临安降城之后，刘云派遣梁萧北上，去率领一部分久经战阵的“山寨部队”南下支援，准备组织最后的抵抗，而梁萧在山东崂山遇到了跟随吴常青学医的青梅竹马花晓霜，后来遇到了贺陀罗等敌人，与原著中的剧情差不多，但此时梁萧的武功已经和贺陀罗不相上下，贺陀罗等人奈何不了梁萧，也杀不了吴常青，只好退走。最后，花晓霜还是跟随梁萧南下，梁萧这小子偷奸耍滑，让大部队走海路，他和花晓霜两人走陆路，拖拖拉拉，一路上尽是卿卿我我，把公事都忘在一边（其实还是完成了任务，刘云交给他的任务很简单，只是将部分部队带出来带到船上就行，至于今后的行动却没有要求）。于是，梁萧和花晓霜两人和原著一样在安徽九华山的天香山庄遇到柳莺莺，然后发生了一系列的事件。
这些闲事，刘云都管不着，他只是率领军民一路南撤，一边抵抗，一边招收那些愿意保家卫国的青壮，在良好的装备底下，这些青壮经过与蒙古人的作战，逐渐成长为一支合格的军队。
1277年，元军进攻两湖，守将吕德抵挡不住，退往广东，此时元军趁机沿长江西进，准备入蜀，不料却被刘云在重庆部署的一万步枪兵阻挡，元军进攻受挫，损失惨重，只好退兵，把兵力集中在江南，准备全力剿灭流亡的南宋小朝廷。从1277年起，元军猛烈进攻，南宋小朝廷辗转流离，数次迁移，终于撤出福建，退往广东。此时，南方的江西有文天祥召集的十数万义军，但文天祥不是武将，对军事并不熟练，这些匆匆召集的义军战斗力不强，而广东才是重兵聚集之所在。广东有吕德所部五万余人，张世杰也率领三万多将士撤出福建，护送小朝廷来到广东，其实最强的军力应当是刘云的军队，他前前后后救下无数大宋败兵，之后收编了他们，同时又招收了许多百姓参军，此时训练已毕，再加上1276年之前就带出来的精锐，总计竟然有四十万大军，全部装备了精良的护甲和武器，其中还有三百多门红夷炮！嗯，这个火炮为什么又能用了呢？其实红夷炮的技术跟宋朝的原始火炮相比并不先进太多，所以是允许使用的，而之前刘云用过的远程加榴炮是八百年后的技术，自然不能用。
文天祥在江西孤军奋战，而宋朝精锐并不在此，所以文天祥打得很辛苦。刘云有派人过去建议文天祥南下休整，但随后宋廷就给文天祥下了命令，要他“北上”，这简直是以卵击石嘛，朝廷怎能下这样的命令？刘云派人去劝告文天祥，但文天祥是个热血书生，对朝廷的命令坚定不渝地执行，刘云无奈，只好派人送了一批粮草装备过去支援。
现在刘云将大军驻扎在广州附近，广州现在有四十万人在防守，城墙已经重建过了，新城的规模比旧时长安城还要大一倍，而且放置了两百多门红夷炮，就算元人有百万大军也不可能攻下。而广州东边的东莞，刘云干脆让人腾出道来，虽然小朝廷就在那边，但刘云根本不派兵，朝廷怎样下令都不派兵，因为那里就是崖山，剧情的发生地点，因为有系统在，刘云不能轻举妄动。
时光如水，两年时间很快就过去了，现在已是1279年，文天祥败于元军，退往广东，而元军也攻到崖山附近，陆军五十多万，仍由伯颜和阿术统领，水军有十多万，由张弘正统领，从海上攻击宋朝水军，南宋小朝廷危在旦夕。
此时，刘云忽然感觉到系统能量一阵波动，忽然大喜道：“时间快到了！系统的限制时间马上就要到了！终于要解开限制，我的部队终于可以出现了！”听到这个消息，梅青此时也是相当高兴，笑道：“那敢情好，这几年来我们钻研了这么久，连多核CPU都做出来了，火控系统早就用电脑控制，现在终于可以试一下新武器系统的威力了！”
于是，刘云便开始把正在台海附近的中华舰队调过来。此时，经过刘云和梅青三年的努力，他们已经把集成电路给做出来了，并且根据资料不断改进工艺，从以前的几微米到现在的二三十纳米，现在已经把“现代”CPU造了出来，而且已经接近半导体集成电路的极限了。半年前，当他们成功造出二十纳米光刻设备，并生产第一批二十纳米工艺的半导体芯片之时，刘云忽然泪流满面地道：“老天啊，我们终于造出中国欠缺的半导体制造设备了，就算我们现在就回到地球，我们也能对国家有贡献了。”刘云所说的是他离开地球被抓来这里之时，中国设计的CPU却要交给别人来代工，而国内的光刻设备还停留在国外十年前的水平，或许没有十年的差距，但七八年总是有的，这可真是一个悲哀。半导体产业是追不上国外的了，或许国内已经有团队在研究下一代的计算机，试图在新阶段追赶上世界先进水平，但目前全世界都没有什么进展，所以这个目标还有些遥远。09年10月，中国确实有制造出世界第二的超级计算机，虽然超级计算机的互联技术是原创的，但最基础的CPU却是英特尔的。
刘云说“如果现在回去，也能对国家有贡献”，此时他忽略了一个问题，如果他现在回去，那么现在回到地球，那地球是什么年代了？其实现在时空战场和地球尚未发生关联，所以刘云他们是可以回到他们被抓来的那一刻之后的，当然这需要一些大神通，现在还做不到。
刘云下命令之后，一百多艘大型军舰就向广东方向全速驶来，现在光是中华舰队就有了38艘战列舰，加上其他各种军舰，总共有151艘战舰。而他们所有的战列舰已经达到195艘之巨！这都是得益于刘云被系统惩罚之后的突破，因而制造水平大大提高了。其实，造这么多军舰也只是因为闲着无聊罢了，刘云四人的海军早就压倒其他两个玩家，现在再增加军力，只不过是把泰山压卵变成几座泰山压卵罢了。既然已经做出微电子芯片，那么火控系统早就已经更换掉了，现在所有的军舰和火炮都已经更换了新型火控设备，射击精度更上一层楼，除了不能安装制导系统之外，就挑不出其他缺点了。
此时，刘云的陆军也动了，朝廷封了刘云一个“大元帅”的虚衔，让他名义上作为全国军事首领，而朝廷中的文官还想像以前一样制约他，殊不知刘云根本不买那些文官的账，气得陈宜中直跳脚，口中大骂刘云是乱臣贼子。刘云冷言讥讽道：“乱臣贼子，我看你才是乱臣贼子！现在大宋已经是存亡关头，你还想在这瞎指挥？若是大宋亡了，你就是千古罪人！”
陈宜中气得七窍生烟：“武夫！大宋就算要亡，也该亡于士大夫之手，你这武夫还想专权……”“扑！”地一声闷响，正在聒噪的陈宜中顿时倒地，原来是梁萧在身后用手掌拍了一下陈宜中后颈，这下清净多了。刘云点头道：“做得好，这下我们的丞相大人该好好睡一觉了。给我传令，全军开拔，目标敌阵！”
很快，刘云的大军就和五十多万元军战在一起，在多处地方交战。由于双方人数很多，而且南方多山丘，所以此次直接交战地区竟有一个县的大小。元军虽然凶悍，但刘云训练的宋军装备精良，而且久经训练，其中七万多人更是身经百战，所以宋军在各处都相继取得一些小胜，元军被阻挡在这里，无法前进。
反观水军，元军的张弘正率领数千艘战船已经和宋军交战在一起，元人水军足有十多万，宋军虽然也有十多万，但许多都是一些沿海渔民，响应朝廷号召当了“勤王之师”，这些大小战船连同渔船摆在一起，阵势大乱，虽然前方宋朝水军正在拼死交战，但被己方渔船所阻，实力不能发挥五成，时间一久必然溃败。而此时，南宋小皇帝赵罡（历史改变，赵罡此时未死）和广王赵昺，还有陈宜中、陆秀夫等朝廷重臣都在宋军旗舰之上，可以说整个朝廷都在这艘大木船上了。
一日之后，陆地上宋军已经开始胜利，刘云不敢逼得太过，惹得系统发飙，因此尚未歼灭这些疲惫的元军，而在水上，宋军就大大不妙了，前方水军败退，被后面的渔船阻挡，阵势已现散乱之势。旗舰之上，陈宜中满眼血丝地望着前方战况，口中一边哀叹大宋时运不济，一边大骂“乱臣贼子”刘云，却不顾刘云率领的陆军取得胜利，而他自己指挥的水军却开始溃败的事实。实际上，如果只有宋军水军，不让那些渔民参战，那么宋军未必不敌元军，但陈宜中说“仁者无敌”，百姓参战说明人心所向，所以迂腐地将百姓招进来。历史上，崖山失败之后，沿海数十万军民齐齐跳海，为大宋殉葬，确实民心在大宋这边，可残暴的元人依旧获得胜利，这岂不是说实力才是决定性的因素？
不过，刘云是不会让这种事情发生的，此时，中华舰队已经到来，骄横的蒙古水军现在可以去死了。白万松站在船头，哈哈大笑：“老大，我小白……呃，我老白又回来啦！”旁边的朱小妍瞪了他一眼道：“什么老白，小白就是小白，老娘我才能用这个‘老’字”。此时，一艘快艇飞驰而来，梅青站在船头笑骂道：“你们这两个小家伙，明明就是九零后，却要一个劲地装老。阿朱，你这小丫头也自称‘老娘’？姐姐我都不敢这样自称呢！真是的，当‘老娘’有什么好……”
刘云站在梅青旁边，看着她“教训”另外两个“小盆友”，微微一笑。不久，小艇被吊上战列舰，刘云和梅青也随之上船。
“老大，我们要不要现在开火？”白万松问道。
刘云道：“不用浪费弹药，这些古人可不知道什么‘超视距攻击’，他们还看不到我们，若我们开火了，他们还以为是天灾呢。等我们靠近了再说，到时把军舰往哪儿一摆，蒙古人孤陋寡闻，到时没被吓死也被撞死了。”
不久，巨大的钢铁战舰海战战场，刘云怕他们不认识，特地在所有的船上挂了旗子，有的写“宋”，有的写“刘”。此时，所有元军看到这群钢铁怪物横亘在他们面前，个个都惊得眼珠子都掉下来了。而宋军有人见过类似的舰船，纷纷大呼：“是刘将军来了！刘将军的水军来了！”
“大宋无敌！大宋有救了！……”此时，所有宋军欢呼成一片。
刘云让舰队将蒙古水军包围起来，暂时不用歼灭。在钢铁巨舰面前，这些小木船只能算是小小爬虫，根本就不堪一击。刘云望着蒙古水军，评论道：“蒙古人真是没文化，竟然拿河里的平底船开到海上当战船，真是无知！还好现在没有风暴，否则一吹海风他们就挂定了。怪不得历史上忽必烈进攻日本失败，没文化就是没文化！”事实上，降元的张弘范和他弟弟张弘正虽然熟知水战，但那也只是内河的水战，根本不知道航海之术，所以元朝水军仍用平底船也是正常。
忽然，刘云发现大宋旗舰发生异动，竟然有几个“元军”混在大宋船只里面，登上了旗舰，妄图抓住宋朝的娃娃皇帝，原本他们是想向忽必烈邀功，但现在就变成借此胁迫刘云撤兵了。
“哼，原来是原著里面的贺陀罗等人，真是不自量力！”刘云轻哼一声，便和梅青一块登上快艇，迅速向宋军旗舰靠过去。
“呼！呼！——”两声，刘云和梅青俱是一个空翻，便登上了舰船，只见船上多了三个异族人，一个是白发西域人，应该有六十岁了，但他胡子什么的都拔光了，脸上还涂粉，显然在装嫩，这个就是贺陀罗；另外两人，其中一个与贺陀罗有几分相似，但比较年轻，金褐色头发，这就是贺陀罗的儿子哈里斯，另一个是黑头发的，但穿着西藏喇嘛袍，脸上涂着黄褐的赭泥，就像大粪一般令人恶心，这人就是阿傩喇嘛了。
那贺陀罗眼光贼利，从缝隙中看见舱内的皇帝赵罡，便哈哈大笑道：“洒家真是好运气，本想找艘船歇息一下，不想竟然碰到大宋的娃娃皇帝，很好，很好！”
此时，梁萧和云殊也在船上，见那贺陀罗就要往舱里冲过去，脚下一动，想要阻拦，忽然刘云道：“白发老头你站住！我在这里你没看见么？”
贺陀罗没见过刘云，正上下打量，而眼中冒着怒火，他最恨别人说他老，眼见这人穿着华丽将官铠甲，看起来像个大人物，正寻思将他擒下来，连同小皇帝一起，正好可以给自己增加一些筹码。忽然云殊急道：“刘将军，那贺陀罗是个高手，江湖争斗不比战场厮杀……”云殊不知刘云实力，急忙出言提醒。
贺陀罗忽然出声道：“阁下就是屡败我大元的刘云？哈哈，洒家真是好运气，忽必烈陛下曾说，‘朕纵横天下，从未服过谁，就算是南朝的吕德、张世杰、李庭芝等人，最多算是我南征的绊脚石，而那刘云却是南朝的岳飞，此人不除，朕难得大宋天下。’，刘云将军，大元皇帝对你可是看重得紧呢，待会儿少不得跟我一块北上，去大都做做客。”
“哼！”刘云冷笑道，“忽必烈胡吹大气，吹牛之前也不看看自己是什么实力，我去大都可以，但那时忽必烈就是我的阶下囚了，而且，到时候大都就不叫大都，而叫做北京了。”
贺陀罗不想反驳，忽然他眼中射出精光，正准备动手，不料此时刘云竟然拔出一把剑来，那剑金光闪闪，材质非金非玉，奇异非常。只见刘云缓缓道：“这把剑，名为斩蛇剑，是当年高祖斩蛇起义所持之剑。高祖手持斩蛇剑，开创大汉四百年，此后华夏子孙都自称汉人，无论改朝换代，都将汉人自己建立的国家称为中国，大汉之功劳莫大焉。贺陀罗，你助蒙古鞑子入侵中原，罪大恶极，且不说你侵宋之大罪，就说你进入中原之后，杀害数百人，*数百妇女，光是这条大罪，你就应该碎尸万段，永世不能超生！”
刘云怒发冲冠，手持斩蛇剑，气势逼人。而贺陀罗却对刘云刚才的话有些不明白，便道：“高祖是谁？汉人这么多朝代，谁知道他说的是哪个高祖？”哈里斯答到：“宗师，那人叫做刘云，姓刘的做皇帝就说一千多年前的汉朝，他说的高祖就说汉高祖了。我听说汉朝确实很强，打得北方的匈奴四处逃跑，不过我不知道他说的汉高祖斩过什么蛇。”贺陀罗不屑道：“哪个什么汉朝再强又如何？都一千年了，这家伙整天幻想他祖宗的事情有个屁用……”
刘云听到他们的话，心中叹道：“蛮夷就是蛮夷，我说得再多他们也不明白我们祖先的荣光。祖先的荣光可不止是强汉盛唐而已，更遥远的亿万年前……算了，这些就不提了。”忽然刘云发现云殊满脸激动之色，看来是被他刚才的言论说得热血沸腾，梁萧的国家概念不强，但也神色严肃，因为他已经把刘云看成他的老师。而旁边的梅青正看着刘云，眼中尽是倾慕之色，她觉得刘云大义凛然的时候最帅，虽然整天都提到汉家先祖，但他确实是一心为了华夏。
此时，刘云见贺陀罗神色轻蔑，便冷哼一声，手中斩蛇剑毫无征兆地劈下来。以贺陀罗之能，竟然无可闪避！他只看见一把利刃当头劈下，眼珠都瞪出来了，可身体不知为何如同深陷泥沼一般难以动弹。只一瞬间，刘云的剑刃便当头劈下，剑身发出一阵奇特的波动，所过之处尽皆震成齑粉。刘云一剑下去，这贺陀罗顿时化为一片血雾，“刷”地一声，这血雾便向海中飞去，将下面的海水染红了一片，而船上一点痕迹都没有！
惊骇！惊叹！惊恐！惊骇的是船上的官兵，没想到他们仰慕的刘将军竟有如此之能，惊叹的是梁萧和云殊，他们想不到刘云的武功竟然达到如此地步，而哈里斯和阿傩两人则十分惊恐，他们的“宗师”贺陀罗还来不及说话就化为齑粉，他们如何能够抵抗？于是两人惊恐地跪下来求饶。
而梅青则笑吟吟地看着刘云，心中甚是骄傲：“这个人就是我的郎君，以后将是我的丈夫……”梅青想着，忽然双颊绯红，不敢看向刘云。
刘云“刷”地收回剑，不屑道：“你们两个也不是什么好人，给我带下去‘咔嚓’了，直接扔下去喂鱼。这场战争该结束了，蒙古人的胜利到头了，该轮到我们汉人了！”此时，梁萧和云殊伸手制住哈里斯和阿傩，便让士兵将这两人带下去。
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