传教士白晋曾惊奇赞叹地写道：“十四个皇子中有十个都长得仪表堂堂，才华横溢。”康熙即为龙文化的代表，自然而然地采用了汉室立嫡立长的建储方法。康熙十四年十二月十三日，立嫡长子、正宫孝诚皇后所生允乃（原名胤乃，雍正即位改名允乃）为皇太子，其时允乃不满两岁。
康熙复设顺治时裁撤的詹事府，为东宫僚属，司太子讲读，辅佐太子；亲自择理学名臣汤斌授礼部尚书兼管詹事府事；命大学士张英、李光地及熊赐履等老成硕儒朝夕纳诲；并亲自培养皇太子，在繁忙政务中抽身为皇太子讲授四书五经，有一时期几乎“每天在临朝御政之先，令太子将前一日所授的书背诵、复讲一遍，达到熟记和融会贯通才告结束”。手把手地向他传授治国之道：“告以祖宗典型，守成当若何，用兵当若何。又教之以经史，凡往古成败，人心向背，事事精详指示。”亲征之时还往往命太子留京，代理政务，以资历练。企望早定国嗣，避免诸皇子觊觎皇位，祸起萧墙。以“系四海之心”，“垂万年之统”。
允乃天资聪明、条件优越、迅速成长起来。他通达义理，知晓满汉文字，诗书棋画无所不能，且娴熟弓马，八岁即能左右开弓，精明干练；二十岁即能代父处理朝政，“骑射、言词、文学，无不及人之处”。群臣以索额图为首，为希图将来的荣利，自然而然地趋赴太子门下，结党营私，形成了第二个权力中心。索额图等制定的东宫服用仪仗与康熙相差无几，每年三大节，太子在主敬殿接受百官朝贺，行二跪六叩礼。在这种环境长大并形成自己势力的皇太子，权力欲日益膨胀，日益骄横，抢班夺权的急迫心情时有表露，他曾口出怨言：“古今天下，岂有四十年天子乎？”
人到暮年，即使是大丈夫，也往往生出一段温柔似水的舐犊深情，这其中实际包括了人们对自己一生最美好时光的无限眷恋和对未来梦幻般的希望。如果这种感情受到了伤害，特别是受到了自己的儿孙——被舐之犊的伤害，那么人们心灵上受到的沉重打击便无可比拟了。
康熙晚年更加眷恋自己的子孙，亲征出巡之时，甚至将太子的衣冠带在身边，时时观看，如见太子。康熙二十九年（1690年），康熙于征噶尔丹途中生病，高烧不退，形容憔悴，他从诸臣所请，起驾回銮。他想念自己的儿子，命皇太子、皇三子驰驿来迎。
太子来了，然而进见病中的父亲，却“略无忧戚之意”。美好温馨的一切都破碎了，康熙极其失望、失落。他不能不正视冷酷的现实：既然是皇权至高无上的龙之国，便注定没有了龙之家。龙，没有亲人，只有敌人；没有爱，只有恨，只有丑恶、阴谋、陷阱。孤家寡人啊！他说：“昔梁武帝亦开创英雄，后至老年被侯景所逼，遂有台城之祸。隋文帝亦开创之主，不能预知其子炀帝之恶，卒致不令克终。又如丹毒自杀，服食吞饼，宋祖之遥见烛影之类，种种所载疑案，岂非前辙？朕一息尚存，岂可容此辈乎？”
康熙开始有计划地削弱、剪除太子势力。
康熙三十六年（1697年）九月，康熙将“私在太子处行走、甚属悖乱”的内务府属膳房人花喇、德柱、茶房人雅头处死，额楚圈禁。
康熙三十七年三月，康熙封皇长子允（胤）是为直郡王，皇三子允（胤）祉为诚郡王，皇四子胤真、皇五子允（胤）祺、皇七子允（胤）右、皇八子允（胤）禩俱为贝勒、分拨佐领，参与国家政事，抬高了诸皇子的地位。
康熙四十二年，康熙以“背后怨尤，议论国事”，“结党妄行，威吓众认”的罪名，拘囚了太子党的首领索额图，直斥“朕若不先发，尔必先之”。之后，又囚禁了索额图诸子和党附索额图的大臣麻尔图、额库札、温代、邵甘、佟宝等。这些人“同祖子孙在部院者，皆夺官。江横以家有索额图私书，下刑部论死”。索额图被囚死多年之后，康熙还恨犹未消，说：“索额图诚本朝第一罪人也。”
康熙四十七年，康熙出巡，皇太子、皇长子、皇十三子、十四子、十五子、十六子、十七子、十八子同行。
途中，皇十八子一病不起，日益恶化。康熙十分忧戚，但皇太子对弟之将死却无动于衷。康熙痛心地责备他：“你是他亲哥哥，怎么毫无兄弟情谊？！”皇太子反“忿然发怒”，挞辱随行侍诸大臣出气。
其间，皇太子党羽窥伺康熙，起居动作无不探听。更可异可骇的是，康熙发现每至夜晚，皇太子便逼近康熙所居幔城，从帏幄缝隙向内窃视康熙的动静。
康熙断定：“从前索额图助伊潜谋大事，朕悉知情，将索额图处死。今胤乃欲为索额图复仇，结成党羽。”康熙感到：两个权力中心的斗争已到了你死我活的白炽化状态。他“未卜今日被鸠，明日遇害，昼夜戒慎不宁”，他敏锐地觉察到，一场为君流血的政变就在眼前，遂立即起程回銮。
似乎事态确已十分严重和急迫，康熙等不及回到京师昭告天地祖宗，在中途便迫不及待地宣布废掉皇太子，将太子党羽索额图的两个儿子格尔芬、阿尔吉善及二格、苏尔特、哈什太、萨尔邦阿等六人“立行正法”，其余人等充发盛京。
他召集诸官，“垂泪而谕”，说皇太子“不法祖德，不遵祖训，惟肆恶虐众，暴戾淫乱”，已包容他二十年矣，“若以此不仁不孝之人为君”，“必至败坏我国家，戕残我万民而后已”！“太祖、太宗、世祖之缔造勤劳，与朕治平之天下，断不可以付此人。俟回京昭告于天地宗庙，将胤乃废斥”！谕毕，“痛哭仆地”。
就在同一天，皇十八子病逝。康熙精神上受到了极大打击，悲愤交集，六天六夜未曾安寝，对诸臣说起时，“涕泣不已”。
在潜意识上，康熙此时对儿子怜爱、痛惜、负疚的亲情更为突出。正由于此，康熙愤恨、伤感、失望。正由于此，康熙对儿子更加怜爱、痛惜、负疚。这种亲情有如毒蛇啮噬他的心。他精神恍惚，夜里梦见死去的祖母孝庄太皇太后远远默坐，“颜色殊不乐”，与平日所梦不同；梦见生下允乃当日而亡的孝诚仁皇后飘然而至，垂泪不语。他回想宣布废太子那天，仿佛天地一下昏暗了；进京前一天，有大风旋绕马前，他命人将自己的御馔赐予废太子；伤心而细致地观察到，儿子“近日行事，与人大有不同，昼多沉睡，夜半方食，饮酒数十巨觥不醉。每对神明，则惊惧不能成礼，遇阴雨雷电，则畏沮不知所措。居处失常，语言颠倒，竟类狂易之疾，似有鬼物凭之者”。
慈父柔肠几将寸断，他不愿意父子势同仇敌、水火，不愿意。正式废太子之后，他列举了太祖努尔哈赤杀其长子褚英，太宗皇太极幽禁阿敏，礼亲王代善劾其子孙之例，谕诸皇子和满洲文武大臣：“今胤乃事已完结，诸阿哥中倘有借此邀结人心，树党相倾者，朕断不姑容！”
他心力交瘁，经常喃喃而谕，几乎是在哀求诸皇子：“本月内十八阿哥故去，又有胤乃事，朕心伤不已，你们仰体朕心，守份而行，不要再生事了！”“朕今已年老，愈加畏惧，尝念有幸在众心胥戴、万国咸宁之时，得终天年，于愿足矣。你们仰体朕心，守分而行，不要再生事了！”
然而，相反。储位虚悬，诸皇子更加疯狂结党，上蹿下跳，互相排陷，把储位之争推向了新的高潮。
庶出的皇长子允是在废太子之前，原以为按照“立长”的原则，皇太子非己莫属，不料康熙在废太子的同时，明确宣布：“朕前命胤是保护朕之安全，并无立胤是为皇太子之意，胤是秉性躁急愚顽，岂可立为皇太子！”允是知己无望，转而党同皇八子允禩争位。他奏言“相面人张明德曾相胤禩（皇八子）后必大贵”，露骨地怂恿康熙诛杀允乃，公然讨令由他下手，说：“今欲诛胤乃，不必出自皇父之手！”
对待骨肉兄弟如此残忍狠毒，令康熙极其愤怒、惊骇、痛心。他一方面下令将张明德拿交刑部严审，一方面痛斥允是“凶顽愚昧，不知义理”，“不谙君臣大义，不念父子之情”，是“天理国法皆所不容”的“乱臣贼子”！同时以皇八子“柔奸性成，妄蓄大志”，“其党羽早相邀结，谋害胤乃”，将其锁拿，交议政处审理。
才能出众、党羽甚多的皇八子允禩，确实野心勃勃，到处邀结人心、营私结党、大造舆论。皇九子允唐、皇十四子允题等，均倒向允禩，甚至身藏毒药，准备如若允禩遭到不测，便与之同归于尽。当康熙宣布锁拿允禩时，允唐对允题说：“你我此时不言，更待何时？”
允题遂上前奏道：“八阿哥无此心，臣等愿保之！”康熙斥道：“你们两个要指望他作了皇太子，日后登极，封你们两个亲王么？你们的意思是说你们有义气，我看都是梁山泊义气！”允题以死发誓，康熙大怒，拔出佩刀：“你想死，现在朕就要你死！”说着砍向允题。皇五子允祺跪抱劝止，众皇子叩首恳求，康熙收回佩刀，却恨犹未已，将板子打下。皇九子允唐跪上抱住，被康熙批了两个耳光。康熙命诸皇子将允题责打二十板，而后逐出允禩、允题。
此时，张明德一案有重大进展。议政大臣审出，张明德在太子允乃未废之前，即欲谋行刺，说皇太子行事凶恶已极，他有飞贼十六人，可谋行刺，并将及康熙。此事有人前曾报告允是，请他奏知皇上，允是未奏；允禩听闻此语，在诸阿哥中散布，也不奏知皇上。
张明德被凌迟处死，允禩被革去贝勒。此时，皇三子允祉举发大阿哥允是曾请喇嘛用巫术诅咒、镇厌废太子，喇嘛供认不讳。侍卫从废太子居宫掘出厌胜物十余处，康熙震怒，痛斥允是“素行不端，气质暴戾”，厌咒亲弟杀人之事尽皆显露。允是之母惠妃亦奏称允是不孝，请置于法，康熙不忍杀亲生儿子，命将其严加看守，不久革去他的王爵。
而皇三子、四子、五子、九子、十子、十四子等，也都在暗中积极活动，相互树党，窥测时机，无所不用其极。