刑部主事，这一官职虽然也享受七品或六品的待遇，但实际上只是朝廷最底层的办事官吏，相当于现在的干事。这项工作的辛苦和压力是可想而知的。朝廷对这些低级官员每年一小考，三年一大考，根据考试的成绩和工作能力，提拔调用。各部以主事、员外郎、郎中为三级司官，逐步得以升迁。郎中和员外郎为各部各司正副主官。每提升一级都是不太容易的事。八年之中，杨摛藻没有得到提拔升迁，他还是一个小小的主事，而与他同登进士的曾国藩已从翰林院庶吉士，一度任四川乡试的正考官，考试结束回来加升为翰林院侍讲，随时可听皇帝召见，发表对时政的看法。与他同分在刑部的李文安也已升为主管广西、奉天、山西等地司法事务相当于员外郎的司员。而陈岱云不久即将外放江西吉安任知府。这几位与杨摛藻都是关系非常要好的同年友。
不知这是不是促成他请长假随父亲南归，不复出仕的一个内在原因。
1845年底，父亲杨志翘向他表达了思乡的念头，想回家看望亲人，他说：“吾家二十有二人，吾不见者七年矣，吾将归视之。”年老的父亲已经80岁了，来日无多，叶落归根，他再也不能在京城中待下去了。于是，杨摛藻就向部里请了长假，携全家离开北京随父亲回归石埭故里。
从后来杨摛藻与友人的通信中多次提到“病免”一词，可以推测他后来是补请了长期病假的，而能准许他长期病假，则说明他身体的糟糕状况是同僚们都能尽知的事实，北方的干燥气候，工作的压力和家庭的负担，可能都使这位南方学人在京城中感到严重不适。道光是清王朝运势急转直下的年头，各部官员的俸禄大大降低，作为一个下级官员，接收不到来自方方面面的馈赠，单纯的工资收入难以抵挡京城中一家人每日如流水样的高昂花费，更不用说迎来送往结交贵人了。
杨摛藻在刑部的工作，以他办事认真、处理问题严谨的性格必定会得到上司和同僚们的赏识和赞许，同时肯定也会得罪不少人。当时桐城派的著名作家方宗诚在他的《认戚呈明节烈论》一文的后面对杨摛藻写下如此的评语：“析义甚精，守义甚坚，真可谓不同流俗，即此一端推之，而一事不肯苟且可知矣。”此一评语，即可窥见杨摛藻为人的学养和个性，而他长期未能得到升迁，除了在政治上缺乏“进取”精神外，更大的原因可能还是这种性格上“一事不肯苟且”所致。
在任京官的八年时间里，他与上司员外郎吴廷栋来往密切，交谊深厚，尤其与吴的儿子吴筱云相知相契而成为忘年密友，两人相差近20岁。杨摛藻南归之时，吴筱云送他们全家到京城郊外，殷殷情深，难分难别。杨摛藻只能这样劝慰他：“汝年未三十，我未五十，会合有期，暂别无妨也。”谁知二人这一别，就再也见不到面了，当他后来在故里旌德县凫山书院任教时得知筱云病逝的消息，一时如失手足，痛哭失声。他在写给吴廷栋的吊唁信中感情悲切，肝肠寸断，因不能与筱云相见相亲，只能长歌当哭。
杨摛藻与吴廷栋的关系，绝非单纯的上下级关系，更非是为了迎合上司而有心拉拢他的儿子。除了安徽同乡的内在情愫之外，性格相通、性情相近是两人关系密切的根本原因。他在与吴廷栋的书信中，以弟相称，丝毫也见不到下级对上级小心翼翼的恭敬和惶恐，而是平等对待无所谓高低。
吴廷栋，字竹如，安徽霍山人，道光五年（1825）拔贡，任职刑部。崇尚程朱理学，且善为医道，1840年曾国藩生病，经多人医治不成，转请吴廷栋医治。经吴医治，果然病情好转，于此两人成为好友。吴廷栋跟随道光帝的老师倭仁共拜当时理学复兴的宗主唐鉴为师，经常在一起切磋学问的就有曾国藩、陈岱云等一批京城各部及翰林中的年轻官员。曾国藩在日记中写道：“吾友竹如格物功夫颇深，一事一物皆求其理。”可见曾对吴的赏识和敬佩。此时的曾国藩致力于程朱之学，严格要求自己，以铁打的意志和毅力，坚持每日的日课，日课的内容包括：早起、主敬、静坐、读书不二、读史、谨言、养气、保身、日知所亡月无忘所能、作字、夜不出户等等。其用功的程度和学养，足为同代的楷模而成为京城各部新进官员的翘楚。无怪乎异常精明的李文安在1843年爱子李鸿章入京参加应天府的举人考试后，要将他送到曾国藩那里，以年家子（指有同年之谊的子弟，同年进士的孩子称年家子——笔者注）投其门下受业。
吴廷栋自小受到良好的家庭教育，俭朴不奢，不贪功名，以天爵为贵，“仁、义、忠、信，乐善不倦，此天爵也”。因此《清稗类钞》中，后人专记“清操绝俗吴廷栋”。他年老退休后，“归无一椽，日食不给，处之安然”。有一年中秋节，深知他生活难窘的两江总督曾国藩带了三百银元去看望，坐询良久，问及近况，吴廷栋说：“贫，吾素也，不可干人。”因此，曾未敢将带去的三百银元拿出来。
因为吴廷栋与曾国藩的关系，杨摛藻与曾国藩、陈岱年等同年进士也经常见面，探求宋明理学。杨摛藻潜心濂洛之学。濂指濂溪学派，即北宋理学创始人周敦颐等人所创立的理学学派，因周敦颐原居道州营道（今湖南道县）濂溪，世称“濂溪先生”，他所创学派也称为“濂溪学派”；洛是指洛阳的大儒程颢程颐兄弟，他们同是理学的奠基人之一。1844年，杨摛藻父亲杨志翘做八十大寿，好多同年好友前来祝贺、拜寿，时任翰林院侍讲的曾国藩也前来拜寿，写于这年的十月初七日的《曾国藩日记》记载了这事：“早起，饭后至杨朴庵之年伯处拜寿。”可见两人的关系非常亲密，曾国藩对杨摛藻的道德和人品非常推重。当时，杨摛藻在京城也颇负盛名，门下弟子一大批，1842年考中举人的胜保，这位后来在镇压太平天国军和捻军中极有功劳的朝廷大将，就拜在他的门下受业。
杨摛藻与同分配在刑部的李文安，关系也相当好。多年以后，杨摛藻的二儿子，也即杨仁山的弟弟杨文润重新修订父亲的文稿，当时他在天津河工上任事，而任直隶总督的是李鸿章。杨文润请李总督为父亲的文集作序，李欣然答应。在序言中，李总督极其恭敬地写道：“杨公朴庵为道光中名进士，与先子为同年友，官京师甚相得。”从“甚相得”三字即可看出两人当年的友好关系，否则李总督也决不会在百忙之中抽出时间为这个文集作序。李总督对杨摛藻的文章很赞赏，认为是疏宕而有奇气，“每为文，沉思竟日，以天遇，以神行，遇佳山水，辄徘徊茂林丛薄间”。又写道：“反复玩诵其文，固奇而逸，而其人之高旷闲远有不可以悲愤掩者甚矣。”李文安任职刑部时，李鸿章在合肥的家里拜名士徐子苓求读，发奋于经史子集之间。1843年他入京参加考试，因功课甚紧未能见到杨摛藻，直到咸丰末同治初，因二人均效力于曾国藩幕府，才匆匆见过数面。“予时仗策从戎于奔驰转徙中一见颜色。”虽一见颜色，也极其敬佩。他认为虽然即文足以见人，但生平荦荦大节又岂能是这三十余篇杂作所能体现？序言的落款是：“文华殿大学士直隶总督世袭一等肃毅伯年愚侄李鸿章顿首拜序。”
李鸿章为杨仁山父亲杨摛藻文集写的序言这本文集就是杨摛藻仅存于世的《重订敬修堂文稿》，藏在南京图书馆古籍部。本书及第二章所引用杨摛藻与他人的通信及文章均来自这本文集。
1845年杨摛藻的父亲被诰封为奉直大夫。此时，已经81岁的老人怀乡心切，想见家中亲人，杨摛藻也无力能将全家人接到北京来一同生活，于是，只好决定送父亲南归。他说：“吾所以发愤进取者，为吾父耳。今当归，无令吾父日念吾兄嫂，令兄嫂不得同事吾父也。”于是请假南归。
1845年冬天，杨摛藻南归之时，他的同年好友陈岱云已获外放，即将赴任江西吉安知府，当时低级京官外放地方，是不多的。获外放的陈岱云当年仅32岁。他也是湖南人，年轻时就与曾国藩结友，后来结为儿女亲家。
四、凫山发蒙