另有一种说法，是胡惟庸诡称他家中的井中涌出醴泉，邀请皇帝临幸。御驾行至途中，被宦官云奇拦住，想要揭露胡家正埋伏士甲以等待时机杀害皇帝，但由于过度紧张而没说出话来。朱元璋十分恼恨，左右卫士几乎打断了云奇的手臂，但他仍奋指胡惟庸的家。朱元璋这才恍然大悟，登上皇城向胡家眺望，果然见胡家“壮士裹甲伏屏间数匝”，于是“亟调禁兵捕擒之”。
这种说法富于戏剧性，而不合乎情理。首先，从洪武十二年（1379年）九月到十三年（1380年）正月，朱元璋和丞相之间的矛盾斗争越发激烈，废丞相只是早晚的事，仅在案发之前数日杀汪广洋就明确地说明了这一点。君臣之间并非相互信任，而是关系异常紧张，怎么可能“邀帝临幸”，而又竟然“帝许之”呢！
其次，朱元璋身为皇帝，出行不可能如此草率，凭他多疑的性格和丰富的经验，“井出醴泉”之类的话在没有预先了解清楚的情况下岂能轻易相信，应不会轻举妄动。再次，洪武初年，大明帝国建立不久，政务繁多，朱元璋“忧危积心，日勤不怠”，难有如此雅兴。
关于胡惟庸谋反一案，一般都认为没有足够的依据，有些扑朔迷离。或许这是人们比较注意强调朱元璋嗜杀多疑和意欲废除丞相这一动机，而忽视了相权的抗争这一方面。从双方政治斗争的逻辑上分析，应该说胡惟庸是有谋反企图的，有其必然性。其实有很多记载这个事件的资料，王世贞就曾说：“史之纪兹事详矣。”说朱元璋完全是在罗织罪名，似乎不确。
另外，胡惟庸、陈宁一伙为人都十分残暴。上边提到胡惟庸因儿子骑马而造成草菅人命一事即可见一斑。史载陈宁“在苏州征赋苛急，尝烧铁烙人肌肤，吏民苦之，号为陈烙铁”。朱元璋因此事而责怪陈宁，他却没有改正。他的儿子也多次劝谏，陈宁大怒，“捶之数百”，竟将其子活活打死。“太祖深恶其不情，曰：‘宁于其子如此，奚有于君父耶！’”
事情并没有因胡惟庸的死而了结。洪武十八年（1385年）有人告李善长的弟弟李存义实为胡惟庸的同党。几年后由李存义又牵连李善长，说李存义多次受胡惟庸的指使而进说李善长，胡本人亲自往说，并答应事成之后，“当以淮西封地为王”，李善长最后的态度是“吾老矣，吾死，汝等自为之”。林贤与日倭串通一事在洪武十九年十月败露，二十一年（1388年）蓝玉征沙漠，俘获封绩，李善长却把他藏了起来。洪武二十三年五月，封绩被捕，这时李善长家奴卢仲谦告发李善长与胡惟庸来往的情况，而陆仲亨家奴封帖木亦揭发陆仲亨与唐胜宗、费聚、赵庸三侯同胡惟庸密谋造反的情况。
李善长所犯罪行是“知逆谋不发举，狐疑观望怀两端，大逆不道”，朱元璋以星相变动为借口，认为该变动大臣，赐太师李善长自缢，诛其妻女弟侄全家七十多口。说李善长想谋反，似乎证据不足，但知情而不报，做“观望怀两端”，并非就没有可能。实际上无论他是告发胡惟庸，还是支持胡惟庸，其后果都具有危险性。
吉安侯陆仲亨、延安侯唐胜宗、平凉侯费聚、南雄侯赵庸、荣阳侯郑遇春、宜春侯黄彬、河南侯陆聚等都没能逃脱干系，并且追坐了很多已故的人，如营阳侯杨璟、济宁侯顾时等。
直到洪武二十五年（1392年），仍有靖宁侯叶升以胡党伏诛。
朱元璋借口要肃清逆党，而进行大规模杀戮，坐诛者三万余人，株连蔓引，十几年都没安定下来，并作《昭示奸党录》，布告天下。胡惟庸认罪后，被凌迟处死，满门抄斩，屠灭三族。
徐达之死
占领应天后，朱元璋有了根据地，也基本上解决了粮食问题，但军事形势极为严峻：元将定定在东边据守镇江；青衣军张明鉴据扬州；张士诚占据平江、常州，后来又占据了浙江西部部分地区；元将八恩尔不花驻守徽州，右抹宜孙驻处州，石抹宜生驻婺州，而衢州又有宋伯颜不花防守；天完徐寿辉则攻占了池州。
为改变这种不利局面，朱元璋在占领应天后，于当月任命徐达为大将军，统兵东下，进攻东线的要地镇江。
大军出发之前，朱元璋为了整顿军纪，防止士兵进城后抢掠，故意找徐达的错处，说要按军法论处。暗地里让李善长当着众人的面苦苦求情，才给他松绑，而且当面告诫说：“我从起兵开始至今，没有乱杀过人。现你们去攻城，不要伤害无辜，在攻城时，不要烧杀抢掠。如有违犯则按军法论处，纵容军士的军官也一并处死。”徐达等率军进攻镇江，没用两天就把守城的元军打败了，杀其守将定定、段武。徐达率军从仁和门入城，部队军纪严明，因此很得老百姓的拥护。
徐达由于攻打镇江而升任统军元帅。他在安抚地方百姓、督促他们进行农业耕作的同时，仍然攻下了金坛、丹阳等地，巩固了这个位居最东边的前沿阵地，防止张士诚的西侵。
同年七月，朱元璋在应天自称吴国公，设立了自己的行政机构及军事管理机构江南行枢密院，任命徐达为同佥枢密院事。徐达身为江南行枢密院同佥、镇江统军之帅，在抵御了张士诚的多次进攻后，乘胜进围常州。
但是，常州守敌死守城池，不肯出降，加上城内兵粮充足，徐达等攻打不下。朱元璋为示公允，即依军法降了徐达及其属下一级官职，并写信责备徐达说：“虐降致叛，劳师无功，此吾所以责将军，其勉思以补前过。否则必罚无赦！”徐达由于久攻常州不得而受到朱元璋的指责，还要应付张士诚军的一次次反扑。但徐达沉着指挥部队作战，并没因受这些困扰而有所贻误，使张军的企图难以得逞。同时，在城外三十里外驻扎的常遇春、廖永安、胡大海等率部前来增援，内外呼应，张军大败，生擒敌将张德。残敌溃逃奔入城内。见常州危急，张士诚便派了手下悍将吕珍夜间潜入城内，加强防守能力。徐达督军轮番猛攻，吕珍眼看士气低落，支撑不了，便弃常州而逃。到至正十七年（1357年）三月，终于胜利地打完了长达半年之久的常州攻坚战。朱元璋在常州设立长春枢密院，由徐达担任佥枢密院事，汤和担任枢密院同佥，统兵镇守该城。
接着，徐达乘胜进攻宁国，俘获十万余降兵，战马二千匹，然后又出师宜兴、常熟、江阴马驮沙（今江苏靖江）等地，朱元璋尽据了宜兴的靖江一线地区。
经过两年多的征战，朱元璋已经逐渐稳固了以应天为中心的江南政权，大体控制了今江苏、安徽南部和浙江西北部地区。作为朱元璋手下主要战将的徐达立下了显赫战功。
至正二十三年（1363年）四月，陈友谅“忿其疆土日蹙”，建造高数丈的巨舰，集合起号称大军60万的人马，倾巢而出，进围南昌。朱军守将朱文正、邓愈、赵德胜、薛显率领全城将士殊死搏战，坚守85天，陈友谅屯兵在坚城下，前进不得。南昌守军浴血奋战，为朱元璋从容调兵遣将平定陈友谅赢得了宝贵时间。
七月初六，朱元璋命令徐达回师救援南昌。朱元璋在龙江（今江苏南京兴中门外）誓师，亲率大军二十万进攻陈友谅。陈友谅闻讯后，遂解南昌之围，返回鄱阳湖应战。这场决战关系到双方的生死存亡，史称“鄱阳湖之战”。徐达作为主攻部队，率军先行，首先与陈友谅在康郎山（今江西南昌康山）相遇，徐达部初战告捷，一举击败陈友谅前锋，斩杀1500余人，缴获巨舰一艘。接着俞通海等乘风发射火炮，焚毁敌船20余艘，烧死、溺死很多敌军。双方整整在康郎山鏖战一天，湖水被血染成了红色，炮火硝烟把天空都遮得暗无天日。当天晚上，为防止东线张士诚利用鄱阳湖大战之机来袭，朱元璋派徐达撤回应天防守。朱元璋指挥将帅士卒继续与陈友谅在鄱阳湖上血战，陈友谅被击毙，陈军主力全被歼灭，取得鄱阳湖大战的胜利。
徐达回到应天后，对部队严格训练，以增强东线的兵力。缉查奸细，修缮城池，使张士诚无缝可钻，不敢贸然来犯。
鄱阳湖大战后，朱元璋还归应天，徐达等率军攻克庐州。不久，朱元璋令其再次回湖广前线作战。徐达领兵先后攻克了江陵、夷陵（今湖北宜昌）、湘潭州（今湖南湘潭）、辰州（今湖南沅陵）、衡州（今湖南衡阳）、宝庆（今湖南邵阳）、靖州（今湖南靖州县）等地；将陈友谅的残余势力彻底消灭，占领湖湘地区。徐达在消灭陈友谅割据集团的战役中，历数十战，战功赫赫。朱元璋在至正二十四年（1364年）正月称吴王后，为表彰徐达的功绩任命他为左相国，位居众将之首。
至正二十五年（1365年）十月，徐达等奉命率马步舟师水陆并进，攻克淮东、泰州等地。大军渡过长江，一举攻克泰州海安坝，进围泰州。浴血奋战了一个多月，泰州终被攻克，而且擒住了守将严再兴五千兵士。之后，徐达又攻下通州、兴化、濠州等地。徐达在这些战斗中，师出迅捷，变化无穷，充分表现了他卓越的作战指挥才能。
至正二十六年（1366年）八月二十日，朱元璋任命徐达为大将军，常遇春为副将军，率军20万讨伐张士诚。徐达用反间计使张士诚的老巢平江陷于孤立无援的境地。次年，徐达亲率将士攻破葑门，大军一拥而上，进入平江城内。张士诚匆忙间率兵巷战，但其手下将士已无斗志，纷纷投降。死到临头的张士诚，纵火焚死其妻儿，闭门上吊自杀，被其部将解救，徐达将其押送到了应天。攻取城池的那天，徐达严格约束部下，立下军令：“掠民财者死，毁民居者死，离营二十里者死！”率军入城，纪律严明，老百姓丝毫未损，因此深得民心。徐达论功封信国公，是此次封赏的最高爵位。
至正二十七年（1367年）十月二十一日，徐达为征虏大将军、常遇春为副将军，率师25万由淮入河北占领中原地区。十二月攻克济南，收俘元军3855人，马429匹。在北伐军取得节节胜利的形势下，次年正月朱元璋在应天登基建制，建国号为大明，建元“洪武”。徐达被封为中书右丞相，兼太子少傅。
逃至上都的元顺帝，仍保持一套政府机构，且有一定的军事实力。洪武二年（1369年）二月，徐达统帅大军攻取山西、秦陇。在扫平山右、出师秦陇的作战过程中，徐达乘扩廓帖木儿北出雁门关进攻北平之机，乘虚直捣太原，一举倾覆扩廓的营地，使其进退失据，平定山西。他抓住陕西元军李思齐、张思道遥遥观望、举棋不定的时机，直入奉元，进逼临洮，围困庆阳，降李思齐，斩张思道，威震关陇。徐达用兵变幻出奇，料敌制胜，其过人的胆略和指挥才能又一次表现出来。
徐达平定关陇后，明朝已占领了北方的今河南、河北、山西、陕西、宁夏、甘肃一线。但扩廓帖木儿仍在沈儿峪（今甘肃定西西北）驻扎，火儿忽答在云州（今河北赤城北云州镇）驻扎，纳哈出驻屯金山，失喇罕驻军西凉州（今甘肃武威）。扩廓帖木儿在西北活动猖獗，趁徐达平定关陇军队回京师之际，向兰州大举进攻。洪武三年（1370年）春，徐达征尘未洗，又受命为征虏大将军，率李文忠、冯胜、邓愈、汤和等分兵两路，来扫清在北方出没的元朝残余力量。徐达从潼关向西进军，出西路捣定西，进攻扩廓。此次徐达率军北征，取得较大胜利，元朝残余势力被迫撤向应昌、定西一线北侧。从此，明朝开始稳定其北方的防线。
同年十一月，朱元璋亲自到龙江迎接北伐回朝的徐达等将士。随后，大封功臣，徐达被授开国辅运推诚宣力武臣，特进光禄大夫、左柱国、太傅、中书右丞相参军国事，封魏国公，岁禄五千石，子孙世袭。
洪武五年（1372年）正月，为了进一步打击残余元军，徐达再次以征虏大将军的身份率军北征。这次军事行动规模很大，分兵三路，“肃清沙漠”。徐达从雁门关出塞，作为中路军，直趋和林。三月，徐达部队抵达山西边境，派蓝玉为先锋，出雁门关向北挺进。蓝玉在野马川打败扩廓部流动部队，徐达率军至土剌河（今蒙古人民共和国境内土拉河）。扩廓败逃后，与贺宗哲合为一军，在岭北设下埋伏，抵制徐达部队。扩廓、贺联军拼死进攻，明军被挫，死伤达几万人。徐达处变不惊，收缩战线，坚守营垒，才免遭大败。然后，徐达整顿军队返回，敛兵守塞。扩廓军队见此未敢贸然追击。
由于一时难以消灭元军残余力量，明朝对北方的战略从以攻为主转为以防御为主。从此，徐达长期在北平、山西一带练兵备边，在北平镇守了十几年。
徐达镇守北平期间，先后三次将山西农民迁徙到北平屯田种地，来加强北方的防备力量。徐达将他们分散到长城沿线各卫所，按其户籍服役课税。发给军户衣服、食粮，使应军差；分给民户田地、牛、种子，使纳租税。前后移民达35000多户，19万余人，建立屯田点250余个，开垦1300多顷荒地。徐达的这些措施缓解了北方军队的粮饷供应问题，逐渐稳定了明朝北部边疆。同时，徐达对士卒加以严格训练，缮治城池，加强守备，时时防备元军残余的侵扰。明朝建国后，在文臣地位日渐提高之下，过去立下汗马功劳的武臣渐渐受到冷遇，但徐达始终受到朱元璋的重用，为防御明朝北方的安全殚精竭虑。
尽管朱元璋厚待他，但徐达非常耿直，谦虚谨慎，位居显位而不骄不躁。
他常年征战在外，戍守边疆，在京城里竟连一处像样的住所都没有，这又促使朱元璋格外地亲近和喜爱他。为此，朱元璋曾打算赏给他原吴王府宅。然而，徐达毅然不肯接受。朱元璋灌醉了徐达，把他抬入邸中安寝。次日酒醒，徐达惶恐万分，连称死罪。朱元璋很高兴，又另外给其建立府宅，赐名“大功”。当时明朝已经建制，昔日功臣未免恃功跋扈，朱元璋对此十分厌恶。徐达开国功称第一，当然最遭猜忌，徐达追随朱元璋数十年，早已摸清朱元璋的心思。他力求免祸，处处小心谨慎。洪武十七年（1384年），星相学家声称：“太阴数犯上将”，应在徐达功高震主，由此，朱元璋明显地疏远了他。
这一年徐达在燕京居住，背上生了个大疖子，名叫背疽，俗称“搭背”。俗话说：“病怕无名，疮怕有名。”徐达得的正是有名的疖子，可以说无药可救。
朱元璋很挂记他，便下诏让徐达到京师养治。洪武十八年（1385年），徐达回到南京。在医生的精心调治下，徐达的病情有所好转。
朱元璋听说徐达的病情好转，心里也很高兴，便亲自来到徐达住的地方探望他。见皇帝来了，徐达欲起身跪拜，朱元璋连忙制止，并在徐达床边坐了下来，和徐达闲谈起来。朱元璋猛然发现徐达身边有一本兵书，心里非常不高兴，脸色立即阴沉下来，一会儿便起身告辞了。朱元璋回到宫中，便有些心神不宁，怀疑起徐达来，他决心要除掉这个可疑之人，以免后患。于是派人给徐达送去一盘蒸鹅，其用意十分明显，因生背疽之人最忌吃蒸鹅，会引发死症，徐达吃了蒸鹅，病情果然加重，没多久就死了。
徐达死时年仅54岁，被追封为中山王，谥“武宁”。赐葬钟山，配享太庙，名列功臣第一。
李善长功高获死罪
李善长（1314～1390年），字百室，凤阳定远人，明朝开国元勋。洪武三年（1370年）大封功臣时，朱元璋说“拿他比作萧何，也不过分”。后因“谋反罪”被杀，故鲜为世人所传。