百日咳主要是以“咳嗽”为主，但有的百日咳患儿没有咳嗽。这种情况多见于新生儿及3个月以内的小患儿。这些小患儿由于呼吸肌和胸廓发育尚未完善，无力咳嗽，但却常发生一阵阵憋气，面部紫绀等窒息现象，严重时可因脑缺氧而导致抽搐。
还要注意，一些抵抗力强的儿童或曾接受过预防接种的小儿得了百日咳，症状表现较轻而不典型，无痉挛性咳嗽和高调回声，病程也较短，最轻的整个病程可不满1周，这些不典型表现常给诊断带来困难。这些不典型的百日咳患儿还易成为播散疾病的传染源。因此，对一些可疑患儿不能因其无典型的痉咳而轻易排除百日咳，要到医院进行实验室检查，并结合接触史予以确诊。