非侵染性病害，又称生理病害。它是由不良的环境因素、植株本身生理代谢受阻、某些营养元素的缺乏及栽培技术不当所造成的。如温度过高或过低，都会使花卉生长发育不良，甚至受到伤害。温度过高，常造成叶片、枝条灼伤和枯萎，如君子兰在夏季强光照射后，不但引起叶片局部灼伤坏死，还影响孕蕾和开花。温度过低，如早霜和晚霜，常使花卉的叶芽、花芽、嫩叶或枝条、嫩梢受到冻害。土壤水分过多造成通气不良，在缺氧条件下，花卉根部呼吸困难，易窒息死亡。同时，在此情况下，土壤中积累了过量的有毒化学物质，能直接毒害根部造成烂根，妨碍植株从土壤中吸收水分和养料。相反，土壤干旱、水分不足，植株发生凋萎，缺水严重时，会造成全株枯死。施肥不当或土壤中营养物质含量失调，也会引起花卉发病。如碱性土壤中，因缺铁造成花卉叶片黄化，常见的有栀子黄化病；缺少磷肥会影响开花；氮肥过多，易造成植株徒长而不开花。
在花卉的病害中，以真菌性病害发生最普遍，分布广，危害大。然而近年来，病毒病和线虫病的危害也日趋严重，已成为花卉品种退化和品质变劣的重要原因之一。此外，还有藻斑病、菟丝子害（寄生性种子植物）等，在个别年份或地区也引起一定程度的危害。