严复认为洋务派所提倡的中学已是千疮百孔，不合时宜的东西，只有借助于西学才能走出义理、考据、辞章和封建八股的死胡同，才能重塑民族新文化。严复试图另辟蹊经，为古老的传统文化注入新鲜的活力，以西方文化为参照系，对本民族文化进行单向性整合，这就是所谓的“自他之耀，回照故林”。严复以西学阐释传统，以生机勃勃的异质文化来冲击和剔除旧文化的糟粕，为之注入崭新的时代内容，以顺利实现文化的承转启合的文化理念无疑具有相当的合理性和进步性。严复不是“全盘西化”论者，学贯中西的严复在对中西文化的取舍上时刻表现出一种冷静持平、理性兼容的态度。他对传统文化虽有激烈的批判，但绝不一棍子打死；对西学的提倡也是在一定的条件下。在强敌入侵而导致精神迷失和信仰危机的情况下，严复坚守自己对民族性客观冷静的省视和乐观向上的心态。他曾说：“吾民之德智力，经四千年之治化，虽至今日，其短日彰，不可为讳。顾时深而求之，其中实有可为强族大国之储能，虽摧斫而不可灭者。夫其众如此，其民材又如此，使一旦幡然悟旧法陈义之不足殉，而知成见积习之实为吾害，尽去腐秽，惟强之求，真五洲无此国也，何贫弱奴隶之忧哉！”
在探讨确立新的思想文化体系时，严复大发宏思伟论：“必将阔视远步，统新故而视其通，包中外而计其全，而后得之。”其海纳百川的文化宽容精神充分显示了他的适时变通、与时俱进的思想理念，这种理念在当今也有重要意义。他明确指出对待中学的态度在于“去其旧染”而“择其所善者存之”。这是符合历史发展规律和进步潮流的。严复的学习西方没有丝毫的盲目，他已经预感到无条件引进西学只会落个“桔生淮北则为枳”的结局。即使在他思想最激进最西化的时刻也不例外。他冷静地意识到如尽去吾国之旧而谋西人之新，“则其民之特色亡，而所谓新者从以不固”，必须寻找中西文化交融的切入点，追求能救时救世、经国利民的精髓，而不是徒取皮毛。
在他看来，中国所患者为愚、贫、弱三者，故当务之急乃“愈此愚、疗此贫、起此弱”，“而三者之中，尤以愈愚为最急”。严复在中国近代史上首开国民性改造思潮的先河，首倡“鼓民力、开民智、新民德”的启蒙“三民主义”，首次提出了人的近代化的问题，终其一生致力于全体国民素质的提高。中国之有公民教育，是从辛亥革命推翻了封建君主专制统治后开始的。然而，公民教育思想的酝酿，在戊戌变法前后已见端倪。其中，严复的三育救国论，是近代公民教育兴起的一种思想启蒙与舆论先导。
秦汉之后，中国实行的政治制度和意识形态一直是专制主义。“普天之下，莫非王土；率土之滨，莫非王臣。”只有君王一人是国家的主人，其余都是他的子民臣仆。对于社会事务，百姓没有任何权利，他们只有忠君的义务。因此，千百年来，在中国只有臣民，而没有公民；只有培养忠臣孝子的“英才”教育，而没有公民教育。
严复在1895年发表的《原强》中，认为几千年封建君主专制统治使人民处于“奴虏”一般的社会地位，造成中国“民力已，民智已卑，民德已薄”的积弱积贫状态。他根据斯宾塞的社会学说，认为一个国家的强弱存亡决定于其民力强弱、民智高下和民德好坏。他指出：“盖生民之大要三，而强弱存亡莫不视此：一曰血气体力之强，二曰聪明智虑之强。三曰德行仁义之强”。严复指出：“今者论一国富强之效，而以其民之手足体力为之基。”他认为人的身体强健与精力旺盛是相辅相成的：“自脑学大明，莫不知形神相资，志气相动，有最盛之精神而后有最盛之智略。”而中国传统教育不重视发展人的手足体力，近世中国“沿习至深，害效最著者，莫若吸食鸦片、女子缠足二事”。
严复认为当时西方国家之所以强盛，是由于开发国民智慧，获得科学技术。而中国读书人本来就少，即使入学了，也是学仕结合，学为仕用，以为官入仕为唯一目的。这种“奴才”式教育，不仅无助于开发国民智慧，而且还有“锢智慧”、“坏心术”、“滋游手”的弊端。他沉痛地指出，当时中国已堕落到亡种亡国的地步。他认为社会道德败坏的最根本的原因就是在封建专制的强权高压之下，一切都在教化的网罗之中。中国立教，贵三纲五常，以孝治天下，首要之点是尊亲。因为尊亲，所以“薄信果”；由于“薄信果”，则“坏诈相欺，上下相遁”，以谎言、伪行作代价，以权威（君主、圣人）的意志、是非、善恶为标准，丧失了自己判断是非、善恶的独立人格。当这种人格分化，作伪无耻的习气成为一种风尚时，整个社会的道德就堕落了。他认为，如果不改变这种社会状况，按照“物竞天择，适者生存”法则，中国必将沦亡。
严复认为要从根本上探索中国的富强之源，就要从教育入手，从德、智、力三方面去改造中国传统的人格，砥砺提高中国人种的水平。由此，他提出了著名的三育救国论：“是以今日之政，统于三端：一曰鼓民力，二曰开民智，三曰新民德。”三育并举，从整体上提高每个中国人的素质，从而振兴中华民族，使中国列身于世界强国之林。严复虽然在理论上强调“鼓民力”、“开民智”、“新民德”三者之间的内在联系，认为应该三育并重，但他又指出从实行的角度看，三育不可能平均用力，他把“新民德”摆在三育的核心地位。严复认为，要收拾人心，重建道德，必须向西方学习，“以自由为体，以民主为用”，引导社会养成一种崭新的道德风尚，使人民觉醒，不复为“奴虏”、“怯夫”，而成为具有独立自主的人格、有爱国心、有社会责任感的新国民。
严复崇尚的自由，包含几层含义：其一，自由是个人的精神意志；其二、自由是社会全体成员都共同享有的权利；其三，自由是个人对社会的一种权利；其四，自由与平等、民主是一体而不可分的。只有在民主、平等的社会中，才会形成急公好义、关心他人、关心国家的社会公德。因此，严复的“新民德”，从根本上讲，就是使中国人的“奴虏”一般的社会地位得到彻底改变，人人都有自主之权，即人人都有独立自主的人格。严复处于“礼崩乐坏”的历史转折时期，旧的道德体系随着封建经济、政治的衰败而逐渐解体，新的道德体系尚未建立。严复以近代西方民主政治为背景，将自由、平等原则引进道德领域，以此“新民德”，提高中国的人种道德水平，达到救亡图存，振兴中华民族的目的，表现出一个资产阶级思想家、教育家的真知灼见。
严复的启蒙思想独树一帜，兼收并蓄。其灵魂是科学和民主，其特征是切用务实。严复是近代中国阐发新教育主张的鼻祖，赫然跻身于近代中国十二个教育人物之一。他最大的贡献是首次提出了“德、体、智”三育“交修”的观念。这来源于西方资产阶级人才培养的思想，是他吸取西学之精华的结果。严复是近代提倡尚力思潮的第一人，他很看重体育，以体育为智育和德育的基础。因为身体是智力和道德的载体，教育的目的在于能以康强之体，贮精湛之心；关于智育，严复一直认为这三者中以开民智“愈愚”为最急，目的是启迪蒙昧，开瀹心灵；关于德育，严复犹把它放在前二者之上。
在中国近代启蒙思想家中，严复是第一个受过严格的西方科学技术训练的人。深厚的西学功底与卓越的思维活力使他对西方的科学理性精神有着深刻的洞察力。中西之间鲜明的反差使严复产生了切肤之痛，他不遗余力地宣传西方近代科学理论，视之为思想启蒙的必由之路和重要武器。严复认为西方的强盛除了政治昌明外，还在于科技的发达，生产力的进步。他十分推崇培根，坚信科学即力量，近代西方的工业文明，社会的进步，无不归诸科学，他笔下的格致就是科学的代名词。严复痛斥那种“政体艺末”的说法，一针见血地指出：“中国之政，所以日形见绌，不足争存者，亦坐不本科学，而与通理公例违行极耳。是故以科学为艺，则西艺实西政之本。”严复认为自然科学是西学的精华，学习西学如不学其自然科学，无异于隔靴搔痒。他同样推崇以下赫胥黎的一段话，认为正中吾国“徒尚修辞”之弊：“天下之最为哀而令人悲愤者，无过于一国之民舍故纸所传而外，一无所知。既无说信向，亦无所持守。”
总之，在近代中国知识分子中，“真正立身严正不流并用理知思考问题的以严复为第一人”。
第一位北大校长
1912年1月1日，孙中山在南京就任中华民国临时大总统。1月3日南京临时政府成立，蔡元培任教育总长。2月11日清宣统帝退位，清王朝宣告终结。2月13日孙中山辞职，2月15日南京临时参议院选举袁世凯为第二任临时大总统。2月25日临时大总统下令以严复署理京师大学堂总监督。
1912年2月25日，严复担任京师大学堂总监督。3月11日，严复正式接管该校后，通过借款解决了办学经费问题，调整了课程结构与人事安排。5月3日，中华民国政府教育部呈报临时大总统袁世凯，提议将京师大学堂“改称为北京大学校，大学堂总监督改称为大学校校长，总理校务。分科大学监督改称为分科大学学长，分掌教务”。并提请大总统任命原总监督兼文科学长严复署理北京大学校校长。京师大学堂正式更名为北京大学，总监督改名为校长。15日，北京大学举行开学典礼。6月初，严复草拟了《上大总统和教育部书》，克服财政部发出减薪命令后在教员中引起的混乱，随后，针对教育部要解散北京大学的动议，起草了《论北京大学不可停办说帖》和《分科大学改良办法说帖》，阐述了北大不可解散的原由及改良办法，避免了北大被解散的命运。
北大从5月复学以后，走上正轨，逐渐焕发生机。然而，严复却与教育部产生了不可调和的矛盾。严复担任北大校长系由总统袁世凯直任命，凭借其学问、名望及北大在全国特殊地位，没有重视同教育部搞好关系。教育部提出解散北大时，严复一度主张北大“脱离教育部而独立”。教育部感到严复不服从管理。而且．严复本人校外兼职，如被聘为海军编纂处总纂和总统顾问，不仅违反了教育部关于北大教员不在校外兼职的命令，其所获优厚报酬也引起教育部官员的嫉妒。