而君士坦丁堡的大型海港金角湾处的城墙，看似更容易通过。城墙外的一些地方有几处海滩，这向攻城者提供了一个前沿立足点，使他们能架设云梯。因此，几个世纪以来，金角湾港口始终被加强防卫。在港口的外沿，当地人建造了两座高塔，并用巨型铁链把两座塔连在一起，这有效地阻止了敌人的战舰驶入港口。威尼斯人的首要任务就是夺取两座高塔中的一座，即加拉塔高塔，威尼斯人在1203年7月5～6日完成了这一任务。进攻行动从海上发起，因为航行的困难，威尼斯人拽着他们的战舰冲向海滩，然后搁浅在海滩上，船舱的门沿着坡道打开，因而已上马的骑兵迅速登岸，与试图驻守海岸的希腊士兵展开搏斗。
这些希腊士兵很快就被驱散了，十字军战士通过如潮的进攻攻占了这座高塔。然后，一艘坚固的威尼斯战船撞断了铁链，威尼斯人没费多少力气，就摧毁了那些试图阻止他们接近金角湾的拜占庭舰船。
一旦到达金角湾，十字军士兵就不得不面对一座9米（30英尺）高的城墙，城墙上有弓箭手和投石器固守着。有些投石器体积十分庞大，能够投掷那些连人都很难举起的大石块，能对敌方战舰造成巨大的杀伤。十字军把他们自己的部队分为两部分：法国十字军攻击稍微远一点的陆地城墙，威尼斯人由水路接近。威尼斯人以相当灵活的策略应对敌人的攻击。害怕“希腊火”的伤害，威尼斯人在船上铺盖了兽皮；为了减轻敌人投掷的巨石对舰船的破坏力，他们将木料和藤蔓垫衬在船上。最重要的是，他们用厚木板建造了船桥，其宽度足够三个人并排站立，威尼斯人将船桥悬挂起来。因此，在一些重型的圆形战船上，这些船桥可以绕着船上的桅杆进行旋转。
如同攻城塔楼上的桥一样，这一装置是用来锁定在墙上，为进攻者提供行进的道路。由于吃水较浅，威尼斯战舰能够驶近海岸。然而，它们还是建得不够牢固，不能运送足够多的士兵，使其成为一个移动的攻城塔楼。海上的攻城塔楼并不是一个新鲜的想法———904年在萨洛尼卡围城战中，舰船已经被用作机动的攻城塔楼了。但是，令人怀疑的是，威尼斯的士兵是否参加过类似的袭击行动。
威尼斯共和国的总督恩里科·唐多洛虽然年纪很大，眼睛失明，但依然亲自指挥着战斗。他命令把船排成一条长线，打算从尽可能多的地点进攻城墙。带有攻击船桥的大型圆形战船在前领路，尽管船桥对前行有所妨碍，但由于顺风，他们终究靠近了海岸。唐多洛竭力试图将敌人的火力从圆形战舰上移开，命令他的船员将其运送上岸。
旗舰第一个抵达海滩，其他船只紧随其后，这些战船上的士兵（整个中世纪中，战船的划行依靠自由人，通常是城镇公民）急切希望支援他们的头领和圣·马克军旗当到达海滩的部队在陆地的狭长地带上升起云梯时，一些圆形战船也成功地将船桥钩挂在一些塔楼上。在进入塔内之后，船桥上的战士为海滩上的同伴打开了城门。通过这种战术，威尼斯人攻占了一大段城墙，然而他们却不得不放弃刚攻占的地域去增援法兰西的十字军，因为法兰西十字军的攻击遭到了顽强的抵抗。尽管如此，当日的战争还是取得了成功。篡位的阿莱克修斯三世逃跑，被流放的王子被带回城内并且很快被加冕为阿莱克修斯四世，与他的父亲艾萨克共同统治国家。十字军完成了他们的目标，打算在前往攻打穆斯林军队前，得到预期的报酬。
然而，阿莱克修斯王子的承诺已经变得虚无缥缈，他对于履行承诺采用毫无热情的态度，这样的举动既不能取悦拜占庭人，也无法令十字军满意。他很快被推翻，由一名威尼斯人的强劲对手继位。1204年，当十字军士兵发现自己被欺骗后，他们就提早计划第二次去征服这座城市。
这一次，十字军集中所有的军队进攻水上城墙，因为在第一次征服战争中，十字军战士已经发现无法攻占敌人的陆上城墙。这些海上的城墙在这两次战争的间隙，已被人加高，所以威尼斯人舰船桅杆上可旋转的船桥也必须挂得更高。威尼斯人再次准备将战船用作移动的攻城塔楼，在上面覆盖了木料、藤蔓和兽皮以作防护。4月9日，十字军发动了总攻，所有的战船排成一行向前行进，运输船、战船以及运送马匹的船只交替前行。吃水较浅的战船率先冲上了岸，同时，其他船上的士兵需要拖着云梯和其他设备涉水上岸，配有船桥的战舰被派遣到敌人的每一个塔楼。
不幸的是，这些圆形战舰需要风力推动，战争当天刮起了少有的南风。只有5艘圆形战舰成功靠岸，但没有一艘能把船桥搭在敌人塔楼上。进攻失败，十字军遭受了巨大的损失。
4月12日，十字军的第二次攻击获得了很大的成功。这一次，40艘圆形战船两两连在一起，每一对攻打一座塔楼。这种结对的战法不仅使船只更加稳固，而且还意味着有成倍的兵力可以利用一座成功与城墙连接的船桥。大约在中午的时候，天刮起了北风，帮助舰船向城墙推进，但仅有4～5个移动攻城塔楼成功地将船桥与城墙连在一起。但是这已经够了。一旦足够多的十字军进入塔中，他们就能有效清除附近城墙的敌人，这样海岸上的士兵就可以通过云梯登上城墙。君士坦丁堡很快就陷落了，其市民遭受到他们基督教同胞的毁灭性洗劫，这加速了拜占庭帝国国土的分裂，这也使威尼斯占据了东地中海贸易中的优势地位。
中世纪晚期的地中海战争伴随着十字军的东征，意大利城邦国家舰队的技术水平达到了一个很高的高度，并在其后对抗西方基督教海军的战争中，一直得以延续。狭长的大型划船仍然是战舰的主要形态，因为统治者更加关注战舰的机动能力而不是船的高度，但这种大型划船很快也配置了木制塔楼。战争决定性因素没有任何改变：占据优势地位确保己方发射可以超过敌方的能力，投掷武器的数量和种类以及发射人员的技巧，还有在其他条件完全相同的情况下船员的搏斗能力。对接下来中世纪地中海沿岸发生的战争的描述，清楚地表明指挥官定期寻找取得胜利的复合因素，在机动性和保护士兵的安全之间作出权衡，尤其是试图培训出在己方甲板陷落的情况下仍有更好战斗力的士兵。他们试着向敌军泼洒生石灰，甚至还向敌船投掷装满肥皂的罐子，使得敌军无法站稳，这对身着重型盔甲的士兵尤其有效。
总而言之，这一时期地中海海战中最有效的武器是十字弓。十字弓似乎是11世纪常用的武器之一。12世纪早期的编年史学家安娜·科穆宁娜谴责这种武器是魔鬼的化身，因为在十字军到达拜占庭帝国之前，没有人曾见过它。1139年举行的第二次拉特兰会议谴责一切针对基督教同胞使用十字弓的行为。然而，这种武器实在是太有效了，最终导致宣言无法得到遵守。十字弓作为地中海舰船的标准装备持续了至少4个世纪之久，这足以证明它的威力。十字弓手通常配有两种不同种类的十字弓，一种需要持十字弓之人运用双脚来控制，而另一种带有一个脚蹬，人只需站着就可以控制。前者的射程更长，但需要更多时间来填装弓箭。还有一些船将大型的十字弓装在支架上，用一个绞盘就可以准备发射。这样的十字弓可以发射中等大小的石头和装有有毒物质的罐子以及一种短而粗的箭头。
想要有效地发射燃烧物，十字弓兵需要经过长期的训练。技艺高超的十字弓手令人畏惧憎恨。1300年6月14日的阿拉贡和安茹间的蓬扎战争，将一个优秀的十字弓手的价值和杀伤力显现无遗。当阿拉贡舰队取得当日战争的胜利后，他们的指挥官命令砍断所俘敌军旗舰的热那亚十字弓士兵的双手。然后他又命令将他们的眼睛弄瞎。中世纪“科学”海战最成功的支持者是取得战争胜利，获得西西里王国的阿拉贡人。
被称为西西里晚祷之战，发生在西西里人反对安茹统治的第一次大规模起义后，这场起义的标志是教堂晚祷钟声的敲响。在这些战役中，阿拉贡国王与控制着西西里王国的法兰西皇家议会的庶系分支为敌，因此不得不时常需要应对法兰西的皇家军队。1282年，当法王菲利普三世下定决心入侵阿拉贡王国时，阿拉贡士兵与加泰罗尼亚联盟取得了一连串引人注目的胜利。菲利普国王在玫瑰湾调集了一支由支援舰船所组成的大型舰队，却于1282年9月2～3日，全部被一支加泰罗尼亚舰队所击毁。
马耳他战役（1283年）发生在1283年6月8日的马耳他战役，最清楚地证明了阿拉贡王国的海上实力，这是舰队指挥官劳里亚的罗杰所取得的第一次大规模胜利，他被誉为中世纪最伟大的军舰指挥官之一。马耳他大型港口是地中海地区最优良的港口之一，对于战争双方都有着至关重要的战略意义。一支约由20艘军舰组成的安茹舰队可能在6月4日那天到达了港口，然后大约相同规模的阿拉贡舰队在6月7日晚上也相继到达。安茹派出两艘小船负责守卫港口入口，但是这两艘战船并没有在港口入口的整个范围内进行巡逻，而只是在港口两边巡视。这样的巡逻给阿拉贡军队提供了可乘之机，一艘阿拉贡战舰成功潜入港口，侦察出了安茹军队的作战计划。
于是劳里亚的罗杰赶在天亮之前作好了战役部署，他命令战舰沿直线排成一行，战舰间靠沉重的绳索相连。这是热那亚人在12世纪发明的一种战术，到了13世纪已经普及。很显然，这种战术非常适合于狭长的大型划船，它采用开放的阵形，为船桨的操作留出足够的空间，这样多艘战舰就可以作为一个整体向前划行。此战术的优点：人员可以快速地从一艘战舰转移到另一艘上，增援被攻占的船舰或者那些起初遭受敌人射击而人员伤亡过多的船只。这些大型划船之间很可能铺有厚厚的木板。
一进入港口，阿拉贡舰长就计划向不设防的敌军进行挑战。这一行动不单单体现了骑士精神。安茹的军舰以传统的方式停泊，船尾在前，这种停泊方式有利于防守。被俘获的船只无法轻易漂走，地面也可以向船上源源不断地输送援兵。受到挑衅的安茹军以阿拉贡人的大型划船为目标开始攻击，战争整整持续了一上午。双方都拥有长矛兵和十字弓兵，每只舰船上搭载约100名士兵。战争开始时，安茹采用的传统战争方法，大规模地向敌人发射一切可投掷的武器。
此刻，战争开始出现转机，劳里亚的罗杰命令他的士兵隐蔽起来，除了十字弓之外不投射任何武器。最后，安茹军弹药用尽，阿拉贡随即靠近敌人，用剩余的投掷武器有效地摧毁了敌军战舰的甲板，使得敌人乱成一团。然后，阿拉贡士兵登上敌船，与敌军展开了肉搏战。仅有7艘安茹军舰侥幸逃脱，其中两艘由于受到重创只好放弃。
在马耳他战役中，阿拉贡军队损失了约300人，而安茹军队有3500～4000人阵亡或被俘虏，两位舰队司令中有一位已阵亡。这场胜利的因素有：阿拉贡指挥官的指挥技巧固然功不可没，但如果没有阿拉贡造船技术的重要改进，他的战略战术是无法得到实现的，与安茹的舰船相比，阿拉贡的战船造得更高，还建有高大的舷墙，士兵可以躲在墙后面避开敌人的炮火。这些特点降低了船的速度，因而在西班牙以外的地区没有被广泛采用。但是，由于突袭的因素，它们在这里大获成功。阿拉贡的对手所使用的舰船很可能与安茹西西里查尔斯一世在1275年命令建造的军舰类似。现存文件为我们提供了中世纪军舰相关的第一手详细数据。
这些军舰本质上是大型划船船体，它们形状狭长，船中部的比例是10.7∶1。这些船吃水很低，船中部的船舷上沿仅高于龙骨2.03米（6英尺）。阿拉贡军队的另一优势在于与法国人相比他们的士兵更适应海上作战。阿拉贡的舰队搭载的都是那个时代欧洲公认最好的加泰罗尼亚十字弓兵。他们还拥有精良的轻步兵，被称为加泰罗尼亚轻型步兵。这些步兵配有轻胸甲，以行动敏捷著称，而安茹舰队的士兵却装备笨重，不适合船上作战。西班牙步兵在摇晃的甲板上表现得更加出色。
阿拉贡的胜利在一年后，即1284年6月5日的那不勒斯湾战役中得到了巩固。这一次，劳里亚的罗杰佯装逃跑而将安茹舰队引了出来。这场战役距离陆地几千米之遥。仗打得很不轻松，直到隐蔽的阿拉贡后备舰队出击并从后方袭击安茹部队，才使阿拉贡人取得了成功。有传言称，在本次战役中，劳里亚的罗杰采用了一切可以想象到的卑劣招数，包括往安茹舰船的甲板上投掷燃烧弹、硫罐以及装满肥皂的罐子。1287年6月23日，仅拥有40艘舰船的阿拉贡舰队又一次打败了安茹由80多艘舰船组成的舰队。这场战役被称为伯爵战役，因为其涉及到几位法国伯爵。战役表明海军知识对于战争胜利的重要作用。
罗杰通过向海岸射击以及辱骂的方式，将驻扎在港口的安茹军队引诱过来。一旦安茹的舰队从港口驶出，其舰船便会立即分散，从而使阿拉贡战舰有机会可将其各个击破。
与安茹的舰船相比，阿拉贡的舰船显然更适应在那不勒斯海面作战。战役几乎持续了一整天，罗杰显然将战斗的重点放在攻击法国伯爵的舰船上，原因是他们不熟悉海战。这一天将近结束的时候，阿拉贡军队缴获了40艘左右的安茹舰船，还抓获了5000名俘虏。