1667年，马注经贵州两湖，过河南、直隶，于康熙八年（1669年）抵京。一路上，他在与各地穆斯林的接触中，了解了各地伊斯兰教发展情况，也使得他能够更加深刻地感受到当时穆斯林社会中存在的疾病隐患，这些见闻也成为其人生方向转折的推动力。这一时期，他一面在宗王府教读旗下子弟，一面与当地回民经师、学者探究伊斯兰教义与宗教哲学。随着他对伊斯兰教经典和教义学习的深入，逐渐意识到自己的责任，便越加刻苦地钻研伊斯兰文化知识，期间，他的经文水平也突飞猛进，达到了能够将阿拉伯文翻译成汉语的水平。当时，王岱舆的著作已经在各地广泛地流传开来，对其影响很大，这也激发了马注进行汉文译著的热情，遂撰辑《清真指南》。有学者认为马注之所以将书名定为《清真指南》是受到刘智之父刘三杰的影响。根据马承荫的《指南序》所记，这本书的初稿应该在康熙二十年（1681年）之前就已经完成。这个初稿包含有二卷到七卷的大部分。初稿有译叙，计约十余万字，内容包括“上穷造化，中尽修身，末言后世，天地之秘，神鬼之奥，性命之理，死生之说，巨细隐显”，反映了他的主要思想。马注为了结交各地回族经师、学者，并听取对《清真指南》的意见，在1684年离京后，先是沿陆路到济南，抵达济宁拜会了李延龄及其弟子王兴文经师。后沿河南下到徐州，见到了回族掌教马廷瑞，马廷瑞为其校订了该书稿的三、四两卷。继而在扬州作短暂停留，拜会了古之瓒。古之瓒览其全书，并为其校阅了二、三、四、五、七卷。之后他于当年的11月抵达南京，拜会刘三杰，并与之进行深入交流。刘三杰校阅了全书，并给予很多指点。在南京停留的一年之中，马注还与当地著名经师袁汝琦、马之骐进行交流，受益匪浅。这几位均有赠言见录。之后他沿运河南下苏皖，抵达湖北境内，拜会了他久仰的皇甫经。又溯江而上到武汉，复折返河南，在开封拜会了许多伊斯兰教人士，其中孙必第为其校订了第五卷和第七卷，马绥泰为其校订了第六卷和第八卷。然后他入陕西，并带领全家在西安拜谒了咸阳王陵。随后便越秦岭、巴山，再度穿越四川返回云南。马注息隐家乡后，对《清真指南》继续进行增补订正。康熙四十九年（1710年），他已届71岁高龄，尚写作《左道通晓》。此后，有关他的记载就一无所见了，连确切的卒年也无从考查。故学术界一般认为马注卒于1711年，享年72岁。
马注所著的《清真指南》十卷，约二十余万言，包括伊斯兰和回族的哲学、历史、经义、教律、天文、传说。他在自叙中这样说：“鉴于儒学罔闻”，“正教久湮，异端左道，眩惑人心，著为是集，经号指南”。主要内容为“晰诸教异同之理，阐幽明死生之说。上穷造化，中尽修身，末言后世”。这部著作不仅材料丰富，而且每一问题都有作者独到的见解，每一见解都引用阿拉伯文的经典作为论据。如按体例分，全书可分成译和著两个部分，“集群经而摘其粹”，是译述的部分，其他有关宗教哲理、教义和民俗方面的诗文，则属于著作部分。
白寿彝先生对《清真指南》一书的内容分析如下：他认为卷二和卷三讲的是天人性命之学，这两卷的要义又概括为卷七的《八赞》。卷四和卷五讲的是谨慎持身之道。这两卷的纲领又略备于《宗戒》一篇。卷六的问答是杂论，共一百条，借问答的方式解释各种可能的疑问，所以补以前四卷的不足。卷八也是杂论。《教条八款》一一提出了当时穆斯林社会的具体问题，这是以前伊斯兰撰述中所未有的。这是马注对王岱舆以来的经学撰述中，在译述范围上之重要的发展。
《清真指南》传布的范围十分广泛，未刊之前，各地回族已有传抄，既刊之后，风行一时，为清真寺经堂竞相采用。1988年，宁夏人民出版社出版了《清真指南》的新标点本。
2.以“八赞”为代表的客观唯心主义本体论
马注将伊斯兰教认主独一的教义与儒家客观唯心主义的理论结合起来，认为真主或“真一”是世界万物的本原。他接受了理学家们关于太极说中的万物统一于五行，五行统一于阴阳，阴阳统一于太极，太极本无极的说法，认为这是世界万物产生的序列。但是，这还不能够说明世界万物的本原问题。于是他在《清真指南》卷三《穷理》篇中又提出：“然则由无极而成太极者谁欤？”这样一个问题，并在卷七《大能》中对世界本原问题作出了回答，说在太极和无极之先，有一个“视之无形，听之有声，至玄至化”的“大能真主”（《清真指南·大能》），或叫“真一”，只有“真一”才是造化天地人物的本体，是世界万事万物的总根源。“万物必赖于两仪，两仪必本于太极，太极必本于无极，无极必本于真一。真一乃造化之原主，无极乃万命之原种，太极乃万物之原果，两仪乃万形之原本。形不离性，性不离命，命不离理，理不离真一。”（《清真指南·穷理》）
为了说明“真一”是世界的本原，马注用几乎一卷的篇幅写下了对“真一”的“八赞”。他指出：“八赞者，九十九赞之发派也”。也就是说这“八赞”是真主的九十九个美名的总和。“人各有心，视听其钟，苟因赞悟道，因道寻主，因主避罪，因罪辩功，则于天堂，不无望也。”（《清真指南·八赞》）则点明了赞美“真一”的主宰作用。
马注“八赞”中的第一赞，就是赞主“独一”的属性。他用富有感情色彩的笔调描绘了“至清至净”的“无配真主”是绝对万能的。他说：“太极未萌，阴阳未肇。涵万象于先天，具众理于元始。无动无静，至渺至冥。色象不能喻其妙，万物不能配其尊。见非凭目，视无不察，闻非凭耳，听无不聪，言非凭舌，语无不备。绵绵而无始，悠悠而无终，非从所生，亦无所生。垂造天地，长育精灵。”（《清真指南·独一》）在这里，真主万能的作用是任何力量也无法比拟或模仿的。第二赞，赞其“大能”的属性，他认为是真主的大能造就了世界上的万事万物，真主是至玄而能化、至智而无错、大能无及，普造一切的性命之主。第三赞，赞其“普慈”的属性，认为真主“成造天地，变迁国土，能有能无，不增不减，至公至化”，是普慈一切众生之主。第四赞，赞其“调养”的属性，认为真主能够“转移祸福，掌握生死”“春荣秋实，长万物以滋群生”，同时更强调了真主普慈今世一切众生，在后世特别慈爱那些顺从主命的穆斯林，是大仁大慈，大能大化，至公无私，调养一切众生之主。第五赞，赞其“独慈”的属性，认为人类最受真主偏爱，因为人心之灵，能够承载真主与天地万物而能遵守明命，并得信仰之尊贵。第六赞，赞其“天国”之美妙，认为真主将其至仁给予穆民，独恩慈于后世，尊无可及，恩无可量，是执掌天地人神万物之主。第七赞，赞其还报一切善恶的属性。第八赞，赞其“至明至性，无变无更”，并使一切众生复生的属性。
3.性命思想
马注以儒家的“人性论”思想作为立论的根据，为自己强调真主独一的伊斯兰教信仰服务，他认为培养这种信仰的根本途径就是要加强道德修养。只有信仰天经，加强自身道德修养，才能达到至善的道德境界。在这里，马注有意识地将伊斯兰教的宗教功修同儒家的道德修养方法有机地结合到了一起。为此，他将人分为“四等”（或说“四品”），并在此基础上进一步提出性二品说。
马注完全接受了儒家的人性“三品”之说的观点，并将其改造成他自己的“性四品”说。我们知道，董仲舒曾把人性分为“圣人之性”“中民之性”“斗筲之性”三类，这是孔子“惟上智与下愚不移”这一人性论的发展和神学化。马注在其《清真指南》卷三的“性命”篇中，也提出了类似的“性四品”观念，他说：“死生之道既得闻命矣，邪正之术何分？曰：缘命世有四班，故身世亦有四等。若种之在土，不能易黍为麦，花之在枝，不能变白为黄。一、穆特买胤纳，此圣人之性。圣人之性，光明无垢，宁定不迁，习主清净，得蒙亲授。二、穆勒嘿默，此贤人之性。贤人之性，受主醒诲，排难解纷，不虑而知，语默动静与主通彻。三、涝挖买倚，此常人之性。常人之性。非属无过，过而能改，埋怨追悔，再不复作。四、暗马勒倚，此愚人之性。愚人之性，为恶降管，至死不迁，虽闻劝诫，不能醒悟。孔子云：‘惟上智与下愚不移’。”这就是说，安拉先天赋于人的本性原无差异，但世俗社会人欲横流，“情伪日出，本性昏矣”，才产生了“圣人之性”“贤人之性”“常人之性”“愚人之性”的不同。这就是“缘命世有四班，故身世亦有四等”之所以产生的原因。这种“身世四等”的观念一经形成是很难改变的。
在这个基础上，马注又提出了他自己的性二品说，认为人的气质是可以改变的，即人性是可以改变的。例如他说：“嗜性既反正命，然则率性之道何如？曰：性有二品：一、真性；二、禀性。真性与命同源，所谓仁、义、礼、智之性。禀性因形始具，乃火、风、水、土之性。”在这里，“真性”是专指“理”而言的，是先天的；“理”是至善的，所以真性也是至善的，是人的本性，即仁、义、礼、智之性。“禀性”是人身形成时才有的，“乃火、风、水、土之性”，即气质之性，它是后天的。气有清浊昏明差别，所以气质之性就有善有恶，有清有浊。同样。因为所禀的气有清浊不同，就出现了人的贤愚不等。但是，他又认为后天的气质之性是可以通过提高道德修养来恢复至真性的水平。那么如何变化禀性即气质之性，恢复真性呢？他说：“真性如珠藏蚌，禀性如蚌含珠。虽同体共命，贵贱各殊，惟凭正道之开示，而后真光乃露。”也就是说，如同宝珠为蚌所含，只要凭借正道（伊斯兰教）的启示，宝珠就会露出，真主就能得见，人们的气质即会发生变化。那么怎样才能得到“正道之开示”，而使气质发生变化呢？他又指出：“惟凭学问之琢磨，才智之参想，明德之分辨，方可复命归真，永登仙境。”（《清真指南·性命》卷二）。只有这样，人才能够显出其先天的真性。
马注的人有“四等”的观点，对后来的马德新影响较大。马德新认为，由于人们在“存天理，去人欲”的道德修养上的差异性，导致了他们在对安拉的认识上也就有所不同，因而出现了“圣者之圣以合天，贤者之贤以敬天。智者之智以应天，愚者之愚以违天”（《祝天大赞》）等形形色色的世俗众生之相。
4.“格物致知”的唯心主义认识论
马注在《清真指南》中专门讲了“穷理”和“格物”的问题，提出“万物之理，莫不尽付于人”“心能格万物之理”（《清真指南·格物》）。但他的格物穷理不是指对于事物的认识之理，而是在于认识天命和天理，是为了明心之理，这种认识论和他那“真主独一”的本体论的出发点是相一致的，同属于唯心主义的范畴。
就像许多的儒家学者一样，马注也将“穷理”与“格物”的重点放在加强个人道德的修养上，他认为“凡人认得自己，始认得造化之真主”，“参己身之动静，足以证真主之全品”（《清真指南·穷理》）。但是，在他的思想中也包含有一定程度的求知因素，因为他的致知格物的范围是很广的，如他认为“物之大者，莫过于天地，上而日月星辰，风雷雨电、霜雪雹露，下而山川湖海，草木金石，羽毛麟甲”（《清真指南·格物》）等都在他的格物致知的范围之内。
在这个问题上，马注与儒家学说的不同之处在于：儒家学说中的“穷理”是无穷尽的，而马注的格物致知却没有那么复杂，他明确指出“我不见一物则已，第见一物，便认得主”（《清真指南·穷理》）；“人惟认得自己，则触境逢源，头头了悟”（《清南指南·体认》）。很明显，他认为格物、致知、寻根、穷理的具体表现形式就是体一——数一——真一，强调一切认识都须从认识自我为起点。
5.“人道五典”的伦理思想
马注对儒家以“三纲五常”为核心的伦理道德思想不但全盘吸收，而且还将其与伊斯兰教的伦理道德学说相融通，系统地阐述了认主与忠君、孝亲、顺夫、恭兄、信友、尊师、济世的相融相通的关系。马注根据自己神学的人性论，建立起他自己提出的维护“人道五典”的伦理思想，这与儒家的伦理观是一致的，只不过将君王代天行事更换成为代主宣化。
在他看来，认主与忠君必须相统一。君王是管理天地万物的最高统治者，是天下子民之父，不忠君就是背主。他说：“人极之贵，莫尊于君。君者，所以代主宣化，摄理乾坤万物，各得其所。”又说：“命曰天子，天之子民之父也。三纲由兹而立，五伦由兹而立，九族由兹而分，万民由兹而出。寄四海之命，宠以天位。爵曰‘天爵’，禄曰‘天禄’，民曰‘天民’。在存之以仁，推之以恕，行之于公，要之以言。与天地同德，日月同明，四时同令，鬼神同聪。”（《清真指南·忠孝》）这里，在强调君王“代主宣化”的前提下，将君王的地位、作用、聪明才智推至无以复加的地步。他把忠君与忠主紧密地联系在一起，既反映出当时回族社会迫切希望得到中国封建社会统治阶级认同的社会现实，又论证了“二元忠诚”政治伦理思想的合理性。
结合儒家的伦理思想，马注对于伊斯兰教的孝道思想进行了颇有创造性的发挥。他认为顺主与孝亲是统一的。他认为所谓孝就是“养则尽其敬，令则愿其命，劳则代其力，忧则慰其心，惠则加其爱，食则赆其余，功则赞其成，过则匡其失。”他将孝分为三等，即身孝、心孝、命孝。这三孝的意义为“身孝者，全其养；心孝者，成其善；命孝者，赎其罪”。有此“一念之诚，春风膏雨；一毫之善，冻解冰消，即有诸恶，真主能之，其能轻之矣”（同上）。“全其养”“成其善”“赎其罪”，正表现了马注伊斯兰教伦理思想的宗教特点。由此可见，马注对于孝道所包含内容的理解是非常全面和深刻的，它涉及穆斯林社会生活的方方面面，是一种具体的道德准则和行为规范。除此之外，马注还认为认主、顺主与顺夫、恭兄、信友、敬师及济世等都是相互统一的，同时这也是真主和《古兰经》所要求的内容。值得注意的是马注在提出作为臣、子、妻、弟、生应该遵守的道德准则的同时，也相应地提出了作为君、父、夫、兄、师所应当遵行的道德准则。
马注十分赞赏儒家的伦理纲常，说它已经达到了“理尽义极，无复漏遗，至中至正，不偏不倚”的程度。但他同时也指出，儒家不言生前死后之事，这就不能不引起天下深观静察者的怀疑，从而造成佛教与道教的趁虚而起。他认为拨邪返正，端正人心的最佳方法就是将儒家学说与伊斯兰教的思想结合起来。如果只懂得伊斯兰教义而不明白儒家义理，就如同禾苗长得好而不会开花，就不知道修身、齐家、治国、平天下的道理；同样，如果只懂得儒家义理而不明白伊斯兰教义，便如同花虽开得好却不结果实，就不能达到知晓万物起源的本质与归宿的真谛。