对艾森豪威尔来说，1958年真是多事之秋。此时，与艾森豪威尔共事多年的国务卿杜勒斯已经70岁了，身体状况每况愈下。因为癌症，他做过手术。尽管手术做得很成功，但他觉得自己无法再胜任工作，私下里向艾森豪威尔提交过辞呈。但是艾森豪威尔珍惜与杜勒斯共事的机会和友谊，而且也没有找到合适的人来接替他的工作，所以没有接受杜勒斯的辞呈。他一再向杜勒斯表示，希望他可以坚持到自己任期满。盛情难却，最终杜勒斯答应了总统的要求。然而，疾病是无法由人控制的，癌症并没有因为杜勒斯的事情没有做完和总统的盛情而停止侵蚀他的身体。不久以后，杜勒斯因病情恶化再次住进了医院。此时，他的癌细胞已经扩散，医生们放弃了手术治疗，开始对他进行化疗。
杜勒斯在住院期间，仍然坚持处理各种事务。他一直支持艾森豪威尔的工作，直到1959年4月。艾森豪威尔经常去医院看望他，抽不出空去的时候？也会打电话问候。就是利用这点探病问候的时间，杜勒斯也总会和艾森豪威尔谈论军备竞赛、禁止核试验等问题。
除了杜勒斯的病令艾森豪威尔难过外，此时更令他难过的是民主党人对杜勒斯的中伤。民主党人抓住杜勒斯的病情，要求他辞职，并大力中伤他的政策。艾森豪威尔愤怒地说：“杜勒斯觉得还能工作时，他就要在位。只要他说不能再尽力工作时，他就会离职的。”此外，他还痛斥民主党，说他们做的都是卑鄙龌龊之事。
在一次去医院探望杜勒斯的时候，艾森豪威尔难过地对杜勒斯说：“要是我当初接受你的辞呈，也许就不会有今天的局面了。”杜勒斯安慰道：“您不要太难过，是时候了。我很遗憾，无法履行对您的承诺，但是我必须考虑美国的将来。”在这次谈话中，杜勒斯再次向艾森豪威尔提出辞职，并推荐内赫脱接任国务卿，他认为目前只有内赫脱是最佳人选。此时，杜勒斯的病情进一步恶化，而且身体已极度虚弱，他已经无法再回到工作岗位了。
艾森豪威尔终究无法拗过疾病，他不得不同意杜勒斯辞职，并接受了他的建议。官员们纷纷猜测：杜勒斯的国务卿生涯真的要结束了，总统到底会让谁来接替他呢，会是我吗？在众人的期盼中，谜底揭晓。1959年4月18日，艾森豪威尔下令任命内赫脱接任国务卿。在一次记者招待会上，艾森豪威尔还高度评价了杜勒斯的才干，肯定了他的工作成就。
5月24日，在医院，约翰·福斯特·杜勒斯的心跳停止了。5月27日，悲伤的艾森豪威尔参加了杜勒斯的葬礼。杜勒斯的离去对美国来说，失去了一位优秀的国务卿；对艾森豪威尔而言，失去了一位忠实的不知疲倦工作的伙伴。虽然除了工作以外，杜勒斯和艾森豪威尔并没有太多的交流，但他了解艾森豪威尔，在他眼里，艾森豪威尔是美国最伟大的总统之一。虽然杜勒斯古板、傲慢，还常常与自己意见不一致，但艾森豪威尔非常欣赏他的才干。杜勒斯知识渊博，无论遇到什么问题，艾森豪威尔都会向他咨询。在他那里，艾森豪威尔从来不用担心得不到建议。
69岁的艾森豪威尔体弱多病、精力不济，觉得压力越来越大。他的身体和精神状况令家人非常担心，为了给他更多的关心和照顾，儿媳巴巴拉带着孩子们和他一起生活。虽然不住在白宫，但他们可以经常见面。家庭的支持和儿孙们带来的乐趣，给艾森豪威尔带来了新的力量。艾森豪威尔充满信心，乐观地迎接他第二任总统的最后一年。
告别白宫
60年代开始以后，美国对共产主义的敌对情绪更加严重，冷战的气氛越来越浓。此时，美国国内的两党都把精力放在了下一届的选举上，在竞选宣传中，他们都高喊：加大力度打击共产主义。政治伙伴忙于总统竞选，没有人理会艾森豪威尔。为了给人们留下美好的印象，这一年艾森豪威尔决定继续进行某种“实际的裁军”。在他的总统任期内，这是最后的主要工作目标。1960年年初，他拟定了禁止核试验条约。
为了削减国防开支，艾森豪威尔在不停地奔波。尽管很多人攻击他忽视国家安全，但他并不在乎，依然为达成实际裁军而努力。他甚至还积极与苏联联系，与他们商讨核裁军的问题。1960年3月，苏联表示愿意停止一部分核试验。得知这一消息，艾森豪威尔既高兴又担忧。因为苏联提出的条件是美国也停止部分核试验，而艾森豪威尔怕苏联人搞鬼。其实，艾森豪威尔的担忧并不是多余的。当艾森豪威尔正忙于筹备裁军问题的多国首脑会议的时候，他钻进了苏联领导人赫鲁晓夫设计的圈套。
5月2日，艾森豪威尔从助手那里得知，美国的V—2侦察机深入苏联境内后下落不明。他的助手说：“据估计，飞机很可能是被苏联人击落的，而且飞行员已经死亡。”这事出在多国首脑会议前夕，这对会议是非常不利的。为了大局，艾森豪威尔希望赫鲁晓夫暂时不要声张此事。然而，赫鲁晓夫好像故意要和艾森豪威尔作对。5月5日，赫鲁晓夫发表讲话，他说：“在苏联，发现了一架侵犯苏联领空的美国间谍飞机。现在这架飞机已经被苏联打下来了。美国的这种行为是侵略性挑衅，其实美国一直在想办法阻碍、破坏多国首脑会议。”就这样，赫鲁晓夫利用V—2飞机事件让美国扮演了不仁不义的角色。同时，赫鲁晓夫把攻击的矛头指向了美国军方和五角大楼，他这样做正好迎合了美国的民主党人。因为美国面临大选，民主党人正好可以大肆攻击艾森豪威尔，指责他身为总统却不知道政府内发生的事情。
为了自己的名誉，艾森豪威尔完全可以说他不知道这件事情，甚至可以说美国的V—2飞机的活动完全是为了维系美国的安全。艾森豪威尔一心只在多国首脑会议上，所以他什么也没有说。尽管如此，赫鲁晓夫在此问题上还是不停地追击艾森豪威尔。艾森豪威尔被迫做出反应，他指示国家宇航局发表了一个声明：1956年以来，V—2飞机一直在执行美国国家宇航局研究高空气象状况的计划。5月1日，其中的一架飞机下落不明。最后一次和驾驶员联系，是在飞越土耳其上空的时候。那时，驾驶员说氧气不足。据分析，这架飞机很有可能偏离航线，进入了苏联领空。
美国国家宇航局发表声明后，赫鲁晓夫并不想就这样轻易放过艾森豪威尔，他公开了一张坠毁飞机的照片。赫鲁晓夫说：“这就是美国间谍飞机V—2的残骸，而且我们已经抓到了该机的飞行员。”其实，赫鲁晓夫公布的照片根本不是V—2飞机，也没有抓到飞行员，这全都是无稽之谈。赫鲁晓夫之所以这样做，是为了给艾森豪威尔和美国政府制造压力。因为一旦艾森豪威尔被卷人间谍活动的话，对他本人和美国都是非常危险的事情。
为了保护总统的声誉，焦急的国务卿内赫脱会见了国防部长和其他高级官员。他们一起商议之后，并没有得出切实可行的解决办法。后来，内赫脱在艾森豪威尔的授意下发表了一项声明：“在我国总统艾森豪威尔的授意下，我们一直在用正统和非正统的方式了解苏联的军事、工业的发展状况。但关于间谍和飞行侦察的事情，总统先生并不知道。V—2飞机只是一般性飞行，它是为了保护美国不受突然袭击。”和赫鲁晓夫的进攻相比，艾森豪威尔的反击没有一点儿力度。对此，国内对总统不满的声音越来越多。民主党就更不用说了，他们乘机对艾森豪威尔大加指责。
沮丧的艾森豪威尔不得不承认，V—2飞机事件使他掉进了赫鲁晓夫的陷阱。很快，报纸上就有了大篇幅关于美苏即将开战的报道，这使美国惊慌失措。赫鲁晓夫甚至还放出消息说，苏联正在审讯美国的那名飞行员。艾森豪威尔知道这肯定是无稽之谈，于是他借机说：“我根本不知道V—2飞行的事。”赫鲁晓夫之所以这样紧迫不舍地攻击艾森豪威尔和美国政府，是因为他知道美国绝对不会因此不参加多国首脑会议。
1960年5月14日，艾森豪威尔前往巴黎参加多国首脑会议。刚抵达巴黎，赫鲁晓夫就向艾森豪威尔发起挑战，他说：“因为美国V—2飞机侵犯苏联领空，艾森豪威尔必须公开向苏联道歉，并保证今后不再发生类似的事情。否则，苏联将不参加首脑会议。”
第二天，艾森豪威尔与英国首相共进早餐，他说：“在使用卫星之前，美国空军将不会再误人苏境。”艾森豪威尔与英国首相一致认为，有必要澄清这一点。于是，艾森豪威尔决定在会上先发言，表明美国的态度以及对裁军的立场。然而，戴高乐刚刚宣布开会，赫鲁晓夫就站起来要求发言。他猛烈地抨击艾森豪威尔的战争政策以及美国政府。他说得唾沫横飞，声音也越来越大。戴高乐忍不住对赫鲁晓夫的翻译说：“这间房子的音响效果很好了，主席完全没有必要提高嗓门。”听了翻译的话后，赫鲁晓夫狠狠地瞪了戴高乐一眼，压低声音继续发言。这次，他非常激动，他甚至指着头顶叫道：“有人从我的头顶飞过了。”当戴高乐打断他，告诉他也有人飞过他的头顶时，赫鲁晓夫说：“难道不是您的美国盟友吗？”
戴高乐回答：“不是的，是主席您。为了给我们留下深刻印象，您发射了一颗卫星。没有得到我的允许，它就在法国上空飞越了19次。它们难道就没有拍摄我们国家的相片吗？您打算如何取信于我？”
赫鲁晓夫说：“难道您以为我会做这种事情吗？我可以向上帝起誓，我的这双手是绝对干净的。”
戴高乐为艾森豪威尔解围，令他非常高兴。然而，戴高乐的话却气坏了赫鲁晓夫。
在最后的声明中，赫鲁晓夫说：“苏联不再欢迎艾森豪威尔。”
艾森豪威尔说：“你完全没有必要走这样的极端。”听了艾森豪威尔的话，赫鲁晓夫拂袖而去，会议就这样不欢而散。
原本艾森豪威尔来巴黎是希望讨论实质性的问题，然而会议却无果而终。多国首脑会议没有解决裁军问题，冷战和军备竞赛依然在继续。
早在1959年9月15日至28日，赫鲁晓夫访问美国的时候，他和美国总统艾森豪威尔就裁军、美苏关系等问题进行了一系列的讨论。赫鲁晓夫说：“苏美两国领导人能坐在一起会谈，这表明人类历史进入了新时期。”然而短短的几个月之后，赫鲁晓夫的态度就发生了如此大的转变，美苏关系趋于紧张，这令艾森豪威尔非常苦恼。
到1960年，美国的核武器库已经膨胀到令人惊骇的程度，库房存有6000多枚各式各样的核弹头。它的存在除了给敌人造成威慑、给世界安定带来威胁外，还给美国自身带来了不安全的隐患。裁军的希望彻底破灭了，艾森豪威尔消沉了许多。
除了裁军问题令艾森豪威尔苦恼外，古巴问题也时时困扰着他。古巴领导人卡斯特罗曾公开抨击美国，没收了美国在古巴的一些财产并大张旗鼓地进行着反美活动。为此，艾森豪威尔头痛不已。
1960年7月6日，艾森豪威尔签署了对古巴实行经济制裁的法案。同时，美国还扬言要对古巴采取军事行动。其实，美国所谓的军事行动只是虚张声势罢了。艾森豪威尔不想在南美问题上集中力量，因为即将成为共和党总统候选人的尼克松需要艾森豪威尔的支持。然而美国的行为却激怒了苏联，赫鲁晓夫威胁说：“为了使古巴免受军事进攻，我们要使用火箭来保护他们。”为了谴责苏联干涉美洲事务，美国召集美洲国家外交部长开了一次会议，号召所有美洲国家对抗卡斯特罗。然而，赫鲁晓夫并不甘心，他在刚果、古巴等国制造了一系列麻烦。这些事件使美苏关系受到影响，后来双方关系进一步恶化。
这一年，退休也是艾森豪威尔考虑的问题。他打算退休以后，在他的葛底斯堡农场安安静静地写回忆录。为了写作的需要，秘书怀特曼保存的私人信件、电话记录摘要、内阁会议记录等等，将首先送到葛底斯堡去。他的儿子约翰计划辞职担任文件保管员，帮助父亲写回忆录。
当艾森豪威尔把自己的写作计划告诉秘书怀特曼时，怀特曼说：“我非常愿意为您服务，只要您愿意让我为您做事情。”艾森豪威尔说：“我心甘情愿地为国家牺牲了我的生活，8年来你一直在为我工作。我想我成为平民后，你是不会愿意继续为我工作的。”怀特曼在日记中这样写道：“这是总统先生说的最愚蠢的话，我很难过。其实，我对国家的献身，远远比不上我对他的忠诚。”
几乎每一位总统都会关心同一个问题，国家的下一任统治者是谁？艾森豪威尔~直在冷眼旁观，直到总统竞选的最后阶段，他才站出来为共和党候选人尼克松加油。
共和党中有人支持洛克菲勒参加下一届总统竞选，也有人支持尼克松。对于共和党提名洛克菲勒作为候选人，艾森豪威尔是非常反对的。他说：“洛克菲勒是个成功的商人，但没有当总统的智慧和品格，他不会是个出色的总统。”艾森豪威尔认为，在国防开支方面，尼克松的立场和肯尼迪是一样的，虽然艾森豪威尔相信他的忠诚，但觉得尼克松不足以胜任总统的职务，因为他还没有得到充分的锻炼。艾森豪威尔常常为此事叹息，觉得自己很失败，竟然没有为共和党培养出成功的总统接班人。但如果必须在洛克菲勒和尼克松之间选择的话，他更愿意选择后者。
竞选运动的高潮，是共和党候选人尼克松与民主党候选人肯尼迪之间的辩论。为了不让肯尼迪获得更高的知名度，艾森豪威尔曾劝说尼克松不要答应辩论。然而尼克松认为，通过辩论可以贬低肯尼迪，更多地展示自己。所以自信的尼克松并没有听取艾森豪威尔的劝告，毅然参加了辩论。结果正如艾森豪威尔所说，辩论没有给尼克松的竞选带来任何帮助，而肯尼迪却在辩论中出尽了风头。
民意测验表明，肯尼迪的支持率明显高于尼克松。这下，艾森豪威尔和尼克松真的着急了，因为此时离大选的日子已经不远。艾森豪威尔决定帮助尼克松。7月26日，在共和党全国代表大会上，艾森豪威尔发表演说，但谈论最多的是自己的作用，这是他8年来的政绩，根本没有谈尼克松担任总统的资格。尼克松气愤地说：“选举并不是退回到50年代，而是将来谁会领导美国。”