目钉穴绝大多数的刀在制成之后茎上都会有一个目钉穴，这个小孔的作用是便于装上刀柄后，用目钉将其与刀茎结合起来。目钉的材质有角制、牙制等，一般最普及的是竹根制，因为竹根纤维坚韧耐折且具伸缩性，最适合作为目钉之用。少数刀在制成时有两个目钉穴，下穴靠近茎之底部，是为加强与刀柄的结合，此穴名叫“忍穴”，大多是较长的刀才会加做忍穴。
目钉穴是钻凿而成，穴的两边通常一边稍大、一边稍小，穴的凿法及穴周边拉手的程度是判断刀年代的重要依据之一。
固定刀茎的目钉并非圆柱形，而是一面粗、一面细。与之相应，目钉穴也是一面较大、一面较小。经过改装过的刀往往有两个或多个目钉穴。
铭铭是刀茎上最明显的特征，因其明显，造假也最多，所以其参考价值反而不及其他方面。同一作者在不同时期的作品可能有不同铭款，也有不同时代的数人用同一铭款。
铭文有短铭和长铭之分，短铭一般只有刀匠名称，如正宗、吉光、村正、贞宗等，最短的铭只有一个字，如“左”（又称为左文字）、“一”（又称为一文字）；长铭除了刀匠名以外，在之前还有地域名和头衔，如肥前国陆奥守忠吉，其中肥前国为地名，陆奥守为官名，忠吉为本人名字。还有人加上与此刀有关的其他信息，如刀匠年龄、持刀者姓名、试斩结果等，包括试斩结果的铭文称为“裁断铭”。古刀期多为短铭，到了新刀期长铭渐多。长铭的判读，茎的两面都带文字，通常一面雕年代，另一面雕籍贯、头衔、刀匠名等。如延保二年（年代）肥前住（籍贯）播磨守（头衔）藤原忠国（刀匠名）。与佛经译者的判读类似，如《佛说阿弥陀经》一卷，姚秦（年代）龟兹（籍贯）三藏（头衔）鸠摩罗什（名字）。因此我们可以了解到刀匠的落款与佛经译者的落款有其联系性。
伪造的铭文叫做伪铭，名气越大的刀匠伪铭越多，区分真铭和伪铭是日本刀辨伪最为困难的一件事，好比鉴定中国书法的真伪，非经长年积累不能得其要领。
有的刀没有铭文，称为无铭刀。无铭的原因主要有：未出师的刀匠都没有铭文；大名家的刀要奉献给将军、寺院等的，许多也不落款；制作完成后刀匠自己不满意的，也多不落款。因此，无铭刀未必不是好刀，要从刀的本身进行综合评判。无铭刀经权威专家鉴定，将结果以朱砂漆写在刀茎上，称为朱铭；也有用金镶嵌的，称为金镶嵌铭。
有时铭文需要修改，会将需要修改的一小段文字挖出来，再将改后的钢块补回，这种手法称为“额铭”。
刀茎的两面分别为“表”和“里”，将刀尖向上，刀刃向左放置，则刀茎上的一面为表，另一面则为里。打刀、胁差、短刀都将刀匠信息刻在表面，年代信息刻在里面，而太刀与此正好相反。但也有个别流派并不遵守这一惯例。
在武士刀使用的过程中，由于种种原因，如换刀装、主人更改、作战形态改变等，有时需要将刀改短。这时的做法是将刀茎截掉一部分或全部，另将刀身尾端用锉、磨等方式修出新的刀茎。刀茎甚至部分刀身全被截掉的称为“大磨上”。刀茎上的铭文有的被截掉一部分，有的全被截掉，一般截掉后不再新刻铭文，此刀就成为无铭刀。还有的先将刀茎无铭的一面磨薄一半，再将其对折的，使铭文从一面折到另一面，称为折返铭。
磨上
如上所述，日本刀随着时代的变革与战争形态等的变化，许多刀会做长度的变化，通常只是将刀改短，而不是加长。
刀的改短最重要的一点是截断的位置。截断的位置绝不是在刀尖的位置，因为刀尖切先部分是刀的灵魂所在，是刀最重要的位置，其钢口最硬也最锋利。如将其截断，刀尖将失去钢口，只剩较软的钢铁，不足以应对冲击，形同没有钢口的“无头刀”。没有了刀尖的刀既无先也无锋，没有先锋只有后卫的刀不能劈砍也不能突刺，只能拿来削或剁，因此截断刀尖的刀已失去了它原本的作用。市场上有些无头刀，经研磨师加工修饰后制造出仿造的先锋，并经整体化装后看起来像是真的先锋，其实并不具备硬度。
刀的截短必须是从刀茎部位截去适当的长度，刃口由下往上挪，虽然截短，但还保留着刀茎上的铭文的截短法叫做“磨上”；如果将铭文的部位也都截掉叫做“大磨上”，“大磨上”的刀就再也见不到刀匠所落的铭款。
截短后的刀，目钉穴有两个、三个、四个或更多，这是持刀者更换刀柄时，为了配合刀柄的长度在茎上另钻新穴或者为了配合造型的改变，以及调整重心平衡的考虑所另凿的穴。古刀经历许多主人，不一定到了哪代人又将刀改短，因此越古老的刀通常目钉穴越多。有些后代的持刀者认为穴不需要那么多，就用锡把不需要的穴给堵上。历经数百年上千年的刀如能保持一个目钉穴，其茎称为“生茎”，就代表此刀历代从未被截短过，这样的刀在价值上要比截短过的更高些。依年代而言，古老的刀因磨上而产生较多的目钉穴比较容易被人接受。然而现代刀匠的作品不管其原因如何，如果凿上两个以上的目钉穴，将难以被收藏家接受，其价值当然也就下降许多。
刀身雕刻
刀身表面若再加以雕刻，则其艺术价值将更上一层。雕刻采用阴刻阳刻相互搭配，多以梵文、剑卷龙、不动明王、梅、竹等与个人信仰有关的图案为主。
雕刻起到画龙点睛的效果，但如果产生败笔，则反成画蛇添足，降低作品的价值，因此雕者必须胸有成竹。雕刻有由专任雕刻师所雕，也有由刀匠自己所雕，如由刀匠自己完成雕刻，在铭文上会落“雕同作”等语。近代艺术分工越加精细，通常专任雕刻师的水平较刀匠要高。由同一位刀匠雕刻的刀，其价值通常较没雕的作品高1倍左右，因为雕刻是有别于锻刀的另一门艺术，一名刀匠能同时专精两门艺术是非常难能可贵的。
地肌
江户时代的刀剑书籍，将我国春秋时代干将的作剑特征冠以“龟纹”，将莫邪的作剑特征冠以“漫理”，这都是指剑身锻造的纹路，而不是指淬火刃纹。
地肌是钢材折叠揉合过程所形成的肌理纹路，各派折叠法不同，形成的纹路自然不同，地肌大致区分为∶板目肌其如树木年轮，形状接近椭圆形，并非规则圆形图案，形状大者称大板目，小者称小板目。刀刃地肌大多数属板目肌。
小板目肌形状比板目肌小，形状更圆，各轮形纹排列较板目肌规则。
梨子地肌呈现出类似梨子表皮的细密点状图案，不易观察到，必须仔细端详，否则容易误判为没有地肌的机械制品。
柾目肌图案如并行线，线条平行笔直，采用这种锻法的刀工为数不多。中国藏刀多属于这种肌纹，但较为粗犷。
绫杉肌形状如蛇行纹，各线条平行弯曲，状似波浪。这种锻造法只有月山派采用，故又名“月山肌”。
松皮肌纹路类似松树皮裂纹，是古刀刀匠则重的典型锻造法，为则重一派刀工共同特征，因此松皮肌又名“则重肌”。
无地肌除了刃纹之外看不到锻造的肌理纹路，虽不见其纹路，但做工仍经折叠锻打，只是折叠方式异于其他流派而使肌理消失无形，也称之“地无地铁风”。这种锻法由新新刀派鼻祖水心子正秀门徒池田一秀所创，因为看不到地肌，所以容易被误判为工厂大量生产的模型装饰刀。无地肌之刀刃必须从刃纹、刀型、中心等部位综合分析，才能判别是古代手工刀还是现代机械制刀，否则混淆难辨。
刃纹
据古籍对欧冶子所造纯钩剑的形容：“如芙蓉始出，如列星之行，如水之溢于塘，岩岩如琐石，焕焕如冰释。”这些是对淬火刃纹所产生的金属晶象变化的形容。
无刃不成刀。刃纹是经淬火热处理后，由研磨师细磨而产生的纹路，其纹路的形成是淬刃时由无数如云雾状的结晶体所组成的线条，纹饰类型中有乱刃、直刃之分。乱刃包括皆烧、三本杉、涛澜、互目、丁子等形式，乱刃的艺术性在于以韵律、对比、重复等表现刀刃美的独特性，这也是日本刀有别于世界各国刀剑的独特艺术。直刃又有大、中、细之分。其中大直刃刀身弹性稍差，细直刃经多次磨利后刃的锋利性大打折扣，因此直刃刀以中直刃为佳。直刃看似较单调，缺少变化，但要将刃纹烧得笔直也是高难技术。直刃刀各部位弹性平均，合乎实用。
经淬刃之刃纹也不尽然全都带刃，有完全失败而不带刃的，也有局部失败、局部成功的。
铓子
铓子是刀的重中之重，如果铓子不带刃或带有淬刃的瑕疵，在实用与收藏的价值上都将大打折扣。铓子是刀上最硬且薄、又最锋利的位置，实用上是必用的部位，因此其重要性在刀的各部位而言居首要地位。
瑕疵
日本刀以复杂的“折返锻炼”制成，又可能在实战中使用，并经过上百年的历史，出现各种各样的瑕疵也很正常，只要不损及实用性及整体美感，轻微的瑕疵不会影响刀的价值，况且有不少的小瑕疵，还是某些刀工流派的重要特征。而刀的艺术效果除了刀工依自己的意向设计折锻的肌理及刃口的波浪纹理之外，钢材在锻制与淬火后产生的金属晶象效果是艺术效果的重中之重。瑕疵及艺术效果对于初入门者容易混淆，只要多看实物，多加比对，自然有所体会。
刀的瑕疵主要有如下几类：
刃切指在刃上的崩口，而伤口的尖角若与刀身几成直角，是最为糟糕的情况，这样的刀已经很容易折断；而假如伤口的尖角呈斜向，刀身折断的可能性就会降低。伤口与刀身几近平行称为“刃割”；而“乌口”指在切先处呈斜向出现了刃切，形似乌鸦嘴。
刃毁在刃上出现的崩口，但底部浑圆，不像刃切那样呈尖角，其裂痕不会扩大，刀身就不致由此折断。刃毁虽也是缺陷，但能出现刃毁的刀也证明其工艺水平不低。
刃染若钢材中的碳不能平均分布，刀身某部分会显得特别暗淡无光。
胀折返锻打的时候，如空气渗入钢铁的叠层中，此处便不能完整焊合，制成的刀剑内里就藏着一个气泡，经多次研磨，气泡暴露在外，影响观瞻。
埋金外嵌的金属，代表此处有瑕疵而故意掩盖。
割折返锻炼的时候，有部分叠层没有完全焊合，刀身会出现与刃平行的裂痕。如果不太严重，一般也可以接受。如对于本身就是平行纹理的柾木肌刀条来说，这种情况不算瑕疵。在栋上出现的割称为“栋割”。
刀鎺钓
刀身平时插在刀鞘之中，为了免于插入拔出时使刀身与刀鞘之间摩擦而致刀身划伤，武士刀的刀鞘都做得较为宽松，只靠刀条磨光的栋滑进滑出。但这同时带来了一个问题，就是刀身与刀鞘无法紧密结合，一不小心会掉出来。因此，刀身根部加了一个刀鎺钓，使它托住刀身。刀鎺钓的设计可能是源于中国剑的“吞口”。
刀鎺钓的材料一般是用铜制，因为铜质地柔软，易于与刀条的形状相配合，而不会划到刀的表面。
刀鎺钓虽然只是一个很小的配件，但工匠们仍然用千变万化的锉印使其显得更加美观，而且尽可能使箔片表面粗糙，增大和刀鞘的摩擦。