1798年是亚当斯总统任期中最困难、也是最重要的一年，这一年让亚当斯一刻都没能得闲。美国这种战而不宣的状态并不能给亚当斯带来致命打击，但伙伴的背叛与内部的争斗却使他受伤很深。野心勃勃的汉密尔顿对政府的团结构成了威胁，内阁里日益扩大的分歧，使亚当斯整天充满了沮丧和忧虑。但1798年这整整一年，亚当斯以惊人的毅力坚持稳稳地把住了舵，向世人证明强大的防务与向往和平二者并不矛盾，而是相辅相成的，非常符合国家的利益。
在动乱和危险的时期，亚当斯力主支持发展的新海军是一项出色的成就，不到两年，海军就从一无所有发展为拥有50艘军舰的舰队，包括大型驱逐舰“美国”号、“宪法”号和“星座”号，还有5000多名官兵，这些对美法和平淡判的结果都产生了巨大的影响。的确，亚当斯坚持发展美国海军，结果对1800年与法国实现和平起了决定性的作用。此外，亚当斯架空了汉密尔顿，使他的军队名存实亡，此举可能使美国避免了陷入军国主义的泥潭。
（第六节）竞选失败
白宫建成
1799年夏天，亚当斯不得不抽出时间关注一下建在华盛顿的总统府。1790年，在美国人民选出自己的总统一年之后，国会决定在玻多玛克河河畔建立一个永久性的首都，并以第一届总统华盛顿的名字命名。1792年美国举行了一个“总统之家”建筑设计竞赛，当时的总统华盛顿对这座未来的建筑非常感兴趣，亲自挑选出了爱尔兰出生的詹姆斯·霍本所设计的作品评为优胜。随后，新首都的建设在有条不紊的进行着。
令人感到遗憾的是，就在总统府邸即将建好之时，他却成为唯一一位没有在白宫内住过一天的总统。1799年的岁末，一件事情迅速让美国全国陷入悲痛之中——华盛顿在弗农山病逝了。
1799年12月14日，乔治·华盛顿在他的庄园弗农山因链球菌感染病逝。他只有67岁，身体一直挺硬朗的，甚至在他死之前还每天骑马在庄园里巡行。他的死讯17日晚传到费城，第二天早晨，基督教堂开始敲响低沉的丧钟，国会也休会了。亚当斯夫妇得知这个消息后大吃一惊。总统在发给参议院一封正式短信中说，国家失去了“她最尊敬、热爱和赞赏的公民……我失去最后一个兄弟，感到很孤独”。阿比盖尔写道，没有人能像华盛顿那样受到热爱和尊敬，“各阶层的人民都陷入了哀伤”。
虽然华盛顿已经被安葬在家庭坟地的墓穴里，首都还是为美国第一任总统、最伟大的英雄举行了国葬。总统府、议事厅和华盛顿在教堂坐的凳子都挂上了黑色的装饰，波士顿港的每艘船也都挂上了哀悼的标志，玛丽·克兰奇从昆西写信来说：“我们这里教堂的讲道坛也披上了黑纱。”
在大洋彼岸，形势发生戏剧性的变化。1800年2月份传来了法国11月9日发生政变的消息，按法国革命时期的共和历，11月被称为雾月。波拿巴将军攫取大权，就任“第一执政”，就这样，33岁的拿破仑成为整个法国和欧洲大部分领土的统治者。正如波拿巴本人宣布的那样，法国革命结束了。
1800年夏秋两季，谁来领导这个国家的问题变成了一场诽谤中伤个人的竞赛，其激烈程度超过了美国以往历史上的历届总统选举。美国历史上头一次出现了总统与副总统成为对手竞选下任总统的局面。两个政党也旗帜鲜明地对立了起来，他们表现出了前所未有的蓬勃活力和对彼此深深的敌意。党派之争大行其道，亚当斯和杰弗逊双方的阵营各自拿出自己的杀手锏。其中，诽谤和造谣成为最有力和最常用的招数。在联邦党人出版的小册子和报纸上，杰弗逊被斥为—个不可救药的空想者、怯懦的人、还骂他是个挥金如土、放荡不羁的浪荡子。至于一直围绕在他身上的那些关于黑奴私生子的绯闻更是被一次次地提起。
亚当斯方面也好不到哪儿去，他自然不可避免地又被斥为君主主义者，更像英国人而不是美国人，因此是个坏人。他们讥笑他，说他又老又糊涂，牙都掉光了。关于年龄的诘问，亚当斯自然无从争辩，因为他确实已经是位老人了。最恶毒的就是说亚当斯是个疯子。如果说杰弗逊是个雅各宾派、一个无耻的南方浪荡子、一个“极度”的无神论者，那么亚当斯就是一个保皇党人、一个自负、爱骂街的北方人。不过，这次大选中对亚当斯的攻击与以往的一大不同是，这一回共和党人和极端联邦党人都指责他。共和党人骂他是个战争贩子，极端联邦党人则说他面对法国时太过怯懦。一方把他贬为汉密尔顿的傀儡，另一方又嘲笑他与埃尔布里奇·格里狼狈为奸。
杰弗逊担任副总统的4年期间成功地将自己与亚当斯及其政府分隔开来，这样他就不必为任何会让别人失望、不满甚至愤怒的决策负责了。照费城的《黎明报》的说法，亚当斯却永远都要为新的赋税、《外侨与叛乱法》、常备军，以及其它一大堆“危险”负责。
1800年5月27日，亚当斯动身前往华盛顿，他与比利·肖一起乘坐4匹马拉的马车奔向西南方，还有忠心耿耿的约翰·布里斯勒骑马随行。直到6月3日他才到达方圆10英里的哥伦比亚特区边界。这是亚当斯第一次来到南方，沿途他根本没做任何有关竞选的工作。将近10年的建设，这里根本还没形成一个城市，倒不如说只是个简陋的村庄。城里还有大片的树桩、收割后的麦茬地和沼泽。没有学校，连座教堂都没有。很少的几家商店、几所很普通的旅馆和公寓。只有国会大厦还像个气派的建筑，但里面的装饰却令人感到寒酸。容纳政府各部的建筑只有一座竣工了，就是财政部楼，那是一所普通的两层砖楼，位于国会大厦西面一英里处，毗邻新建的总统府，总统府离完工还早着呢。
哥伦比亚特区的长官、国会大厦的建筑师威廉·桑顿自信地说，华盛顿的人口在几年里就会达到16万。许多人，包括沃尔科特在内，都对此不以为然。实际上，这个城市要有这么多人口大约还要等18年。亚当斯去过巴黎和伦敦，他很喜欢费城，而且他认为一个伟大国家的首都也应该是一个伟大的城市，这里的整个情形可能会让他大吃一惊，并认为把这里定为首都是个巨大的错误。他可能会轻蔑地把这里斥为“杰弗逊的城市”，因为杰弗逊比政府中的任何一个人都要关心首都的建设，花了很多时间和精力在各项工程上。
亚当斯简单地查看了一下新的总统府，他对这里相当满意。他写信告诉阿比盖尔：“我很喜欢政府的所在地。”他在特区逗留了10天。他新任命的两名部长国务卿马歇尔和国防部长德克斯特也过来了，他们两人与政府部门的其他人一起从费城出发，带来了总统和政府各部的全部文件，装了八个运货箱，用船运抵首都。
6月14日破晓之时，他留下约翰·马歇尔来代管一切，然后向北行进，回昆西去了。
又过了3个月，亚当斯决定搬到新首都办公，此时他和杰弗逊的总统竞争已经进入了白热化状态。10月的最后几天里，在华盛顿的总统府中工作的泥水匠和油漆匠，还有哥伦比亚特区的官员们都在加紧赶工。位于特区正中间那座最重要的建筑仍未最后完工，虽然它宏大的外观已经清晰可见，但内部的装修还未完结。
房子座落在一片杂草丛生、车辙满地的旷野中，周围散布着大块石头和碎石，看起来一切都还处于天然的、未经修整的粗糙状态。然而这座粉刷成白色的大石屋、美国最大的住宅——相当于已建成的国会大厦的一半大——真的是一座雄伟的建筑，即便是在现在这种状态中也显得十分高贵。这所大房子的所有房间都没干，散发着潮湿的水泥和油漆的气味，一楼的每个壁炉里都不停地燃烧着，好让房间快点烤干。楼层之间只有一座螺旋后楼梯修好了。
11月1日，星期六正午，地方官员威廉·特伦顿和亚历山大·怀特正在视察一楼，时值一点钟，只见总统那架由4匹马拉着的大马车正驶向南边的人口。陪他坐在车上的依然是比利·肖，还有骑在马上的布里斯勒。没有其他人，没有仪仗队、乐队或任何形式的随从。
两名官员和在场的几个工人组成了欢迎约翰·亚当斯的队伍，亚当斯就此成为第一位住进这所很久以后将被称为白宫的建筑的美国总统。家具都从费城运过来了，但这些家具一摆进这么大的房间里就仿佛消失在巨大的空间中。屋里只挂了一幅油画，是吉尔伯特·斯图亚特为华盛顿画的全身像，画中的华盛顿穿着一件黑丝绒上衣，这也是从费城运来的。
总统办公室已经准备停当，那是二楼一间朝南的宽敞房间，隔壁就是亚当斯的卧室。11月2日早晨，亚当斯坐在桌前，拿起一张没有图案的素信笺，在第一行写下“华盛顿市，总统府，1800年11月2日”。然后给阿比盖尔写了封信，表达了简单的祝福：我请求上天赐福予这所房子及此后人住的人。但愿从此只有诚实和英明的人才得以在这个屋顶下治理国家。
可是对亚当斯来说，这所房子将成为见证他深深的失望和无数痛苦的场景。
美法达成协议
在11月的第一个星期结束之际，亚当斯的苦苦等待终于有了结果，法国有消息传来，和平特使的任务成功了，美法于1800年10月3日在巴黎北部一个城堡里签订了《莫尔特方丹条约》。法国还为此事举行了一次盛大的庆祝仪式，波拿巴宣布，法国与美国之间的分歧不过是一家人内部的纷争罢了，法国人向美国使节呈献了礼物，双方还举杯祝愿两国间保持永久和平。美国的心腹大患就以这样皆大欢喜的方式结束了。