格拉斯米尔的好天气，莱道湖的绮丽风光，似乎驱散了他心灵上的沮丧和忧虑。他对大自然的好奇心不减当年。回来的路上，他坐在车子里，不时地转过身去，或者抬起头来，从不同的角度观赏远处的景色。他心情放松，怡然自得地陶醉在自然的美妙景色之中。
回到唐恩，他又投入了最后一部著作《植物壤土与蚯蚓》的写作。这部著作在写作的过程中，达尔文提醒自己，尽量把这本书写得通俗一些，不要写成学究式的枯燥论著，他希望普通的老百姓也能看懂他的书。
果然，这本通俗易懂的书出版后受到热烈的欢迎。它新颖而通俗的观点，不仅吸引了很多学者，尤其成了青年人十分喜爱的一本书。达尔文又一次完全出乎意料之外，关心这个问题的人居然这样多，“人们几乎用一种可爱的热情来欢迎我那本书”。
1881年夏天，达尔文的身体又出现很大的问题，他感觉自己难以支持。给虎克的信中说：“我感到很难过，我没有勇气和体力去开始进行一种需要费时几年的研究……我找不到我能做的任何细小的工作了。”
7月，他从乌尔苏奥捷尔回来后，在给华莱士的信中写道：“……我不能去散步，一切都使我疲倦不堪，即使观赏风景也是如此……我将怎样利用这有生之年呢，我简直讲不出来。我想，我愿我周围所有的人都能幸福美满，但是生活对我来说已变得异常艰难了。”
可是，在达尔文的书架上、抽屉里，还塞满了许多的记录本和大量的调查材料，其中有许多或许包含着其他伟大理论的萌芽。如果再给他多一些时间……大自然还有许多的秘密等待着他去揭示，科学还需要他去探索。可是，他的健康状况迫使他丢下已经开了头的另外一些研究工作，不允许他再去进一步满足人类的要求了。
埃玛的老经验--陪他去疗养或者观赏风景--再也不管用了。不论是去斯瓦特，还是其他风景胜地，都没有使他的健康明显好转，都没有使他的心情振奋起来。
1881年秋天，达尔文大量研究了碳酸氨对植物的根部和叶子所起的作用。这一回，他向来热爱的研究工作也无法转换他的情绪。到了年底，他的颓丧的情绪更加严重了。
1881年冬天，达尔文到伦敦自己的女儿亨里埃塔家住了一星期。
有一天，他去拜访英国古生物学家罗马内斯。走到门口忽然感到一阵晕眩，当时罗马内斯不在家，开门的仆人注意到他神色不好，便让他进屋休息一会儿。
心脏病猝发的达尔文谢绝了仆人的好意，他是一个处处为别人着想、从来不愿打扰别人的人。他没有麻烦仆人给他租一辆马车，自己扶着花园的篱笆，忍着心脏的病痛，步履艰难地走回女儿家。
1882年1月末，达尔文的病情加重。在这个春天里，他时常感到胸部疼痛，同时脉搏也不正常，几乎每天下午他都感到不舒服。3月8日下午，他拄着一根铁包头的手杖，迈着蹒跚的步子，沿着他往日喜爱的沙径散步。他的小宠物猎犬“波利”陪伴着他。夕阳映在他的身上，显得他的面色格外发灰发黄，整个影子又细又长。“波利”轻快的脚步声和他那手杖敲击沙径的音响显得极不协调。突然，他感到自己胸部一阵剧痛，额头上冒出豆大的汗珠，只好在一个碎石堆上坐了下来。他的心脏病又猝发了。他休息了一下，勉强地走到了家门口，从此他就不敢远离家门了。
预感自己不久将离开人世。达尔文回忆往事，心情久久难以平静。“我这样一个才智平庸的人，居然能够在那么大的程度上影响人们的信仰，真是出人意料。我过去的小学老师，甚至包括我的父亲都认为我是一个平庸的孩子，简直低于一般人的智力水平。”达尔文喃喃自语，“当然，我曾经不断地追求科学，并且把我的一生献给了科学，我相信这样做是正确的。但是使我时常感到遗憾的是，我没有使人类受到更直接的好处。”
达尔文的病情日渐加重，他已经卧床不起了。3月10日，埃玛从伦敦请来著名的恩德留·克拉克医生给他看病。以前，只要经过克拉克医生的诊疗，他的健康状况总会有明显的好转。这虽然同克拉克高明的医术有关，但更多的是因为克拉克医生高超的让人愉悦的手法。达尔文常能从克拉克医生的友好态度中感到衷心的喜悦。
虽然克拉克医生表示随叫随到，可他的病人太多了，何况伦敦距唐恩还有一段路程。达尔文坚持不让克拉克医生再来给他看病，“您那儿有许多急需治疗的病人，太忙了，这会使您疲惫不堪的”。
家人又为达尔文请来了圣巴图拉美医院的穆尔医生等，继续施行克拉克医生规定的疗法，可是没有明显的疗效，达尔文依旧感到晕眩和无力。当他稍微好一些时，便和埃玛一起坐在花园里赏花，倾听鸟鸣。
埃玛在教区牧师面前为达尔文祷告：“要是上帝能够让我承担查理的痛苦，那该多好啊！上帝啊，要是我能够代替他死，那就更好了。”
他的老朋友赫胥黎特别热心地照料他，希望所有的医生能经常对达尔文进行精心的护理。
3月27日，达尔文给赫胥黎写信说道：“亲爱的赫胥黎，您那封极亲切的信对我确是一种强心剂。今天，我觉得比已往三个星期要好一些，而且现在我还没有感到任何疼痛。您的计划看来是非常好的，所以，如果我的健康会大大好转的话，我将要谈到它。克拉克医生对我是无比亲切的，请他再来一次就好了，但是他太忙了。亲爱的老朋友，请您再一次接受我的诚挚的谢意吧。我诚恳地希望，世界上再多一些像您这样的‘自动物’就好了。”
最后这句话幽默地暗指赫胥黎1874年在贝尔法斯特英国科学协会会议上的那篇精彩动人的演说--《论动物是自动物的假说》。
4月15日，这尔文在进晚餐时突然感到晕眩。他想走向沙发，可是却浑身无力地倒在地上。这一天是星期六，儿子和女儿们都回到家中。埃玛赶紧扶着他躺到沙发上。只要身体不适，他就喜欢躺在客厅的沙发上，在那里他眼望着摆放着古瓷和挂着图画的那个角落。
17日，他的病情再度好转。埃玛在日记里这样写道：“天气晴好，他做了一些轻微的工作，两次在户外，即在花园里散步。”
18日，达尔文很想了解儿子正在进行的实验情况。他便有气无力地喊着：“弗朗西斯，弗朗西斯。”
埃玛赶紧跑过来对他说，弗朗西斯早晨出去办事了，问他有什么事。
“今天的实验记录还没有记呢。”达尔文挣扎着起来，帮助儿子把正在进行的实验情况记录下来。
18日夜，子时左右，达尔文感到严重不适，他昏迷了。全家呼喊，啼哭，抢救，好不容易把他抢救过来。达尔文拉着妻子埃玛的手，大概他已预见到自己离死神越来越近，他对埃玛说：“我一点也不怕死。我死以后，你要拿出一部分钱来资助出版我那第一本关于‘物种起源’的笔记，还要继续资助植物名汇的出版工作……”
可怕的翻胃打断了达尔文的说话，埃玛难过地劝着他：“亲爱的，安静些，等一等再说吧。”
达尔文继续呕吐。老女仆贝西流着眼泪打扫他吐在地板上的粘液和少量没有消化的食物。“谢谢，老贝西！”达尔文艰难地又对埃玛说，“她已经在我们家里干了30年了，在她退休的时候要送给她一幢小房子，每周养老金至少要10先令。”
“你的遗嘱里都写过了，”埃玛不停地流着眼泪，“亲爱的，你放心吧，我们会按照你的遗嘱办理的，你休息一会儿。”
“好……好……”达尔文合上了眼，又昏迷过去。他再没有睁开眼睛。
1882年4月19日凌晨4时，达尔文--一位杰出的、伟大的科学家的心脏停止了跳动，享年73岁。
一位人类科学界的巨星陨落了，全世界为之悲恸！世界各地都向英国的唐恩发来唁电唁函，沉痛悼念19世纪最伟大的科学家达尔文，表达他们无尽的惋惜之情。
达尔文的生前好友虎克、赫胥黎、华莱士、拉卜克等科学家们聚集在一起，商量着承办达尔文的后事。
埃玛很想把达尔文安葬在他居住了40年的唐恩村，可达尔文已不单单是唐恩村唐恩庄园的主人，他属于全英国，乃至全世界！
20名国会议员联名给威斯敏斯特教堂的教长勃莱德雷神学博士写了这样一封信：“我国的杰出人士达尔文先生已经逝世，他的遗体应该葬在威斯敏斯特教堂里。这样做一定能够得到我国各阶层以及具有各种主张的大多数人民的赞许。特作上述建议，还望不要因为我们的冒昧而见罪。”
当时，身处异国他乡的勃莱德雷教长，热忱地同意20位国会议员的建议，把达尔文安葬在威斯敏斯特教堂里。
威斯敏斯特大教堂是最幽美的哥特式建筑物之一，它建于公元7世纪。从11世纪起，所有的英国国王，都在这个教堂里加冕。他们死后大都安葬在这个大教堂里。英国的名人，尤其是那些对社会有贡献的人士，死后也大多葬在这里，像莎士比亚、弥尔顿、牛顿、赫歇尔等都在这里安葬，达尔文的老朋友莱尔教授也安葬在此。
为了说服埃玛及达尔文的子女，皇家学会主席拉卜克给他们写信这样说：“我完全了解你们的情感，我个人也非常赞同令尊长眠在唐恩村，使他常在你们中间。我相信人们非常清楚，发起这件事的人不是你们。再者，从国家的观点来看，把他埋葬在威斯敏斯特教堂显然是正确的。”
埃玛和孩子们不再坚持，同意将达尔文葬于威斯敏斯特教堂。
1882年4月26日，在伦敦威斯敏斯特教堂举行了达尔文的葬礼。为达尔文扶柩的人有他生前的好友及其他人士：虎克、赫胥黎、华莱士、拉卜克、法拉尔牧师、罗威尔（美国公使）、德温郡公爵、德尔比公爵等人。
参加葬礼的有来自法国、俄国、德国、意大利、西班牙和美国等国的代表、各大学和各学会的代表，还有他的许多朋友和知名人士。
达尔文的家属和亲戚参加了葬礼。达尔文的夫人埃玛没有参加葬礼，她太悲痛了，无法出席这样庄严、隆重的葬礼。
具有讽刺意味的是，教会--这个多年来达尔文进化论的反对者、严厉的抨击者--这个时候居然承认达尔文是一个教民。在朗读了好像给一位国王的葬礼增添光彩的悼词以后，达尔文被安葬在威斯敏斯特教堂，在中堂东北角，在约翰·赫歇尔的墓旁，离牛顿墓只有几步，他的导师和好友莱尔的坟墓就在他的旁边。墙上有一块圆形金属浮雕--达尔文头像。达尔文的墓碑上刻着：《物种起源》及其他几部自然科学著作的著者：
查理·达尔文
生于1809年2月12日
卒于1882年4月19日