吴仁宝十分重视制度创新，他从华西实际出发，制定了一整套具有华西特色的管理制度和分配制度。他按照“以人为本、制度管人、人管制度”的思路，创造性地提出了“企业合作制、厂长负责制、经理监管制、工代议事制”等制度。对员工实行“首位高工资、末位淘汰制、违章辞退制”。在分配机制上，他坚持“少分配，多积累；少拿现金，多入股。”他说，华西村不搞“大锅饭”，也不搞“独吃饭”。适当拉开档次，又不脱档。做到“国家一头，依法交足；集体一头，积累留足；农民一头，保证富足。”吴仁宝认为，农民办企业要发展，要壮大，只能靠自我积累，增强自身的造血功能，绝不能依赖国家的贷款，更不能搞高利息集资，债台高筑，靠“输血”过日子。在用人机制上，吴仁宝提出了独特的人才标准——“三正三平三守”，即“办事认真、处事公正、经营廉政；政策水平、管理水平、技术水平；守法、守约、守信誉”。他提出了“举贤不避亲，举亲不避嫌。用人少疑，疑人少用；小才大用，基本有用；大才小用，基本没用；外才我用，关键在用；量才录用，育才待用。”这些朴实无华而又琅琅上口的语言折射出了吴仁宝哲人的智慧。如今，华西村党委班子中，有研究生，也有留学生。大专文化以上的党委成员有17人。在32名书记中，有19个姓，既有本村的，也有外来的，还有从优秀外来务工人员中提拔的。吴仁宝的一系列创新理念和举措，使华西村获得了源源不断的发展动力，华西经济如滚雪球一般越来越大，经济建设步入了良性循环。
坚持科学发展观
吴仁宝对科学发展观有着独特的理解。他认为，“发展最科学、不发展最不科学”，“有效益，就叫科学发展；没效益，甚至亏本，就不叫科学发展”，“荒山污水，搞低水平重复建设不叫科学发展”。在他的先进理念指导下，华西村从创业初期开始，一直把率先发展、科学发展、和谐发展贯穿始终，正确处理经济、资源、人口和环境之间的关系，资源利用率和劳动生产率不断提高。他提出要以科技创新为龙头，以质量体系为保证，实施名牌战略。目前，华西绝大多数企业通过了ISO9002国际标准质量认证，获得了走进国际市场的通行证。他提出要倡导绿色文明，实施绿色发展战略，追求经济与环境的协调发展。华西村先后投资数亿元，综合治理工业区环境，使工厂变成了花园。他提出要大力发展循环经济和生态经济。目前，华西村的钢铁企业采用“建造废物回用链”的模式，已经基本实现了“三废”资源化管理，对高炉、电炉、轧钢生产的煤气、高炉水渣、含铁尘泥、工业废水等进行分类安置，实行综合利用。还投资上千万元，美化生活区，全村的绿化覆盖率超过40%，被评为“全国造林绿化先进村”。他提出要调整产业结构，把产业发展的重点投向装潢业、旅游业和生态观光农业。其中，华西金塔的建设就是吴仁宝引以自豪的一笔——
十年前，为了突出华西的形象和品牌特色，为了发展华西的旅游观光业，在吴仁宝的策划主持下，一座雄伟厚实、具有中国农村特色的华西金塔矗立在华西村的中心，成了世纪之交华西村的标志性建筑。如今，金塔不仅成了旅游景点、成了观光者眺望华西的最佳窗口，金塔里面还有宾馆、饭店和商场，成了华西兴办三产的龙头。目前，华西村内有“山海关长城”、“中华传统美德展示长廊”、“天下农民小区”等80多个具有华西特色的旅游景点，每年接待中外游客100多万人次，“江南田园风光游”等节目已经形成品牌，“吴仁宝说华西”也成了华西旅游的一大热门。特色的建筑文化和旅游文化，为华西创造了可观的经济效益。华西村成为全国首家通过ISO14001国际环境质量管理体系认证的村庄。
以德依法治村
“物质精神双富有，才是真正的富有”。吴仁宝始终坚持以人为本，坚持一手抓经济发展，一手抓以德依法治村，让村民“既富口袋，又富脑袋”。他认为，农村精神文明建设要用中华民族的优秀文化传统和道德教育农民，并结合时代要求不断推陈出新。20世纪90年代，华西村成立了独一无二的“精神文明开发公司”，吴仁宝亲自编写了“村歌”、“十富赞歌”、“十穷戒词”，在全村开展“六爱”（爱党爱国爱华西，爱亲爱友爱自己）教育，尤其强调“孝悌之道”，全村尊老爱幼蔚然成风；90年代末，他创建了华西特色艺术团，被党和国家领导人称为“中国农村第一团”，如今观看华西特色艺术团的演出已成了人们一道精神大餐。同时，他根据不同时期华西经济社会发展的需要，先后在村里树立了“八仙过海”、“三请诸葛亮”、“牛郎织女”、“孔子像”等雕塑，用传统优秀文化教育村民。目前，华西村里有书场、球场、溜冰场，有歌厅、舞厅、影剧院，各种文化娱乐设施配套齐全，村民的业余文化生活丰富多彩。长期以来，吴仁宝运用“精神文明开发公司”、“华西特色艺术团”、“华西之路展廊”等宣传教育载体，对全村干部群众进行“个人成长史、家庭变迁史、村厂发展史”和“富而思源、富而思进”等教育，使华西村人清醒认识到，华西之所以有今天的发展，源头在于党的领导好，党的方针政策好。也使华西人明白“思源”是为了更好地“思进”，全村上下始终保持勤于开拓、勇于创新、不甘守旧、奋发进取的精神状态。
吴仁宝说：“华西要坚持讲信誉世界第一”。他认为，市场经济是法制经济，信誉经济，质量有价，信誉无价。他要求华西人做到以诚待人，以信为本；做到“三守”（守法、守约、守信誉）、“三真”（真话、真品、真价）”。2001年，华西村党委组织人员到全国各地征求用户意见，检查华西信誉。查出了村民龚绍新拖欠客户装潢款的问题。对此，他专门派村领导登门道歉，赔偿损失。处理了一个人，教育了一批人。客户称赞说：“华西人讲信誉，和华西人打交道，清清爽爽，睡得着觉。”曾有一个记者问过吴仁宝：“‘华西村’这三个字值多少亿？”，他回答说：“可能是一千亿，也可能一文不值！”意思很明确，讲信誉的华西金不换，不守信用的华西如粪土。在吴仁宝身体力行的培育下，华西人和华西产品一样的响当当过硬。
华西村坚持不懈的思想政治教育，不仅使华西村人与人之间、领导和群众之间和谐相处，达到了无上访、无告状、无暗斗，还使个别懒散、甚至违法的人“浪子回头”。原朱蒋巷村村民杨某，一度游手好闲，经常打架闹事，是公安局、派出所的“常客”，几次被拘留，还被判过刑。并入大华西后，在吴仁宝的循循诱导和关心教育下，发生了根本性变化。杨某经常说：“我以前在家，什么话都不要听，什么事都不想干。加入华西后，我变了个人，看到什么都好，什么干部都看得惯，什么事都想做。是老书记教育了我，是华西村的环境感染了我。”2004年，他完成了100多万元的业务，成为业务骨干，并向村党委递交了入党申请书。
吴仁宝有着立党为公、甘于奉献的高风亮节，他坚持有福民享、有难官当，用人格魅力和表率行为影响和感染了一代又一代华西人，使华西村永葆本色，具有强大的凝聚力和吸引力。
在华西金塔南大门前，有一块巨幅标语牌，上面写着31个大字：“家有黄金数吨，一天也只能吃三顿；豪华房子独占鳌头，一人也只占一个床位。”寥寥数语，形象生动，深入浅出，发人深省。这是吴仁宝警示自己、教育村民的名言，也是吴仁宝立党为公、执政为民的生动写照。
吴仁宝把个人的功名利禄看得很淡。无论是在华西村初创之际，还是华西富裕之时，他始终淡泊名利，甘于奉献。从20世纪70年代起，他就给自己立下了“三不”规矩：一是不拿全村最高工资，二是不住全村最好房子，三是不拿全村最高奖金。村民们说，凭着老书记的贡献，他拿双份工资、住两套房子，也不算过分。但吴仁宝没有这样做，他一直拿着低于村办企业管理、技术骨干的工资。多年来，华西镇政府奖励给他的奖金高达5000多万元，他分文不取，全部留给了集体。他说：“我要这些钱干什么呢？我不愁吃，不愁穿，生不带来，死不带去。在这点上，我早就想通了。”目前，华西村民的住房已经更新到第五代欧式别墅，当华西村民住进一代代不断更新的别墅时，吴仁宝仍然住在建于上个世纪70年代的旧房里。走进吴仁宝的家，陈设异常简朴，墙上挂满了被他称做是最好的装饰的照片，挡住了已经有些破烂的墙壁，是名副其实的蓬荜生辉。谁能相信，这就是一位艰苦创业几十亿集体资产的村书记家！
吴仁宝把村民的利益看得很重。他始终把人民的利益放在首位，积极倡导和践行“有福民享，有难官当”，赢得了干部群众的真心拥护和爱戴。他认为“有福同享，有难同当”，这是对的，但还不能更好地体现共产党的先进性。“立党为公，执政为民”，在华西村就体现在“有福民享，有难官当”。他说，“只要我们做到‘有福民享’，老百姓也不会让我们做干部的穷到哪里去；只要做‘有难官当’，当真正遇到困难的时候，老百姓也一定会支持我们的。”在华西村，每一个人都享受到了吴仁宝无微不至的关怀。1984年，彩色电视机刚上市，有钱的华西人都想把“黑白”换成“彩色”的，吴仁宝向电视机厂家求援，两大卡车彩电送到村里，每户一台。1992年，吴仁宝和村干部决定，由村里拿出200多万元，给家家户户装上了壁挂式冷暖空调器。1993年，在华西相继成为“电话村”、“彩电村”、“空调村”、“别墅村”后，吴仁宝和村干部又从长春一汽给村民们购来了一部部轿车，于是乎“轿车村”的桂冠又戴到了华西村的头上。他践行了“贫穷不是社会主义”的真理，显示中国农民的气魄，长国志，扬国威！
华西村的人都说吴仁宝重“孝”。吴仁宝的重“孝”，可以用设身处地、体贴入微来形容。早在20世纪80年代初，电热毯刚面世，吴仁宝和村干部就把它铺到了华西老人的床上，至今健在的老人犹记得当年冬日里的温暖；每年村里生产的瓜果蔬菜要让老人先尝鲜，那时鲜的瓜果令老人们品尝到了幸福的滋味；看戏老人坐前排，看电影老人坐中间，这已成了规矩，华西的老人活得惬意、活得尊严。从1979年起，华西村就逐步探索农村养老制度，目前凡年满50岁的妇女和55岁以上的男子，每月都能领到村里发的退休金。华西村还规定，家中如有老人活到100岁，奖励所有直系亲属每人一万元，因为长辈达百岁人瑞，必是小辈大孝，应该重奖褒扬。在华西，真正实现了老有所养、老有所敬、老有所乐。老人们说：“儿好，女好，不如华西好！”江泽民同志来华西视察时连声赞叹道：“华西人民幸福！幸福！真幸福！”