由于沼液中含有较高溶量的氨和铵盐，还含有吲哚乙酸、赤霉素等物质，因此沼液具有抑制大多数病菌生长，防治虫害的功能。因沼液无污染、无残毒、无抗药性，而被称为“生物农药”。可以用沼液浸种防治农作物病害。为了防止作物种子带菌，通常采用药剂浸种。在沼液中存在着很多的氨离子，在氨离子的作用下，能够起到杀菌的作用。也可以采用沼液喷洒在农作物的植株上防治病害。
（1）用沼液防治小麦赤霉病。小麦赤霉病是由于多种镰刀菌侵染而产生的一种病害，俗称小麦的癌症。采用正常运行的沼气池产生的沼液喷洒在小麦的植株上，可以起到防治小麦赤霉病的作用。用沼液防治小麦赤霉病，以不稀释的沼液为好，在小麦盛花期每亩喷洒50千克为最佳。沼液对小麦根腐病菌也有很强的抑菌效果。另外，用厌氧发酵原液对小麦喷施，对小麦赤霉病的防效与多菌灵相当，发病率比对照下降20.71％，相对防治效果可提高44.88％。玉米喷施沼液，对大斑病和小斑病有良好的抑制作用，喷施之后病害不会再发展。
（2）用沼液防治水稻白叶枯病和纹枯病。沼液对水稻白叶枯病有明显的防治效果。使用沼液与使用化肥和猪杂肥互相比较，水稻的白叶枯病的病叶率能够降低11.29％～21.43％，预防效果达48.32％，治疗作用达17.92％。沼液对水稻纹枯病也有较好的防治效果。使用沼液与使用化肥和猪杂肥相比较，水稻的纹枯病的病叶率下降9.83％～26.16％。
（3）用沼液防治棉花枯萎病。棉花枯萎病是棉花的一种极厉害的疾病，而沼液中含有较高溶量的氨和铵盐，氨水能使棉花枯萎病得到抑制；沼液中还含有速效磷和水溶性钾，这些物质比一般有机肥含量高，有利于棉株健壮生长，增强抗病力。用沼液防治棉花枯萎病的方法是：首先，利用沼液原液浸棉种，浸后的棉种用清水漂洗一下，晒干再播；其次，用沼液原液分次灌棉田，每亩用沼液5000～7750千克为宜。棉花现蕾前进行浇灌效果最佳。
（4）用沼肥防治西瓜“枯萎病”。西瓜“枯萎病”是由土壤传播真菌造成的，特别西瓜重茬这种病更为严重，对西瓜的生产危害极大。在0～60厘米深度的土层中都有这种病原菌，单纯用药剂防治很难奏效。用沼肥防治西瓜“枯萎病”的技术要点是：用沼液浸西瓜种子8小时后，催芽中棚育苗移栽；用沼渣做基肥，每亩施沼渣2000～2500千克，生育期喷洒3～4次沼液。当发现病株时，采用浓度高的沼液灌根可治好病株。