疾病预防是水产养殖工作中的重要环节，是提高鱼类增养殖产量及经济效益的根本保证。实践证明，只有贯彻“全面预防，积极治疗”的方针，采取“无病先防，有病早治，防重于治”的原则，才能减少或避免疾病的发生，这是由鱼类疾病的特点所决定的。鱼类生活在水中，平时难以观察，一旦生病，很难对其进行及时和正确的诊断，当发现有水生动物机体开始死亡时，病情已非常严重。其次，在针对鱼类疾病治疗时，给药困难，在生产中通常采用的全池泼洒法和口服法等都是对养殖动物群体用药，而不是针对患病个体用药，因此效果较差。另外，鱼类患病后，大多食欲减退或失去食欲，更难通过口服药物治疗，即使使用外用药物，较大水体很难实施。
因此，在鱼类疾病防治工作中，必须坚持以防为主，在预防措施上要积极开展健康养殖，注意控制和消灭病原，通过免疫预防和生物预防等综合措施，减少或避免疾病的发生。
改善生态环境
鱼儿离不开水，水环境的好坏决定着鱼类能否健康、快速地生长。
一、设计和建设符合防病要求的养殖场
在建场前要对场址的地址、水文、水质、气象、生物及社会条件等方面进行综合调查，选择水源充足，水的理化性状适合养殖对象的生长、无污染、不带病原体。科学地设计进排水系统，应使每个池塘有独立的进排水管。如能配备蓄水池就更理想，水经蓄水池沉淀、自行净化或进行过滤、消毒后再引入池塘，就能防止病原体从水源中带入，尤其在育苗时更为需要。蓄水池的底部最好在土质上直接铺设鹅卵石，有较好的净化作用，水泥板或水泥自净能力较差，在水温较高时，容易使水质败坏。在封闭式和半封闭式工厂化养殖场，应有完善的水质净化和处理设备，对排出的水经过净化和消毒后，确保没有病原体时方可循环使用。
二、采用理化方法改善生态环境
1、清除池底过多的淤泥，或排干池水后进行翻晒、冷冻。养殖池塘经过几年的高密度集约化养殖，鱼类排泄物、水中杂质等沉淀到鱼池底形成淤泥。淤泥不仅是病原体滋生的储场所，而且在分解时消耗大量的氧，在夏季容易引起泛池；在缺氧情况下，产生大量对鱼类有害的物质（如有机酸、氨、硫化氢、亚硝酸盐等），使pH下降，氨氮、亚硝酸盐和硫化氢对水产养殖动物毒性增加。经过一个养殖周期，成鱼出塘后，不要急于加水放鱼，应排干池水后进行翻晒或冷冻，消灭有害微生物。池底淤泥大于20厘米，应及时清淤。
2、定期遍洒生石灰（pH偏低时），调节水的pH。对于淤泥较厚的老池塘，定期遍洒生石灰，能杀灭敌害生物，还能释放出淤泥中的N、P等营养元素，起到肥水、改善水质的作用，同时遍洒生石灰能吸附水体中有机物和杂质，起到净化水质的作用；对于碱性较大的水体和一些石灰质底泥的池塘，要慎用生石灰或减少用量。
3、定期加注清水及换水，保持水质肥、活、爽、嫩。在养殖周期中，20～30天加注清水一次，同时排出池底的老水，以保持水质清新，并刺激水中浮游生物的生长、繁殖，保持水质肥、活、爽、嫩。
4、在生长季节，晴天的中午开动增氧机，将水体上层的氧气交换到水体下层，将池塘底层的有害气体排出，充分利用氧气，减少底层氧债，改善池水溶氧状况。
5、利用光合作用改良水质。水质过肥时水中有害藻类过多时，用硫酸铜等适当杀死部分藻类，加注新水，增加池塘透明度。
6、在高温季节，高产池塘，定期施底质改良剂，改善水质。
三、采用生物方法改善生态环境
鱼类、水生生物多种类合理混养，充分利用人工饲料、天然饲料及溶解盐类，防止水质老化；光合细菌等微生态制剂在水产养殖中的应用及稻田培育草鱼种等方法改善生态环境。
提高鱼体的抗病力
病原体是否能引起鱼生病，要看鱼体本身对疾病的抗病能力和外界环境条件。在相同环境条件下，体质弱的鱼易发病，因此为了使鱼类不发病或少发病，最根本的办法是设法增强鱼的体质，提高抗病力。
一、加强及改进饲养管理
1、提早放养，提早开食
把春季放养改为秋冬季放养，是一项重要的改革措施。因为春季放养时水温上升，病原体开始繁殖生长，而鱼类越冬后体质瘦弱，鳞片松散，鱼体容易受伤使病菌乘机而入，秋冬季放养时水温较低，鱼体健壮，不易受伤。到春季水温上升后提早开食，鱼很快地进入正常生长，增强鱼体抗病菌能力。
2、合理放养
根据当地的条件、技术水平及防病能力进行合理的混养和密养，是提高单位面积产量的措施之一。在高密度养殖环境下，鱼类容易接触病原体，使之相互传染。在有病原体的情况下，鱼类密度大的比密度小的水体内，鱼病更容易发生和发展。由于不同种的鱼类寄生物不完全相同，因此混养的结果，使这种鱼的个体密度稀疏，降低鱼病发生。
3、做好“四定”投饲
这项措施主要是通过饲养管理，增强鱼体对致病因素的内在抗病能力。定质是指投喂饲料新鲜、营养全面并不含病原体或有毒物质；定量指每次投饲的数量要均匀适当，一般在3～4小时内吃完的量为适宜。草鱼养殖投喂草料，若有吃剩的残饵，应及时捞掉，不能任其在池内腐烂发酵，破坏水质；定位是指投饲要有固定的投喂点，使鱼类养成到固定的地点（食台或食场）吃食的习惯，以便于观察鱼类活动情况，检查池鱼吃食状况，又便于在鱼病流行季节进行药物预防工作；定时是指投饲要有一定时间，随水温不同，每日的投喂次数不同，由刚开始投喂时（水温10～15℃）的每日2次增加到3次（水温15～20℃）、4次（20℃以上），如宁夏地区渔农习惯每日投饲四次，即9:00、12:00、15:00、18:00。但时间并不是固定不变的，应随季节、水温变化而调整。
总之，“四定”投饲应根据当地的具体情况而定，灵活掌握。
4、加强日常管理
定时巡池，观察养殖动物的活动及摄食情况，密切注意池水的变动，以便及时发现问题及时处理。及时清除养殖动物的粪便、残饵及动物的尸体；清除杂草、螺等有害生物，防止病原体的繁殖和传播；定期的排污和换水，保持水质清新；定期检测水质的理化指标，做好应急措施的准备；定期的对养殖动物进行病原体抽样检查，早发现疾病，及早治疗，做好池塘记录。
5、细心操作，防止鱼体受伤
在水环境中或多或少地存在着致病菌和寄生虫，鱼体一旦受伤，就会造成病菌或寄生虫的侵袭机会。因此，拉网分塘、转池、进箱运输时，操作应当认真仔细，防止鱼体受伤而感染疾病。
二、人工免疫
人工免疫就是用人工的方法给鱼体注射、喷雾、口服、浸泡疫苗等，促使其获得免疫性。鱼类免疫的研究开始于20世纪初，60年代以后才有较大的发展。到了80年代，鱼类免疫学迅速发展，并借用先进的技术手段，丰富和发展鱼类免疫学理论，使其应用进一步深化。如对细菌性弧菌病、红嘴病等也能通过免疫技术预防。对病毒病的免疫，也可通过疫苗浸泡和注射使鱼类对传染性造血器官坏死症（IHNV）、病毒性出血败血症（VHSV）、传染性胰脏坏死症（IPNV）和草鱼出血病等疾病获得免疫力。
三、培育抗病能力强的新品种
在鱼类饲养过程中，常常可见一些发病严重的鱼池中，大多数鱼患病死亡，而病后存活下来的鱼，往往长得很好，这表明鱼体的抗病能力与同种鱼的个体差异有很大关系。因此，要想达到预防和消除某些鱼病，可利用这种个体差异，有计划地选育抗病能力强的新品种。
1、选育自然免疫的鱼类品种
在鱼类养殖过程中，可以见到一些发病严重的池塘，大部分鱼因病死亡，有少数鱼存活下来，这些鱼可能由于本身有较高的抗病能力，或体内产生某些抗体，对病原体有免疫作用。根据鱼类病后可获得免疫性的原理，用专池将这些鱼饲养，系统的观察其个体和子代是否对某些病原体具有免疫力，有目的地去选育抗病能力强的鱼类品种。
2、杂交培育抗病能力强的品种。
3、理化诱变培育抗病品种。
4、采用细胞融合和基因重组技术培育抗病品种。
控制和消灭病原体
控制和消灭病原体是预防水产养殖动物疾病发生的最为有效的措施。在养殖生产中，采取有效措施，控制或消灭病原体，才能减少或避免疾病的发生。
一、制订并严格执行检验检疫制度。
目前国际间和国内各地区间鱼类的移殖或交换日趋频繁，为防止病原体随鱼类的移植或交换而相互传播，必须对其进行严格检疫，在养殖动物输入或输出时也应认真进行检疫。发现疫病时，首先采取隔离措施，对发病池或区域实行封闭，池内养殖动物不向其它池塘或地区转移，避免疾病的扩散；发病池使用的工具应专用，且及时消毒；病死动物的尸体应及时捞出并对其进行销毁或深埋；发病池的进、排水都应进行消毒。
二、清整鱼池、改善水体条件