孵化操作方法主要是种蛋上床、控制温度、调节温度、翻蛋和晾蛋等。
（1）种蛋上床。在床上先铺一层废报纸，铺一层10～15厘米厚的干木屑（糠）或干的草木灰或干稻草作为底层的保温层，再铺上一层白纸（干净的旧报纸或水泥袋纸亦可），要铺平坦。将塑料薄膜袋平放于床内，在床四周与塑料薄膜袋之间塞满棉絮及碎软布等作为四周保温层，之后往薄膜袋内注入40℃的热水。每张床薄膜袋注入8～10桶热水，即鼓起形成有12～15厘米高的热水袋。此时，在袋面上再铺一层白布（能随时更换清洗），最后即可将入孵种蛋成行成行地平铺放在上面。通常每张床可入孵鹅蛋300只左右，放置好种蛋后把温度计分别放在床中央以及两端的种蛋面下，以随时测定种蛋的温度。棉胎和棉毯覆盖在种蛋的面上，不应让种蛋外露。
（2）温度控制。种蛋的温度主要是靠往薄膜袋内更换添加热水和盖棉胎、棉毯的厚薄来调节（北方使用火坑以及有条件的地方使用电热毯及煤油灯来调节）。孵化过程若袋中热水温度下降则可采取放出冷水注入热水来保持温度。每次加入热水前，要先从薄膜袋中取出同等量已降温的水，然后再将热水从水袋两端开口处注入袋中，每张床每次换水量10～12千克，注入热水（通常为95℃～100℃）后，蠕动水袋，使新注入的水与原有的水充分混匀。
用温度计测定袋内水的实际温度，通常袋中热水温度要比蛋的温度高0.5℃～1℃。种蛋蛋面温度应根据各孵化期的要求而定。如果蛋温低于要求，应多注入热水及加盖棉被；若蛋温高于要求，则应注入些凉水及少盖棉被，以调到符合要求的温度为止。一般在天气寒冷季节，水袋内水温下降快，用热水多些；天气炎热季节，水袋内水温下降慢，用热水少些。孵化初期需较高温度，用热水多些；孵化中、后期需较低温度，用热水少些。一般在夏秋季节孵化，每天更换添加热水3～4次；在冬春季节孵化，每天更换5～6次，应视室温与袋内水温而定。
如使用火炕、电热毯、煤油灯装置，整个孵化期只需要换注入热水3～5次，或不需要注入热水。在实践中，由于种蛋较长时间压在薄膜袋上面，有时薄膜会微渗水（特别是采用单层塑料薄膜袋时），引起部分种蛋潮湿不利孵化。应引起注意。在孵化后期，要特别注意温度变化，及时调节。严禁突然升高或降低温度。通常在出雏前3～5天，由于胚胎呼吸及产热加强，除正常翻蛋、晾蛋外，孵化床上可用木条或竹条横放在两边木板或栏栅上面，就棉胎等覆盖物支撑起来，使蛋面与覆盖物之间有个空隙，以利种蛋散热及换气，同时在出雏时可避免压住初出壳的雏仔。
（3）湿度调节。一般不用特别考虑。孵化室内以操作人员不感觉到干燥为宜，如果感到干燥，可在室内地面或蛋面喷洒些水，增加湿度。
（4）翻蛋与晾蛋。与其他孵化方法一样，为了便于操作、减少工作量，一般结合注换热冷水同时进行。