《唐璜》的脚本也自达·蓬泰改编。1787年首演。它取材于西班牙一个有名的民间传说。当时，该传说有各种版本广泛流传于欧洲各国，并已有话剧、歌剧、芭蕾等艺术形式，莫扎特和达·蓬泰选用了G.贝尔塔蒂的歌剧脚本《石客记》（意大利作曲家G.加扎尼加作曲），在剧情和人物方面作了较大的改动。通过贵族唐璜这个矛盾的人物及其欺骗、损害妇女行为的可鄙下场，揭露了封建贵族的腐烂生活，同时又肯定了主人翁蔑视封建礼教，追求幸福的一面。这是一部具有伦理道德意义的歌剧，反映了18世纪80年代末开始的德奥知识界对道德伦理问题的兴趣和关心。它是莫扎特在意大利趣歌剧的基础上发展歌剧式戏剧的重要作品。在处理这部歌剧的音乐时，莫扎特加强了对人物的心理刻划，使人物的形象更为复杂、真实，同时运用戏剧化的重唱，增强歌剧的矛盾冲突。
《魔笛》是莫扎特1791年逝世前几个月写完和演出的最后一部歌剧。其脚本是由莫扎特的老朋友热心于德国民族歌剧的一座小剧院经理E.希卡内德提议并编写的。歌剧取材于维兰德的神话《露露》。通过主人公为追求理想而进行艰苦斗争，最后取得胜利的故事，歌颂了光明必将战胜黑暗的思想。这部歌剧所反映的思想，和莫扎特追求启蒙主义和对“共济会”的自由、平等、博爱的理想有密切的关系。其中几个主要角色可能隐喻了当时社会现实中的人物。例如大祭司萨拉斯特罗使人联想到前不久去世的共济会首脑、莫扎特的朋友博恩。莫扎特采用了典型的新教众赞歌式的音乐塑造，使他的音乐具有庄严、崇高的性质；反面角色夜后，则可能是影射玛丽亚·特蕾西亚（她在位期间曾镇压共济会），这个角色需自技巧较高的花腔女高音扮演，其音乐表演难度较大而没有内在的感情，剧中的英雄塔米诺王子可能是比喻同情共济会的约瑟夫二世，他的音乐优美动人，采用的是正歌剧中的抒情咏叹调，帕米娜是人民高尚精神的象征，音乐十分优美，半人半鸟的幻奇性人物帕帕盖诺及其妻子是劳动人民的化身，他们的音乐带有鲜明的德奥民间风格。这部歌剧是莫扎特在德国及奥地利歌唱剧和神话剧的基础上，发展德国民族童话歌剧的代表作，它标志着18世纪德奥小歌剧发展告一段落，并为后来德国的浪漫主义歌剧的产生打下了基础，成为后者的先驱。
交响曲
莫扎特一共写了约50部交响曲，其中41部有编号，并象其他器乐作品一样可以分为若干组。交响曲大部分是早年受各种不同音乐风格影响写成的，因而带有模仿不同风格的痕迹。其中可以看到J.C.巴赫，G.C.瓦根赛尔M.G.莫恩，特别是海顿以及以J.斯塔米茨为代表的曼海姆乐派等风格的影响。
莫扎特最有代表性的交响曲有7部。其中《第三十一交响曲》（《巴黎》）是为当时欧洲最杰出的交响乐团之一的巴黎交响乐团谱写的，具有巴黎的音乐风格和丰富的音响，《第三十五交响曲》（《哈夫纳》）实际上是一首小夜曲，《第三十八交响曲》（《布拉格》）常被人们称作“没有小步舞曲的交响曲”，它只有3个乐章，不再是对意大利交响曲的风格模仿，而是一部地道的维也纳交响曲，《第三十六交响曲》（《林茨》）反映了莫扎特受海顿交响曲创作的影响。
莫扎特的最后3部交响曲──降E大调、g小调和C大调交响曲是他最优秀的交响乐作品。它们都写于1788年6~8月的6个星期之内。人们通常将它们划归为一个组，但三者之间各有其特点：降E大调《第三十九交响曲》明朗愉快，充满了诗意；g小调《第四十交响曲》富有戏剧性，有海顿式的乐观主义情绪，但在技法上又完全不同于海顿，被称为莫扎特的“英雄”交响曲；C大调《第四十一交响曲》（通常被称为《朱庇特》）宏伟豪迈，乐观向上，预示了L.van贝多芬的英雄交响曲的出现。
莫扎特的交响曲（尤其最后3首），是贝多芬之前的全部交响曲创作的最高成就。他的突出贡献在于重视各乐章之间以及乐章中的主题之间的对比性。
协奏曲
是除歌剧以外，莫扎特在音乐创作上贡献最为突出的体裁之一。他一生写了50余部各种独奏乐器与乐队的协奏曲。这些作品在巴罗克协奏曲的基础上，确立了18世纪古典主义协奏曲的结构原则：3个乐章对比并置的套曲结构（第1乐章奏鸣曲式，第2乐章是类似咏叹调式的抒情乐章，第3乐章具有舞蹈性或通俗性格）；双呈示部，独奏乐器有技巧性的华彩段等。同时加强了独奏乐器的地位，强调了它不同于协奏乐队的音乐性格。由于莫扎特的这些成就，使协奏曲不再片面表现技巧，而使之具有与交响曲同样深刻的意义。莫扎特成为近代协奏曲形式的创始人。
在莫扎特的协奏曲中，钢琴协奏曲占有突出的地位。共写了27部，其中代表作有d小调、c小调、A大调等。此外，还有7首小提琴协奏曲，其中G大调、A大调、D大调的3首比较突出。在管乐协奏曲方面，《A大调单簧管协奏曲》也很突出。其他是4首圆号协奏曲，1首《长笛竖琴协奏曲》等。
奏鸣曲套曲
莫扎特写了17部钢琴奏鸣曲、6部小提琴奏鸣曲和35部钢琴小提琴奏鸣曲等，对古典奏鸣曲套曲的发展有一定的贡献，确立了维也纳古典乐派3个乐章的奏鸣曲套曲形式。在钢琴奏鸣曲方面，他完成了从哈普西科德风格到钢琴风格的过渡。在他80年代的钢琴奏鸣曲中，已使钢琴的效果和音域得到了发挥，如《A大调钢琴奏鸣曲》（1783）《c小调奏鸣曲》（1785）等。前者体现了他的生活风俗性的特点，后者显示了尖锐的对比并置与戏剧性的力量，预示了贝多芬钢琴奏鸣曲的诞生。莫扎特的钢琴小提琴奏鸣曲，从意大利A.科雷利G.B.萨马蒂尼等人的影响中逐步解放出来，形成了自己独立的风格。从1778年开始，莫扎特就将钢琴和小提琴两件乐器摆在同等重要的地位，如降E大调（1781）、降B大调（1784）、降E大调（1785）、A大调（1787）等几首都较成功。
室内乐
在莫扎特写作的23首弦乐四重奏中，最好的是献给海顿的6首（1773），它们从不同的侧面反映了莫扎特的思想和风格──真挚亲切、明快开朗的性格和乐观主义的精神状态。与海顿、贝多芬不同的是莫扎特的天才不是表现在四重奏方面，而表现在五重奏上。其中最为突出的是《C大调弦乐五重奏》（1787）和《g小调弦乐五重奏》（1787）。前者在曲式结构、主题处理等方面有创新，后者是一部悲剧性的作品，反映了作者对社会现实的忧虑与思考。此外，《A大调单簧管五重奏》和几首中提琴五重奏也被誉为他的代表作。
宗教音乐由于职务的关系，宗教音乐在莫扎特的作品中占有很大部分。其中以他临终前创作的《追思曲》最有代表性。这部作品注入了作者对整个人生的深刻感受，表现了他作为市民音乐家一生所遭受到剥削、屈辱冷遇、贫困的痛苦和他对光明欢乐始终不渝的追求与向往。莫扎特写了乐曲的大部分，剩下的由他的学生F.X.叙斯迈尔忠实地按照他的计划和风格予以完成，并于1793年12月以瓦尔泽格伯爵作曲的名义演出。
除上述各种体裁外，莫扎特还写了大量的嬉游曲小夜曲、舞曲等。在这些风俗性的作品中，莫扎特采用了民间音乐的因素。反映了他和民间音乐的联系，它们大都具有轻松活泼的特点。其中《G大调弦乐小夜曲》影响较大，它既包含了清新、生动活泼的情绪，又具有宽广、纯朴的抒情性。
总的说来，莫扎特的创作成就遍及各个音乐领域。它们反映了18世纪末，处在被压迫地位的德奥知识分子摆脱封建专制主义的羁绊，对美好社会和光明、正义人的尊严的追求。他的音乐风格具有诚挚、细腻、通俗优雅、轻灵、流丽的特征，大都充满了乐观主义的情绪，反映了上升时期的德奥资产阶级乐观向上的精神状态；在维也纳后期的创作中，也出现了悲剧性、戏剧性的风格，对社会矛盾的反映更趋深刻。
莫扎特去世后，尸骨安葬在圣马克斯墓地。地址：St. Marx Friedhof，Leberstrasse 6—8，1110 Wien。
他的墓碑于一八九一年从圣马克思墓地移到了中央陵园名人墓地32A的第55号墓穴，莫扎特的一座大理石纪念像创作于一八九六年，如今这座塑像坐落在城堡花园，是游客们乐于观光的地方。