6月11日至9月21日，短短的100多天中，光绪接连发布了100多道新政诏书，有时一日数令，倾泻而下，令人目不暇接。最多的一天竟颁布了11条维新谕旨（9月12日）。诏书内容是全方位的，涉及政治、经济、军事、文教各个领域。政治上，超擢任用维新派，罢黜守旧派官吏；广开言路，鼓励官民上书言事，准道府州县官和一般士民上书，后者由都察院原封进呈，随到随递，勿须拆看，不准积压，“举国欢蹈，争求上书，民间疾苦，悉达天听”，改变了自古以来皇帝与小民隔绝的状况；精简机构，京内裁詹事府、通政司、光禄寺、鸿胪寺、太仆寺、大理寺等；裁汰冗员。军事上，裁汰绿营、冗兵，采用西法精练新式陆军、筹办兵工厂；增强海军力量，培养海军人才。经济上，建立国家银行，编制国家预决算，节省开支；成立农工商总局、铁路矿务局、农会商会；整顿矿务商务，广开利源，鼓励垦荒，鼓励商办铁路、矿务、实业；颁布振兴工艺给奖章程，奖励实业方面的各种发明；裁撤驿站，设立邮政局；废除满人寄生特权，准其自谋生路等，促进中国经济繁荣，保其固有利权不被掠夺。文教上，废除八股文，改试策论；创设京师大学堂，将各省书院和过多祠庙改为学堂，鼓励地方和私人办学，各级学堂一律兼习中学和西学；允许自由创办学会、报馆；设立译书局，编译外国新书；派人出国游历、留学。等等。
这些有利于民族资本主义经济发展和资产阶级文化思想传播的变法诏令受到了维新派和开明人士的热烈欢迎，所谓“如春雷之启蛰，海上志士欢声雷动，虽谨厚者亦如饮狂药”。但仅凭一个无实权的傀儡皇帝所颁发的雪片般的诏令，即想在短期内改变一个有几千年历史的传统社会，将之纳入近代化轨道，谈何容易！掌握中央和地方实权的大员，除湖南巡抚陈宝箴以外，几乎没有人执行变法诏令，束之高阁还算好的，绝大多数是群起反对。变法遭到了极大的阻力。对当时社会形势略微有所了解者，对此都不会感到意外。但光绪不但大感意外，而且非常气愤。他像所有幼稚的年轻人一样，想当然地将他的对手简单化、绝对化，归结为是慈禧的后党捣乱。维新派看到他“有不顾利害，誓死以殉社稷之意，于是益放手办事”，实际他早已丧失理智，不再考虑策略，一味色厉内荏、咄咄逼人地向后党开刀。集中表现为抛开现行体制另起炉灶。9月4日，光绪将礼部原六堂官全部罢黜。9月5日，超擢谭嗣同、林旭、刘光第、杨锐为四品军机章京，此后“凡有章奏，皆四人阅览，凡有上谕皆由四人拟稿”。他亲书：“昨已命尔等在军机章京上行走，并令参预新政事宜。尔等当思现在时事艰危，凡有所见及应行开办等事，即行具实条列，由军机大臣呈递，俟朕裁夺，万不准稍有顾忌斯饰，特谕。”并免去李鸿章、敬信在总理衙门行走等。这种做法操之过急，过早地激化了矛盾，无疑是向慈禧发出挑衅，导致后党分子向他动手。
慈禧早有防备，光绪《明定国是诏》发布后第四天，慈禧即迫令光绪一天中连下三道上谕：第一，以“渐露揽权狂悖”的罪名将协办大学士、户部尚书翁同龢开缺回籍；第二，打破太后归政以后不再接见官员的成例，规定新授任的二品以上官员，均须具折后再到太后面前谢恩。各省将军、都统、督抚、提督等官亦须一体向太后具折谢恩；第三，任命荣禄署理直隶总督（不久实授），统领精锐的北洋三军，即董福祥的甘军、聂士成的武毅军和袁世凯的新建陆军。与光绪有声势无实效的措施相比，慈禧这几招，招招是隐含杀机的辣手。开缺翁同龢，人以为光绪是为打消守旧派疑虑、消除阻力，忍痛从命，但无异是去掉了光绪的主心骨，抽掉了帝党的顶梁柱。六年后，翁同龢悄然死于江苏常熟老家，临终留诗云：“六十年中事，凄凉到盖棺。不将两行泪，轻向汝曹弹。”奕譞死后，光绪越来越依靠翁同龢。现在两个靠山都不在了，他与慈禧的对抗却愈益升级和公开，可以想见他的沮丧和缺乏信心。要新任之官向太后谢恩，实际是慈禧通过抓人事大权而干政的信号，光绪因之更加神经质，召对时每一句话都要思前想后，深恐被廷臣抓住把柄而向慈禧告发。荣禄的任命，更等同于慈禧在军事上控制了京畿。经过数十年的虐待和摧残，慈禧了解光绪个性深处的懦弱、战栗、不知所措和无抵抗主义，单凭感觉就知道如何制服他。她做了上述部署，就不再做什么，仍旧在颐和园里写字看戏、静观事态发展。不出慈禧所料，光绪“惊魂万里，涕泪千行，竟日不食”。他本抱着慈禧支持的侥幸心理，但慈禧上述措施在他意料之中，又在意料之外。他的天真和懦弱使他有预料却无防备，也无法防备，于是突出了意料之外。但他已无退路，只能硬着头皮顶下去，大力推行变法维新，造成某种既成事实，以巩固自己的地位。
随着变法的深入，慈禧和光绪的分歧越来越大。9月14日，光绪第11次赴颐和园，请示开懋勤殿办事，拟安插维新派康有为等为懋勤殿顾问。这是康有为的建议：仿先朝开懋勤殿议事，选举英才，并邀请东西洋专门政治家共议制度，将一切应革之事全盘筹算，然后施行。如此一来，军机处将被架空。有说当光绪向慈禧提出这一请求的时候，“太后不答，神色异常”。从慈禧的表情上看，光绪感到变法已出现危机。有说慈禧被激怒，痛责光绪坏祖宗之法，要把祖宗家业葬送在康有为之手。光绪虽当时硬顶：“儿宁可坏祖宗之法，不忍弃祖宗之民，失祖宗之地，为后人耻笑。”但他面色苍白、大汗淋漓，感到前所未有的恐惧。自7月以来，京师便流传着“换皇上”的谣言。光绪得知自己将在9月间陪慈禧一起到天津阅兵，不禁揣测那是否是慈禧以其心腹荣禄发动兵变、废立皇帝、解决新党的一着将军之棋呢？9月15日，光绪担心后党近期内要采取非常行动，于是带给维新派一道密诏，如下：
赐杨锐近来朕仰窥太后圣意，不愿将法尽变，并不欲将此辈老谬昏庸之大臣罢黜，而登用英勇通达之人令其议政，以为恐失人心。虽经朕屡次降旨整饬，而并且有随时几谏之事，但圣意坚定，终恐无济于事，即如十九日之朱谕，皇太后已以为过重，故不得不徐留之，此近来实在为难之情形也。朕亦岂不知中国积弱不振，至于阽危，皆由此辈所误，但必欲朕一早痛切降民将旧法尽变而尽黜此辈昏庸之人，则朕之权力，实有未足。果始如此，则朕位不能保，何况其他？今朕问汝，可有何良策，使旧法可以渐变，将老谬昏庸之大臣尽行罢黜，而登进英勇通达之人，令其议政。使中国转危为安、化弱为强，而又不致有拂圣意。尔等与林旭、谭嗣同、刘光第及诸同志等妥速筹商，密缮封奏，由军机大臣代递，候朕熟思审处，再行办理，朕实不胜紧急翘盼之至。特谕。
密诏说他已感到皇位不保，要求杨锐等迅速筹商一个既可以使旧法“渐变”，又不违背太后“圣意”的两全之策。维新派几经筹商，由康有为于9月初上密折建言：“请仿日本参谋本部，选天下虎罴之士、不二心之臣于左右，上亲擐甲胄而统之。”他分析了几个握有重兵的将领后，认为袁世凯“夙驻高丽，知外国事，讲变法，昔与同办强学会”，可为“虎罴之士、不二心之臣”。于是，9月16日光绪召见袁世凯，破格赏候补侍郎，专责练兵事务，并随时具奏应办事宜。此举引起后党惊惧，荣禄谎称英、俄在海参崴开战，大沽口外战舰云集，将聂士成军调驻天津、董福祥军调驻北京长辛店，命袁世凯迅速回防，以防他变。京津气氛顿时紧张。维新派决定铤而走险，由谭嗣同去游说袁世凯，要他举兵勤王。当晚，谭嗣同秘密到京郊法华寺见袁世凯，希望他亲率敢死将士数百名，拥光绪帝登上午门，杀荣禄，除旧党。袁世凯慷慨激昂，表示誓死效忠皇上，但又表示立即举兵勤王有困难，他说：“杀荣禄乃一狗耳，然吾营官皆旧人，枪弹火药皆在荣禄处，且小站去京二百余里，隔于铁路，虑不达事泄。若天津阅兵时，上驰入吾营，则可以上命诛贼臣矣。”谭嗣同无奈，只好同意等到天津阅兵时再作计议。
而同一天，御史杨崇伊（李鸿章亲家）通过奕劻递密折请太后“即日训政”。密折除了攻击维新派和帝党外，特别指出要防止维新派同东人（日本人）勾结乱政：“风闻东洋故相伊藤博文，即日到京，将专政柄……伊藤果用，则祖宗所传之天下，不啻拱手让人。”当时日本前首相伊藤博文正来中国访问，“京朝大小官吏奏请皇上留伊藤在北京为顾问官”，“持此议者甚多”。慈禧不担心维新派上书言事，却担心他们掌握武装、与外国势力联合。当天傍晚，光绪离开了颐和园，并将于9月20日会见伊藤博文；袁世凯则将于9月19日陛辞出京。慈禧对此不能不防，遂决定乘时政变。9月19日，慈禧带领随从突然从颐和园赶回紫禁城皇宫，光绪慌忙出迎。慈禧不理，径直进入光绪寝宫，将所有章奏归拢在一起，携之而去，并怒气冲冲指着光绪道：“我养汝二十余年，乃听小人之言谋我乎？”光绪“战栗不发一语”，良久嗫嚅道：“我无此意。”慈禧唾之曰：“痴儿，今日无我，明日安有汝乎？”遂传懿旨，以上病不能理万机为辞，临朝训政。从这晚起，光绪即被囚禁在中南海瀛台涵元殿，此后，他虽还有些活动，但已处在慈禧及其爪牙的严密监视之下。9月21日，慈禧以光绪的名义发布诏书，宣布太后训政，并命逮捕康有为等人。康、梁逃往日本。谭嗣同拒绝出逃，他向友人表示：“各国变法，无不从流血而成，今中国未闻有因变法而流血者，此国之所以不昌也。有之，请自嗣同始。”
谭嗣同（1865年—1893年），字复生，号壮飞，湖南浏阳人，清末维新运动的思想家之一，倡“仁学”，组织“南学会”，办“湘报”，为维新运动领袖之一。戊戌变法失败后遇害，一同遇害的还有林旭、杨锐、刘光第、杨深秀、康广仁等，史称“戊戌六君子”。
9月28日，“六君子”被杀。新法除“通商、惠工、重农、育才以及修武备、浚利源，实系有关国计民生者，即当切实次第举行”，及京师大学堂继续筹办外，全部取消。戊戌变法彻底失败。从6月11日光绪皇帝发布《明定国是诏》，到9月21日慈禧太后宣布训政，变法共进行了103天，史称“百日维新”。关于慈禧为何发动戊戌政变，众说纷纭。
一种意见认为，慈禧是顽固保守派的代表人物，始终站在顽固、守旧立场上阻挠和反对变法。这是几十年来的传统观点。
一种意见认为，慈禧和光绪嫌隙已深，现在光绪要自主，她内心愤恨，便想索性废掉光绪，于是一开始便做了部署，最终发动政变。苏继祖《清廷戊戌朝变记》载，光绪通过庆亲王奕劻向慈禧捎话“太后若仍不给我事权，愿退让此位，不甘做亡国之君”时，慈禧立刻暴跳：“他不愿意坐此位，我早不愿他坐之！”过一会儿，她又私下对奕劻说：“由他去办，胡闹几个月，事办不出模样再说。”
一种意见认为，慈禧说不上有何政见。如光绪因其上书受阻曾怒罢礼部六堂官的王照，即是这种看法。他说，戊戌政变，“许多外人误以为是慈禧太后反对变法所致，其实，慈禧是个只知道权力却没有什么政见的人。光绪皇帝和慈禧的争论，纯粹是家务之争。所以要依我的看法，如果把主张变法的名义奉送给慈禧，让慈禧太后在名义上成为改革旗手，那么光绪搞改革的理想是可以实现的。”但康有为坚持“扶此抑彼”，认为慈禧“是个万万不可造就的东西”。
一种意见认为，戊戌政变的直接动因与其说是政策之争，毋宁说是慈禧察觉了康氏有针对她个人的举兵夺权的计划。
现在越来越多的人认为，把慈禧说成完全因反对维新而发动政变，至少是把复杂的历史事件看得过于简单了。不应把慈禧简单划归为保守派之列。她早年曾力排保守权贵的势力，支持洋务运动，也曾对光绪的变法愿望予以赞同；她与光绪还是有亲情的。与其说她的思想接近保守派，不如说更接近洋务派；她并不是变法不可逾越的障碍。溥仪《我的前半生》指出，“戊戌变法在某种程度上说，是清政府各个派系之间妥协的产物，是他们面对清王朝所处的实际困境而共同寻求的解救之道。”早在变法活动酝酿之初，慈禧即曾对光绪道：实行变法乃是我一贯的主张，早在同治初年就曾依曾国藩所奏派子弟出洋留学造船制械，如能通过变法使国家富强，你可放手为之，我绝不从中作难。但如日本那样，连衣服皇历都学洋人，“则是得罪祖宗，断不可行。”只不过告诫光绪“毋操之过蹙而已”。阻碍变法的恭亲王奕訢病故后，康有为鼓动帝党官员上书敦请变法，并代御史杨深秀草拟《请定国是而明赏罚折》，代侍读学士徐致靖草拟《请明定国是疏》，建议光绪明定国是立即变法。1898年6月11日，慈禧面告光绪：“前日御史杨深秀、学士徐致靖言国是未定，良是。今宜专讲西学，明白宣示。”于是，光绪发布了由翁同龢起草的《明定国是诏》，把讲求西学、变法自强作为清王朝的国策，使维新运动取得了合法地位。此时慈禧的态度不仅不反对，还在相当长的时间内同情和支持变法。即开缺帝师翁同龢也不是慈禧而正是光绪帝，戊戌运动史专家孔祥吉说，“在后党及守旧派喧嚣一时的攻势面前，翁同龢动摇退缩，这使光绪非常失望，加之翁在军机处的显赫位置，已构成对新政很大的障碍，这是导致光绪将翁开缺的主要原因。”溥仪《我的前半生》指出，光绪帝基于他的生存环境和长期以来形成的性格，“慑于积威，见太后辄战栗，虽亲政不敢自主。戊戌变法，亦事事请慈旨，太后方园居，厌其烦，遂谕帝，但无违祖制，可自酌。帝稍稍得自行其志，左右伺隙即上诉而变法矣。”由于政治变革过急过剧（三个月的变法措施足够当时中国消化三十年）而超出了社会公众的承受能力，使社会秩序处于极端危机的状态中。戊戌政变发生的前几日，北京城谣言四起，什么将要尽撤六部九卿、督抚司道，什么将要尽除满人，剪除发辫，以及裁撤内监等，某些守旧官僚“既惮上之英明，切实任事，又恶新政捍格，不便于私；假公济私，群相纠合，以谮诬我皇上于素有嫌隙之皇太后前”，加之康有为为首的维新派采取了错误的孤立与排斥慈禧的政治战略，结果使以怀塔布、刚毅、叶德辉等为代表的原先就反对改革的保守派，以慈禧、荣禄为代表的有限地同意改革的既得利益派，以孙家鼐等为代表的原先曾支持改革的温和派，出于对激进的变法政策的共同不满而联合起来，最终导致了政变的发生。
这其中有两个事件值得思索。第一个事件是光绪密诏事件。上引光绪给杨锐的密诏，是光绪、慈禧去世后，杨锐子杨庆昶于宣统元年（1909）呈交都察院的原件（康有为见到的当是抄件）。然长期流传的则是康有为戊戌出走后公布的两道光绪密诏，如下：