农林复合生态系统一般具有以下几个特征。
（1）复合性。这里的“农”包括种植粮食、经济作物等以及栽培食用菌、饲养家畜家禽等。所谓“林”包括与农业或牧业之间有直接生态和经济联系的防护林、用材林、经济林等。农林复合生态系统就是将这些经营类型有机地结合起来，而形成的一种土地集约利用形式。
（2）集约性。农林复合生态系统的管理集约程度较高，投入系统的物质、能量较多，而系统输出也相应提高，从而具有较高的物质输出效率和系统生产力。
（3）整体性。农林复合生态系统大多是人工建立的生态系统，使人工复合生物群体的各生态元在质和量相互协调、互为补充，形成一个有机的整体。
（4）多样性。农林复合生态系统的类型、层次和结构模式多样化，它可以从以庭院为一个结构单元，以一片林为一个类型单元，到以小流域或较大的景观为一个单元，直到覆盖广大面积的农田防护林体系等。其中各单元的层次和类型丰富多样。
（5）时序性。农林复合生态系统的人工复合生物群体具有时序性，能充分利用林地经营的时间差，使多种经营项目长、中、短期有机地结合起来。