巴麦尊爵士给懿律及义律的训令有一段是为他们交涉时留伸缩地步的。他说倘中国不愿割地，那末可与中国订通商条约，包括(一)加开通商口岸；(二)在口岸外人应有居留的自由及生命财产的保护；(三)中国须有公布的(PubliclyKnown)及一定的(Fixed)海关税则；(四)英国可派领事来华；(五)治外法权。除治外法权一项，余皆为国际的惯例，并无不平等的性质，且并不有害于中国。订商约或割地：这二者中国可择其一，这点选择的自由就是当时中国外交的机会。要评断琦善外交的优劣就在这一点。
琦善接到了巴麦尊的照会，一面转送北京请旨，一面与懿律约定十天内回答。廷臣如何计议，我们不能知其详细。计议的结果就是七月二十四日的两道谕旨。一道说："大皇带统驭寰瀛，薄海内外，无不一视同仁。凡外藩之来中国贸易者，稍有冤抑，立即查明惩办。上年林则徐查禁烟土，未能仰体大公至正之意，以致受人欺蒙，措置失当。兹所求昭雪之冤，大皇帝早有所闻。必当逐细查明，重治其罪。现已派钦差大臣，驰至广东，秉公查办，定能代申冤抑，该统帅懿律等，着即返棹南还，听候办理可也。"此道上谕可说是中国给英国的正式答复。其他一道是给琦善的详细训令。"所求昭雪冤抑一节，自应逐加访察，处处得实，方足以折其心……俾该夷等咸知天朝大公至正，无稍回护，庶不敢借口申冤，狡焉思逞也。"至于割让海岛，"断不能另辟一境，致坏成规"。所谓"成规"就是广东一口通商。行商的积欠，"亦应自为清理，朝廷何能过问"。换言之，广东行商所欠英人的债，英人应该向行商追讨，何得向朝廷索赔?"倘欲催讨烟价，着谕以当日呈缴之烟，原系违禁之件，早经眼同烧毁，既已呈缴于前，即不得索价于后。"这种自大的态度何等可笑!英国所要求者一概拒绝，唯图重治林则徐的罪以了案，这岂不是儿戏!但在当时，这是自然，极正大的办法。"薄海内外无不一视同仁"：这岂不是中国传统的王道?英国既以控告林则徐，中国即以查办林则徐回答：这岂不是皇帝"大公至正之意"?
八月二日，琦善即遵旨回答了英国代表。他们不满意，要求与琦善面议。琦善以"体制攸关"不应该上英国船，遂请义律登岸。八月初四、初五，他们二人在大沽海岸面议了两次。义律重申要求，琦善照圣旨答复。交涉不得要领。最困难的问题是烟价的赔偿。八月十八、十九琦善复与懿律移文交涉。他最后所许者，除查林则徐外，还有恢复通商及赔烟价的一部分二条。"如能照常恭顺，俟钦差大臣到彼查办，或贵国乞恩通商，据情具奏，仰邀恩准，亦未可定。""如贵统帅钦遵谕旨，返棹南还，听钦差大臣驰往办理，虽明知烟价所值无多，要必能使贵统帅(懿律)有以登复贵国王，而贵领事(义律)亦可申雪前抑。果如所言，将有利于商贾，有益于兵民，使彼此相安如初，则贵统帅回国时，必颜面增光，可称为贵国王能事之臣矣。"英国代表于是"遵循皇帝的意旨"(InCompliancewiththeEmperor)开船往广东并约定两国停止军事行动。
英国政府所以要懿律及义律带兵船来大沽，就是要他们以武力强迫中国承认英国的要求。懿律等在大沽虽手握重兵，然交涉未达目的即起碇回南，且说回南是遵循中国皇帝的意旨。难怪巴麦尊几乎气死了。难怪中国以为"抚夷"成功了。宣宗因此饬令撤防，"以节縻费"，且即罢免林则徐以表示中国的正大。大沽的胜利是琦善得志的阶梯，也是他日后失败的根由。懿律等的举动不但不利于英国，且不利于中国，因为从此举动发生了无穷的误会。但他们也有几种理由：彼时英兵生病者多，且已到秋初不宜在华北起始军事行动。琦善态度和平，倘与林则徐相比，实有天壤之别。他们想在广东与他交涉，不难成功。他们在大沽不过迁就，并不放弃他们的要求。
琦善在大沽除交涉外，同时切实调查了敌人的军备。他的报告和朝廷改变林则徐的强硬政策当然有密切的关系。英国军舰的高大，这是显而易见的。"又各设有大炮，约重七八千斤。炮位之下，设有石磨盘，中具机轴，只须转移磨盘，炮即随其所向。"此外还有"火焰船"，"内外具有风轮，中设火池，火乘风起，烟气上熏，输盘即激水自转，无风无潮，顺水逆水，皆能飞渡"。当时的人如林则徐所拟破夷之法，琦善以为皆不足恃。倘攻夷船的下层，"夷船出水处所亦经设有炮位，是其意在回击也"。若欲穿其船底，则外人水兵"能于深五六丈处，持械投入海中，逾时则入跳跃登舟，直至巅顶，是意在抵御也"。此外还有纵火焚烧的法子，"今则该夷泊船，各自相离数里，不肯衔尾寄碇……是意在却避延烧也。""泥恒言以图之，执成法以御之，或反中其诡计，未必足以决胜。"这是琦善"知彼"的功夫。
对于这样的强敌，中国有能力可以抵抗吗?琦善说中国毫无足恃。"该夷所恃者为大炮，其所畏者亦惟大炮。"那么，中国正缺乏大炮。譬如在"山海关一带本无存炮，现饬委员等在于报部废弃炮位内检得数尊，尚系前明之物，业已蒸洗备用"。华北如此，华南亦难操胜算。"即如江浙等省所恃为外卫者，原止长江大海。今海道已被该夷游奕，长江又所在可通，是险要已为该夷所据，水师转不能入海穷追。"假设中国能于一处得胜，英国必转攻别处；假使我们能于今年得胜，英国必于明年再来。"欲求处处得胜，时时常胜，臣实不免隐存意外之虞。""边衅一开，兵结莫释。我皇上日理万机，更不值加以此等小丑跳梁，时殷宸廑。而频年防守，亦不免费饷劳师。"这是琦善"知己"的功夫。
外交的元素不外"理"与"势"。鸦片战争的时候，中英各执其理，各是其是。故中英的问题，论审势，论知己彼的功夫，琦善无疑地远在时人之上。琦善仍是半知半解，但时人简直是无知无解。所以琦善大声疾呼主和，而时人斥为媚外，或甚至疑其受英人的贿赂。
不幸，十一月六日琦善到广东的时候，国内的空气及中英间的感情均不利于和议。伊里布在浙江曾要求英国退还定海，英人不允。朝野因之以为英国求和非出于至诚。在英国方面，因中国在浙江抢夺了二十多个英国人，且给以不堪的待遇，决战之心亦复增加。十一月内，浙抚刘韵珂、钦差大臣祁寯藻、黄爵滋、御史蔡家王干相继上奏，说英人有久据定海的阴谋。朝廷主和的心志摇动。同时义律在广东多年，偏重广州通商的利益，主张在广州先决胜负。所以他在广东的态度，比在大沽强硬多了。中国对他送信的船开了炮，他就派兵船来报复。所以琦善到广东后的第一次奏稿就说义律的词气"较前更加傲慢"。适此时懿律忽称病，交涉由义律一人负责。琦善莫明其妙。"初六日(委员)接见懿律时，虽其面色稍黄，并无病容，然则何至一日之间，遽尔病剧欲回。"……那么此中必有狡计："今懿律猝然而行，或就此间别作阴谋，或其意见与义律另有参差，抑或竟系折回浙江，欲图占据，均难逆料。"所以琦善就飞咨伊里布，要他在浙江严防英人的袭攻。
这样的环境绝非议和的环境，但广东的军备状况，更使琦善坚持和议。他说广东"水师营务，微特船不敌夷人之坚，炮不敌夷人之利，而兵丁胆气怯弱，每遇夷师船少人稀之顷，辄喜贪功，迨见来势强横，则皆望而生惧"。他第一步工作当然是联络感情和缓空气。他教水师参将致信懿律，"声明未询原委，擅先开炮，系由兵丁错误，现在严查惩办"。如此冲突免了而双方的面子都顾到了。同时他又释放了叱咀吨(vincentStaunton)。此不过在澳门外人的一个教书先生。因至海岸游泳，民人乘机掳之而献于林则徐以图赏资。英人已屡求释放而林不许。琦善此举，虽得罪了林派，尤为英人所感激。空气为之大变，交涉得以进行。
义律交涉的出发点就是前在大沽所要求的条件：(1)他要求赔偿烟价，首先要二千万元，后减至一千六百万；又减到一千二百万。琦善先许三百万，续加至四百万，又加至五百万。这是市场讲价式的外交。(2)兵费一条，琦善坚决拒绝，"答以此系伊等自取虚縻。我军增兵防守，亦曾多费饷银，又将从何取索?"(3)行商的欠款应由行商赔补。(4)义律允退还定海，但要求在粤、闽、浙沿海地方另给一处。琦善以为万万不可："假以偏隅尺土，恐其结党成群，建台设炮，久之渐成占据，贻患将来，不得不先为之虑。且其地亦甚难择，无论江、浙等处，均属腹地，断难容留夷人，即福建之厦门一带，亦与台湾壤地相连……无要可扼，防守尤难。"(5)中、英官吏平等一节，琦善当即许可。这是十一月二十一以前交涉的经过。十二月初七的上谕不许琦善割尺寸地，赔分毫钱，只要他"乘机攻剿，毋得示弱"。于是全国复积极调兵遣将了。
这道上谕，十二月二十左右始到广东。未到之先，琦善的交涉又有进展。烟价的赔偿定六百万元，分五年交付。交涉的焦点在割地。义律要求香港。琦善坚持不可："即香港亦宽至七八十里，环处众山之中，可避风涛。如或给予，必致屯兵聚粮，建台设炮。久之必觊觎广东，流弊不可胜言。"香港即不能得，义律遂要求添开口岸两处。琦善以为"添给贸易码头，较之给予地方，似为得体"。他本意愿添两处，但为讲价计，先只许厦门一处，且只许在船上交易，不许登岸。义律颇讨厌这种讲价式的交涉，遂以战争胁之。琦善虽一面备战，他的实心在求和。他十二月初四所具的折力求朝廷许添通商口岸。粤东防守如何不可靠，他在折内又说了一遍："盖缘历任率皆文臣，笔下虽佳，武备未谙"；"即前督臣林则徐、邓廷桢所奏铁链，一经大船碰撞，亦即断折，未足抵御"。初六日，义律请他到澳门去面议。他以为"无此体制"，并恐"狼子野心"、"中怀叵测"，只许移文往来。十四日，义律声明交涉决裂，定于明日攻击。琦善的复信尚未发去，中英已开始战争了。
十二月十五日，大角、沙角失守了，琦善的交涉就让步。二十七日遂与义律定了《穿鼻草约》：(1)中国割让香港与英国，但中国得在香港设关收税，如在黄浦一样。(2)赔款六百万元，五年交清。(3)中英官吏平等。(4)广州于道光二十一年(1841)正月初复市。在英国方面，即时退还定海。此约是琦善外交的结晶。最重要的就是割让香港。在定约的时候，琦善已经接到了不许割地、不设赔款的谕旨。照法律他当然有违旨的罪。但从政治看来，琦善的草约是当时时势所许可的最优的条件，最少的损失。我们倘与南京条约相较，就能断定《穿鼻草约》是琦善外交的大胜利。《南京条约》完全割香港；《穿鼻草约》尚保留中国在香港收税的权利。《南京条约》开五口通商；《穿鼻草约》仍是广东一口通商。《南京条约》赔款二干一百万元；《穿鼻草约》赔款只六百万元。我们倘又记得义律因订《穿鼻草约》大受了巴麦尊的斥责，我们更能佩服琦善的外交能力了。
订了此约以后，琦善苦口婆心地求朝廷批准。道光二十一年(1841)正月二十五到京的奏折可说是他最后的努力。他说战争是万不可能，因为地势无要可扼，军械无利可恃，兵力不固，民心不坚。"奴才再三思维，一身所系犹小，而国计民生之同关休戚者甚重且远。盖奴才获咎于打仗之未能取胜，与获咎于办理之未合宸谟，同一待罪，余生何所顾惜。然奴才获咎于办理之未合宸谟，而广东之疆地民生犹得仰赖圣主洪福，藉保义安。如奴才获咎于打仗之未能取胜，则损天威而害民生，而办理更无从措手。"宣宗的朱批说："朕断不似汝之甘受逆夷欺侮戏弄，迷而不返。胆敢背朕谕旨，仍然接递逆书，代逆恳求。实出情理之外，是何肺腑，无能不堪之至。""琦善着革去大学士，拔去花翎，仍交部严加议处。"部议尚未定夺，怡良报告英占据香港的奏折已于二月初六到了北京。宣宗即降旨："琦善着即革职锁拿……家产即行查抄入官。"北京审判的不公，已于上文说明。
琦善与鸦片战争的关系，在军事方面，无可称赞，亦无可责备。在外交方面，他实在是远超时人，因为他审察中外强弱的形势和权衡利害的轻重，远在时人之上。虽然，琦善在中国历史上的地位不能算重要。宣宗以后又赦免了他，使他做了一任陕甘总督、一任云贵总督。他既知中国不如英国之强，他应该提倡自强如同治时代的奕诉、文祥及曾左李诸人，但他对于国家的自强，竟不提及。林则徐虽同有此病，但林于中外的形势实不及琦善那佯的明白。