叶剑英在主持全军训练工作的过程中，十分重视首长——司令部的训练，重视提高指挥员和参谋人员组织指挥现代战役、战斗的能力。他认为，在未来战争中，诸军兵种军队合同作战，其通信联络、协同作战、战斗保障、后勤保障以及为适应战时需要的平时训练、管理教育等，都需要通过司令部门周密的计划组织和实施，充分发挥司令部的职能和作用。一切工作既要快速，又要非常准确，这就对司令部工作提出了更高的要求。为此，他在主持全军高级指挥员集训中，多次强调，指挥员和司令部人员必须熟悉各种现代武器的战术、技术性能和运用原则，学会在使用原子武器条件下战役的组织与指挥，特别要学会存战役的全过程中组织各军兵种的协同动作。他说：“司令机关是军队组织机关重要的部门，是军队的领率机关和指挥中心。”“参谋强了，司令部就强了；司令部强了，指挥就灵了。”他提出要从思想、业务、作风三个方面加强司令部的建设。他特别强调参谋人员在工作中要有积极性、主动性、计划性、预见性，办事要认真负责，迅速、准确。他积极倡导并亲自组织编写《司令部工作条例》。他还主张多搞近似实战条件下的首长司令部演习。
三倡导和推广郭兴福教学法
有了正确的训练方针，还必须有好的训练方法。
叶剑英在主持全军训练中，经常深入部队训练实践中作调查研究，解决训练改革问题，总结群众性的练兵经验，不断探索和改进练兵方法。
叶剑英不仅注意总结推广适合各级指挥员需要的各种军事训练的方法，而且更为重视分队基础训练的方法。多年来，他一直在积极寻找这个方法。
1963年秋，叶剑英从总参谋部编辑的一期《军训简报》上，看到了南京军区推广郭兴福教学方法的报道，引起很大的兴趣。他派秘书、办公室主任兼军事训练、军事学术研究委员会办公室主任莫阳率工作组到南京军区进行考察。随后，他于12月23日，冒着凛冽的寒风，赶到南京。24日，又到镇江参加了总参谋部召集的郭兴福教学方法现场表演会，参观了郭兴福以及南京军区推广郭兴福教学法涌现出的优秀教练员和先进分队的8个课目的表演，并与郭兴福、郭兴福式的教练员，以及主管训练的干部进行座谈，深入调查研究。他了解了从1960年以来郭兴福教学法的产生经过和领导培养、逐步完善推广的历史，肯定地说，郭兴福的教学法，是我军传统练兵方法的继承和发扬，是领导培养、群众支持和他个人努力的结果。他从继承我军的光荣传统和建设现代化革命军队的高度，评价了郭兴福教学方法的特点及意义，高兴地指出，郭兴福教学法的出现，不仅得到南京军区部队的赞同，还自发地在其他一些部队传播，这充分说明群众是真正的英雄，群众的创造力量是无穷无尽的。他把郭兴福教学方法概括为五大特征：第一，善于在教学中抓现实思想，充分调动练兵的积极性，并能够发扬教学民主，集中群众的智慧，实行官兵互教，评教评学；第二，把练技术、练战术、练思想、练作风紧密地结合一起，把兵练得思想红，作风硬，战术活，而且身强力壮，一个个都像小老虎一样；第三，采取由简到繁，由分到合，情况诱导，正误对比的方法，逐步加深认识，掌握要领：第四，把言教与身教、苦练与巧练结合起来，使战士百听不厌，百练不倦；第五，严格要求，一丝不苟，谆谆善诱，耐心说服。叶剑英指出：“上述这些方法，不仅适合于步兵，而且适合于各军种、兵种”。他认为，不能把郭兴福教学法单单看成部队训练的一种具体方法，不能低估郭兴福教学法对全军现代化建设的意义。
1963年底，叶剑英正式向中央军委写报告，扼要介绍了郭兴福教学法的内容和特点，建议军委在全军加以推广。他在报告中写道：“郭兴福教学方法已为广大群众所公认，自动要求学习郭兴福教学方法已自下而上的酝酿了很久，有几个军区已经正式作出了决定，条件已经成熟。建议军委发一个指示，在全军加以推广，号召各军区：各军种、兵种，部队和学校及至民兵，结合本身的特点，学习郭兴福的教学法，发扬我军传统的练兵方法，培养郭兴福式的教练员，借以掀起一个军事训练的高潮。……”
军委秘书长、总参谋长罗瑞卿收到叶剑英的报告后，当即向毛泽东主席和主持军委日常工作的贺龙副主席作了汇报。毛泽东仔细看了这份报告。当看到文中第二个特点，即“把兵练得一个个都像小老虎一样”时，在下面划了一条杠，说：“这一条我最感兴趣。”当看到报告中“郭兴福教学法继承了我军传统的练兵方法”一句时又说：“不仅是继承，而且有发展。”最后，毛泽东肯定和赞扬了郭兴福的教学方法，并对罗瑞卿说：叶帅找到了一个好方法。贺龙也完全赞同叶剑英的报告。1964年1月3日，军委转发叶剑英的报告，并号召全军立即行动起来，掀起一个学习郭兴福教学方法的运动。1月底，罗瑞卿代表中央军委在南京军区主持召开了全军训练会议。会议就开展学习郭兴福教学法作了部署，并号召全军以优异成绩参加全军（包括民兵）的“大比武”。叶剑英在广州军区组织人员研究制定《连队基础训练方法二十条》，没有出席这次会议。
叶剑英的报告经军委批准以后，深入部队，苦心钻研，继续推广郭兴福教学法，指导全军的群众性练兵运动。1964年2月8日，他与贺龙、徐向前、聂荣臻以及罗瑞卿等军委领导人在中共中央中南局和广州军区领导人的陪同下，观看了广州部队推广郭兴福教学法的表演后，接见了该军区出席郭兴福教学法评比现场会的全体代表，他亲自主持座谈会，着重研究解决如何进一步普及和提高的问题。他说：“过去我们已经培养了一些典型，现在要普及，由点普及到面，由步兵普及到炮兵、工兵、装甲兵、通信兵、防化兵，由陆军普及到海军、空军，由部队普及到学校。在普及的基础上提高，在提高的水平上再普及。”为了解决这个问题，叶剑英同训练委员会办公室人员一起在研究总结郭兴福教学法的基础上，吸收各部队军事训练方面的成功经验，整理出了《连队基础训练方法二十条》，经军委批准，颁发全军实行。
为落实”22十条”，解决全军练兵运动中的问题，叶剑英继续到各部队进行调查研究。5月26日、27日，观看了北京军区夜间训练“尖子分队”的表演，并接见了表演分队的干部，进行座谈，强调“一定要训练部队能打近战：善打夜战，相信自己手中的武器，不怕敌人的核弹”。同时指出：“抓培养尖子，搞样板是对的，但培养尖子的目的是为了练好战斗中过硬的本领，不是为了夺锦标，不要搞那种舞台式的、杂技式的表演。有了尖子，还要由点到面，普及提高。”5月28日，他观看了北京部队参谋李茂发等三人标图业务表演，并同他们座谈，称赞他们的标图业务熟练，同时要求参谋人员要练好基本功。他说“现在的参谋工作，比我军历史上任何一个时期都重要，参谋人员的基本功，除了你们说的要会画（画得好）、会写（写得快）、会传（传得准）以外，还要会读、会记、会算。”他提出并得到推广的全军参谋人员练基本功的“入会”要求，对促进参谋人员的业务训练起了很大作用。6月10日，叶剑英又观看了海军郭兴福式尖子分队的汇报表演，指出：海军“学习郭兴福教学方法，必须结合海军的特点，结合自己的经验，创造性的学习”，同时指出：“尖子是重要的，但光靠尖子不能战胜敌人，要使所有的舰艇都提高到尖子的水平。”
不久，北京、济南部队在北京举行“尖子”表演。毛泽东和中央一些领导人前往观看。毛泽东看后很高兴，称赞北京、济南部队的“尖子”表演很好，要在全军普及，并指出：光有“尖子”是不够的，普及“尖子”经验要很快布置，要抓紧这项工作。叶剑英遵照毛泽东的指示，立即向全军提出了当前军事训练工作的意见，指出：“今后军事训练的中心任务是全面落实毛主席的指示，狠抓普及。”并对普及工作提出了具体要求。他要求总参谋部军训部认真推广郭兴福教学法，不断总结全军练兵运动的经验，提出各行各业应推广的项目，作出两年规划。
8月至10月间，叶剑英同贺龙、陈毅、罗瑞卿等在北京、青岛、信阳、济南等地先后观看了防化兵、侦察兵、炮兵、工程兵、装甲兵、海军等“尖子”分队的比武和山东省民兵的表演，并作了许多指示。他在肯定全军大比武成绩的前提下，指出了存在的缺点和问题。8月8日，他在旅大观看炮兵比武表演后，接见领导和代表时说，我从沈阳到安东没有讲话。我是云南讲武堂炮科毕业，但炮兵专业不如你们，早忘光了，没有发言权。这次表演有硬功夫，有发明创造，但也发现很多问题。比武不容易，劳民伤财，不一定年年都搞。他要求大家把问题提出来，转报到军委。叶剑英对全军部分单位中存在的锦标主义、弄虚作假、搞花架子等偏向非常重视，作过多次批评，要求及时纠正。军委为此还专门发出了指示。
此后，推广郭兴福教学方法，开展全军性的练兵运动，在正确的思想指导下沿着正常轨道前进。由于领导上深入实际，深入群众，发扬成绩，纠正缺点，使运动一步步地深入，全军训练工作出现了前所未有的好形势。叶剑英并不满足已有成绩，要求全军：练思想，思想红；练作风，作风硬；练技术，技术精；练战术，战术活。
就在这时，林彪别有用心地派他的老婆叶群到广州军区“蹲点考察”，写了《三七九团一连三个尖子班的情况报告》，抓住群众练兵运动中出现的某些偏差，攻击一点，无限上纲，硬说“大练兵冲击了政治”，“犯了路线错误”。并于1964年12月29日，错误地发出《关于当前部队工作的指示》，把全军轰轰烈烈的练兵运动打了下去。
对林彪的倒行逆施，叶剑英持有保留意见，作了适当的抵制。1965年3月23日，叶剑英在东海舰队党委扩大会议上，针对林彪强调“突出政治”、“政治可以冲击一切”，冲掉军事训练的时间的情况，指出：要科学安排时间，要及时调整时间，要善于使用时间，不能乱冲。把其他的都冲掉了，那么，政治不成了空的吗？9月17日，在听取总参军训部部长张翼翔汇报军训情况时，又指出：“郭兴福的教学方法，不是郭兴福一个人创造的，是南京军区各级领导干部智慧的表现，是我军几十年训练经验的总结，是毛主席练兵思想的继承和发扬。郭兴福教学方法还是要继续推广，并使之继续向前发展。”