蒋介石极高地评价收服盛世才、使新疆行政权回归中央一事。1942年12月31日，蒋介石在一年总反省中说：“新疆省主席兼督办盛世才于7月间公开反正，河西走廊马步青军队亦完成撤回青海。于是，兰州以西直达伊犁直径三千公里之领土（古代欧亚主要交通路线所经地之地区）全部收复，此为国民政府自成立以来最大之成功，其面积实倍于东北三省也。”
1943年初，国民党新疆省党部恢复，盛世才任主任委员，宣誓服从党总裁（蒋委员长）的领导。不久，中央以协助新疆“剿匪”为由，开始调遣部队进驻新疆。在中央势力大批涌入的形势下，盛世才意识到自己的地位朝不保夕，希望与局势迅速改观了的苏联重续旧情。苏联鉴于与中国的盟友关系，拒绝了盛世才的要求，怒气未消的斯大林甚至要求蒋介石剥夺盛的权力。
1943年秋，忧心忡忡的盛世才飞赴重庆晋见蒋介石，探询自己的政治前程。如果在中国其他地方能任重要职位，他表示愿离开新疆。为增加与蒋介石讨价还价的筹码，他指控在乌鲁木齐的国民党官员阴谋推翻省政府。1944年4月，他将一批国民党人投入监狱。5月，蒋介石建议将他调到甘肃，但仍做着新疆王美梦的盛世才拒绝妥协。
6月美国副总统华莱士由苏联经迪化赴重庆，外交部长王世杰到迪化迎接。一时间传言四起，说华莱士此行是调整中苏邦交而且将建议国民政府调走盛世才。真是如此的话，这等于要盛世才的命根子，更促使盛世才铤而走险。1944年8月11日深夜盛世才逮捕了国民党省党部书记长黄如今、建设厅厅长林继庸等中央政府派新人员，指责他们是混进国民党的共产党，企图在新疆建立共产党新政权，并与苏联驻迪化总领事有密切联系。蒋介石当然不信，他一面派朱绍良等入新安抚，一面命令入新部队挺进迪化，做好应变准备。
“八一一”案发生时，蒋介石正为面临衡阳战败和罗斯福要求蒋把军队指挥权转给史迪威两事而苦恼，他不容再有后院之火，于是亲自召见朱绍良，要一举解决新疆问题。当时朱绍良正值足疾复发，虽勉能举步，但不能登山，时在重庆黄山公寓的蒋介石用其座轿从山下迎到公寓门前（这在蒋介石是破例的迎客），两人商谈达三四小时之久。鉴于新疆局面的严重，为防剧变发生，蒋介石要朱去新疆。身得蒋介石信任的朱绍良也甘冒不测危机，亲到迪化一行。据朱绍良年谱记载：“委员长与朱先生密谈时，坐位极近，忽以手加于朱先生膝上，关切的询问朱先生有儿女多少及年龄大小？意在负责朱先生身后”。皆大欢喜的是，朱绍良此行终于扭转危局，使盛世才离开新疆，接受中央任命农林部长，但此行确实有点惊心动魄。
据说，朱绍良抵迪化后，夜间有枪口从窗户伸入正对朱的卧床，朱绍良裹被缩于墙角下，在所谓“死角”（子弹打不到的地方）处避难。当时蒋介石为防止盛世才突变，已对其采取严密的军事措施，对迪化已形成军事包围形势。哈密、奇台、吐鲁番、迪化老满城均有中央军，并已调哈密胡文思团星夜驰赴迪化，而盛世才的部队多在阿山，调动不便。中央空军又集中若干架飞机在酒泉。这些情报，盛世才必能取得，不得不转生恐惧念头。朱绍良以国民党中央政府的命令为据，以两人旧谊来谈判。盛世才在无可奈何的情况下，只能就范，同意离新赴渝。
8月29日，国民政府下令，撤销新疆边防督办公署，任命吴忠信为新疆省主席，所有驻新部队归中央军事委员会直辖。9月，盛世才赴重庆，结束了他在新疆的军阀统治。
盛世才的离去并非意味着中央政府控制新疆时代的开始。1943~1944年冬，外蒙边境的哈萨克人发生叛乱。1944年11月，仇视汉人的情绪演变成一场大规模的反对新省政府的少数民族骚乱。新疆的民族问题为苏俄人提供了一个“浑水摸鱼”的新机会。像盛世才统治时期一样，在1944年以后的岁月里，政治上的统一仍然是政府努力的一个目标。不过，在后来安抚民族情绪的问题上，蒋介石把重任交付给了“和平将军”张治中，终于有了一定的和缓。拉一派打一派的羁縻政策，和崇尚武力的铁血政策在民族问题上已经行不通了，蒋介石似乎也意识到了这一点。
盛世才统治新疆时，打击迫害了一大批人，民怨极深。他离开新疆后，先后多次遭到起诉，蒋介石并未食言当年为盛世才负责一切的承诺。每次均保护其过关，他认为盛世才将新省奉献于中央是一大功绩，大家要明了此旨，“顾念大体，勿再责难往事”。1949年盛世才随蒋介石逃往台湾，任“国防部”上将参议、“行政院光复大陆设计委员会委员”，直至1970年7月13日，病死于台北。
2.经略西藏
西藏一直是中国领土不可分割的一部分。但伴随着英国对中国侵略的加剧，特别是1904年荣赫鹏率军入侵拉萨之后，中国在西藏的主权便受到了严重威胁。英国多次鼓动西藏脱离中国“独立”，辛亥革命后，在中国政府坚决抵制下，这些图谋终未实现。南京国民政府成立以后，设置了蒙藏委员会，第十三世达赖喇嘛采取了亲中央的政策，英国在西藏的侵略与扩张暂时受挫。
1934年，十三世达赖逝世，国民政府派蒙藏委员会委员长黄慕松人藏吊唁，双方高级官员这才有正式接触。黄慕松的使藏，无疑是对英国图藏的一次沉重打击。同时，西藏摄政热振活佛积极改善噶厦同中央政府的关系，使汉藏关系日益密切。
按西藏的宗教信仰，达赖圆寂后一定会在某地转世，不过，自称转世灵童却不止一人，这就要靠金瓶抽签决定。这个规矩源自清朝。1792年，乾隆皇帝打败了盘踞在西藏的廓尔喀人，挽救了西藏的神权统治后，便立下了由乾隆御赐一只金瓶（称金奔巴瓶），世代保存在拉萨。以后凡遇达赖或班禅的继承问题发生纷争时，就由清朝驻藏大臣亲自主持大典，用金瓶当众抽签决定所谓有继承资格的灵童身份。当时驻藏大臣在前藏后藏各有一人，一驻达赖所在地拉萨、一驻班禅所在地日喀则，西藏官员及僧侣在这一问题上均须服从驻藏大臣用这一方式作出的继承人决定。
（十四世达赖喇嘛）
在寻觅十四世达赖转世灵童问题上，国民政府当时决定仍袭用这个传统方式，利用当时西藏上层僧侣集团间的争权斗争，拉拢亲国民党的摄政热振呼图克图，由他亲自去青海湟中接来一个灵童，宣称其身份完全符合十三世达赖圆寂前的遗言，而后中央政府又委派蒙藏委员会新任委员长吴忠信来拉萨，在布达拉宫用金瓶抽签，决定了该灵童为十四世达赖喇嘛。坐床大典在1940年2月23日行，又由吴忠信亲临主持。事后在西藏方面的同意下，吴忠信在拉萨正式设立了国民政府驻藏办事处，隶属于蒙藏委员会，由孔庆宗任处长。就这样，国民政府驻藏机构正式建立起来。
当时内地同西藏之间交通极不便利，内地无一条公路可通到拉萨，康定至昌都历来仅有一条例道，却也不畅通。而西康又掌握在四川军阀刘文辉手中，青海的玉树本来也是进藏的一个通道，但又被“西北王”马步芳拥兵割据，不容外人出入。再加之这些地区多民族杂居，纷争不已，而且气候恶劣，山道崎岖。即令人能通行，也是困难重重。因此那时从重庆前往拉萨只能够假道印度。然而，假道印度还须得到英国驻华使馆的签证。这样，英国方面非但能掌握中国官员出入拉萨的动态，有时甚至还藉口西藏方面不同意而作难。身为中国的政府官吏，欲去属于中国的另一块领土，却不得不绕道他国，且受制于人，单从这一点看，当时西藏同内地的隔绝状况也就可想而知了。
话再说回来，十四世达赖坐床时只有十二、三岁。按西藏惯例，在老达赖圆寂，而转世达赖尚未成年之前，可由地方政府推定一位大活佛作为摄政，具体主持西藏的政务和教务。当时推选摄政的大活佛就是那个出身于色拉寺，那时年仅20余岁，靠拢国民党的热振呼图克图。他在热忱接待了黄慕松和吴忠信这两位中央派来的大员后，又消弭了抗战时期一些藏民在西康、青海边缘地带的滋事生非。他还派遣一个名为“西藏慰劳抗日将士代表团”到过重庆，并赠给前方将士羊皮一万张、银圆50万以作慰劳。这是民国以来西藏当局向国民政府所表示的最友好的一次举动。
1937年全面抗战爆发，英国政府利用中国面临日本入侵的困境，再度加紧了对西藏的扩张。1940年中央政府派吴忠信入藏主持第十四世达赖喇嘛坐床典礼，并在拉萨设立国民政府蒙藏委员会驻藏办事处，此后英国遂派驻锡金政务长官古德前往拉萨，策动西藏地方政府中的亲英分子对抗以热振为首的爱国人士。他们攻击热振“引进中央势力，定将进行政治改革，势必剥夺贵族特殊地位及利益”，引起西藏贵族的附和，扩大了反热振的阵营。他们甚至散布流言，对热振进行人身攻击和诽谤，迫使热振于1941年1月暂时离职，将摄政一职交予他的经师达扎活佛代理。达扎上台后积极投靠英国，并对噶厦上层进行了大换班。从此，西藏同中央政府的关系急转直下，西藏问题再次变得复杂起来。
1940年夏，在日本压力下，英国政府关闭了中国唯一的国际运输线——滇缅公路，使中国物资供应陷入困境。1941年上半年，重庆政府为解决滇缅路运输不足的问题，计划由中、英、美三国共同修筑由西康经西藏的盐井、察隅至印度东北边城萨地亚的中印公路。但印度政府认为如果修筑该公路，“作为事实上独立的缓冲区并且与英国和印度有着密切联系的西藏的地位就会受到损害”，因此坚决反对修建中印公路。但他们又不便直接拒绝中国的要求，于是就以“必须事先征得西藏人的同意”为借口加以阻挠。同时授意西藏噶厦出面反对。