（1）堆肥发酵。堆肥发酵是将经筛分的生活垃圾中的有机物或农业作物秸秆与粪便混合起来，采用野外人工堆肥的方法，混入的粪便可调节肥堆的湿度和增加肥力。堆肥过程中有机质在微生物分解作用下导致堆肥物料的温度升高，其变化可经历为40℃～50℃的中温阶段和60℃～70℃高温阶段两个过程。通过堆肥温度升高，基本上杀死致病菌和寄生虫卵，达到一般的无害化卫生处理。
（2）沼气发酵。从建国初期，中国就开始提倡应用沼气技术处理粪便。沼气厌氧发酵处理可以有效地杀灭致病菌和寄生虫卵，控制苍蝇孳生繁殖的条件，对防止环境受粪便污染是很有效果的。根据气候、农作物和生活环境等条件均相似的沼气村和非沼气村观察结果显示，在密闭的沼气池中处理粪便，可以降低周围环境中的苍蝇密度的63.5%。沼气发酵处理粪便的措施会增进农民健康水平，改变农村脏、乱、臭的面貌，使农民的生活环境质量得到进一步提高。
（3）生态厕所。生态厕所是自身具备良性循环结构的一种厕所。它一般具有生态建筑方面的如下特点：首先是它的关键设施为地下沼气净化池，而不是普通的沼气池；其次是墙体要进行垂直绿化，厕所屋顶可进行覆土种植或设置太阳能利用装置。设在地下的生态厕所的沼气净化池，由厌氧发酵池和生物过滤池组成。沼气净化池的作用是将人粪尿和污水等污物及时地、分散地、局部地进行无害化处理。沼气净化池可以将人粪尿和污水等污物发酵处理，分解成沼气和沼气发酵液。沼气可以经管道输送供作能源，沼气发酵液可作为农业肥料。沼气净化池的容积可以根据实际使用人数而变化来进行设置，因而适用于分散的广大农村地区。