这时，万科已经逐步深入将大众住宅作为主营业务，而且非住宅之外的其他项目都在调整、精简；但现在却又出现了一个涉外大型酒店，另外还新增加了几千万美元的负债。调整的结果呈现出更深的问题：万科在天津并没有抽身出来，而是越陷越深，要继续追加投资。另外一栋楼在停了一段时间后，以包租销售楼花的方式推向市场。这似乎是创新，但后来也同样发生问题，等于是万科在从购房者手中以高利息进行融资，公司能否将写字楼租出去并不清楚，但是必须按照包租的承诺将利息还给投资者。对于万科而言，“融资”的利息让公司根本无法承受。公司希望可以收回已经卖出的单位，购房者却不同意。结果，直到2005年，最后一单官司才结束。万科同样承担了高额成本。
最终，公司将这个项目同其他外部资产进行了置换，万科在承担银行负债的同时，还额外拿了1.5亿现金换到东丽湖项目所处的地块。
后来，王石在回忆起这一事件时说，“在数年的时间中，为什么万科的天津公司始终用‘亏’、‘巨亏’、‘继续亏’来形容经营状况？为什么天津在相当长的时间成为万科一个很大的包袱？毫无疑问，如果当时我们及时终止错误的投资，天津的问题，恐怕早已可以得到解决。”
好在王石要做“减法”的决心更坚定了。
时间进入到了1996年。王石随即强力实施起了自己一系列的瘦身计划。其中，颇具代表性的几大瘦身动作有：转让扬声器厂，出售怡宝蒸馏水，转让银都股份，出售国企，以及具有标志性符号的万佳百货股份等。
2．怡宝——华润的诱饵
怡宝蒸馏水曾经是华南饮用水第一品牌，国内最大蒸馏水生产厂家。尽管如此，坚持做减法的王石还是忍痛割爱了。
“怡宝”最早主要生产碳酸饮料。当时，南方市场卖得最好的饮料是矿泉水，并呈北移之势。但王石判断，矿泉水之后，一定是蒸馏水的天下。于是，王石主导万科在1991年买进“怡宝”51％的股份。有评论就此说道，“在1991年的时候，就以收购形式强势介入水饮料市场，王石的战略眼光和非凡手法，让人钦佩。”
万科买下“怡宝”时，蒸馏水的产量只有3000吨，是碳酸饮料的一个副产品；万科买下“怡宝”后，卖掉了碳酸饮料生产线，并从德国买进了蒸馏水生产设备。经过了短短3年时间，王石便将“怡宝”打造成为国内最大的蒸馏水生产厂，产量达到10万吨，市场占有率位居广东水饮料市场第一名。
随着“怡宝”蒸馏水至清至纯的饮品形象在深圳、广州、海南以及珠江三角洲其它地区树立起来，纯净水市场的发展前途越来越被企业所认识，有意愿进入该行业的生产制造商们明显增多，中国的蒸馏水市场竞争提前进入到了白热化。如仅在深圳一地，“怡宝”之后成立的蒸馏水制造厂商就有五家。
后来，万科确立了“减法”战略，出售“怡宝”顺理成章地提上了王石的日程。
至此，与“怡宝”连在一起的另一个中心人物不得不提，此人正是黄铁鹰。根据黄铁鹰自己的描述，万科的“怡宝”交易大致如下：
1996年，我当时是香港华润创业有限公司的执行董事，正负责在中国收购啤酒和饮料公司。得知深圳最大的蒸馏水饮料厂——怡宝蒸馏水的大股东万科公司有意出售控股权，就同王石和他的班子见了面，这是我第一次知道万科公司和王石这个人。确定他们出售意图后，我们询问了价钱范围。他们的售价计算公式极为简单，在我做了第一轮试探性的还价后，我同王石用了不到10分钟就在价格上达成了一致。这个结果虽有些快，但没有太出乎我的意料，因为我在中国收购企业的经验是——收购中国企业永远先易后难。
……
果然，在收购中期我发现进度慢了下来。我打电话问王石，究竟出了什么问题？王石在电话里向我抱怨，华润创业的收购条件为什么这样复杂和苛刻。原来他指的是：我们的香港律师要求万科公司在收购前要签署30多条对怡宝蒸馏水公司的资产和经营状况担保的条款。于是，我很礼貌和委婉地解释这是收购方对收购对象的一些不确定问题，要求出售方给与承诺的合理要求。讲着讲着，王石有点急了，他开始指责华润创业不信任万科，没有收购诚意。于是，我也急了，说话直截了当了。我说：“你也是个商人，请你站到我的角度看看，如果我把怡宝收到手后，怡宝在你经营时期的应收款都收不回来，那怡宝还值这个价钱吗？如果你对你的企业那样有信心，为什么你都不敢保证它的应收款有90％能收回来？如果你说这些厂房和设备真是你合法拥有，你为什么连这个事实都不能白纸黑字地承认？我讲着讲着，发现王石不吱声了，他沉默了一会说：“那我们再考虑考虑吧。”3天后，万科在我们公司律师起草的收购合同文本上签了字。于是，怡宝的收购成了我在收购的14个公司中速度最快的一个。
更让我意外的是：签字时，王石当着他的一群下属，盯着我的眼睛说：“我们今后收购和兼并企业，也要向你们学。你让我们知道了专业和非专业的区别，我们4年前收购怡宝时，只用了1页半纸的合同，而你们收购我们是用了30页纸。我想专门请黄先生给我们讲讲企业并购的问题。”
后来，黄铁鹰针对王石和万科有了如下的评价：一个已经有了一定成就，又过了不惑之年的中国人，还能对世界保持这样一种新鲜感和这样开放的学习态度，在我所遇到的企业家中实在是太少了。而在收购怡宝完成后，面对采访的媒体，黄铁鹰更是脱口而出：“这是一个可怕的公司，因为他们不拒绝学习。”
也正是这次“怡宝”的转让，为后来华润入主万科搭起了一条“心”的桥梁。
3．银都——岂止是股权转让
万科拥有的银都股权转让发生在1998年。这次转让，被王石称为是“一件令人回味和有意义的事情”，但却是不被公司内外明显感觉到的。
万科控股52％的银都系统是一家总部在香港，下辖青岛、成都、石家庄三地公司的住宅开发公司，1996年利润占万科地产业务的8.39％，1997年上升到10.73％，资产质量优良，是万科地产业务的主力军之一。
正是存在着如此背景，王石主导万科在1998年的银都股权转让，令周围许多人大为不解。不少人都在质疑：万科为集中资源开发城市住宅，转卖非房地产公司是可以理解的，但转让资质优良的房地产公司又是唱的哪一曲呢？
据王石后来在自己的回忆中解释，万科的房地产业务在5年调整期内得到了长足发展，但仍有两个问题急需解决：其一，早期跨地域的地产公司以合资为主，靠筹集社会资金弥补开发资本的不足，但集团公司的直线管理方式同合资公司的管理形式之间的矛盾却越来越突出，集团整合资源优势难以有效发挥；其二，早期的跨地域投资为万科成为全国性企业打下了基础，但这种跨地域带有相当的盲目性，随着公司业务的发展，资源分散的弊端越发显现。
对于第一个问题，万科采取了回购股权的做法，变合资为全资或大比例控股以达到集团直线管理的目的。但王石认为这种做法不适合银都系统。
究其内因，王石认为，银都下辖的公司仍以合资为主，即使增大控股银都的比例，仍不能从根本上解决问题，就算一定要解决，机会成本未必划算；再从地域分布上看，从深圳溯北而上到沈阳是条纵线，而银都系统所处的青岛、石家庄、成都恰是贯穿东西的横线。
于是，转让银都股权成为王石和管理层的首选。
其后有不少媒体纷纷指出，王石和万科转让银都股权的意义远不止于此，认为此举还是一次积极的人力资源调整。
对于王石来说，当时如何规范管理和趋同价值取向是万科公司无法回避的难题。
万科历史上的地产合资公司曾形成了银都模式、万众模式、万兴模式等，再加上地产业务的全资系统，管理上有很大差别：既有放权经营的不管方式，也有半管半不管的有限放权方式，亦有直线管理的不放权方式。“为适应这种多元管理形式，当时不仅集团总经理全力以赴抓地产业务，还有四位副总分别管理，加上负责其他业务的副总，万科集团共有8位副总，几乎可以组成一个建制班了。”而在地产业务方向的业务分工上也明显不合理，两位副总负责银都，但其业务量还不到地产业务总量的15％。随着业务的调整，如何进行人力资源调整？
王石后来也对媒体公开表示，从人力资源角度看，在新兴企业里，如何解决好人事问题往往比解决业务问题更费精力。
于是，被王石称为“是对很好的搭档”的蔡顺成和黄胜全，凭借自己独特的银都风格，实现了银都的独立发展。银都股权的转让就这样在不被外界感觉的过程中完成了。
后来有业内人士指出，要理解银都股权的转让，关键在于理解这一观点：在向现代企业制度迈进的过程中，要从市场而不是从人事或其它的角度来看待和处理企业内外资源的重组，从而实现企业资源的优化配置。
至于王石，再说起那时的心情，他借用了一句话颇有意味：“不是我不明白，而是这个世界变化太快！”
4．秀才“私有”深国企
国企广告是中国第一家合资广告公司，曾经是深圳市场的“NO.1”，王石也是毫不犹豫把它卖给了自己的下属——万科曾经的另一位高管冯佳。
深圳国际企业服务公司成立于1986年，是深圳现代科教仪器展销中心与香港仁达国际服务有限公司合资经营的企业，总部设在深圳，是中国第一家中外合资广告公司，王石亲任国企第一任董事长。期间，在冯佳的统治下，该公司“房地产全程策划代理”的模式更是成为当时中国地产界策划思维的两大流派之一，国企也一度成为深圳广告市场的老大。
后来有业内人士称，从某种程度上说，国企犹如“万科第二”，从广告业务多元化到只做房地产广告，从深圳走向全国。也有人说，万科诞生了两个黄埔军校，一个是指万科地产，另一个指的就是国企广告。即使到了如今，在深圳广告行业内说起曾经的国企，恐怕也没有几个人不知道的。2008年北京奥运会申奥标志的设计者陈绍华就有过在这家企业的经历。
国企在成立之初，业务以科教仪器展览、制版印刷和礼品制作为主，1989年转为展览、设计、路牌和灯箱制作，经营项目比较单一，单项业务额低，加上管理薄弱，造成连年亏损。到了1992年，国企开始整顿内部机制，提高人员素质，提出以“整体策划，全面代理”为经营方针，强化策划创意、设计、媒介部门，令公司的营业额从原来的几十万元，增加了100多倍，1992年实现的利润是前6年的总和，1993年的利润又比前一年翻了一番。正是凭此独特之处，国企一举奠定了国企在深圳广告业中“大哥大”的地位。
也许正是看到了它的不一般之处，1993年世界四大广告公司之一智威汤逊公司成为国企的第三名股东，国企由此成为当时全国第一家中外合资广告公司。这次合作，国企不仅了解了国际上规范的广告公司管理、业务操作、专业水平等方面的情况，更为规范化发展打下了基础。
但是，自此国企也搞起了跨区域跨行业的经营策略，只是自1994年以来开始表现出了某种困境。1996年，国企的问题终于集中爆发，国企也迎来了自己发展史上的一个重要转折点。随后经过总公司的调查，国企当时的董事长、总经理和财务部经理联手在公司内部私设小金库。王石决定：派冯佳出任国企的董事长，全面负责国企的工作。
说到冯佳，按王石的话说，他是万科的“三大秀才之一”，在万科更有着“三进三出”的经历。
有一段话颇能表达冯佳在王石心目中的地位：“冯佳自1988年进入万科，在我身边扮演着幕僚长的角色，其特点是逆向思维，在决策看好的项目上，他唱反调，在对市场悲观的时候，他却唱赞歌，让你想起雪莱《西风颂》‘冬天到了，春天还会远吗？’的诗句。我需要冯佳。”
只是兼任国企董事长三年之后，冯佳要履行自己曾经的诺言：三年后离开万科，自己创业。
就此，王石在自己的回忆中记录过当时俩人的一段对话：
“想好做什么了吗？”（王石）
“还是国企地产策划的业务。”（冯佳）
“那为什么不继续在国企做呢？”（王石）
“国企是万科的，我要做自己能掌控的公司。”（冯佳）
“啊，自己完全说了算。你把国企带走不就行了，何必重新来过呢？”（王石）
冯佳一愣：“鲁东勇走的时候你都没有卖给他，为什么肯卖给我呢？”
“呐，东勇的一些做法我不认可，将国企交给他，我不放心。你要走，就把国企带走吧。国企值多少钱，你最清楚。按账面净资产1400万元，怎么样？”（王石）
“我没有钱啊。”（冯佳）
“我知道你没有钱。你要有钱就不正常了。国企不是每年都盈利吗？一年400万利润，3年就可以还清了。当然了，你总得付点定金吧。钱没付清之前，国企的股份质押在万科，怎么样？”（王石）
冯佳实现了自己的诺言，而王石收获的似乎更多。
5．万佳——减法的终结者
万佳百货也曾是广东连锁商业企业的第一名。万科完全退出与住宅无关的产业，就是从“深圳市万佳百货股份有限公司”全身而退为标志。
万科出售该家企业的前一年，即2000年时，万佳百货在深圳已拥有5家分店，营业收入达到13.8亿元，税后利润为3552万元。
万佳前身为深圳万佳连锁商业有限公司，是深圳万科企业股份有限公司开拓连锁零售事业的主力军。公司创立当年在深圳开了一家2300平方米的传统百货商店，1992年营业额为2000万元。1993年初，万佳接连在乌鲁木齐、武汉开设了两家不大的百货商店，其他开展业务的城市一度多达九个。
不过，万佳的跨地域扩张在较短的时期内就出现了问题。在一些分部以失败告终之时，深圳商业旺区友谊城四楼的万佳传统百货商场也面临业务滑坡的问题。据资料查阅，当时的损失保守估计也有2000万元。这种状况，对于当时的万科和王石来说，不能不引起高度重视。于是，万科管理层在王石的率领下，开始了对万科零售业的全面反思。
1993年，在考察过全球商业大鳄后，王石确立了万佳连锁零售业的新方向。随后，万科也在1994年12月30日公司增持万佳百货股份有限公司之股权，由原来的35%增至60%，为万佳发展连锁零售业奠定了基础。
在万科增加股份到了60%之后，万佳百货的局面也安定下来；而不同意见者的离去，使得万佳得以专心从事经营。1995年2月，丁福源功成身退，回到总部，徐刚正式入主万佳，并起用万科贸易的老部下何志东担任万佳的总经理。