生化快速腐熟技术是将秸秆制造成优质生物有机肥的先进方法。其原理是：采用先进技术培养能分解粗纤维的优良微生物菌种，生产出可加快秸秆腐熟的化学制剂，并采用现代化设备控制温度、湿度、数量、质量和时间，经机械翻抛、高温堆腐、生物发酵等过程，将农业废弃物转化为优质有机肥。其特点是：自动化程度高，腐熟周期短，产量高，无环境污染，肥效高。
（1）催腐剂堆肥。秸秆发酵腐解过程是在微生物的参与繁殖活动下进行的，而微生物的繁殖活动必须有足够的营养才能快速进行，因此需要施用催腐剂。该项技术简便易行，在玉米、小麦秸秆的堆沤中应用效果很好。
（2）速腐剂堆肥。秸秆速腐剂是在“301”菌剂的基础上发展起来的，是由多种高效有益微生物和数十种酶类及无机添加剂组成的复合菌剂。将速腐剂加入秸秆中，在有水条件下，菌株能大量分泌纤维酶，在短期内可将秸秆粗纤维分解为葡萄糖，因此施入土壤后可迅速培肥土壤，减轻作物病虫害，刺激作物增产，实现用地养地相结合。
（3）酵素菌堆肥。酵素菌是由能够产生多种酶的好（兼）氧细菌、酵母菌和霉菌组成的有益微生物群体，其原理是把原材料接菌堆制后，好气性细菌、霉菌吸收原材料间隙和材料中的氧气，进行生理活动及分解碳水化合物，释放二氧化碳，产生发酵热，进而使堆制的材料进一步分解发酵。在酵母菌的作用下，糖化的碳水化合物形成了酒精。这些物质为放线菌提供了充足的营养，促进了其对纤维质的分解。在及时翻堆、供给充足氧气的条件下，好气性细菌、霉菌、酵母菌和放线菌快速繁殖，菌量增多，使配料不断分解、发酵及熟化，最终形成优质的堆肥。