圣旨飞传，清军立即主动单方面停火撤军，向雅克萨城内送粮送医。压倒一切敌人的英雄气魄，包容天地的博大胸怀。唯有礼义之邦、泱泱大国的龙的文化，能有如此之大手笔，大模样。康熙以战胜者的身份，表现出希望以谈判解决中俄边境争端的绝大诚意；以战胜者的身份——两次漂亮的雅克萨之战，迫使沙俄代表坐到了谈判桌前。康熙二十八年七月初八至二十四日，中俄使团在尼布楚正式举行边界谈判。以领侍内大臣索额图和都统、皇舅佟国纲为首的清方使团临行前，康熙曾向他们交代了谈判的基本原则和需坚持的严正立场。他说：“恒滚、牛满等江及精奇里江口俱合流于黑龙江，环江左右，均系我鄂伦春、奇勒尔、毕喇尔等人民及赫哲、飞牙喀所居之地。若不尽取之，边民终不获安。朕以为，尼布楚、雅克萨、黑龙江上下及通此江之一河一溪，皆我属之地，不可少弃之于俄罗斯。我之逃人根特木尔等三佐领、及续逃一二人，悉应向彼索还。如俄罗斯遵谕而行，即归彼逃人及我大兵所俘获、招抚者，与之划定疆界，准其通使贸易。否则尔等即还，不便与彼议和。”
由于此时北方蒙古准噶尔部噶尔丹在沙俄的支援下攻占了喀尔喀部，平准之战已不可免，为避免两面作战，避免噶尔丹与沙俄进一步勾结，康熙又曾向他们布置了可以作让步的通融之处：“以尼布楚为界，俄罗斯贸易无栖托之处，恐其难以接受。你等开始仍要坚持以尼布楚为界，如对方一定恳求尼布楚，最后可退到以额尔古纳为界。”
此时，清方使团威严沉毅、一字排开，端坐在没有仪仗、没有鼓乐、没有陈设、朴素无华的黑色帐篷中，用诧异不解、宽宏大量甚至略带怜悯的眼光，注视对面豪华帐篷中以戈洛文为首的俄国使团的小丑表演。
戈洛文等三名俄使衣饰华丽，神态傲慢。在排场的仪仗、喧嚣的鼓乐陪衬下，他们时而毫无根据地咬定黑龙江流域“自古以来即为沙皇陛下所有”；时而倒打一耙，指责中国“突然派兵侵犯沙皇陛下国界”，要求中国赔偿俄国损失，惩办有关人员；时而声色俱厉，讹诈勒索；时而软磨硬泡，讨价还价……伸拳跳脚、撒泼耍赖、胡搅蛮缠、无理取闹。
中国使团列举确凿事实，严正驳斥了俄国使臣的无耻谰言，指出黑龙江流域自古是中国的领土，俄国多年以来侵犯其地，烧杀劫掠，中国政府忍无可忍，方进行自卫还击，“挑起战端”的责任全在俄国。声明中国为了实现黑龙江流域的和平，与俄达成协定，只谈边界的划分，不提“惩凶”和赔偿的要求。
铁证如山，俄国使团理亏词穷，哑口无言。当中国使团作出重大让步——准备出让尼布楚，而戈洛文等虽已达到目的、却仍玩弄外交手段、勒索不已时，尼布楚附近约六七千喀尔喀人树起了反抗俄国侵略者的义旗。俄使不敢继续拖延，终于同中国使团于康熙二十八年七月二十四日签订了《中俄尼布楚条约》。
《中俄尼布楚条约》是中国与外国签订的第一个平等条约。条约六款，划定了中俄东段的边界——俄国撤出雅克萨及所有它在中国境内的军队和据点；从法律上肯定了，黑龙江流域和乌苏里江流域的广大地区是中国领土；规定了越界人员的处理、中俄贸易等。这完全符合世界公认的国际法原则。
试想，若是末期的明朝，若是那露出了下世光景的老迈迂腐之龙，可能打胜这场自卫战争吗？可能以唯我独尊、万国归宗、万物皆备的泱泱天朝大国，同一个外番夷狄坐下来平等谈判边界问题，并以局部让步求得一纸相对公平的和约吗？答案无疑是否定的。
以康熙为代表的满民族，刚刚进入封建社会而处上升状的满民族，保留某些“凤”的视点和思维方式的满民族，为老迈迂腐之龙插上了凤的双翼，使它面对新的世势有新的腾飞。
沙俄侵略势头受阻，康熙加强了对东北边疆的有效防御、管理与建设，东北边疆底定。凤翼龙翔，龙为主体。历史记下了龙的力量和风度。
高傲，而且艺术。亲征准噶尔十七世纪的边疆，摆在康熙面前的，除了东北沙俄的入侵问题，还有西北准噶尔部噶尔丹民族分裂势力的叛乱问题。
从全球角度看，噶尔丹之乱是沙俄等外国侵略扩张势力蚕食中国领土的组成部分——噶尔丹正是受到了沙俄侵略扩张势力的支援而肆无忌惮；从中国角度看，东北、西北北部，都是边疆，都涉及北方民族，都有一个如何平定、如何实现有效管理的问题。
康熙是龙，武装平叛，势在必行。康熙与他的民族又是凤——北方少数民族中的一员，这使得他的平叛，他对边疆民族问题的解决与处理，放射出独特的光彩。准噶尔是漠西厄鲁特蒙古四部之一（按：清初蒙古族分为外藩蒙古、喀尔喀蒙古和厄鲁特蒙古。外藩蒙古即漠南蒙古，又称内札萨克蒙古、内蒙；喀尔喀蒙古即漠北蒙古，又称外札萨克蒙古、外蒙；厄鲁特蒙古即漠西蒙古），游牧在巴尔喀什湖以东以南、伊犁河流域。
康熙九年（1677年），准噶尔内部纷争，首领僧格被刺，僧格同母弟、自幼在西藏当喇嘛的噶尔丹闻讯即刻赶回，以为兄报仇为名，组织僧格旧部，并从和硕特部（亦为厄鲁特蒙古四部之一）岳父鄂尔齐图车臣汗那里借兵，驱除了僧格的敌人；接着，转过身来杀掉僧格之子索诺木阿拉布坦，囚禁叔父楚虎尔乌巴什，夺取了准噶尔部统治权。
康熙十六年，噶尔丹恩将仇报，出兵进攻原为厄鲁特蒙古四部之首的和硕特部，在斋桑湖击败了和硕特军队主力，擒获了岳父鄂尔齐图车臣汗，并凶残地下令割断他的喉咙，自称“博硕克图汗”，胁迫整个厄鲁特蒙古听其号令。
康熙十七年，噶尔丹乘天山南路叶尔羌等回部（维吾尔族居住区）伊斯兰教内部黑山、白山教派之争，进侵南疆，尽擒原统治该地的元蒙察哈台诸汗，将他们迁至天山以北，使“回部及哈萨克皆为其属”。同时，噶尔丹还侵占了哈密和吐鲁番，控制了河西走廊西部。
噶尔丹已成为西北一支强大的割据势力。康熙并不干涉准噶尔内部事务，噶尔丹夺取准噶尔统治权，康熙如噶尔丹所请，准其依兄僧格旧例，“照常遣使进贡”，等于承认准噶尔既成事实。康熙却明确反对准噶尔噶尔丹攻掠其他各部，居于其他各部之上。噶尔丹灭和硕特部后，作为一种试探，曾向朝廷进献所获和硕特部弓矢等物，康熙以“朕心不忍”，“却其所献俘获”，并限制准噶尔入贡人数，与其他各部等同。
在噶尔丹“恃其强盛”，“四出剽掠”，野心膨胀，加紧与沙俄勾结，妄图吞并喀尔喀蒙古之际，康熙一再争取和平解决各族各部的争端。
康熙二十二年，康熙特派内大臣奇塔特，前往准噶尔宣抚颁赐噶尔丹，谕其同各部和睦相处。
康熙二十四年，在深知噶尔丹无力处置该部逃来边地之人的前提下，一再限期噶尔丹自行“收取”，过期则由朝廷“另行裁度”。四月到期，康熙方谕大学士，逃来边地的鄂尔齐图汗（噶尔丹岳父，已被噶尔丹所杀）之孙、之侄，楚虎尔乌巴什（噶尔丹之叔，被噶尔丹所囚）之孙等，“违离彼土，向化而来，宜加爱养”，应赐其牧地，“赐之封号，给以金印册，用昭示朕继绝废举之至意”，勉励他们“相与辑睦，善自安业”，使他们成为向心朝廷、抵御噶尔丹的重要力量，噶尔丹无话可说。
康熙二十五年，康熙为使噶尔丹“招降喀尔喀蒙古右翼、消灭喀尔喀蒙古左翼”的阴谋不能得逞，特派理藩院尚书阿喇尼等邀达赖喇嘛往喀尔喀蒙古主持两翼会盟，宣誓尽释前怨，永远和协。
康熙二十六年，噶尔丹率军三万越过杭爱山，攻占喀尔喀蒙古札萨克图部。康熙二十七年七月，噶尔丹向喀尔喀蒙古发动了全面进攻。康熙仍然希望通过调停，和平解决，他提出在清官方主持下，邀请达赖喇嘛的代表参加，使噶尔丹与喀尔喀蒙古和谈，土谢图汗谢罪，噶尔丹撤兵，归还喀尔喀蒙古土地人民。
然而这一切努力均无效果，噶尔丹一意孤行，继续南犯，于鄂罗会诺尔击溃了土谢图汗主力。土谢图汗与喀尔喀蒙古宗教领袖哲卜尊丹巴，率残余人众内附清廷，请求保护。康熙当即谕令优纳，并于二十八年敕谕噶尔丹：今喀尔喀为尔所败，其汗等率举国之人前来归朕。朕统御天下，来归之人朕不收抚，谁收抚？朕已妥为安插，赈之米粮，复其汗位爵号等。朕兴灭继绝之念不光对于喀尔喀蒙古，诸国有穷迫来归者，朕一体抚养。战争并非美事，辗转报复，将无穷尽，仇敌愈多，宁保其常胜乎？是以朕欲尔等尽释前仇，互市交易，安居辑睦，永息战争。
康熙二十九年，噶尔丹倚仗沙俄的支援，借口追击喀尔喀蒙古，举兵南下，深入内蒙，大肆杀戮劫掠人畜物资。清朝理藩院尚书阿喇尼激愤之下违令轻战，在乌尔会河失利。
噶尔丹投靠沙俄，倚仗沙俄支援，并非是一种推论。康熙十三年至二十二年，他每年均派使臣赴俄勾结，“企图同俄国订立军事同盟和求得俄国给予‘军队和枪炮’的援助”。俄使戈洛文日记供认：“博硕克图汗（噶尔丹）是根据陛下（沙皇）的谕旨发动战事的。有大批俄国军队，并有大量火器、大炮协同他作战。”康熙二十九年戈洛文给噶尔丹的信中也透露：“你曾集结所部全体官兵武装进攻（喀尔喀蒙古），而我至尊的大君主沙皇陛下方面也曾发动同样的武装进攻。许多蒙古领主被随从全权大使的官兵击溃，另一些被生擒。”
噶尔丹气焰愈益嚣张，逼近乌兰布通，距北京仅七百里。城内人心摇动，米价暴涨至三两余银。康熙迅速调兵遣将，部署围歼噶尔丹、平定准噶尔部叛乱的又一次功垂史册的伟大战役。
左翼，皇兄裕亲王福全任抚远大将军，率军出古北口；右翼，皇弟恭亲王常宁为安远大将军，率军出喜峰口。意在分进合围，两路包抄。康熙本人原已出京，拟于前线近地指挥。但因突发感冒，高烧一夜，不得已“暂且回銮”。康熙此次虽未亲征，他的军事方略却十分明确，他为出征将士送行时所赋豪壮诗句，却始终在将士胸中激荡，如同催促热血男儿为国为民建业立功、奋勇杀敌的冲锋号角：获丑宁遗类，筹边重此行。据鞍军令肃，横槊凯书成。烟火疆隅堠，牛羊塞上耕。遐荒安一体，归奏慰予情。
噶尔丹狂妄已极，并不把中央平叛大军放在眼里，他竟派人向清军宣称：“听说诸路大军云集，内大臣们也到了。还听说土谢图汗之子噶尔旦台吉也在军中。你们不见老鼠被人捉住尾巴，还要咬人的手吗？我非老鼠，就是临以十万大军，又何惧之有！”之后，当日即引军南下，于二十七日抢占乌兰布通，“觅山林深处，倚险结营”，以骑兵数万，列阵山下。用千万头骆驼构筑工事——缚骆驼四足，使之卧地，背加箱垛，上蒙湿毡，环列如栅，士兵于垛隙射箭放枪，兼施矛，可攻可守，号曰“驼城”，摆好了迎战清军的阵势。
八月一日黎明，清军列队向乌兰布通峰推进。日中见敌。“隔河而阵，以火器为前列”，径直强攻。
一个目击此役的外国传教士记载：大战以大炮火枪互轰开始，继而两军士卒肉搏。
炮声隆隆，声震天地。河崖泥淖，山坡荒径，两军胶着在刀劈剑砍、矢穿弹洞、血喷肉碎之中。清军将领身先士卒，康熙舅舅佟国纲、前锋参领格斯泰、统领迈图先后阵亡，“大臣而下以至军士阵亡被伤者甚众”。但是，清军没有退缩，继续英勇强攻，终于在傍晚时分攻破了“驼城”，断敌阵为二。敌惊溃不已。清军乘胜破敌垒，大败之。噶尔丹“乘夜遁去”。
康熙为噶尔丹宵遁痛憾不已，在此役之后进行了长达六年的平叛准备工作，并于康熙三十五年二月、九月、康熙三十六年二月，三次亲征噶尔丹。
康熙三十四年八月，噶尔丹率骑兵三万，卷土重来，沿克鲁伦河南下，肆行掠害喀尔喀部众，扬言“借俄罗斯鸟枪兵六万，将大举进犯漠南”。
康熙令武臣三品以上详议“灭贼”，举朝皆以为难，认为应当征讨噶尔丹的不过两三人。康熙又何尝不知其难？他说：“朕亲历行间，塞外情形，知之甚悉，自古以来所谓难以用兵者是也。其地不毛，间或无水，至瀚海等沙碛地方，运粮尤苦。雨水之际，难以举炊。区画不周，岂可妄动？”
但是，康熙深知噶尔丹“其势日强，其志日侈”，“一日不除，则疆域一日不靖”，恐日后“各省之脂膏，尽靡费于北方，又若前代矣”，故“深念此寇，断易速灭”！十一月，康熙力排众议，部署了三路进剿大军。
东路，由黑龙江将军萨布素等率盛京、宁古塔、黑龙江兵五千人，会同内蒙古科尔沁部沿克鲁伦河进剿，防御噶尔丹东侵；西路，由抚远大将军费扬古等统率陕甘兵等二万四千余人，出归化城进剿，堵阻噶尔丹归路；中路，是包括火器营、炮手绵甲兵在内的二万七千九百余名京畿禁旅，出独石口进剿，作为主力，正面进攻噶尔丹。但中路主帅之位一直空缺，没有任命，事情显而易见——康熙意欲亲征。
劝阻之疏纷纷上呈：“皇上为百神之所凭依，四海苍生之所依赖，似不必以此小寇，躬临壁垒。”“皇上宜钦点中路大将军，统兵进剿，圣驾驻跸近边指授方略，即可立奏肤功。”“皇上……”康熙截然道：“昔乌兰布通之战，朕躬违和，未能亲临前线，失此机会，至今犹以为憾。
今噶尔丹窜伏地方，尚未甚辽远，朕决意亲莅边外，相机破敌。此贼既灭，则中外宁谧，可无他虞。假使及今不除，日后设防，兵民益多扰累。故风寒雨雪皆所不辞，习于战斗之劲寇亦所不避，必亲往征讨！”
二月三十日，康熙率诸王贝勒、文武大臣诣堂子行礼，祭旗，亲统中路大军启行。征途中，康熙只进不退，有时因宿营地不适，要退回几步安营，也不准。康熙“不怀安逸，不恃尊崇，与军士同其菲食，日惟一餐，恒饮浊水，甘受劳苦”。康熙每日五更即起，亲督行李先行，使行李先于军队到达宿营地点，兵马一到，即刻安营。一日宿营时，雨雪交集，军士未能即刻安营，康熙“雨服露立”，待军士们结营完毕，才进入行宫。“营中皆炊饮，然后进膳”。诸大臣出于对康熙安全的考虑，意欲避免与噶尔丹正面交锋，奏称：“传闻噶尔丹亡去已远，皇上当徐还，使西路兵前进。”康熙大怒，道：“不知尔等究竟将朕看成什么人！我太祖高皇帝、太宗文皇帝亲行仗剑，以建宏基。朕能不效祖宗行事吗？我师既到此地，噶尔丹可擒可灭，难道能够怯懦退缩吗？且大将军费扬古与朕约期夹击，今朕失约回师，西路军怎么办？回到京师又以什么昭告天地、宗庙、社稷呢？”
五月初七，康熙侦探到噶尔丹确切所在之处，即亲率大军向克鲁伦河进发。“兵威之盛弥山遍野，不见涯际，整齐严密，肃然无声”，诸军依次翼张而前，进驻西巴尔台。
噶尔丹万万没有想到康熙皇帝亲征：“康熙汗不在中国安居逸乐，过此无水瀚海之地，宁能飞渡乎？”他亲登北孟纳尔山遥望清朝大军营地规模。只见御营黄幄龙纛，环以缦城，外为网立，军容极盛，始信为真，大惊道：“简直是从天而降！”“此兵不似乌兰布通时，精甚强甚！此时不走，再难脱身！”他急令属下“尽弃庐帐器械”，乘夜而逃。
康熙一马当先，率大军疾追噶尔丹整整五天。而西路费扬古之军奉康熙“截击噶尔丹脱逃之路”密谕，也已抢先赶到漠北古战场昭莫多，依山川之势严阵以待。