魏忠贤在大权在握之后，又与客氏、熹宗的关系特殊，宫中一些见风使舵之徒便纷纷投奔这位皇上的“奶爸”；魏忠贤也就此开始在宫中罗织羽翼。魏忠贤不仅将自己的亲信李文贞、涂文辅等太监中的知识分子安置在司礼监做秉笔太监以弥补自己没文化的缺陷，还起用了“红丸案”要犯崔文升“移宫案”案犯西李，使他们对自己感恩戴德、俯首贴耳。就连职务本来在魏忠贤之上的司礼监掌印太监王体乾也不得不“识大体”而甘做魏忠贤的鹰犬。
当了司礼监的魏忠贤本应身在大内，但他的所作所为传至外庭，众多有识的大臣。纷纷上书，最早上书指责魏忠贤的大臣是给事中杨涟。杨涟在光宗刚刚、朱由校还因西李的胡搅蛮缠而暂居慈庆宫、魏忠贤还叫作李进忠的时候就参本，说李进忠不大像好人。当时的“魏忠贤”还没有见过什么世面。他得知这个消息就吓得屁滚尿流，万分惊慌。是魏朝顾及“兄弟”之情把他带到王安处求救。魏忠贤见了王安，跪在一旁泪洒如雨。王安见他哭得可怜，又可惜他聪明能干，就说：“西李宫中也有一名内侍叫魏忠贤，外庭不知道你们的名同人异。我把你们混为一人，看能不能遮过那些大臣的眼。往后你可要好自为之。”魏忠贤点头称是，感激涕零，后来果然照此法蒙混过关。
大学士刘一燥等人于天启元年(1621年)，又上奏折，认为熹宗都成了亲、长成了大人，还把奶妈留在身边，不合体统，建议逐客氏出宫。此时的魏忠贤已离不开客氏了，他早已同客氏海誓山盟要白头偕老，魏忠贤也明白两人一损俱损、一荣俱荣的关系，客氏万一被迁至宫外，自己在皇上跟前没了援兵，那辛苦了这许多年刚刚打筑的一点点“基业”岂不是要毁于一旦？魏忠贤加紧同客氏商量对策。客氏在皇上面前极尽母爱，对他细心呵护，使这个早早没了亲娘的孩子对自己恋恋不舍，朱由校皇帝拒绝了大臣们的请求，说自己虽已成人，不再需要吃奶了，但是皇后还小，需要奶妈的照顾与保护。后来由于大臣们力谏，客氏不得不出宫避风，客氏几日后又召回了宫。
杨涟、刘一燝之后，又有御史周宗建、刑部主事刘宗周等人相继弹劾魏忠贤。由于客氏的鼎力相助，熹宗朱由校一味偏袒魏忠贤。杨连、刘一景、御史周宗建、刑部主事刘宗周等人，上疏的朝臣们不仅未伤这对男女一根汗毛，反而被责的被责，差点赔上性命。魏忠贤恼羞成怒。之因杨涟、周宗建等都是东林党人，此后便迁怒于整个东林党。
创始人“国本之争”中被罢了官的顾宪成，是东林党的创始人。顾宪成被贬回老家无锡之后，满腹牢骚，便同弟弟顾允成、朋友高攀龙等人在城东的东林书院中授课讲学。讲学之余，又抨击朝政，轰动一时。当时地主、商人闻风而起，云集东林书院，在朝的一些官员也遥相互应，时称这一类人物为“东林党”。东林党人虽无特别建树，但目睹朝政的腐败，敢于犯颜直谏，要求改革时弊，可称得上是正派人物。他们清高傲世，瞧不起身心俱残的太监，更痛恨太监揽权，揭发魏忠贤。为此魏忠贤掌管东厂和锦衣卫大权，千方百计铲除东林党及党羽人物。
东厂初设于明成祖朱棣时期。明代开国之君朱元璋共有二十六个儿子，朱棣排行第四。太子朱标早死，朱标之子朱允坟便替父亲接了朱元璋的皇位。朱棣见朱允坟软弱无能，便发动“靖难之役”从侄儿那里抢来了御座。由于这帝位来之不“义”，朱棣当上皇帝后总是怕别人在背后说自己的坏话。为了堵住众人之口，同时也为了肃清朱允坟的余党，他即于永乐十八年(1420年)专设了一个机关“专司缉访”以“锐意防奸”。因为这个机关的位置在北京东安门北，故世人称之为“东厂”。朱棣又信不过朝中大臣，就令自己的亲信太监掌管东厂，因此东厂自初设起就一直由太监操纵。东厂的头目，是“钦差总督东厂官校办事太监”，亦称“提督东厂”或“厂臣”，由皇上授命，使东厂缉访的对象除皇上之外，无论皇亲国戚、朝庭命官，还是平民百姓。任何事只要东厂一插手，便可省去所有的手续，越过所有的朝内部门，由东厂直接同皇上联系。其权力凌驾于其他一切官员之上。东厂组织严密，所有人选精明狡黠，多习武功。他们脚穿白靴，足迹遍布官府民间，令人们提心吊胆。《明人诗抄》中陈子龙一首《白靴校尉行》，写道：
宣武门边尘漠漠，绣毂雕鞍日相索。
谁何校尉走复来，矫如饥鹘凌风作。
虎毛盘顶豪猪靴，自言增入金吾幕。
逢人不肯道姓名，片纸探来能坐缚。
关中士子思早迁，走马下交百万钱。
一朝失策围邸第，贵人尚醉候家筵。
归来受赏增意气，鸣锣打鼓宫门前。
呜呼！男儿致身何自苦？
这是一首描述东厂真实现状及给百姓惊惶的真实写照。
锦衣卫设于朱元璋洪武十五年(1382年)，较东厂早设三十八年。初设时只是作为皇帝的贴身卫队，每逢皇帝有什么活动，便侍卫左右。是负责皇帝的安全，后来就有了“密缉”的权责。锦衣卫的长官称指挥使，由皇帝亲信的勋臣或皇亲国戚充任。指挥使之下，有专门负责侦察工作的缇骑数万名，缇骑又各有线人、助手——大大小小的特务加起来竟达十六七万，锦衣卫“自为一军”。并且锦衣卫同正规军队一样，每日操练如制。锦衣卫之下又设锦衣狱，也称“诏狱”，狱中设有严刑酷罚，被抓进去的人五毒备尝、九死一生。当时刑部也有监狱，刑部监狱的待遇比起锦衣狱，已是“天堂之乐”。锦衣卫还掌有廷杖时行杖之权。廷杖之制始于元代，明代统治者却将它发扬光大：无论多大的官，只要惹恼了皇上，皇上一声令下，锦衣卫的特务们就拖下去痛打。锦衣卫虽与东厂同为“侦察”机构，但它本身却在东厂的“缉访”之下，因而卫使不屈从厂臣。锦衣卫本不应归太监掌管，却对东厂唯命是从。东厂从明中期专由司礼监秉笔太监中的一个管辖，所以到了明末，无论是东厂还是锦衣卫，都是当权太监的鹰犬爪牙。
厂卫有查访、逮捕、刑讯逼供及定罪之大权不必经由其他任何朝内机关核批，一旦握有厂卫重权，就等于掌握对普天下所有官员百姓的权力。天启三年(1623年)，魏忠贤终于得以提督东厂，客氏的儿子侯国兴同时出任锦衣卫指挥使——厂卫重权，遂归魏忠贤所有；东厂与锦衣卫，也成为魏忠贤日后残杀东林党人的屠刀。魏忠贤磨刀霍霍，朝中的反对派十分惊慌，他们希望寄托在熹宗朱由校身上，企图上疏借助皇上之手除掉魏忠贤。天启四年(1624年)杨涟以犀利的言辞写出一份列举魏忠贤二十四条大罪的奏折；魏大中、周宗建等七十余名大臣接连上了一百多篇弹劾奏章。群情激愤的大臣们却没想到魏忠贤已是司礼监的秉笔太监，任何奏折都经过他的手中——他虽然不识字，有奴才给他朗读讲解。谁上了奏折、奏折中都写了些什么，魏忠贤都了若指掌。或改或压，阻挠熹宗朱由校审阅这些“告状信”，魏忠贤接连数日带着熹宗在宫内“狂欢”，使朱由校皇帝无心上朝。朝臣们没了面奏的机会，而魏忠贤自己就赢得了反击的时间。魏忠贤恨透了与己为敌的人，尤其是杨涟的奏章一旦引起了皇上的注意，那自己的下场不堪设想。他和客氏一番密谋后，两人一起来到熹宗朱由校面前。魏忠贤跪在地上哭诉说：“奴婢这么多年来一心一意侍奉万岁爷，不过得些圣上的封赏，就招惹得杨涟如此嫉恨。他已是三朝老臣，连万岁爷都要让他三分，奴婢又怎敢不按他的意思办呢？不如奴婢现在就辞掉东厂的职务算了，省得大臣们没完没了地上疏，让万岁爷心烦。”客氏在一旁也泪流满面，提醒熹宗说：“万岁爷难道忘了小时候的事情了吗？那时候郑贵妃集宠一身，势利眼的太监们都忙不迭地去巴结她，只有魏忠贤真心真意地侍候过您呀！”两人一唱一和，说得熹宗朱由校也动了感情。往事历历在目，他怎么忍心按照朝臣的请求处罚自己的两位“亲人”呢？于是朱由校就对魏忠贤说：“一切由你看着处理吧。”一句话使七十多人的百余篇上疏成了一堆废纸。
郎中万燥在这年六月又上疏痛责魏忠贤，说他既被赐名“忠贤”，却不思忠贤之义，反而搜刮金银财宝、企图揽天下大权，是一个“蓄谋甚毒”的“奸雄”。魏忠贤闻听之后，心惊胆寒，惊慌失措。王体乾趁机献计说：“公公既掌厂卫，为何不利用锦衣卫廷杖之责，来它个杀一儆百呢？”这话提醒了魏忠贤，他又假传圣旨，要将万燝廷杖一百、贬斥为民。当时有众多大臣求情，魏忠贤却燝令锦衣卫的小特务们立刻把万景燝捉至宫中，举杖猛打。“圣旨”中所谓贬斥为民根本是空言，魏忠贤一心想致死万景燝，燝百杖打完之后，万景虽皮开肉绽，却不服气。魏忠贤暴怒地命令一群太监轮番上前践踏，燝景被折磨四天。
朝阁大臣见万燥一死，人人自危，内阁重臣叶向高等人先后辞官，杨涟、左光斗、魏大中、周宗建等六七十人都被罢免。一些在“三案”之中因与东林党人政见不和而遭排挤的浙党、齐党党徒为报旧怨纷纷倒向魏忠贤，成为他的同盟军，致使魏党势力大增。有些人积极为魏忠贤提供《东林点将录》、《东林朋党录》等等黑名单，时刻提醒魏忠贤说：“东林党人将要陷害您老人家！”魏忠贤本来就想铲除异己，经他们挑拨，更加激起杀人不眨眼的怒火，一场大规摹的屠戮行为，已在酝酿、筹划之中了。
汪文言是一个小小县吏，因颇有才干而被擢升入京做了监生。任职期间，他与许多浙党党徒结下了深怨，同时与王安交情颇深。光熹交替之际，汪文言竭力帮助王安处理大事，从而引起了魏忠贤的不满。魏忠贤杀害王安之后，撤削汪文言监生之职，将汪文言赶出京城。汪文言后来得到叶向高重新起用至内阁供职，汪文言、魏大中、杨涟、左光斗、赵南星等人政见一致、结为密友。他们的来往，引起了魏党的注意，魏忠贤与手下密谋，想借汪文言之口除掉杨、左等人。辽东经略熊廷弼因防守辽东时略有失误而被治罪杀了头，魏忠贤借用此事决定让汪文言诬告杨、左收纳熊廷弼的巨额贿赂，贪赃枉法。汪文言根本不听魏忠贤的话，不诬告杨涟、左光斗，不做缺德之事，被魏忠贤令人逮捕入狱。汪文言入狱之后，备受酷刑，宁死不遂魏忠贤的心意。不仅不招，反而说杨公廉洁无私，他这样的忠臣若是贪赃枉法，简直是天大的笑话，休想让他陷害忠良。在无可奈何情况下，魏忠贤的走狗、主管诏狱的长官许显纯只好，冒汪文言之名写了一份供词，招认杨涟、左光斗、魏大中以及先前也参过周朝瑞、袁化中和顾大章六人贪污收贿，其具体数额，杨涟、左光斗各二万，魏大中一万，周朝瑞三千，袁化中六千，顾大章最多——竟达四万！汪文言悲愤交加，怒斥许显纯说要与他对簿公堂。可是许显纯既然已替汪文言作了假供，又岂能留下活口让汪文言有机会与自己当面对质？许显纯在状词写好的当日，为杀人灭口，在狱中打死了汪文言。魏忠贤有了这份内容详细的供状，魏忠贤心花怒放。他一声令下，天启四年(1624年)五、
月间，锦衣卫缇骑四出，杨涟、左光斗、魏大中、周朝瑞、袁化中、顾大章悉被捕入诏狱之中，时称此六人为“前六君子”。
诏狱本来就暗无天日，如同魏忠贤私家所设，何况又是对付魏忠贤的眼中钉、肉中刺。于是许显纯在主子的授意之下格外的卖力气，六君子遭受着灾难残酷折磨。
杨涟等六君子入狱后，拒不认“罪”，遭受酷刑，没几天便个个驼了背、瘸了腿；头发尽落、胡须皆白；衣衫之上浓血如染。分析如此下去早晚会被打死，不如先假意承认以拖延时间，万一哪一天皇上忽然明白过来，岂不是可以重见天日，反戈一击？于是六人一齐认罪。许显纯立即按照他给各人规定的贪污数目如数“索赔”，限定各人的家属每五日须交纳“赃银”四百两。六人都是清官，自己又身陷囹圄，他们的家人能从哪里筹措到这许多银两？钱不能如期交纳，人就得如期挨打——魏忠贤捉他们来的根本目的不是要钱，而是要命。
六君子之中，杨涟和左光斗最为魏忠贤所恨，杨涟常常一日就要受到械、镣、棍、拶、夹棍五种刑罚，每次受刑之后，都是血肉溃烂，趴在地上如死人一般。每念及自己饱读诗书、满腹经纶、为国家鞠躬尽瘁，到头来却因为得罪了一个太监竟落到如此地步，这位身历三朝的顾命大臣心如刀绞。悲愤之余，他告诫来探监的家人说：“你们日后要好好侍奉老人、像百姓一样安稳度日就行了。再不要读什么书、求什么功名！”这年七月十五，杨涟在诏狱中度过自己五十四岁的生日——这也是他最后一次过生日了。看着互相搀扶着来向自己道贺的同案犯身上的累累伤痕，杨涟忽然明白大家是无法活着出去了。从这一天起，杨涟一面每日猛灌凉水以求速死，一面醮着伤口中不断涌出的鲜血密写肺腑之言以期死后“尸谏”圣上。但是魏忠贤却不愿如此便宜他，命令特务们加紧用刑，杨涟在七月二十四日被折磨而死。杨涟的千字血书，也被许显纯付之一炬。杨涟死后，许显纯奉命继续追“赃”，抄杨涟一千两银子。杨涟的母亲和妻子因家产被抄栖宿于城墙上的望楼之中，全家靠两个儿子乞讨得来的食物度日。
左光斗这个曾经令贪官恶吏闻风丧胆的忠铮御史在诏狱受刑之时竟然发出婴儿哭叫之声，所受刑罚酷烈！左光斗有一得意门生名叫史可法。为恩师的安危担心，一心想见恩师一面，就冒着生命危险以重金买通一个狱卒以化装成清洁工混入诏狱。来到左光斗牢房后，史可法与恩师不敢相认，此时的左光斗已是面额焦烂，并且左腿自膝盖以下已筋骨尽脱。尽管惨状如此，左光斗闻听学生来探，还是用手指拨开覆盖在双眼上的烂肉，厉声地对史可法说：“这地方你竟敢来送死！朝中已混乱，你轻视自己性命。如好人死绝，有谁做天下正事？”为防魏党耳目加害爱徒，左光斗竟以死相逼，赶走了史可法。左光斗与杨涟同日被打死。当尸首交还家人时，已是臭不可闻，尸体腐烂。左光斗死后，他的母亲因哭子而死。
魏大中被打得无法进食，每日只喝点凉水维持生命；两条腿在受刑后，不能屈伸；死时也是尸溃甚惨。顾大章挨打后，大腿溃烂，竟有腐肉从中坠落；被送至刑部拟罪，待罪定之后还要送返锦衣狱，他已经受不了非人之刑，自杀身亡。袁化中本来体弱多病，入狱后被折磨的僵卧难起。他与周朝瑞受刑最少，最终难逃惨死在狱中。
许显纯还逐一将刘涟等六君子他们的喉骨剔下，用小盒封存后送至魏忠贤手中做信物，魏忠贤想要报复的人绝不止是前六君子。在六君子被打被杀的同时，他继续“寻仇”；六君子血迹未干，他便对东林党高攀龙、缪昌期、周顺昌、周宗建、黄尊素、李应升、周起元七人，时称“后七君子”发动了第二次进攻。