第二，就算李建成为了防患于未然，打算彻底消除威胁他储君地位的危险因素，那么他要对付的人也应该是秦王李世民，而不是高祖李渊。因为直到武德七年（624年），李渊仍然是李建成最大的政治靠山，而且即便是在李建成多次违规操作被揭发的情况下，李渊仍旧一如既往地对他寄予信任，否则也不会在前往仁智宫避暑的时候命太子监国、留守长安。
但是令人匪夷所思的是，李建成串通杨文干谋反的目的却是为了篡夺皇位。
换句话说，他们矛头所指正是李渊本人。试问，在明知道李世民对其太子之位虎视眈眈的情况下，李建成怎么可能动手推翻自己的政治靠山呢？除非他有绝对的把握将李渊和李世民一举除掉，否则以李世民的军事才能和在军队中的势力来看，李建成这么做无异于是在自掘坟墓。
第三，退一步说，就算李建成真的铁定了心要将李渊和李世民一网打尽，那么他的谋反计划也应该是首先在长安发动政变，彻底控制李渊，一举消灭李世民（在后来的“玄武门之变”中，李世民正是一边控制皇帝一边除掉对手的），掌握了中枢大权后，再命令杨文干在外围起兵响应，这样才能确保万无一失。
可事实恰好相反，李建成偏偏是等到李渊去了仁智宫后，才让杨文干在异地起兵，此时无论是李建成从长安发兵还是杨文干从庆州发兵，一路上都必须经过高祖仍然有效控制的州县，最后才能打到宜君县的仁智宫。这不但是鞭长莫及，而且是打草惊蛇！暂且不说叛军有没有能力打到宜君县，就算其占了先机，一路畅通无阻打到仁智宫，高祖和秦王肯定也早已扬长而去，并且极有可能调集了四方兵马，给他们布下了一个天罗地网。所以说，这样的谋反计划是十分愚蠢的。
李建成纵然军功不及李世民，可他也是开创李唐的元勋之一，其政治智商和军事才能断不至于如此低下！
就算我们换一个角度，假设李建成这么做是想趁李渊离开京师、朝廷空虚的时候夺取政权，那么这个谋反计划是否就变得可行了呢？
很遗憾，这样的设想同样不能成立。
道理很简单，在武德七年（624年）的李唐王朝，论政治号召力，高祖李渊依然是当之无愧的一号人物，他对政权的控制仍然是有力的；而论及在军队中的影响力和势力，可以说整个李唐王朝无出秦王之右者。在此情况下，李建成就算控制了朝廷、占领了京师，他所得到的，无非也是一个政权的空架子和长安一座孤城而已。
而高祖和秦王就算身在宜君县的避暑行宫中，同样可以在政治上和军事上牢牢把握这个帝国，照样可以从仁智宫发出一道道对全国州县具有绝对权威的政令和军令。而这一切，当了多年太子、长期在李渊身边协理政务的李建成绝对不可能意识不到。
综上所述，李建成谋反的可能性微乎其微，而《资治通鉴》中关于这个事件的记载也是漏洞百出，存在太多违背逻辑和自相矛盾的东西。
所以，当代的一些学者在深入研究后也纷纷提出质疑，最后作出了否定的结论。
如李树桐在《唐史考辨》中说：“《通鉴》内，有关杨文干反事连建成案的记载，必与事实不符。”
牛致功的《唐高祖传》称：“事实证明，杨文干造反与李建成没有关系。”
黄永年在《唐史十二讲》中说：“李渊既然对李世民‘恩礼渐薄’，而‘建成、元吉转蒙恩宠’，建成又何必冒险用军事行动来夺取政权？如真有其事，何以第二年李渊还派建成前往幽州以备突厥，毫无恩宠衰薄的迹象？足见统统出于诬陷增饰，不是事实。”
事实上，就连《通鉴》的编纂者司马光本人也不敢肯定太子谋反之事的真实性，所以才会在《通鉴考异》中引用刘餗（《史通》作者刘知几之子）在相关着述中的话，说当时这个事件的起因是有人“妄告东宫”。
所谓“妄告东宫”，关键就在于这个“妄”字。也就是说，尔朱焕和桥公山对太子的指控很可能属于诬告。那么，此二人既然都是太子的手下，又为何会胳膊肘朝外拐呢？
很显然，他们被人收买了，或者是遭到了胁迫。
那么，又有谁会去收买或胁迫他们诬告太子呢？
答案只有一个——秦王府的人。
众所周知，在武德年间，当“两大集团正在进行激烈斗争的时候，与事无关者是不会陷害太子，为李世民出力卖命的”（牛致功《唐高祖传》）。因此，我们有理由认为，不管是尔朱焕、桥公山，还是杜凤举和宇文颖，其背后很可能都有秦王府的力量在驱使和操控！
换言之，李世民就是幕后那只看不见的手。
武德七年（624年）六月二十六日，当高祖对秦王郑重作出废立太子的承诺后，李世民一定以为自己已经在这场漫长的权力争夺中胜出。然而，接下来事态的发展却完全出乎他的预料。
就在他距离太子之位仅有半步之遥的时候，忽然间梦想破灭，功亏一篑，一切都打回了原形——太子依然是太子，秦王照旧是秦王。
李世民竹篮打水一场空。
这到底是为什么？
原因很简单：李渊反悔了。
正当李世民意气风发地率军前去征讨杨文干时，李建成施展浑身解数，动用他的既有政治力量对皇帝施加影响，其中包括齐王李元吉、后宫的嫔妃群和当朝重臣、侍中封德彝，最后终于促使李渊回心转意，收回了废立太子的成命。
要说李渊是因为耳根子软，禁不住这些人的软磨硬泡才改变了主意，那就过于低估李渊的政治智慧了。就像我们前面分析的那样，整个太子谋反事件漏洞百出，李渊不可能对此毫无察觉。尤其是当太子已经被软禁，围剿杨文干的军事行动也已展开的时候，李渊必定会冷静下来，仔细思考整个事件的来龙去脉，这时候他自然会看出此案的众多疑点；再加上身边各色人等的解释、劝说和提醒，李渊就会意识到自己废立太子的决定做得过于草率了。整个事件中唯一能够认定的太子过失，无非就是“私运盔甲”这一条，可要说杨文干的起兵一定是太子的指使，那明显是证据不足的。当然，太子私运军用物资肯定也属于违法行为，但断不至于被废黜！
所以，李渊最后肯定也会意识到，这起事件很可能是有人抓住太子违法的把柄，然后精心制造了一个太子谋反的假象，目的就是颠覆太子的储君之位。
换句话说，这是一起阴谋！
至于说这起阴谋的制造者是谁，那就不言自明了。当时天下，还有谁比秦王更具有相应的动机和强大的策划能力呢？
当然，李渊没有证据，他只能猜测。但就算是这样的猜测也足以让他打消废黜太子的念头了。
他随后就把太子放了，命他仍回京师留守，然后各打五十大板，责备太子和秦王“兄弟不睦”，最后从东宫和秦王府找了几只替罪羊，把他们全部流放嶲州，他们是太子中允王硅、太子左卫率韦挺，以及天策府兵曹参军杜淹。
就在李渊作出上述决定的同时，李世民也轻而易举地平定了杨文干叛乱。
在这场短命的叛乱中，杨文干唯一的战绩就是出兵占领了宁州（今甘肃宁县），可当李世民率领大军进抵宁州城下的时候，杨文干的军队就不战自溃了。
七月初五，杨文干被部将刺杀，首级传送到长安。
武德七年夏天的“李建成谋反案”就这样结束了。
高祖李渊以各打五十大板的方式给这起震惊朝野的事件画上了一个并不算圆满的句号。之所以说它不算圆满，是因为这种“和稀泥”的处置方式即便能够勉强维系太子与秦王之间的平衡，但这却是一种极其脆弱、危机四伏的平衡。
毫无疑问，无论是太子还是秦王，对这个处置结果都不会感到满意。
所以，尽管让李渊深感不快的这一页貌似翻过去了，但是对于不共戴天的李氏兄弟而言，事情却远远没有了结。
不把对方整垮甚至彻底消灭，太子和秦王就绝不会善罢甘休！
名家回眸
历史学家夏曾佑曾这样评说：历史总是尽可能地为胜利者添花增色，在旧史中，李建成是阴险狡诈、好色贪功的纨绔子弟，但真实的李建成与上述形象是有很大距离的。在宫廷政变中失败的李建成并不是一个碌碌无为的平庸之辈，他同弟弟李世民一样，是父亲李渊的左膀右臂。