敦煌西域文献的编辑出版，必然是需要深度介入。一方面，作为如火如荼发展起来的“显学”，一些热点文献会被重点研究，会有许多的学术成果可以被参考；但是，另一方面，更多的普通文献或者难点文献，却未被著录、没有参考资料。如果由图书馆来完成研究和交稿，限于条件，不知猴年马月；如果请第三方专家研究定题，通常会由于和出版社立场、视点、目标的不同，而久拖不决。所以，以出版社编辑为主体的对编纂工作的深度介入，就不可避免了。
（1）选择出版和完全出版
在《俄藏敦煌文献》的编例中，首先一句话，就是“本书收录俄罗斯科学院东方研究所圣彼得堡分所收藏之全部敦煌文献，以及被收藏者列入敦煌文献编号的其他文献”。在《法藏敦煌西域文献》的编例中，也有同样的叙述：“本书收录范围，为法国国家图书馆收藏的、由伯希和在甘肃敦煌莫高窟收集的全部文献，以及在新疆库车等地收集的全部文献。”虽然，《俄藏敦煌文献》中有着为数不少的残片，“法藏敦煌西域文献”已经有缩微胶卷和《敦煌宝藏》的流通，迫切感有所缓释，但是，回想起中国的学者专家包括王重民先生，到西方去取回敦煌文献的“经”，经历了九九八十一难，也几乎可以用“前仆后继”来形容，我们亟待敦煌文献文物能够回归祖国，但是在此尚有时日的时候，我们没有理由放过任何一个残片通过出版回归的机会；另外，出版需要调动大量的人力财力，需要有各种综合条件的配合，机会也许只有一次，也许是稍纵即逝的。如果我们只满足于做一个选本，也许，再想要出版昨天没有重视而放弃的东西，不知要付出多少倍数的努力，甚至将会永远失去了可能。
关于俄藏敦煌文献，除了Дх12910至Дх14156马洛夫（S．Ye．Malov）于阗文献，我们穷尽了其他可能找到的所有写本包括残片；法藏敦煌西域文献中，原先编入伯希和汉文文献的写卷，因为有藏文写经、题记甚至少量点批，被馆方抽出编入伯希和藏文文献序列，因其实际情况是以汉文为主、并且原来就在汉文文献的连续编号中，我们将其悉数抽回补入。这样做最大可能保持了资料的完整性和容量，也提升了本次出版区别于业已行世的缩微胶卷和《敦煌宝藏》的超越之处。
（2）只出编号和列出标题
早在筹备工作阶段，对编辑方案就有两种设想，一是完全按照国际标准做，对每一文献进行考订，比对出文献的原名和在《大藏经》中的位置，其缺点是可能会拉长出版周期；另一种设想，是按照文献号编排，不出标题，可以省却大量的学术性工作，即减少学术成分，以求在短期内迅速完成，其缺点是降低了出版物的学术水准。后来，中国社科院历史所张弓先生来信，说日本方面准备在我们的没有标题的书出版以后，由日本专家加上标题后再重新出版一次。我们受到极大的震惊，“置之死地而后生”，“狭路相逢勇者胜”，只有真正按照国际标准和学术规范去做，才不至于辱没了这一庄重的使命，出版物才能保持长久的生命力。我们别无选择，只能以自己的力量为基础，保持和发展同学术界的联系，尽量采用最新学术成果，坚持按照国际标准来进行出版。
有一段时间中，我们的做法被学术界严厉批评为“闭门造车”，希望我们敞开大门开展工作；从1994年中国敦煌吐鲁番学会在新疆召开的出版会议之后，听取了敦煌学界的普遍建议，和国内敦煌学界的合作有了较大的改变。首先是从民族古文字入手，寄送国内通晓藏文、于阗文、回鹘文的专家帮助解读和定题；以后又扩大到各种特殊的文献。许多专家都成为我们的好朋友，为我们提供资料和信息，使我们得以聆听他们的意见、吸纳他们的成果，并为许多专家提供了查阅、复制的方便。
（3）分类编排和按序编排
在筹备阶段中，我们就编排方法问题听取了广泛的意见，展开了热烈的讨论甚至激烈的争论。一种是主张分类编排的意见，利用现有的学术成果，对相关、相近的材料进行归类、缀合、比对和研究，当然会十分便利读者的检索和使用。但是，这样做会有几个难以克服的困难。
首先是，分类编排必须在读完所有的文献之后、哪怕一个可能定名的最小残片穷尽以后，才可以开始进入编纂，否则必然会不断有经过重新认定的材料要插入到分类序列中去；如果已经完成了正编，就需要不断地补遗、再补遗；如果插入序列是开放的，那么，就要等待最后一个残片研究完成，而这在技术上几乎不可能。
其次是，有些类别归属的互相穿插交替重叠，将使一些文献极难归类，即使勉强归入了某一类别，也会因为个别使用者认识的不同而不能取得认同。有时同一编号中，正、反面是不同的内容，有些会包含几十个佛经或咒语的内容，将会分别归入不同的分类，不仅是无法对其进行细微的分别，也人为地割裂了同一写卷中各种内容的联系，主观臆断地将今人的看法强加给历史文献的群体组合，根本颠倒了材料的客观主体性而“削足适履”，是一种粗暴的改变。并且即使从当时敦煌目录学发展的水平，也没有信服地完成科学的、可操作的分类纲目。
再次是，这样将会使敦煌出版陷入阵地战中，逐卷逐篇的辨析，逐一归位，然后才开始工作。粗略地计算，从拍摄完成、集齐底片到进入编纂，至少要推迟10年才可能开始出版。其后果就是：1．研究者必须等候相当长的时间才能够接触到这些文献。2．这些文献（主要是俄藏）在发表之前不能被专家们研究，必然会更限于“闭门造车”的困境；3．由于长期不能出成果、生效益，无论对于中外（俄、法）双方，还是出版社内部，都会由于信誉和资金的长期压力，陷入严重的困难以至绝境，反而造成无可弥补的负面影响。
然而非常庆幸的是，在我们1990年试验小组首次赴苏工作的时候，就由于正确的判断，取得了一个决定性的、长远的成功。当时对方的专家已经按照分类的方法重新编排了馆藏，首先开始的是冗长的般若部经典，并且表示，要研究完成一部分再提供一部分，中方只能拍摄苏方已经完成研究的内容。中方小组在李伟国同志的带领下，连夜做了充分的预案，坚决要求按照编号顺序拍摄，争取“竹筒倒豆子”的最佳结果。在孟列夫和丘古耶夫斯基的充分理解下，排除了俄方少数人保守控制的消极影响，在1992年正式工作的时候，顺利实现了当年拍摄当年出书的初步成果。如果不是坚持按照顺序拍摄，某些人就会以没有研究好为理由，使这项工作或者一开始就胎死腹中，或者半途夭折。
我们最后采用的做法是，按照原馆藏编号顺序编排。原馆藏编号过于冗长复杂、并且尚未被广泛采纳的，即给予新编编号，以便于指称；同时括注原编号，便于研究者到馆提阅原卷。在顺序编完正文以后，编制“分类目录”和“索引”、“年表”等附录，以便按照分类查检；分类方式基本采用通行的《大正新修大藏经》类目，但适当调整了一些顺序和归属，以避免《大正藏》“小大（乘）不分”、“显密（教）不分”的诟病。并且补足了敦煌文献的一些特殊的类目。
6．充分依靠学术界支持帮助
项目启动的第一步，就是请教国内的敦煌学、文献学专家。我们请教季羡林、饶宗颐、潘重规先生，请他们进行战略评估和指导；请教顾廷龙馆长，熟悉敦煌文献的书法、纸质、装帧等版本学、书志学知识和鉴定、著录方法。请教包正鹄先生，具体了解苏联收藏情况；请教周绍良、宁可先生，请他们介绍英藏敦煌文献的编纂方法和现场拍摄著录方法。周绍良说，就用玛米亚中片幅相机，经得起长时间翻拍的考验。宁可说，每天的工作都要完成检查核对，才能进行下一步工作，否则光整理照片就得再花上半年时间，我们就依此形成了“当日清”、“不可逆”的工艺流程；请教吴其昱和张广达先生，遴选最有价值的胡语文献。请教段文杰、樊锦诗院长关于俄藏敦煌艺术品的评估和编纂意见，并聘请他们为学术顾问，结合莫高窟现场校订了奥登堡笔记、照片和著录；请教彭金章教授，比对从莫高窟北区流失的文物；请教了荣新江教授，听他详细介绍了各国收藏情况，以及应重点关注的文献，厘定部分胡语文献。请教了方广錩先生，了解敦煌佛教文献的概况和分类。请教蒋忠新先生，探讨梵文文献的基本情况；请教晁华山先生了解犍陀罗石刻艺术；请教东主才让先生拟定藏文文献的定名；请教贾应逸先生鉴别吐鲁番文物。我们在博物馆档案卡片上见到“经谢稚柳、施萍婷鉴定”时，还敬畏他们高不可及的权威，但不久以后，他们都成了我们最好、最平易的老师和朋友。