从养殖业全过程来分析污染的原因，非环保型的饲料配方、粗放的禽畜粪尿的利用和处置方式、混乱的养殖场布局等是造成污染的根本原因。
（1）对饲料的利用率不高。氮、磷是畜禽排泄物中最主要污染源。饲料中50％～70％的氮以粪氮和尿氮的方式排出体外。而畜禽会将摄入体内70％的磷排出体外。此外，微量元素的污染也不可忽视。传统的饲料使过多的未被吸收利用的微量元素通过粪便排出体外，长期下去将导致微量元素的富集。
（2）对禽畜粪尿的利用不足。目前普遍采用的畜禽粪便利用方式主要有：禽粪干燥法、发酵法、畜粪尿沤制产沼气法和堆制还田法等。这些方法虽然利用了部分粪尿，不同程度的减轻了养殖业污染，但没有从根本上实现禽畜粪尿的无害化和资源化。
（3）缺乏整体规划，导致人畜禽共处。我国养殖场大多数是自发的发展起来的，缺乏整体规划，地点选择随意，庭院即为养殖场，人禽畜共处现象严重。这不可避免地造成了大气、水、噪声的污染及传染病的蔓延。