杨仁山深知彼此志愿不同，便发誓不再与他们作无聊的穷辩了。这番辩论，发生在1898年至1900年的三年间，杨仁山以强烈的护法精神抨击日本净土真宗违经背道的种种学说，与日本学者往返辩论，开近代中日佛学交流的先河，在近代中日文化交流史上有重大的意义。梁启超在《杨仁山阐教篇》一文中说：“古始佛教，本纯昌自力。净土一门，缘季后起。接引凡机，龙树所以有易行品之作也。我国净宗，已嫌他力气味太浓，滋生流弊；日本真宗之揆无圣道，失之益远矣。居士（指杨仁山）兹作，可谓洞中症结。”
上世纪30年代日本发动侵华战争，日军占领的城市，多有日本真宗僧人随军服务，专为死亡的日本人超度。他们的所作所为已严重背离了佛教的真义，他们像军国主义一样，把日本军队侵略中国称为“圣战”，认为为圣战而杀人无罪，死后可魂归佛国。这样的佛教不仅在中国，就是在战后的日本也不得人心。杨仁山与日本真宗大谷派的辩论，似早已见出其蜕化变质的先兆，他曾明确指出，日本佛教“衰于净土真宗”，何其有先见之明！
三、助编日本《卍续藏经》
与日本真宗大谷派的佛理之辩、法义之争，最终不了了之，杨仁山甚感无奈。不过他与南条文雄的友谊却一直保持着。二人通信不断，互相交流，每遇到汉土古代大德失传的典籍，南条都及时寄给杨仁山。南条在出访朝鲜时发现了一部唐人的重要著作《华严三昧章》，便及时购下，寄往中国。而杨仁山新刻出版的佛书，也不断寄往日本，分赠日本的各位朋友及藏经书院珍藏。到了1905年，日本藏经书院《大藏经》完成以后，又开始着手编刊《卍续藏经》，总纂负责人中野达慧请南条致信杨仁山，烦请代为搜寻藏外及未刊行的佛书。
杨仁山收到这封信后非常高兴，认为是“极大法缘”，当即回信，答应助襄其事。随后杨仁山就开始了征集工作。他向国内一些著名寺庙和著名藏书家征集各种经、律、论的注疏、疏钞达30多种400余卷。在很短的时间内收集到这么多的佛书，从另一个侧面也反映了杨仁山与佛教界有广泛的联系。两个月后，杨仁山将所收到的藏外佛书编订目录，寄给南条文雄，并告诉他准备将这批佛书先行借来，寄往日本，刷印之后，再将原书寄还。
日本编刊《卍续藏经》的工作始于明治三十八年（1905）四月，完成于大正元年（1912）十一月，收编佛书共计751册，分装151函。广泛收集了中国与日本历代未入藏的佛教典籍，内容上至六朝遗编、唐宋章疏，下至清代学者的著述，还包括部分疑伪经典。杨仁山所征集30多种近400卷基本是明清时期中国人的佛学著作。一年以后，这些书籍全部寄往日本。
此时的杨仁山，已是一个年近七十的老人了，年老力衰，眼昏手颤，艰于与外界的交往。但为了此项工作，他多方奔走，不遗余力。如，他在寻求明代憨山德清的《华严纲要》和李贽的《华严合论简要》两书时，很费周折，多次往返，最终才使藏书之人答应转借。在中国为日本《卍续藏经》收集藏外佛书的，还有浙江宁波的式定禅师。中野达慧后来在编纂缘起一文中说：“二公皆嘉此举，或亲自检出，或派人旁搜，以集目录未收之书，而见寄送者，前后数十次，幸而多获明清两朝之佛典。予每接一书，欢喜顶受，如获赵璧，礼拜熏诵，不忍释手，虽蠹简断篇，靡弗收录焉。”
在《卍续藏经》的编辑过程中，杨仁山不仅提供书籍，还多次致信南条文雄和藏经书院，对编藏目录提出增删意见，帮助勘定经书真伪，提出编纂建议。这些信都登在藏经书院的机关杂志《大藏经报》上。杨仁山所提供佛书的书单也曾在这份杂志上刊登。每登一次，在“编者按”里都有对杨仁山的感谢之词，如：“不意竟烦杨氏殷勤斡旋，诚为惶恐之至，又将得《华严合论简要》，倍感谢其好意。”还如：“金陵杨仁山氏，素怀笃志，为本院《续藏》之编纂予以不少援助之事，已数次载于经报，今复经南条博士之手，转寄来新版书籍和六种释典。今登出其全文，深谢其芳谊。”
从这些文字中尽可看出杨仁山及式定禅师为日本编《续藏经》所作出的贡献。在此期间，中日两国的学者进行了真诚、密切的合作。
后来，藏经书院还向杨仁山正式提出要将杨仁山的著述汇集成《仁山全集》编入续藏中。杨仁山给予积极答复，回信中说：“贵院若欲翻刻拙作，均可听许，不论版权。”不过，后来出版的《续藏》并没有收录《仁山全集》，仅将《大宗地玄文本论略注》收在《续藏》中，原因可能是最终确定的收编时期有所改变。《续藏》中的日本著述只收到江户时代，中国著述则截止到清中期，杨仁山所处的清晚期与日本的明治时代的著述都不在收入之列。但从这件事的本身也可显示出杨仁山在佛教思想史上独有的价值和地位。
金陵刻经处的刻经流通与日本藏经书院编辑《大藏经》、《卍续藏经》，分别是中日两国近代佛教史上的大事。但比较两地所取得的成就，让人不能不深为感慨。杨仁山以一私人之力要在中国刊印流通书本藏经，历尽40余年，每年以刻10至20部左右经书的速度，向前递进，坚持不懈，从无间断，耗尽了毕生精力，但最终未能全部完成。而日本藏经书院凭借明治维新后日渐充实的国力，用短短一二十年的时间，即连续刊印了两套藏经——《大藏经》和《卍续藏经》。《卍续藏经》在杨仁山生前也编辑完成，1912年出版流通。这真是无法相比的一件事情。如果把刻经流通当作一项文化建设或是国家软实力建设的话，也可完全看出清朝政府与明治时代的日本的差别了。《续藏》即将刊印之时，南条文雄在《大日本续藏经序》中回忆了他与杨仁山的相识经过，互相寄赠佛教典籍之事，以及杨仁山刊刻经籍的艰辛。他深知杨仁山刻经是随募随刊，集腋成裘，渐次得成，对杨仁山坚忍不拔的意志和精神极其敬佩，对杨仁山为《续藏》所提供的帮助和作出的贡献深为感谢。《续藏》出版之际，杨仁山已于一年前归西，实在是一件无比遗憾的事了。
四、分家笔据
1901年初，杨仁山召集三个儿子，正式商议分家一事。四年前老母亲去世时，他向儿子们表达了分家的意愿。现在四年过去了，他认为分家的时机已经成熟，可以办理此事了。他同儿子们商议的结果是：儿子们都同意父亲的要求，按父亲的意愿订立《分家笔据》，其全文如下：
立分家笔据：杨自新、自超、福严，今奉父命，兄弟三人，家口日众，理宜分居，各图生业，俾得人人振作，家道日昌，择于光绪二十七年三月十九日三房分炊。所有祖遗房屋，在岭下二甲住宅内，仅得正房一间、厨房一股，堂心共用，菜园一股均与琴轩二叔共业，归长孙庭芬执管。祖遗及添置熟田二十亩，作为先祖朴庵公支下祭扫田，契据归长房收执。金陵城内延龄巷，父置屋宇一所，围墙东至西二十四丈，西边南至北二十丈，东边南至北十六丈，与漆匠店毗连。此屋专作刻经处公业，系父亲三十余年经营所成，永远作为流通经典之所，三房均不得认为己产。目前家眷暂住在内，以十年为限，十年之后照例起租，不得自添屋宇以杜占据。俟各房自造住宅，即当移居。经局刻板之资系十方善信捐助，永远作为公业，经管之人公同选举。近年家用不敷，积有欠债，通盘清算所欠各处债项计银3810两，以目前进款大小分认归还，计大房1278两，又浮桥地基房屋归大房收受，值银600两，共银1878两；二房计银1057两；三房计银875两。共认债款3810两。彼此商议，均无异言，公同凭中写立分家笔据，一样三纸，各执一纸，永远存照。光绪二十七年三月十九日立。
底稿留存以备查考。仁山志。
这份《分家笔据》很明显是杨仁山为了使子孙们信守承诺而特意订立的。别人分家是分财产给子孙，而杨仁山则是分债务给儿子，他将刻经处历年所欠债务一一分给了三个儿子。房产则捐献给刻经处作为十方公产，而且规定以十年为限，或者搬出自造房屋，或者交付租金，以杜占据。这真是一个非常苛刻而不毫不含糊的父亲。
杨步伟在《先祖仁山公之生平》一文写道：“曾祖母九十八岁逝世后，先祖更不愿闻问家事，令三子立门户。尝云，大家庭各有依赖之弊，分开后各人方可养成独立之性格。人皆留产业与子孙，我则以为每人有职业后即应归自己负责。我们留房屋应作十方产，永为金陵刻经处之所，以鼓励十方人士同发心愿，以助刻经流通之发展。”
杨仁山分家的指导思想非常明确。
杨仁山当年与同仁们创办金陵刻经处，刻印流通佛经、佛像，均以弘法为目的，无利润可赚，长年积累，透支严重。到分家之时，所欠债务已达到3810银两。这可不是一个小数目。以当时的生活水平，养活一个人一年10个银元即可，这近4000两银子，足可建一座大大的房屋。假如儿子们拒绝接受这笔繁重的债务，杨仁山还能不能这样去分家？不过，有什么样的父亲，应该就有什么样的儿子们。杨仁山的为父之道应是后人学习的楷模。
家就这样分了，各房开始单独起灶生活，其中的情景也十分有趣。杨步伟在自传中写道：“分派地基和家乡的田产等等我还小不知详细。最好玩的就是给一个三开间的大厨房和七连串的一个大灶改作三份，三个小灶和另加三个小煤炉。大厨子拨给刻经处的经房用，我们三房另雇厨子。在分过家的那天早上叫厨子去买菜，我们母亲他们还是商量买一样的菜，因为三十多年已成习惯了。我们高兴极了，觉得好玩的很。做好菜每房拿一碗给祖父吃，祖父说这多好，每次我可以得三份了。祖父又给他自己从外国带回来的各种刀叉碟子碗、玻璃杯子、毯子和多年不穿的绸衣官衣等等拿出来分。”