第二天，南京卫戍司令部发布一连发布三道命令：第一，南京实行军管，全城戒严，宪兵司令部三个宪兵团和警察部队负责城内治安。第二，南京将成为战区，为了避免不必要的伤亡，全城市民有组织第进行疏散。第三，所有参战部队必须死守南京，没有南京卫戍司令长官唐生智亲笔签署的命令，任何人不准擅自撤退，违者以军法论处。
七月二十七日，坚守了一个星期的澄锡线在日军第9、11、13、16师团的猛攻下，终于被突破，第二天无锡被占领。中国守军被迫放弃澄锡线，一部沿宁沪线向常州撤退，大部向南，经宜兴往浙赣边境之孝丰、宁国一带撤退。
上海派遣军攻占无锡后，令第16师团及第9师团主力继续沿京沪路向常州追击，第9师团之一部在太湖水上机动；令第13师团及由各个师团的骑兵部队组成的集成骑兵队进攻江阴要塞；令第11师团及重藤支队集结于无锡，第3师团集结于太仓附近。
同一天，第10军占领长兴， 74军接到南京卫戍司令部命令，放弃宜兴，向南京撤退。川军25军团的三个师退守广德、泗安。第10军占领长兴这个太湖东岸的战略要点后，立即兵分两路令第114师团继续向宜兴、溧阳方向追击；令国崎支队及第18师团之一部向泗安、广德进攻，军主力集结于湖州附近。
日军统帅部原来规定华中方面军的作战地域为苏州——嘉兴一线一东，并未授权日军继续西进。但是，当日军突破于七月二十日吴福线时，华中方面军司令官松井石根大将对这纸命令却置之不理。淞沪之战大胜中国军队，使这个骄横的日军统帅更加不可一世。他要让日军统帅部和整个世界大吃一惊，他要亲率部队把太阳旗一举插到敌国的首都南京城头，到时候，全日本都会为他而骄傲的。
于是，松井石根将在外军命有所不受，命令部队乘中国军队溃败混乱之机向西追击。松井石根挺直了腰板，一双小眼睛，像发现了猎物的野兽一样闪闪发光，大声地对着他的部下们吼道：“你们的目标就是攻击！攻击！把大日本帝国的旗帜插上南京城头！”
七月二十二日，日本参谋本部接到华中方面军关于决定向南京追击的报告后非常震惊，在日本军人看来，胆敢违抗军令是罪不能恕的。松井石根身为大将统帅，违抗军令该当何罪呢？然而，结果却出人意料，日本参谋本部非但没有丝毫指责，反而迅速认可了松井石根的决定。
参谋本部原先没想到战局进展如此顺利，深谙中国兵法的日军参谋部的高官们当然知道“擒贼擒王”、“一鼓作气”对战争胜败所起的关键作用。何况日军侵略中国的初衷就是希望在尽可能短的时间里一举消灭中国军队主力，逼迫中国投降。
于是，日军参谋本部于七月二十五日正式废除原作战地域的规定。八月一日，日军大本营下达新的华中方面军战斗序列命令，命令新的华中方面军由原华中方面军的上海派遣军和第10军组成，方面军司令官仍然是松井石根。大本营同时命令：“华中方面军司令官须与海军协同，攻占敌国首都南京。”
而此时，第9、16师团已经顺利地占领了中国军队弃守的常州；第18师团攻占广德；第114师团攻占宜兴、溧阳。至此，南京的东部和南部除江阴以外全部沦陷。而八月一日随着大本营命令下达到海军方面，日军海军第11战队沿长江进逼江阴要塞，配合第13师团向江阴要塞发起攻击。
大本营的命令使得松井石根名正言顺地下达《攻占南京城要略》，命第十军和上海派遣军合力围攻南京。松井石根命令荻洲立兵中将率第13师团和天谷支队从北路包抄南京。天谷支队进攻镇江，渡过长江，攻陷扬州，切断京杭大运河；第13师团经镇江，攻占六合从江北进逼南京。命令牛岛贞雄中将率第18师团和国岐支队从南路包围南京。国岐支队从广德出发，经郎溪、石臼湖渡过长江，攻占浦口，切断津浦路；第18师团从泗安攻击前进，占领宣城、芜湖，直逼南京。松井石根亲率第6、第9、第11、第114师团从正面进攻南京。其中第114师团作为左路军从溧阳，经溧水攻击南京城南；第6师团为中路军沿宁杭公路攻占丹阳、句容，在南京城下和第114师团会合；第9、第11师团为右路军沿沪宁公路进攻南京。
面对日军的紧逼，唐生智连忙调兵遣将，加紧设防。南京早在淞沪抗战之始起就已经开始准备。分为复廓阵地和外围阵地。复廓阵地在城外一线。唐生智把装备最精良、战斗力最强的中央军校教导总队放在正面，防守紫金山及城垣东部；王敬久的第71军第87师防守孝陵卫和光华门；孙元良的第72军第88师负责雨花台阵地和城南地区；从宋希濂的第78军第36师则防守红山、幕府山及城北地区，并且控制下关码头。宪兵部队守卫城内的唯一制高点——清凉山。
外围阵地，刚刚从前线退下来的俞济时的第74军防守句容、淳化镇和牛首山一线；叶肇的第66军防守汤山阵地并掩护乌龙山炮台侧翼；沈修文的荣誉第一师承担溧水、将军山、方山的防务；新近增援的邓龙光的第83师前出镇江，保卫镇江要塞。而且，刚刚从澄锡线撤下去，相对战斗力比较强的胡宗南的第一军，进驻浦口，警戒南京江北。
这样一个防守计划，如果所有部队都是淞沪会战前的状况的话，正如蒋介石和唐生智期望的那样，守住南京两到三个月是完全有可能的。但是目前的状况是，外围第74军和第66军都是经过了一个多月的血战，根本没有休整过，部队减员很多而且也很疲劳。一个月前撤到南京的除了沈修文的荣誉第一师以外，36师、87师和88师补充的都是没有战斗经验的新兵，而且还根本不满员。战斗力最强的号称蒋委员长的铁卫军的中央军校教导总队，从原先的四万三千人，如今还不到三万人。而且经历了淞沪大战后，部队的士气普遍都不高，南京到底能守住几天，谁的心里都没底。
“这全城疏散令都发布一个星期了，大街上怎么还这么多人。”刚刚参加完军事会议，从卫戍司令部出来，因为同路和老长官孙元良挤在同一辆车内的沈修文看着车窗外，来来往往行色匆匆，且神情慌张的市民，不由皱着眉头嘀咕道。
孙元良扭过头看了沈修文一眼，叹了口气道：“上百万的大城市，全都疏散谈何容易啊！现在谷正伦又撩了挑子，就剩下肖山令一个人在忙活。现在老唐又严令在所有南京市民撤离之前，南京市政府所有人员的家属都不得离开。他这个南京市长的处境现在比你我都艰难。你没见今天开会的时候，肖山令整个儿都瘦了一圈吗，也够难为他的了。”
沈修文默然，原来主持南京市民疏散的宪兵司令谷正伦在大兵压境之际，竟然以生病为理由，向蒋介石请辞，带着他的宪兵司令部去湖南养病去了。谷正伦的资历堪比蒋介石和何应钦，两个弟弟都是中央委员，二弟谷正纲任社会部部长，三弟谷正鼎任国民党中央组织部副部长兼中央党政军联席会议秘书长。蒋介石明知道他是装病，但也没办法只得同意。
“但愿南京能多守住几天，这些来不及疏散的市民能够及早撤退。”沈修文心里不由暗叹一声。
“光复，这次老唐公布的这个南京防守计划，你怎么看？”接着，孙元良又皱着眉头问道。
沈修文不清楚孙元良到底是什么意思，苦笑道：“能怎么看，这命令都下来了，大家各司其职，死守南京。”
“就现在部队这情况，南京能守得住？你小子聪明，把东郊兵营那些溃兵都改编了，也算是兵强马壮。你再看看我们，71、72、78名义上是三个军，其实还不是换汤不换药，下面就一个师，补充的那些又都是压根就没有战斗经验的新兵。良桢的74军情况更差，部队伤亡近三分之一，更别说那些地方部队了。现在战斗力强一点的就属率真的教导总队、你的荣誉第一师和城内的三个宪兵团。这次，老哥真是要拜托你了，你能在外线顶住，就算良桢顶不住，雨花台阵地和城南地区的压力就会好的多。”孙元良一脸忧虑地说道。
“军座，这个您尽管放心，88师是我的老部队，能顶住我一定顶住。”沈修文点了点头，相比城东和城北地区，城南将要直接面对是日军的左路军和中路军，一旦外围失守，日军两军兵合一处，将直接面对雨花台阵地。也难怪孙元良如此忧心忡忡。
“你小子天生就是一个打防守战的好手。想当年演习的时候，你在溧水一个营就能挡住教导总队两天的进攻。这次，我也希望你能再打出一个漂亮仗来。”孙元良笑着说道。
不过，沈修文还是能从孙元良的笑容中捕捉到一丝忧虑、无奈甚至是害怕。也难怪这演习并不是真正的战争，当年的教导总队也不是如今穷凶极恶的日军。
其实，沈修文现在考虑的并不是如果守住南京。这是一场大规模的城市防御战，并不象松江保卫战那样，自己能掌控的。就算是荣誉第一师能挡住当面之敌，但是外围的74军、83军和66军能挡得住吗？就算城南能守住，那城东和城北能守住吗？这些地方一旦失守，你就得被迫撤退，不然就有被包围的危险。但是退守之后，将来的撤退怎么办？日军现在的态势是三面向南京合围，背后又是滚滚长江，虽然江北有胡宗南的第一军掩护，但是乌龙山炮台能不能挡住日本海军的进攻，十几万大军将来怎么能有效地渡江撤退，这些都是问题。在沈修文脑海中对南京保卫战这段模糊的记忆中好象保卫南京的部队，并不是都在战斗中被日军消灭，而是正是在撤退中，引起大混乱，大部分被紧追而来的日军俘虏或者是葬身于滚滚长江中，进而引发了惨绝人寰的南京大屠杀。
“师长，你真打算这么干？”将军山荣誉第一师的师部，参谋长乔榛在听完沈修文的设想后，一连忧虑地说道：“这可是擅自行动，卫戍司令部要是追究下来的话，这可是有避战退缩的嫌疑。”
“什么是避战退缩？咱们只要能在溧水、秣陵关一线守住，就不是避战退缩。”沈修文说道。
乔榛的心里其实也很清楚，眼下的防卫计划，外线不是荣誉第一师守住就能守住的。特别是74军防守的句容、淳化镇一旦失守，荣誉第一师的后路就会被切断，陷入日军左路军和中路军的包围中。沈修文现在提出的趁左路日军还没有对溧水发起进攻的时候，派出一支部队进驻高淳县城，即使将来淳化、江宁失守，后路被切断，也可以从容地向高淳突围，进而撤往第三战区目前控制的皖南地区。
但是这样就和目前卫戍司令部的防御计划有冲突，司令长官唐生智现在强调的是死守。
“那到时卫戍司令部让我们后撤之复廓阵地，我们撤不撤？”乔榛又问道。
“这个……”这也是沈修文伤脑筋的地方，在今天的军事会议上，宋希濂、孙元良等人就提出过部队如何撤退的问题。十几万大军光靠渡江撤退根本是不可能的事情。但是，唐生智还是极力主张背水一战、死守南京。沈修文人微言轻，更说不上话了。
“实在不行，主力可以撤到复廓阵地，只要将军山在我们手里，高淳有部队接应，我们还能从中华门和雨花台一线突围。”沈修文咬了咬牙说道。
撤进城，到时候还有可能带出更多的部队。这个时候，沈修文根本不甘心为唐生智这个不切实际的死守南京的计划殉葬，保存部队，保存未来抗日的国防力量才是最重要的。更关键的是，因为在沈修文后世的记忆中，南京保卫战几天后就以惨败告终，而唐生智这个人南京保卫战之后，就退出了当时的政治军事舞台。