并购的雅虎中国资产包括雅虎中国门户网站（www.yahoo.com.cn）、3721网络实名服务、一搜、雅虎的搜索技术、通讯、广告业务；双方还将一拍在线拍卖业务（www.1pai.com.cn）中雅虎的所有部分并入阿里巴巴；阿里巴巴公司还将获得领先全球的互联网品牌“雅虎”在中国的无限期独家使用权；雅虎向阿里巴巴投资10亿美元现金，用于从阿里巴巴及其他股票持有者手中购买阿里巴巴的股票。根据这次达成的协议，雅虎获得阿里巴巴40%的经济收益权和35%的股票权，雅虎成为阿里巴巴最大的战略投资者（阿里巴巴集团的两大股东分别是雅虎和软银，其中雅虎持有阿里巴巴39%的股权，软银持有比例为33.5%，而马云创业团队合计持有上市公司的股份只有12.79%）。雅虎在中国的子公司已经成为阿里巴巴集团100%控制的公司，并于2007年更名为中国雅虎。
马云收购雅虎中国，其目的也显而易见，除“做搜索可以更好地发展电子商务”外，马云也希望给阿里巴巴在单一的收费模式之外找到更多的盈利模式。马云希望借助邮件、社区、门户乃至新兴的BLOG、RSS等WEB2.0工具增加B2B、C2C业务的黏度、深度和广度。马云说：“我看中雅虎的资源觉得是因为三样东西：第一，我认为它拥有一批已经在互联网上工作奋斗几年的优秀年轻人，今天去找这些人挺难的，得重新培养，我们2300名阿里巴巴员工都是从零开始培训，真是挺累的，人是我最看重的。第二，是雅虎强大的技术。雅虎每年花几十亿美金研究的所有技术，不仅仅是搜索引擎、站点、通讯方面的技术，它一下子成为了我的研发中心，它们缩短了跟欧美公司之间的距离，因为它的技术是给我无限制的免费使用，我是中国的独家使用者，所以只要我要它都会给我。第三，是雅虎的品牌。阿里巴巴一个重要的业务是帮助中国企业出口，如果说我有雅虎这样的品牌，雅虎这样海外全世界永远排第一的访问量，那我觉得就挺好。至于它有什么其他的资产、资源，这个我没有考虑更多。”
杨致远之所以把雅虎中国让给阿里巴巴全面掌管经营，是因为他想借助马云所聚集的中小企业与搜索的相关性，以及马云团队所具有的创造性，完成雅虎中国此前一直没能达到的突破。杨致远希望通过这个优秀的本土管理团队极大增强并支持雅虎公司的全球战略和其在中国的影响力；并且雅虎可以通过并不算高的10亿美元费用获得全球最大B2B交易网站的的客户资源，挖掘含金量巨大的中小企业搜索市场。
双方利益达到最佳的切合点。于是马云和杨致远一拍即合，顺利地完成了中国互联网史上最大的一起收购。
8.搜索中的强者
马云的阿里巴巴收购了雅虎中国，反响相当热烈。当时国内外的媒体对此事的报道却“大相径庭”。
《福布斯》杂志的标题是：“雅虎并购阿里巴巴40%股份，价值10亿美元。”而中国媒体报道的是：“阿里巴巴鲸吞雅虎中国，雅虎10亿美元陪嫁。”西方人士始终认为，中国企业的海外收购几乎都是大型国有企业行为，有政府为其做后盾。比如联想集团收购IBM的PC业务、中海油收购尤尼科，他们都认为是中国政府支持的项目，可见对中国企业有种很深的误读。
但是，正如国内媒体报道的，阿里巴巴是“鲸吞”雅虎中国，马云吸收了雅虎中国后，面对的“烦恼”也加大了。当时马云面对雅虎中国在国内市场上的窘境说：“我接受的时候雅虎中国已经是很危险了，已经被抽空了，随时会倒掉。”并且还把雅虎中国比做一个患重病的病人，即刻需要手术，而他就是主刀医生。
马云意识到，阿里巴巴与雅虎中国的整合，“不仅仅是两个公司的整合，而是7个公司的整合：原雅虎中国、原3721、一拍网、阿里巴巴、淘宝网、支付宝、一搜网。7家公司有三四家一样的，有两家完全不一样，还有老外，还有各种听不懂的语言。”面对复杂的态势，对一个年轻的公司来说，未来一两年内企业文化的整合可能是一场灾难。“那段时间压力特别大，几乎每天晚上做噩梦，梦见爬山，或者爬梯子，爬着爬着，突然手里没抓住石头或梯子断了，人摔下来一摔醒了，一身冷汗。”
苦恼归苦恼，雅虎中国的资源整合不能耽误。收购雅虎中国前，马云已经初步明确了整合思路：未来的阿里巴巴系的构架将由四块一阿里巴巴、雅虎、支付宝、淘宝（包括一拍网）运作，“四块以内可按照产品来划分。”马云坚信，如果按照这四个模式相互协作，相互发展，那么阿里巴巴系“赢的概率会比世界上任何一个公司都大”。
马云希望通过整合，将重点投入到电子商务和搜索引擎领域，对剩下的业务，他说：“要么第一，要么第二，没有第三。所有第三经过一到两年努力，没有办法进入第二的话，我们就关闭掉。”
2005年9月20日，马云带领自己的团队移师珠海，召开了被员工称为“阿里巴巴公司历史上最漫长的大会”，大会一共开了6天，集中讨论雅虎中国未来发展方向一主要精力放到搜索方面。
雅虎作为一家靠搜索引擎起家的网络公司，在搜索方面却一直不尽如人意。据《2005年中国搜索引擎市场年度报告》显示：与2004年度相比，中国搜索引擎用户使用量市场份额发生了很大的变化。其中，百度搜索增长最快，由2004年的33.1%上升到2005年的46.5%；Google由22.4%上升到26.9%;而雅虎中国不升反降，由原来的30.2%下降到2005年的15.6%，失去了市场搜索占用率第二的位置。这么严重的下降态势使马云注意到了问题的严重性，对于雅虎搜索的改进不得不提到议程上来。
随着互联网在中国的影响越来越大，搜索领域也带来了巨大的商机。据统计，2005年中国网络搜索广告服务收入约为1.34亿美元，业内人士认为，这一数字到2010年将增加到10亿美元，而美国到2009年这一数字将增加到51亿美元，各大搜索引擎网络纷纷加快了争夺中国搜索市场的步伐，便是看中了中国搜索市场潜在的巨大商业价值。
收购了雅虎中国的马云岂能对这样的市场前景视而不见，于是他在2005年下半年对雅虎中国进行了改革，为了突出搜索在雅虎中国的重要性，马云甚至放言：“在中国，雅虎就是搜索，搜索就是雅虎。”高调表示要坐稳中国搜索市场的“头把交椅”。
2005年11月8日，雅虎中国对首页和网站进行了大刀阔斧的改动一雅虎中国新首页由门户类的充实变成简洁直观的搜索条，新闻咨讯等频道化解成几个超链接文字和几条精要信息被放置在首页上，雅虎中国的域名被改为“yahoo.com.cn”，原紫色的“雅虎中国”LOGO也去掉了“中国”字样。
对雅虎搜索的改革首先从发难开始，马云曾向雅虎工程师抱怨：“我从一个网民的角度看现在的搜索，我对搜索结果很不满意，部分原因在于大家仅仅站在工程师的角度看问题。”2006年3月17日，“2006年全球搜索引擎战略大会”在南京召开。马云在会上重申了自己对现在互联网的不满。马云说道：“目前的搜索技术只是工程师的游戏，并没有考虑用户的真正需求，搜索只是一种工具，并不会改变我们的生活，互联网才会改变中国。”
雅虎搜索执行总经理田健也表示了自己的看法：“如果就用户满意度来讲，不光是现在的雅虎搜索，就是百度、Google，所有的搜索引擎都不合格，都不是真正意义上的搜索。这些搜索引擎在网页和新闻上人为分类，更多的是出自工程师的脑袋，而不是从用户的角度出发。技术是为人服务的，如果人为技术服务，是为技术而技术，只会把用户吓跑。”
从上面的发言可以看出，雅虎搜索注重的是网民的主体性，要从人的主体性出发。马云表示:“不一定要走Google、百度的搜索模式，雅虎中国搜索要从以技术产品为导向转变为以客户为导向。”马云告诫雅虎搜索的工程师：“今后要从一个网民的角度想问题。”马云改革雅虎搜索的指导思想为：客户导向、系统整合。一切的改变，都是为了网民更好地享受搜索引擎服务。
马云在改革雅虎搜索方面，非常重要的一步就是发展从属于雅虎中国的网络实名服务系统。网络实名是新一代的网络访问方式。一般来讲网民能够记住的网址也就几十个，而网络实名服务可以帮助网民随心所欲地找到自己想要的资料。用户安装网络实名插件之后，即可在浏览器地址栏中实现网络实名功能，用自然语言输入网站、企事业单位或产品的中英文名字，快速直达对应网站或获得实名的智能推测结果，而无需再记忆“http://”、“www”、“com”等复杂的域名、网址。
马云为了改造雅虎搜索，不但加大了资金投入，起用新的高管团队，而且还不断加强建设雅虎搜索在美国的技术研发团队。“我们已将2000余台服务器从美国搬至国内，在美国，还成立了由30多位顶尖华人科学家组建的搜索技术研发团队，专门支持中国市场。”
显然，随着雅虎中国网站的改版，中国网络市场上少了一个老牌门户，但是多了一个搜索争食者。百度成功登陆纳斯达克，Google重金挖来微软干将李开复主持中国市场，如今又多了个马云带领下的雅虎中国，中文搜索市场呈现三足鼎立之势。
对于目前中国搜索市场格局，马云表示：“中国一定会存在3个强大的搜索引擎，因此阿里巴巴还有机会。”而面对Google和百度的竞争，马云认为：“Google在中国的本地化进程还有很长的路要走，雅虎过去在中国的本地化进程中犯了一些错误，Google也一样在所难免;百度的本地化工作做得很好，我们需要学习。”但和百度相比，马云认为雅虎搜索有3点优势:“我们比百度更国际化，我们在美国建了一个巨大的研发中心，它的技术可以马上使用，然后进行本土化，而且在技术长期发展过程中，雅虎每年要投入10亿美元以上的研发经费，这是第一点优势；第二点优势是我们的现金；第三，我们没有上市是最有优势的。”
阿里巴巴CTO吴炯称，雅虎搜索依托的雅虎国际领先技术以及阿里巴巴带来的本地化策略，将是新雅虎搜索克敌制胜的两张王牌。新的雅虎搜索将是由“中国人做出的面向全世界的最好的搜索引擎”。
9.快乐团队
整个文化形成这样的时候，人就很难被挖走了。这就像在一个空气很新鲜的土地上生存的人，你突然把他放在一个污浊的空气里面，工资再高，他过两天还跑回来。
曾经有无数人非议过马云的电子商务，也曾经有人非议过马云的“忽悠”能力，但是有一点得到了无数人的认同，那就是马云领导的团队。阿里巴巴是一支具有统一思想、统一价值观、统一奋斗理念、统一创业激情的热血青年组成的团队。这个团队战无不胜，攻无不克。
彼得·德鲁克说：CEO要承担责任，而不是“权力”。你不能用工作所具有的权力来界定工作，而只能用你对这项工作所产生的结果来界定。CEO要对组织的使命和行动以及价值观和结果负责。
马云是一个极富个性的快乐坦率之人。他的创业理念是“赚钱并不是第一目标”，他不是要做商人而是要做一名企业家。作为一个国际化大公司的总裁，和其他相同身份的人不同的是，马云总是以一个普通人的形象出现，向周围人传递着快乐祥和的信号。
他酷爱武侠小说，常以“风清扬”这个ID出现在淘宝网社区和网友交流。马云对剑情有独钟，平时脑筋转累了，就耍耍剑，或者提着剑，在公司四处晃晃。一名青年员工称：“马云和所有的人都没有距离，这是让人最吃惊的。”每有新员工来，他都会主动与其谈心，告诉他们：“把复杂的事情简单化，要用胸怀去对付。”
在阿里巴巴集团内，每个子公司都有自己独特的文化亮点：雅虎的“雅”文化，淘宝的“武侠”文化，支付宝的“盾”文化，等等。而这颇具个性色彩的诸多“文化”，又被一个“快乐工作”的文化主旨统领着。
当然，阿里人并不单纯是为了快乐而快乐，公司是让员工在快乐的同时提高业务绩效。阿里巴巴有支非常出色的设计创意团队，由于设计师们的工作很沉闷，整天对着电脑重复劳动，阿里巴巴员工关系部就此推行了“UI联盟设计大赛”，让他们发挥创意，设计校园招聘海报、圣诞贺卡、电子拜年卡等进行比赛。优胜作品不但被公司采纳，还能制作在员工制服上。这种活动不是靠花钱吸引员工参与，而是令参加比赛的员工感受到一种荣耀和认同。
在工作环境上，公司的布置也体现出彰显个性的主旨。金属化的整体构造配以散发着大自然气息的岩石，墙面不太处理，办公室也不堆放过多东西，整个环境让人感觉轻松活泼。
在软环境方面，公司倡导营造一种“有话能讲、有意见能发表、心声能被听到”的气氛；员工可以在互联网平台上进行互动，畅所欲言；面对重大管理问题，员工可以通过“Open”邮箱和集团高管直接进行沟通。在阿里巴巴，每个子公司和业务单元的人力资源主管都扮演着“政委”的角色，帮助业务主管一“军长”、“团长”们做员工的“思想政治”工作，了解员工的想法，解决他们的实际问题。
马云认为，一个成长型企业要想取得成功，很重要的一点是：打造一个能让人才发挥其最大优势的明星团队，而不只是拥有明星领导人。企业应该学习唐僧，“用人用长处，管人管到位”即可。毕竟，企业仅凭一人之力，永远做不大，团队建设才是成长型企业必须突破的瓶颈。
马云说，唐僧团队就是最好的明星团队：唐僧这种领导碌碌无为，每个单位都有，平常得很。这个人我就喜欢，好像看起来没有领导才能，其实他目标很明确，我要取经，任何事都影响不了他。孙悟空这样的人，能力很强，品德很好，但是脾气暴躁。还有一个猪八戒，好吃懒做，但是没有猪八戒不行，否则生活中少了很多乐趣。对沙和尚来讲，他说他没有什么使命感，价值观远大于理想，他说我是8小时工作制，挑担、劈柴、挑水、牵马这是我的工作，别跟我讲理想。这种人单位里也很多。正是这4个人结合在一起，经历了九九八十一难，取得了真经。我觉得这几种人生活中很常见，只要大家懂得怎么把他们结合在一起，才是最好的团队。唐僧是一个好领导，他知道孙悟空要管紧，所以要会念紧箍咒；猪八戒小毛病多，但不会犯大错，偶尔批评批评就可以；沙僧则需要经常鼓励一番。这样，一个明星团队就成形了。