他根据多年的教育经验，亲自制订了《白鹿洞书院教规》，即：1、教育目的：父子有亲，君臣有义，夫妇有别，长幼有序，朋友有信。2、为学之序：博学之，审问之，慎思之，明辨之，笃行之。3、修身之要：言忠信，行笃敬，惩愤窒欲，迁善改过。4、处事之要：正其谊，不谋其利；明其道，不计其功。5、接物之要：已所不欲，勿施于人；行有不得，反求诸已。以及循序渐进的学习方法，熟读精思的学习原则。这是以程朱理学为指导思想的典型的教育纲领。这个教规，是世界教育史上最早的教育规章制度这一，它不仅为后续中国封建社会七百年书院办学的模式图，而且为世界教育界所注目，国外很多教育家把它当作研究教育制度的课题，而且为世界教育界注目，国外有很多教育家把它当作研究教育制度的课题，他不只兴书院，订规章，经常亲自授课讲学，每逢休沐，即亲至书院与学生一起质疑问难。朱熹对教学要求十分严格，有一次，在赴白鹿洞书院讲学时，曾写过一首诗赠给学生：“诸郎有志须精学，老子无能但欲眠。多少个中名教乐，莫谈空谛莫求仙。”以告诫弟子精学儒家名教，因是白鹿洞书院规模和教学质量均为全国之冠，四方好学之士，负发裹粮，前来求学。建昌人胡泳。李燔、吕炎和吕涛兄弟，都昌人黄灏、彭浔和彭方父子，彭蠡（今彭泽县）人冯倚，星子人周颖等，均学有专攻，后来都成为传播理学的重要人物。
朱熹在南康任职期间，在推行教化、整顿吏治、兴利除弊等方面政声显著，于淳熙八年（1181年）任满，暂回崇安故里。光宗时，赵汝愚奏为待制、侍讲。时韩胃擅权，排斤赵汝愚。庆元年（1195）年，赵汝愚罢相。朱熹、彭龟年指责过韩，均得罪。三年，将赵汝愚、朱熹等五十九人著于“伪学逆党藉”，而朱熹被定为“伪学之首”史称“庆元党禁”。两年后，朱熹病逝，享年72岁。理宗时，赠太师，追封信国公，从祀孔庙。
朱熹一生勤奋好学，关心国事民情，曾立志报效朝廷，献身国家民族。然而南宋王朝政治极端腐败，统治阶级内部不断争权夺利，使他在仕途上一再遭受挫折，不能得志，终于绝意于官场，潜心学术，致力于著书立说，教书育人，成为南宋时期著名的哲学家、教育家，他广注典籍，对经学、史学、文学、教育学、乐律以至自然科学都有不同程度的贡献。在哲学思想上，他从二程关于理气关系的学说、集理学之大成，发展成为一个完整的客观唯心主义的理学体系，世称朱程学派、又称闽学、考亭学派。他认为“理在先，气在后”，但其宇宙形成说却能接受古代科学成果，主张阴阳二气的演化论，如从高山上残留蚌壳论证地质变迁（原为海洋）说等。在人性论上，他强调“天理”和“人欲”的对立，提出“去人欲、存天理”，以缓和社会矛盾。其社会历史观，又主张恢复三代之治，愿“周孔之道常在”。他的理学，一直成为后来封建地主阶级统治人民的理论工具，在明清两代被奉为儒学正宗的地位，他的博览和精密分析的学风，对后世学者很有影响，日本在德川时代，“朱子学”也颇流行。他进行学术研究和讲学紧密结合，师生共同研究著述的经验是值得借鉴的。他在教学实践中的经验，对后代书院的发展、自由讲学风气的提高、学术研究空气的浓厚都有影响。他的学术著作很多，有《四书集注》、《太极图说解》、《通书解说》、《周易读本》、《楚词集注》，后人辑有《朱子大全》、《朱子集语象》等。其中《四书集注》成为钦定的教科书和科举考试的标准。
朱熹在同“兼领学事”，直接管理地方教育。他积极扩建县学，在明伦堂左边建教思堂，又增设志道、据德、依仁、游艺四斋，在文庙大成殿后倡建经史阁，多方征集图书900多卷藏于其中。在城隅隙地开辟射圃。他不辞劳苦，足迹遍金厦，采风劝学。还善于发现人才，重用人才，访得本县徐应中、王宾位进土善于讲学，且德行诚实，就向县令举荐，聘二人到县学任教，同时“选秀民充弟子员，一时从学者众”。在学校管理方面，朱天认为要以理喻人，他说：“学校之政，不患法制之不立，而患理义之不足以悦其心。”但他对违法乱纪的生员，也决不姑息迁就。他看到有些生员学习不认真，或投机取巧，或未到散学时间就回家，就专门写了.《同安县沂学者见洲诸生》、《补试榜湖等文告，要大家学习古人“爱日不倦，而竟尺寸之阴”，仿效“君子之学，以诚其身，非特为观听之美而已”，能“致思于科举之外”、“使学者有成材，而库序有实用”，坚决反对“假手程文，以欺罔有司”的市侩作风。
朱意在同安虽然只有5年，但他的诲人不倦、孜孜以求的治学精神对同安文化却有极为深远的影响。他一生讲究读书方法，曾极有见地的指出：“读书负多，最是大病，下相都理会不得。若到闲时，无书读时，得一件书看更仔细。”他培养了许升、王力行等门徒及许许多多的“再传弟子”。同安县的讲学之风，正是从朱房簿同才兴起的。元至五十年（135年）建的“文公书院”供奉着朱熹画像，既是后代传道授业的场所，也表达了后学对这位先贤的敬仰与怀念。
朱熹的学说为：
1、理气论：朱熹认为，宇宙万物都是由“理”和“气”两方面构成的，气是构成一切事物的材料，理是事物的本质和规律；在现实世界中，理、气不能分离，但从本原上说，理先于气而存在，这是客观唯心主义的观点。由理气论引申到理事论，朱熹进一步发挥了程颐关于理事的“体用一源，显微无间”，认为一切事物中都有理，理虽无形迹，但却包含了事物的本质及其发展的可能性。朱受又发挥了程颐关于“理一分殊”的思想，他把“理”之全体称为“太极”，这个太极就是一，是宇宙的本体；就每一事物来看，它们都完整地禀受了这个理（太极）人微言轻自己的本性，就像天上的月亮只有厂个，却完整地映现在每条江河之上。
2、心性论：朱熹曾认真地研究了《中庸》关于“已发”、“未发”的思想，以及二程以来诸儒对此问题的讨论，其观点在四十岁前后有所不同，前期认为“心为已发，性为未发”，这个思想是受到胡宏的影响；后期则修正了自己的观点，认为“已发”、“未发”提心理活动的不同阶段或状态，并以“未女”为性，“已发”为情。在心性论方面，朱高提出了重要的“心统性情”的理论，这是他对张载思想的发展，认为性是心之体，情是心之用，心是包括体用的总体。对“性”的概念，朱熹又区分了“天命之性”和“气质之性”两个层面，前者指人禀理而生、专以理而言。纯粹至善的性；后者指人禀气而有形的、有清浊偏正善恶的性，这是他对程颐思想的发展。在此基础上，朱熹又提出了“道心”、“人心”的范畴，认为道心即“天理”，恶的人心就是“人欲”。
3、认识论：朱熹发挥了《大学》关于“格物致知”的思想，对“格物”的解释，朱熹认为，一是“即物”即接触事物，二是“穷理”即研究物理，三是“至极”即穷理至其极；对“致知”的解释，朱熹认为是“推极吾之知识，欲其所知无不尽也”，即扩展、充广知识，致知是格物的目的和结果。总的说来，朱熹的理论是对程颐“格物穷理”认识论的发展。朱熹为了发挥其思想，提出《大学》篇中缺失对“格物致知”的解释，于是还专门作了《补格物致知传》。与认识论相关的，在知行观上，朱熹提出了“知先行后”的观点，认为知的目的在行，即实地践履，若想践履，必须先知，不过朱熹也强调知和行不能偏废，“知行学相须”；与传统儒家的观点一致，朱熹的知行观主要强调的也是道德的践履问题，而不是认识的来源问题。
4、功夫论：在修养功夫方面，朱熹主张“主敬涵养”，他不仅发展了程颐“涵养须用敬”的思想，也吸收了程门弟子及他自己的修养体验。朱熹的“主敬”理论突出强调了“未发”，即人在无所思虑及情感未发生时，仍须保持一种收敛、谨畏和警觉的知觉状态，最大程度地平静思想和情绪，这样就可以涵养一个人的德性；此外，朱熹也注意人在动的状态中的“主敬”，这是贯穿于“未发”和“已显’、知和行的全过程。而人们学习和道德修养的目的，朱熹认为就在于“存天理，去人欲”。这一结论一方面有维护封建统治秩序的意味，但另一方面，在伦理学上则有用理性原则来作为社会普通道德法则的意义。
在经学方面，朱熹有许多著作，如：《易》有《周易本义》、《易启蒙学》、《耆卦考误》、《易传》、《古易音训》、《损益象说》、《易答问》、《朱文公易说》等；有《书古经》、《书传缉说》、《书说》、《文公书说》、《书经问答》等；《礼》有《仪礼经传通解》、《仪礼经传图解》、《朱子井田谱》、《礼记辩》、《仪礼经传通解续》、《朱子礼纂》等；《孝经》有《考经刊误》、《考经存异》；《四书》有《四书集注》、《四书或问》、《论孟精义》、《中庸辑略》、《大学集传》、《大学详说》。《大学启蒙》、《论语要义》（两种）、《论语训蒙口义》、《论语详说》、《孟子集解》、《孟子问辨》、《四书音训》等。以上还是不完整的统计，但仅从以上这个数目就足以说明朱熹在经学上的成就。在这些著作中，影响最巨的无疑当推《四书集注》。自元朝中期后，此书成为科举考试的标准解释，一直到清末废除科举为止。朱熹于《四书》几乎用了他毕生的精力，他早年着力于《论语》、《孟子》，晚年尤工于《大学》、《中庸》，辨析毫厘，远在《易本义》和《诗集传》（这两书也为明清科举功令）之上。至于对《大学》分经传、补“格致”，那是出于其经学中的“宋学”之主观立场，此点虽有论辩之余地，却也属可以理解的举措。
朱熹治经，艰苦重汉唐注疏，又不一味推尊，其方法如其在《论语训蒙口义》中所说的：“本之注疏以通训诂，参之释文以正其音读，然后会之于诸老先生之说，以发其精微。”自义理之学兴，学者多以为得孔孟不传之统，对汉儒经注颇为鄙薄，朱熹认为这是不恰当的。所以，他努力把训诂与义理结合起来，这是朱熹对经学的一大贡献。正如钱穆指出的：“朱子于经学，虽主以汉唐三注疏为主，亦采北宋诸儒，又采及理学家言，并又采及南宋与朱子同时之人。其意实欲融贯古今，汇纳群流，采撷英华，酿制新实。些其气魄之伟大，局度之宽宏，在儒学传统中，惟郑玄堪在伯仲之列。惟两人时代不同，朱子又后郑玄一千年，学术思想之递衍，积愈厚而变益新。朱子不仅欲创造出一番新经学，实欲发展出一番新理学。经学与理学相结合，又增之以百家文史之学。”
朱熹一生著述极丰，是中国历史上著作最多的儒家学者之一，《宋史·艺文志》中著录者有四十余种，未著录的尚有二十余种，另外由其弟子或后人编纂的著作也有二十余种。全祖望在《宋元学案》中称他“致广大，尽精微，综罗百代矣”，并非溢美之虚语、朱熹著作中最重要、最有影响的，除《四书集注》外，当推《朱文公文集》、《朱子语类》、《朱子家礼》。