多尔衮在接见吴三桂第二次派来的使者后，便指挥大军昼夜兼程，直奔山海关，一昼夜行军二百里，于二十一日晚到达山海关外，驻扎在山海关城东北十里左右的欢喜岭。多尔衮为人十分小心谨慎，为防吴三桂有诈，大军安营之后即派人前往吴营探听虚实，严密注意吴三桂动向。与此同时，吴三桂也连连派人敦请清兵入关，多尔衮到此时才完全相信吴三桂。二十二日，吴三桂亲自出关，迎接多尔衮，并投降清军。
清吴双方约定：清兵帮助吴三桂打败李自成后，黄河以北归清，封吴三桂为王；黄河以南归明，立崇祯太子（或诸王）于南京。双方的约定，使吴三桂既得到了较大利益（封王），又多少在世人面前挽回了一些颜面。更为主要的是，双方的约定使多尔衮实现了世代以来的渴望，顺利进入山海关，为入主中原打开了门户。
李自成败归北京后，二十九日在武英殿即皇帝位，三十日被迫离京西撤。清军则自山海关一路穷追猛打，于五月初二兵临北京城下。当时，北京的官绅吏民由于已事先得知吴三桂的檄文，所以一些投降过李自成的明官，如骆养性、沈惟炳等人，一大早便在京城朝阳门外与官民备法驾、卤簿，准备迎接崇祯太子来京即位。
不久，一队人马由远及近向西开来，人们还以为是崇祯太子驾到，忙着准备迎驾，可等对方走到近前却大惊失色，来的人既没有明朝太子，也没有吴三桂（吴已受命过卢沟桥西追李自成去了），而是大清军队。为首一人正是大清摄政王多尔衮。直到此时，人们才知道受了愚弄，但事情已无可挽回。就这样，多尔衮等人就被迎入了京城。多尔衮进入北京以后，根据范文程等人意见，颁行了许多拉拢人心的措施。五月三日，宣布故明官员一概录用。四日，多尔衮下令为崇祯帝发丧三日，谥为怀宗皇帝。六日，宣布在京各衙门官员与满官一体办事。五月二十四日，暂停剃发令。七月，多尔衮下令，免除明末三饷加派，以明万历时赋额为准。
多尔衮的这些政策大有成效，不久便稳定了黄河以北、山西以东的中原大部分地区的局势。
九月，福临从沈阳迁到北京，十月一日，他在众人的陪同下于天坛举行祭天大典，即皇帝位，下诏“定鼎燕京”，入主中原的清王朝宣告建立。
名家回眸
吉林大学的李书源教授，在评价这一段历史时叹道：历史评价有时候真是悖论，清兵入关，建立清王朝，如同5世纪日耳曼人入侵西罗马帝国一样，给衰败的中国社会注入新的活力，因而受到人们肯定。但引清兵入关的吴三桂却成为千古罪人，被钉在了历史的耻辱柱上。之所以如此，是由于存在着两种评价标准：一是以历史的发展为尺度，一是以道德为尺度，离开道德尺度，成王败寇，历史失于涵育人文的作用，而离开了历史发展的尺度，历史则又成了难辨是非的一团乱麻。
着名历史学家李治亭先生提出了他自己的评价标准：是否符合历史发展方向，即大一统的标准。正如清朝的大一统是值得我们肯定的一样，对大一统有利的人或事也应该为我们所肯定。当然这只是大方向的把握，在具体问题上还要具体分析。但有一条还是永恒不变的：
功者功之，罪者罪之。正如阎崇年先生在谈到正说历史时讲的那样，只是需要将历史的真正面貌呈现出来，功罪自有人评说。
挥军南下，扬州十日不封刀
清顺治二年（南明弘光元年，1645年），在清灭南明弘光政权之战中，着名的有南明弘光朝兵部尚书史可法督率扬州军民抗御清军围攻的城池守卫战。
扬州是长江以北的重镇，又是弘光朝廷所在地南京的门户。史可法于弘光元年（1644年）五月始，便着手以扬州为中心的防御。他将高杰、刘良佐、刘泽清、黄得功四部，分别部署于泗州（今安徽泗县）、临淮、淮安、庐州，自驻扬州，节制调遣。此时，清军主力正在两路进攻陕西李自成大顺农民军（参见清灭大顺之战），暂时无暇顾及南方，然而南明弘光朝廷并未如史可法所请，乘机率师北伐，而是忙于内讧火并、争权夺利，把希望寄托于向清求和，南北划江而治。
顺治二年正月，清定国大将军多铎率军攻克潼关，破陕之局已定，便奉摄政王多尔衮之命转兵东南，兵锋直指南明。与此同时，南明派往北京讲和的使臣左懋第被扣留，南北和议宣告失败。显然，战争的中心已由西北转向东南。史可法见情势危急，檄招江北各镇支援扬州，仅总兵刘肇基率所部4000人自高邮（今属江苏）入援。四月十七日，清军前锋进抵扬州城郊，集结兵力，搜罗船只。
十八日，多铎率主力兵临扬州城下，先派明降将李遇春等劝降，遭史可法拒绝。清军随即发起攻城。史可法泣谕士民，为死守计，督万余官兵登陴分守各门，自守旧城西门险要。刘肇基守西北门。二十二日，总兵李栖凤、监军高岐风率4000余人乘夜出降，使城中守备更加薄弱。二十三日，总兵刘肇基请求乘敌不备，背城一战，未被史可法接受。清军连日由四面向城中发炮，屡毁城墙。史可法督军民以草袋盛土填障，修补城墙，多次击退清军的进攻，杀清兵数千。
同时，史可法血疏告急，请求援兵，不应。此间，清军多次劝降，均被拒绝。二十四日，清军从泗州运来红夷大炮。二十五日，多铎集巨炮猛轰城西北隅，城破。清军垒尸为梯，蜂拥攀援入城。史可法被俘，不屈而死。刘肇基率余部继续与清军展开巷战，皆战死。多铎下令屠城10天，史称“扬州十日”。
5月20日的城防崩溃后，扬州城居民只有听天由命了。尽管当时大雨倾盆，但是一些居民忙着烧香，准备迎接入侵者的到来，同时大量地隐藏他们的金银财宝。
他们只是做了这些谨慎的准备，但是全然无力抵抗那些已接管这座城市的满族人、蒙古人和投降了的汉人。王秀楚写道：“众皆次第待命，予初念亦甘就缚。”
那些叛徒领着清兵在这座商业城市中从一个富户进入另一个富户。清兵们先是要银子，后来就无所不要了。直到20日的白天，还没有人身伤害。但是夜幕降临之后，人们听到了砸门声、鞭子抽人声和受伤人发出的嚎叫声。那个夜晚火势蔓延开来，但有些地方的火被雨浇灭了。到5月21日，一份告示保证说，如果藏起来的人能够出来自首的话就会得到赦免，于是许多藏在自己家里的人走了出来。可他们走出来后却被分成50或60人一堆，在三四个士兵的监督下，用绳子捆起来。然后就开始用长矛一阵猛刺，当场把他们杀死，即使仆倒在地者也不能幸免。
“诸妇女长索系颈，累累如贯珠，一步一跌，遍身泥土；满地皆婴儿，或衬马蹄，或藉人足，肝脑涂地，泣声盈野。”
扬州变成了屠场，血腥恶臭弥漫，到处是肢体残缺的尸首，一切社会准则都不复存在了。扬州城那些因美丽而闻名的妇女们，愿意把她们自己献给清兵，最要紧的是用身体赎回她们的生命。逐渐地，一股疯狂席卷了入侵者。任何女人不论愿意还是不愿意，都有可能被抓住，被成群的士兵轮奸。一些市民像奴隶一样为清兵服务，替这些入侵者做饭，打扫卫生。由于这种人的生命可以得到赦免，因此其余的人也极力想加入进去，但是被拒绝了。与此同时，大屠杀仍然在继续。
“遇一卒至，南人不论多寡，皆垂首匍匐，引颈受刃，无一敢逃者。”那些从城墙上跳下去企图逃跑的人不是摔断了大腿，就是落到了流氓无赖和散兵游勇手中，被这些人抓起来拷打，被迫交出财宝来。在城里，一些人藏到垃圾堆里，在身上涂满烂泥和脏物，希望以此躲开人们的注意，但是清兵不时地用长矛猛刺垃圾堆，直到里面的人蠕动起来，鲜血从伤口流了出来。大火蔓延开来，那些因为藏在屋子里或地下室里仍然活着的人们，或者是被无情的大火所吞噬，或者是战战兢兢地跑到街上，被那些仍然在屠城的清兵杀死了。甚至那些被正规的清军放过去的、赤身露体在街上游转的、孤弱无助的市民，又被成群的散兵（“不知为清兵、为镇兵、为乱民”）拦住，乱棒打死。