阿耳戈斯国王阿克里西俄斯的命运，已经成了他的难以承受的负担。在那不幸的一天，神谕告诫，他将被他的孙子杀掉。于是他便背起了思想的重担。在那之前，国王一直疼爱他的独生女达那厄，一想到会有许多出身高贵的求婚者向她递上爱情的花朵，国王就感到无比骄傲。
可是现在，他改变了计划，他希望的是不让她恋爱。办到这一点有一定难度，因为姑娘长得实在是太引人注目了。阿克里西俄斯知道，狡猾的爱神会竭尽全力找出一些办法，突破他的防范，使他的计划无法实现。经过反复思考，阿克里西俄斯决定，将达那厄囚禁在青铜制的塔楼里。并且在四周布满警卫，不让任何人靠近被囚禁的公主一步。
虽然这样做成功地避开了男人们的眼睛，天神却把达那厄看得明明白白。朱庇特站在奥林匹斯山朝下望，看清楚了她的俊俏和娇媚，还有她的孤独。她独自坐在铜塔的上端，眼睛里露出一种机智，眺望远方的城市。在那里，与她同龄的女儿们享受着自由，只要她们高兴，家长就允许她们同相爱的男子结婚。
朱庇特钟情于她的美丽，也怜悯她的孤独寂寞，于是只身前往，想能和她说说话。为了避免被发现，朱庇特变成了一阵金雨，轻轻地落在塔楼上，溅在她的身边。他的神奇出现，以及他和她精神相通的话语，使他很快获得了姑娘的欢心。人们说，塔楼里的达那厄，爱不着男子，爱上了细雨。
在以后的日子里，朱庇特经常这样成功的拜访塔楼里这个曾经孤独的女孩儿。达那厄不再感到落寞和被人遗忘，因为有朱庇特与她拉家常，消磨时光，彬彬有礼地吐露他的心声。最后她动了心，愿意同他秘密结合。没人会怀疑塔楼有不速之客造访，他的来去畅通无阻。
一天早晨，守卫塔楼的警卫，诚惶诚恐地奔向阿克里西俄斯的宫廷，报告国王，达那厄已经生下一个儿子，取名珀耳修斯。国王一听这令人惊愕的消息怒发冲冠，发誓要让这个母亲和孩子一齐死，他吩咐卫兵，将她们带上来。
阿克里西俄斯还没有残忍到那种地步，并没因为一时的愤怒而失去理性，更不忍目睹她被执刑。于是，他命令仆人，将她和她的儿子放在一只空箱里，抛弃在汹涌的河流中，命令立即被执行。达那厄恐惧极了，她感觉到箱子在跟波浪激烈的搏斗，而且已经离陆地很远，援救也是鞭长莫及。她将孩子紧紧地抱在胸前，祈祷天神对她母子多加关照，引导他们安全抵达一个仁爱的港湾。
天神听见了她虔诚的祈祷，于是在经过了一阵狂暴的颠簸后，箱子靠近色瑞法斯岛的海岸。在这里，国王波吕得克忒斯慈祥地接待了母子俩。在这个岛国，金发的珀耳修斯长大成人，并且第一次在运动会上出现就引起了人们的注意。
同时，波吕得克忒斯爱上了达那厄，并表示愿意娶她为妻。但是，达那厄没有回复他的情感，而且明确的拒绝他了的求婚。对此，波吕得克忒斯很是生气，于是想强迫叫她就范。这一招，惹恼了年轻的珀耳修斯，他怒吼，有他在，有他的保卫，没人胆敢逼迫他的母亲。这些大话没有能压抑住独裁者的火气，反而让国王一心想干掉这个说大话的年轻人。于是，国王吩咐他去杀死墨杜萨，理由是希望珀耳修斯证明他的敢说敢为是真实的。
墨杜萨这个蛇发女妖有两个姐妹，分别是欧律阿勒和斯特罗，她的两个姐妹虽然位列神仙阵营，但是没有神和人为她们的美丽喝彩。墨杜萨是唯一被认为确实长得非常好看的姑娘。她的家住在终日不见天日的地方，这使她心里很不快乐，所以，她恳求弥涅瓦，让她去访问阳光灿烂的南方。
当弥涅瓦拒绝她的要求的时候，她破口大骂女神居然这么快就否定了自己。并且扬言，对她的拒绝，必然会遭致不良后果，那就是：任何凡人看到她墨杜萨，就再也不会恭维弥涅瓦的美丽，这样放肆的话刺激了弥涅瓦。弥涅瓦决定要给予她惩治，惩治她的虚荣，于是将她美丽的鬈发变成咝咝发音扭缠在一起的蛇，并对她施了魔法，谁要是对她的脸蛋儿瞧上一眼，谁就会变成一块石头。
那些细心关照过珀耳修斯成长的天神们，此刻决定再次给他以帮助，让他能够顺利完成杀死墨杜萨的任务。普鲁托借给他魔术头盔，戴在头上，可以随意的隐身；墨丘利将自己的飞鞋套在年轻人的脚上，使他行走如飞；弥涅瓦用她自己的光洁如镜的、朱庇特用过的帝盾装备他。诗人写道：“弥涅瓦用盾牌武装珀耳修斯，以保证在战场上杀死墨杜萨。英雄执行的是王后的命令，就这样，他名声远播，家喻户晓了。”
装备好的珀耳修斯，朝着北方奔去，来到格赖埃的家，一处永远漆黑的地方。格赖埃是恐怖三姐妹，她们没有皮肤，倒是长满了龙的鳞甲，她们没有头发，头上却满是像头发的小蛇。她们的手指是铜铸的，背上长了一对金翅膀。但是，她们共同拥有着一只眼睛和一颗牙齿，这些东西，在她们手里传来传去，大家轮流使用。珀耳修斯早已听说，只有她们知道墨杜萨住在哪里。
凭借魔术头盔的魔力，隐身的珀耳修斯慢慢靠近山洞，一点儿不担心被发现。趁她们在传递眼睛时，他插手其间，顺势接住。一当眼睛在手，他对她们说，只要她们愿意告诉他墨杜萨的准确位置，他就将眼睛还给她们。三姐妹急于想得到宝贝眼睛，立即说出了他想要的答案。珀耳修斯兑现了自己的诺言，把眼睛还给了她们，又出发寻找墨杜萨。
珀耳修斯最后在模糊不清的远方，看到了蛇发女妖的家。在靠近时他特别小心。盾牌放在他的前面，保持一个角度，让周围的物体，清楚地映现在它平整的、像镜子一样光亮的表面。
他发现墨杜萨睡着了。他不看别的，只按镜面反射角度，手起刀落，就叫她身首分了家。他提起头，扛在背上，三步并作两步，飞快逃走。他害怕还活着的蛇发女妖赶上来，替她们死去的姐妹报仇。事实上，她的姐妹们发现她被杀死了，翻身下床，腾起飞上天空，环顾四周，搜寻凶手。结果一无所获，因为珀耳修斯隐身已经逃远了。
珀耳修斯的飞毛腿行健步如飞，跨越大地，掠过海洋。他小心翼翼地背负着令人恐惧的战利品。当他飞速前进时，墨杜萨的血滴落在荒芜的非洲沙漠上，变成了许多毒蛇猛兽，骚扰一方，使冒险者死于非命。毒血滴在一望无际的大海上，涅普顿用来造出著名的海上怪兽珀枷索斯。
返程路遥遥无期，使人疲乏。一路上，英雄有许多冒险经历。一次，英雄在飞越高山时，一眼瞥见阿特拉斯仰望着天空的苍白的脸，这苍天，阿特拉斯默默地背负了许多年。前文说过，赫丘利曾站在这位置，替阿特拉斯背负了一阵子，让阿特拉斯享受了短暂宝贵的自由。
阿特拉斯看见珀耳修斯向他飞来，他的希望复苏了。因为他记得，命运女神说过，他是杀死蛇发女妖的英雄。他想，如果他能够瞧一眼墨杜萨的僵硬面容，他就会永远没有劳累和痛苦。当英雄走到可以听得见别人说话的地方时，阿特拉斯说：“快，珀耳修斯，让我看一看蛇发女妖的脸，因为劳动的痛苦使我实在不能再承受和再忍耐了。命运女神说过，只有她能使我解脱。”
珀耳修斯听从了阿特拉斯的话，当面揭开盖着的布罩，让阿特拉斯看一眼墨杜萨死灰色的脸。阿特拉斯打量这张脸好一会儿，他没有看出它隐藏着的恐怖，只看见它美丽的破损，打心里同情它无助的悲愁。转眼间，凝视的眼睛僵硬了，冷却了，珀耳修斯仿佛看到阿特拉斯的躯体向着苍穹直伸。从他头上飘下的白发像高山积雪，颤抖的四肢变成了粗糙的悬崖峭壁。看了墨杜萨一眼，阿特拉斯变成了大山，山峰高耸入云，古人相信，山峰支撑着沉重的天空。
此事之后，珀耳修斯继续日夜兼程，在海岸边，一幅奇特的景象等待着他。在岩石重叠的海岸下边，海浪翻滚着泡沫，拍打着一位美丽少女的身体，她被链条锁在峭壁边，这位少女就是安得洛墨达公主，她这是在替母亲卡西俄珀亚的虚荣赎罪，因为母亲自夸比任何一位仙女都更漂亮。这下得罪了天神，他们的惩罚就是把少女暴露在这儿，当作海怪的食物。天神送来海怪，骚扰破坏沿岸人民的平静生活。
神谕说除非牺牲安得洛墨达，海怪才会离开，才能平息它的怨恨。珀耳修斯看清楚了，这海浪是在陪伴作为牺牲的少女。
这时，他也看见，少女脚下的水，因为怪兽在用尾巴扫动，泡沫翻涌，慢慢地，它那邪恶的躯体露出水面。非常明显，少女被这可怕的情景吓呆了，她死死盯着海怪。她在哭泣，此刻的她没有注意到她的解放者在迅速靠近。珀耳修斯说：“哭的时间有的是，但是行动的时机错过了就不会再来。”说罢，便刷的一声从鞘中拔出剑来，疾速跳下峭壁，向海怪发起猛烈的攻势。岸上人群看见他在砍杀海怪，顿时欢呼声四起，山上是快乐的喊叫，岸边是胜利的呼声，鲜血染红了山崖，英雄杀死了海怪，自己却毫发无伤。
珀耳修斯完成了自己英雄壮举，杀死海怪，斩断铁链，解救了少女，让她回到了欣喜过望的父母的身边。此时，他们说，英雄的任何要求都可以得到满足，算是对救他们女儿的感激。当他提出，他要娶他用无私和生命代价换来的少女为妻时，他们非常欣喜地让他牵住了姑娘的手，尽管在此之前，年轻的公主已经许配给她的叔叔菲纽斯。
婚礼如期举行，可出人意料的是被解救未婚妻的菲纽斯，此时却要扮演勇士，要和他的情敌、即将带走新娘的珀耳修斯决一死战。未经邀请的他，带着一队人马，来到举办婚礼的地方，并且扬言要抢走安得洛墨达。“我是来找掠夺我爱人的家伙报仇的。他的翅膀、他的父亲朱庇特的霹雳，统统保不住他的命。”同时，他将长枪对准了珀耳修斯。
此时，国王刻甫斯说话了：“兄弟，你疯了？你没必要这么冲动。不是英雄夺了你的未婚妻，而是你不愿意为解救她做出牺牲，现在又怎么能期望她还爱你呢？作为情人、叔叔，你见死不救，你放弃了她，怎能怪罪别人呢？你怎么不跳下去杀死海怪？你当时不做好汉，现在来逞英雄，算什么？你的自私，使你丧失了已有！不要怨天尤人，谁为她牺牲，她就应该嫁给谁。你不要无理取闹，更不要丧失你的身份。回去吧，让我可以安享我的晚年。”
菲纽斯踌躇了，好像是在思考并做着选择。谁知到，他突然不声不响地一梭镖朝着珀耳修斯掷去。珀耳修斯机警地往侧面一跃，躲过了这次偷袭。菲纽斯的随从应声而上，立即短兵相接，打翻桌椅，伤及客人。他们是有准备的，而且人数众多，珀耳修斯明白单靠武力并不能取得胜利，需要靠智慧来解决。
他喝道：“菲纽斯，是你逼我这样做的。”珀耳修斯一声呐喊，所有他的人都调过头去，站在他背后。他揭开墨杜萨的头盖布，把她苍白的面孔对着菲纽斯和他的随从们。菲纽斯以嘲笑的口吻对珀耳修斯说：“让你的魔法去吓唬别人吧！”话音未落，菲纽斯和他的同伴们瞬间都凝固成了石像。婚礼继续进行了，完毕，珀耳修斯决定把新娘带回色瑞法斯。回到色瑞法斯，他听说波吕得克忒斯还在虐待他的母亲，原因就是他母亲不愿做波吕得克忒斯的妻子。珀耳修斯一气之下，用墨杜萨的头对着这个歹毒的家伙照射去，国王变成了岩石。他将王国分给国王的兄弟，伴随着妻子和母亲回到老家。他将借来的头盔、草鞋和帝盾，如数归还给它们尊敬的主人。至于墨杜萨的头，他交给了弥涅瓦，作为感谢她帮助的纪念物。这个礼物让女神无比的高兴，她把它放置在帝盾的中央，保持它石化的魔力，后来还多次因此克敌制胜。
回到老家，珀耳修斯发现，阿耳戈斯的篡位者已经窃取了他祖父的王位。于是，这位征服墨杜萨的英雄又和这位篡位者发生了大的搏斗，最后终于推翻篡位者，并叫他付出了代价。篡位者死了，老国王重返皇座。此时的阿克里西俄斯已经年老体弱，从囚禁他的监狱中出来时已是精力耗尽。世事难料，竟是当年他害怕的年轻人将他重新扶上王位。
不过，天神的预示是不能改变的。一天，珀耳修斯在玩铁环时，竟意外地杀死了他的祖父。如果继续留在阿耳戈斯，那个犯罪事实时时刻刻折磨着他，对珀耳修斯来说，真是太痛苦了。于是，他将自己的王国与米塞那阿的王国交换。长期的卓有成效的统治，给珀耳修斯带来好名声。他死后，一直宠爱他的天神，将他置于璀璨天空的群星当中，同置于群星中的还有他的妻子安得洛墨达和岳母卡西俄珀亚。