（1）真菌病害。真菌病害，是由真菌引起的。真菌是一类没有叶绿素的低等植物，个体大小不一，多数要在显微镜下才能看清。真菌的发育分为营养生长和繁殖两个阶段。菌丝为营养体，无性和有性孢子为繁殖体。它们主要借助于风、雨、昆虫或花卉的种苗及土壤传播，通过花卉植物表皮的气孔、水孔与皮孔等自然孔口和各种伤口侵入体内，也可直接侵入无伤表皮。在生病部位上表现出白粉、锈粉、煤污、斑点、腐烂、枯萎和畸形等症状。常见的真菌病害，有月季黑斑病、白粉病，菊花褐斑病，芍药红斑病，兰花炭疽病，玫瑰锈病，花卉幼苗立枯病等。
（2）细菌病害。细菌病害，是由细菌引起的。细菌比真菌个体更小，是一类微生物，在显微镜下才能观察到它的形态。它们一般借助于雨水、流水、昆虫、土壤与花卉的种苗和病株残体等传播。
细菌病害主要是从植株体表气孔、皮孔、水孔、蜜腺和各种伤口侵入花卉体内所引起的危害。其表现为斑点、溃疡、萎蔫和畸形等症状。常见的细菌病害，有樱花细菌性根癌病，碧桃细菌性穿孔病和鸢尾、仙客来的细菌性软腐病等。