朝南，山门三楹。三门到正殿的甬路上铺有小石子，甬路的东侧有康熙二十六年时立的碑，碑文用满、蒙、汉三种文字刻成。寺内共有建筑四十七间，主要建筑有大殿二楹，东西配殿各三楹。正殿正中悬挂乾隆御书的“一心为宗”匾额。正殿西侧设有客房一间，供香客或游人暂住。两配殿各有碑亭一座，西配殿悬挂高约1．7米的大钟一口。主体院落的西侧还有一个驸属院落，内有晾经楼五楹、禅房僧房三十间。
寺内正殿和两配殿内供奉的佛像众多，有长寿佛、八大菩萨、绿度母、释迦牟尼等，这些佛像都是铜鎏金的。在正殿的正中供奉的是观世音，像前有乾隆三十年铭文的铁香炉一座，还有铜质小喇嘛八座。
此外殿内还供有皇太极生前使用过的宝座、蟒缎枕头、靠背、筒幡、皇冠、龙袍以及弓箭等贵重物品。
在殿内供奉的除了佛像外，东配殿还藏有大藏经一百零八部、宝积经三部以及蒙古高僧德尔登大喇嘛归顺时带来的金塔、经文等，还有皇太极生前御览过的史书十几部。
皇帝东巡祭祖的行宫
顺治元年，清入关后，皇帝及皇室成员等政治中心、国家机构都迁往了北京的紫禁城，沈阳故宫成了名副其实的空宫，但盛京故宫并没有因为皇帝不在这里居住而成为一个废宫，相反，历代皇帝都不停地对这里进行修缮，并且因为历代皇帝东巡祭祖的时候要在这里居住，所以这里的建筑还增加了很多，而各种文物等也都受到了很好的保护。
沈阳故宫是努尔哈赤后期和皇太极时期的宫殿，一般人都会以为这里只有努尔哈赤和皇太极居住过，其实，清入关后的好多皇帝都曾来这里祭祖并短时期地居住过，在清代的十二位皇帝中，除了清末的咸丰、同治、光绪、宣统四位皇帝因为国家的内忧外患没有心思来这里祭祖外，其他的皇帝几乎都来过盛京祭祖。
顺治皇帝虽然在有生之年没有到盛京祭祖，但他是在这里出生成长的。康熙皇帝曾于康熙十年、二十一年、三十七年三次东巡祭祖，都在盛京故宫驻跸并举行典礼活动。
雍正皇帝之即位后虽然没有东巡祭祖，但他在做雍亲王的时候曾奉康熙之命到盛京代父祭祖。
乾隆皇帝于乾隆八年、十九年、四十三年、四十八年四次东巡祭祖，不仅在沈阳故宫内驻跸，还修缮和新建了很多建筑，沈阳故宫在乾隆朝时期可说是最兴盛的。
嘉庆皇帝在乾隆时期就曾随父东巡到过沈阳故宫，在他即位后又于嘉庆十年、二十三年两次东巡祭祖，都在故宫内驻跸。
道光皇帝在嘉庆朝时期也曾随父东巡祭祖，即位后又于道光九年东巡祭祖，也在故宫内驻跸。
岌岌可危的皇宫重地
从康熙、乾隆等朝以后，还有几代皇帝都效仿祖先到盛京祭祖，但到了鸦片战争以后，因为当时的朝廷可谓是内忧外患，所以以后的几代皇帝不仅没有到盛京祭祖，就连盛京故宫的维护也都力不从心了。
光绪二十六年，义和团运动期间，沙皇俄国以保护铁路和教堂为借口，派兵强行进入我国东北地区，将盛京故宫控制在自己的手里，并占据了长达三年的时间，当初成就清王朝的盛京故宫成了沙皇俄军的练兵场，故宫内的宝物也受到了很大程度的损坏。
1905年，一名以随军记者为名的日本人进入沈阳故宫，将宫中秘藏的《汉文旧档》、《蒙古源流》等珍贵文献带走。1912年，他又一次进入沈阳故宫，将记载清入关前历史的《满文老档》拍成四千多张照片带回了日本。
大清王朝的最后一个皇帝宣布逊位后，沈阳故宫和北京故宫内廷的一部分一样，归逊位的溥仪小朝廷管理。1914年到1915年间，当时的奉天督军段芝贵为了讨好袁世凯，把沈阳故宫内所藏的清宫的一些贵重文物，包括瓷器、玉器、兵器、服饰、书画、家具等共计十万多件连同文溯阁内的《四库全书》一起运往北京的“古物陈列所”，这一举动导致这座辉煌的皇家宫殿几乎成了一座空城。
除了藏在沈阳故宫内的文物外，沈阳故宫的建筑也在这个时期遭到了不同程度的破坏。1924年，大政殿被东北无线电收发报台占用，室内全被电线和设备占据，一些珍贵的建筑都被破坏。中路的一些主要建筑都被军队用作兵营，室内的精美装饰也都被破坏殆尽。此外，还有一些建筑由于年久失修早已破败不堪。就在清王朝灭亡的短短二十多年的时间里，这座昔日曾经辉煌无比的皇宫就成了明日黄花，无人问津了。
从皇宫到博物馆的转变
1925年，冯玉祥在北京发动北京政变，逊帝溥仪被彻底赶出了紫禁城，从此后，紫禁城再也不是皇家的城堡了。这年的10月10日，民国政府把北京故宫内廷部分变成了故宫博物院，这为沈阳故宫的出路提供了一个很好的借鉴作用。1926年，奉天地方当局正式在沈阳故宫设立“东三省博物馆筹备处”，开始正式的筹备工作。
当时属于博物馆的仅有大清门到清宁宫一线的十几座宫殿，大政殿、文溯阁所在的东西两路和中路的东西所、太庙等建筑都不属于博物馆的管辖范围。在对管辖范围内的建筑进行了一些整修后，1929年4月，东三省博物馆正式对公众开放，经历了清朝从兴起到衰落的沈阳故宫开始了它新的历史路程。
博物馆开馆之初，共有崇政殿、清宁宫、关雎宫、麟趾宫、衍庆宫、永福宫六处陈列室，展出的清宫遗物共有100多件（套）。
1932年4月，伪满奉天省政府将东三省博物馆改名为“奉天故宫博物馆”，6月重新对外开放。到1936年4月，又将博物馆关闭，部分文物被转移到“国立博物馆奉天分馆”。1937年，伪满当局还将沈阳故宫所藏内府书籍和《清实录》、《满文老档》等珍贵档案分别划归“国立图书馆奉天分馆”以及“旧记整理处”，至此，盛京故宫内的文物被一次又一次地分割。
1945年东北光复后，沈阳故宫成为“辽宁省立民众教育馆”，1947年1月，国民政府教育部决定成立“国立沈阳博物院”，地址就在沈阳故宫。此后博物院的筹备工作一度停止一直到沈阳解放。
新中国的成立，给沈阳故宫带来了新生，1949年3月，人民政府成立了“沈阳故宫陈列所”，正式开始把沈阳故宫作为一个博物馆来看待。1955年，命名为沈阳故宫博物馆，1986年8月5日，定名沈阳故宫博物院。