杨仁山全家迁往安庆以后，正是清廷对太平军的战争日益加紧之时。杨仁山在两江总督曾国藩幕府工作，当是异常繁忙。他在书店偶然得到一本《大乘起信论》，但搁置案头，无暇阅读。一年以后，父亲卧病在床，家中长子杨仁山，要担负起家庭的重担，不能不日夜操劳。父亲病逝后，家乡石埭已被清军大将鲍超收复，于是，杨仁山抚父棺回乡安葬。安葬父亲之后，因战争的特殊时期，杨仁山不能长时间在家丁忧，只得返回安庆。当时，安徽战区的战事已基本结束，但瘟疫却流行起来，杨仁山不幸感染时疫，只得在家中治病。杨仁山在家治病期间的一个春末午后，阳光灿烂，渐起炎热，杨仁山午后小睡，醒来却感到身心宁静，他翻开《大乘起信论》，一读而进入其间，一行行文字意义全明，直至半本，无有障碍，他的内心也随起震动。这样美妙的书籍，他以前虽多次翻阅，均不能深入进去，今天却像是突发灵感，阅读此书即深入堂奥。于是，他发现了一个新天地，如醍醐灌顶一般令全身通畅舒达。直至傍晚，他才稍感疲倦，放下书本。此时，他才发现自己一个下午即连续反复把这本书读了五遍，几至能诵。
从此，佛教深奥的大门已向他洞开，一扇精神的大门已被打开，他心中拥有了一个全新的宇宙，他已与这门深奥的学问身心契合。于是，他在公务繁忙之中，一有闲暇，便遍求书肆，寻觅佛经。有一日，他在一家书店的杂乱书堆中寻出一本《楞严经》，展开便览，竟忘身之所在，及至店主催归，才发现时已入暮。
此后，凡有亲友外出他省，杨仁山必委托他们觅购佛教经典；每遇僧人，必询来自何所，有无经卷？他对佛教已到了痴迷的程度。这引起了杨老太太的担忧，儿子对佛教如此痴迷，将来怎能负担起家庭重担？而苏氏夫人则更加痛恨早已不知下落的巧姐了。杨仁山只能表白：“为人之子，必尽天职，虽不求富贵，但总要负起全家的温饱。并非出家为僧，不过是研究佛经而已。”
太平军大势已去。被清军重重包围之下的南京城，早已到了朝不保夕的程度。生活糜烂的天王洪秀全唯有自尽谢世。同治三年，即公元1864年6月16日，曾国荃率领的湘军攻克南京。十日之后，两江总督曾国藩幕府的全套班底浩浩荡荡开进六朝古都南京城。
三、发大誓愿
庄稼茂盛生长，依赖于肥沃的土壤。一个人一朝开悟，迈入佛门，而后能执佛教复兴之牛耳，也必有其根深叶茂的文化土壤。
杨仁山供职在曾国藩幕府，而曾国藩这位湘军首领是中国传统文化的集大成者。他的所言所行、一举一动对属下都有难以估计的影响。曾国藩在翰林院工作的时候，将自己改名为“涤生”，为何要如此改，他自己在日记中说：“涤者，取涤其旧染之污也；生者，取明袁了凡之意：‘从前种种，譬如昨日死；今后种种，譬如今日生也’。”原来，他是受明朝佛学大居士袁了凡的启发而改名的。他在日课“静坐”一条下写道：“每日不拘何时，静坐半时，体验来复之仁心。正位凝命，如鼎之镇。”他还写道：“然心有私著，无著则静矣，抑亦诚矣。”“余今闷损至此，盖周身皆私意私欲缠扰矣，尚何以自拨哉！立志今日自新，重起炉冶，痛与血战一番。”一个人要战胜自我，不经过内心的血战则无法成功。无论工作多么繁忙，静坐是曾国藩每日必修的功课。
佛教传入中国后，发扬光大，中国的禅宗把佛教的义理推向极致，而打坐参禅就是一项静坐的功夫。佛的意思是觉悟，何为觉悟？一个人认识自我、了解自我、了解自己所处的环境，才能算得上是觉悟。一个觉悟的人，就不会有妄想，不会去做自己做不到的事。修行就是要改变自己所有错误的想法、说法、做法。但是，改变自己谈何容易，不“痛与血战一番”又怎么可能成功？
我们从曾国藩的身上完全可以看到儒、佛之间的相融相通，佛教传入中国，很快就与中国的传统文化相互融合，成为中国传统文化的重要组成部分，儒释道三家紧密联系在一起而不可分割。
曾国藩在北京工作期间，常与僧人来往，出入寺庙。这在他的日记中多有记载。他对佛教笃信不疑，儿子生病，夫人到庙中许愿，果然病情好转，他立即致信家中，要酬谢了愿。他认为：“浮屠警世之功与吾儒相同。”“其大旨归于劝善惩恶。”他自己也经常抄写佛经。他的诗文中，也经常与佛教相联系。
因为对佛教的认知和礼敬，使人的精神提升到无我的境界，所以才会克己奉公，才会有菩萨心肠，才会有“我不入地狱，谁入地狱”的精神，才会有以出世的精神干入世的事业，才会在人生的路途上取得辉煌的成就。
初到南京的杨仁山的诗作中有“纵欲岂云刚，至静乃生悟”句，这虽是自己的感悟，但亦可看到大师曾国藩对他产生影响的影子。在曾国藩的幕府中，钻研佛学不是杨仁山一个人，而是有一批人。他们经常在一起探讨佛理。当时，意图振兴佛教的就有赵烈文、刘翰清、曹镜初、张守恩等人。这几位年纪都比杨仁山大，在曾国藩幕府，都是位居要职的精英。
阳湖赵烈文，是位以真才实学而见重于曾国藩的年轻人。他曾预言清王朝50年内必亡。后来的事实几乎不出他的所料。他后来成为曾国藩的心腹幕僚。他所写《能静居日记》一书，对后世影响颇大。他在这部书中记录了他与曾国藩之间99次密谈的内容，包含政治、军事、经济、哲学、时事等各个方面。他把自己的居所取名为“能静居”。他受佛学的影响显而易见。
武进刘翰清，也是曾国藩幕府的一位重要幕僚。他初入胡林翼幕，保同知三品衔，后来在清廷选派留美幼童时，被曾国藩荐举为“总理沪局选送事宜”。当时清廷在上海设立的“幼童出洋肄业局”，就由他负责全部事务。
与曾国藩同乡的曹镜初，是长沙人，1851年的举人，咸丰中期入曾国藩幕府。他也是一位名医，承担曾国藩私人医生之职，后也官至侍郎。他对佛学深有研究。
岭南的张守恩曾任户部主事，是曾国藩的老部下。曾国藩在安庆时曾集资兴办书局，以推广教育，培养人才。书局的工作就由张守恩负责。后来曾国藩移居南京，书局更名为“金陵官书局”，仍由张守恩负责。张守恩也深通佛学。
上面介绍的这些人在曾国藩幕府工作时，经常在一起研究佛学，探讨佛理。佛教对他们来说，既是修身的功夫，也是精神的指向。曾国藩幕府中这样一批人推崇、研究佛学，自然成了同在曾国藩幕府工作的青年杨仁山在佛学事业上成长的浓厚氛围和肥沃土壤。如果没有这样肥沃的土壤，小苗也长不成大树。
但是，在曾国藩幕府中工作的这一批人，虽然身居要职，以出世的精神干入世的事业，为社会建立事功，但对如何复兴佛学，充分发挥佛教的社会作用，可能考虑得很少。眼前的利益，大量的社会事务，占去了他们生命中大部分的时间，他们往往为了急切地解决当前的问题而忽视了民心的教化和思想文化建设上一点一滴的积累。而要做到这一点，则必须具有宏大的誓愿和甘于奉献的精神，具有目光远大、从长算计的智慧，更需要百折不挠、死心塌地的虔诚。
身处在上面这些人中的青年杨仁山，在迈入佛门以后，他的内心里究竟想些什么？在他那颗成熟而又蓬勃跳动的心脏里是不是已经发下了复兴中国佛教的大誓愿？他会不会按照佛典上的要求勇猛精进永不退转？这是一个人生的转折时期。在这个时期以后，杨仁山将会用他的一生，来解答这些问题。
四、晚清思想的伏流
佛教起源于印度，流传到中国后被中国人改造、提升而发扬光大，然后又流回到印度。已故的北大教授季羡林把这个现象称为“倒流”，作专文《倒流》一篇，证明佛教从中国“倒流”回印度的史实。对佛教在中国的发扬光大，季羡林教授打了一个精妙的比喻，他说：“印度人是蚕妇，中国人是巧匠，他们生产的蚕丝，经过中国人的手，就变成了美丽的绫罗绸缎。”
据史书记载，佛教自东汉永平八年传入中国（实际上真正传入中国的时间比这要早得多）。这一外来宗教历经汉魏南北朝佛经的翻译、法理的阐扬，在中国深植根基，到隋唐开花结果。隋唐两朝三百多年，是中国佛教发展的黄金时代，产生了一大批本土高僧，如六祖慧能、南岳怀让、石头希迁、百丈怀海等一大批佛门龙象人物，灿若群星，形成了具有中国特色的汉土佛教。而这一时期，印度的佛教却渐渐衰落，要请中国的高僧去印度传教。
但是，中国的佛教也盛极而衰，到唐末会昌时期，唐武宗李炎皇帝推行了一系列灭佛政策。当时，毁寺庙44万多座，勒令26万多僧人还俗。恐怕今天的中国也没有这么多寺庙和僧人，若按人口比例计算，今天的人口不知是那时的多少倍，则更不可比，诚所谓“南朝四万八千寺，多少楼台烟雨中”。到了唐末及后来的五代时期，战乱频繁，烽烟四起，佛寺荒芜，经典散佚，至此，隋唐三百年间鼎盛的佛教，已经零落殆尽。
宋、元、明、清四朝，佛教都有复苏的时期，但气象不大，可供传译的经典渐少，弘法的高僧大德很少，后继乏力，成就有限，所走的基本上是一条逐渐下滑的线路。
到了杨仁山的时代，太平军以“拜上帝教”排斥其他所有文化。这场战争横扫东南数十省，兵连祸结15年，所到之处，焚烧学宫、庙宇，以及佛寺道院，无庙不焚，无像不灭，江南文物横遭摧残，甚至找不到一本佛教的经典，佛教已到了濒于灭亡的境地。
尽管如此，佛学在当时的知识界和思想界对人们的精神指向却起到了一种不可替代的作用。梁启超在《清代学术概论》中说：
晚清思想家有一伏流，曰佛学。前清佛教衰微，高僧已不多，即有亦与思想界无关系。其在居士中，清初王夫子之颇治相宗，然非其专好。至乾隆时，则有彭绍升、罗有高笃志信仰。绍升尝与戴震往复辩难（《东原集》）。其后龚自珍受佛学于绍升（《定庵文集》有《知归子赞》，知归子即绍升），晚受菩萨戒。魏源亦然，晚受菩萨戒，易名承贯，著《无量寿经会译》等书。龚、魏为新学家所推奖，故新学家多兼治佛学……
梁启超的这段话清楚地说明了佛学对清代知识分子的影响。像龚自珍和魏源这两位对后代极有影响的启蒙思想家最后都皈依了佛教，从而，佛学成为思想界的一股伏流。梁启超最后还说：
晚清所谓新学家者，殆无一不与佛学有关系……
晚清时期，知识分子参悟佛学的一个内在原因是对社会看不到希望，而将兴趣转向佛学。第二次鸦片战争和太平军的起义，内忧加外患，再加上朝廷腐败，晚清王朝已到了江河日下、气数已尽的地步，已经没有生机，没有希望。苦闷、压抑、追求理想的知识分子们只有避入佛门而寻求解脱，追求自我完善。但一旦真正进入到佛学的义理之中，他们却发现佛学并不是追求精神超越的避难所，大乘佛教宣示于人的是普度众生的担当与情怀，在这种义理的作用下，他们的精神追求发生了一百八十度的大转变，从追求自我的超越一跃而变为对时事政治和国家兴亡的积极关注，从而使一批思想家走上了维新变法和革命的道路。
这些或许正是佛学对当时知识界和思想界的意义。这个意义昭示出来后，佛教在中国复兴的契机也就到来了。