看着燕王久久难以取胜，有些将领也主张暂时撤兵，燕王说：“我们已经没有退路了，只能进，不能退。”不久，燕王军成功地截断官军的粮道，发起突然袭击，惠帝的官军大败。又过了几天，燕兵攻陷沛县，抢到不少财物，又把惠帝运粮的船烧掉。当时河北的军队没有发挥什么作用，而德州的粮道又被燕王断绝。方孝孺看着形势的发展对惠帝不利，深深地感到担忧。他想了多时，想出了一个主意。燕王的大儿子性情仁厚，第二个儿子狡猾，受到燕王宠爱，所以第二个儿子曾经想夺取嫡传的位置。现在，我们可以离间他们兄弟两个，使他们内乱。想好以后，就给惠帝提了个建议，派锦衣卫张安赍带着皇帝的亲笔信往北平，交给大儿子。没想到，燕王的大儿子接过书信以后，根本就没有打开，就派人送到燕王的军中。于是，离间计宣告破产。
从这件事上面，燕王越发看到了惠帝的心虚，就加大了进攻的力度。第二年五月，燕王的军队势如破竹，攻到了长江北岸。惠帝下诏征四方的军队前来救援。方孝孺说：“现在形势危急，应派人前去讲和，答应可以割地，拖延几天，从东南调集的军队会逐渐地赶过来。燕王的军队不善水战，假如在江上打仗的话，也许我们会取胜。”惠帝派庆成郡主前往燕王军中，代表惠帝谈判，燕王一心一意攻下京城，根本不听这一套，客客气气地送走郡主以后，命军队继续攻城。惠帝见所有的方法都不起作用，就命令众将在江上集结水军，准备迎击燕王的进攻，与燕王作最后的决战。水军将领陈碹看到惠帝一方大势已去，知道抵抗不了多久，就带领战舰投降了燕王，于是燕王的军队不费吹灰之力就渡过了长江。
惠帝看到大势已去，万念俱灰。有人劝他移驾别的地方，以图东山再起。这时候，方孝孺劝说道：“现在，援军正在从四方赶来，或许我们还没有走到最后的关头。陛下身为万乘之尊，如果弃城逃跑，那么将士们更是无心恋战，国家社稷将毁于一旦。即使是援兵不来，陛下当为社稷而死。”惠帝有感于老师的一番话，抱定了必死的决心，坚决与燕王决战到底。
过了几天，守城的大将李景隆开城投降，京城终于被攻破。听到这个消息，惠帝心知一切都完了，就和皇后、宫女们放火把皇宫点着了，自焚而死。燕王带兵进城，只见皇宫浓烟滚滚、烈焰腾腾。燕王赶快命人把火扑灭，已经有不少人葬身于火海之中。他查问建文帝的下落，有人报告说，大军进城之前，听说惠帝和皇后都跳到大火里烧死了。这时，方孝孺等大臣们早已束手就擒，被关押到监狱中。
燕王朱棣即位，就是明成祖。公元1421年，明成祖迁都北京。从那时候起，北京就成了明朝的京城。
读书种子慷慨赴死
朱棣登基以后，要把“奸党”一一审问。一些名气不大的，作为皇帝就不再过问了。但是，他早就听说方孝孺的大名。在他起兵南下时候，他的军师姚广孝专门嘱咐他：“在南方，有一位名士，名叫方孝孺，向来品行端正，才学盖世。当陛下以武力攻下京城的时候，以他的性格，一定不会降服。请您一定不要杀了他，假如杀了他之后，天下的读书种子就灭绝了。”朱棣说：“我虽然出兵攻打京城，不过为了清除皇帝身边的奸党，就算是当今皇帝拼死抵抗，不幸被杀的话，我也不会把读书人怎么样的。你说的方孝孺既然如此了不起，我一定会给他机会，争取他能为我所用。怎么能杀他呢，请先生放心。”
这一天，朱棣特别嘱咐，对方孝孺这个人一定要尊重，不能伤害了他。现在，我要让他为我起草诏书，这样，天下读书人就更能信服我朝。于是，他手下的差官赶忙到刑部大牢里，把方孝孺接出来，给他换上干净的衣服，让他吃好喝好，恢复一下体力，告诉他皇帝有大事要召见他。
方孝孺被人用轿子抬到金殿台阶之下，又被人搀扶着走进大殿。他满脸的不屑，走到皇帝的对面，也不说话，把头一扬，一副视死如归的样子。朱棣看到方孝孺这副样子，也没有跟他计较，努力稳定了一下情绪，强压怒火，向方孝孺说：“久闻先生大名，今日一见，果然气度不凡。”说着吩咐人搬来一把椅子：“请先生坐下讲话。”方孝孺也不答话，一屁股坐在椅子上。皇帝毕竟是有涵养的，就接着说：“先生才华盖世，我有意让您继续为国效力，不知先生意下如何？”方孝孺说：“我既然已经被擒，就抱定了必死的决心，你不必多费口舌，我是不会答应你任何要求的。”这时朱棣站起身来，走到他的身边，尽量用柔和的语调说：“先生何苦跟自己过不去呢，我只不过想学周公辅佐成王罢了。”朱棣不说这话还可以，一说这话方孝孺就更生气了。他熟读经史，周公辅佐成王的事他一清二楚。传说周武王建立了周朝以后，过了两年就病死了。他的儿子姬诵继承王位，就是周成王。当时，周成王才十三岁，刚建立的周王朝还不太平。于是，武王的弟弟周公旦辅佐成王管理国家大事，历史上通常称为他为周公。周公全心全意辅佐成王，煞费苦心，平定了不少叛乱。周公辅佐成王执政七年，到周成王满二十岁的时候，周公把政权交给成王。今天听朱棣这样说，就怒气冲冲地反唇相讥：“你说你学周公辅成王，如今成王在哪里？”言外之意就是说：不要再胡说了，成王都叫你逼死了，你怎么学周公，真是天大的笑话。朱棣一想，这不怪我呀，于是就对方孝孺说：“这事可不能怪我，我是好心好意辅佐他除掉身边的奸臣，我做皇叔的有这个责任，都是为了朱家的江山社稷，谁知道他竟然自焚而死了呢。”方孝孺步步紧逼：“惠帝死了，你应该立他的儿子，辅佐他做皇帝。现在你倒自己做上了皇帝，哪里像什么周公呀。”朱棣觉得自己比谁都强，小皇帝会误国，就继续耐着性子辩解，以免把话说绝了，不好收场：“他的儿子年龄太小，治理国家要靠有经验的成年人才行。”其实，当时太子死了以后，朱元璋一度想立朱棣为太子，只是因为太子已经有五个儿子，大儿子夭折了，二儿子允炆年龄也不小了。所以朱元璋召开群臣会议，朱元璋说：“国家不幸，太子竟然死了。古人说国有年富力强的君王，才可以造福万民，朕打算立燕王为太子，你们以为如何？”学士刘三吾反对道：“皇孙已经成年，而且还是亲生，皇孙继承大统是古今不变的道理。假如立燕王，把秦王、晋王放在什么地方呢？做弟弟的不能排在兄长前面，依臣之见，不如立皇孙。”于是就决定立允炆为皇太孙。今天，朱棣把父亲的话搬出来，说明自己年富力强有资格。方孝孺寸步不让：“为什么不立他的弟弟。”逼得朱棣一时不知说什么好了，就有些不耐烦了。但是，他还是把怒火压了又压，搪塞着说道：“这是我们的家事，不劳先生操心。”把话说到这份上，方孝孺也感到跟朱棣没有什么好讲的，于是就沉默不语。朱棣看到他顽冥不化的样子，很生气，就说：“今天请先生来，是想让你草拟寡人登基的诏书，先生是当世的大儒，还望先生不要推辞。”方孝孺把头一扭，眼睛看着宫殿的外面。看到方孝孺挺倔强的样子，朱棣再也受不了了，作为一国之君，我哪儿跟别人说过那么多好话呀。于是就命令左右把笔给方孝孺，说：“这次起草诏书，非先生不可。”意思是说，今天你想写也得写，不想写也得写。倔强的方孝孺没有理睬朱棣，拿过笔来，满怀怒火，奋笔疾书“燕贼篡位”四个大字，然后猛地把笔掷在地上，并冷冷地对朱棣说：“万世之后，你也逃脱不了这四个字！”这下子可真地惹恼了朱棣。他一忍再忍的怒火终于爆发了，早就把军师嘱咐的话抛在脑后了。心中暗想：什么读书的种子，简直是顽冥不化的种子，气死人的种子。于是把脸一沉，冷冷地说道：“难道你就不怕死吗？”方孝孺冷笑一声：“我自从被捕以后，就没有打算活着。杀刮存留，悉听尊便。”真是应了那句话了：“民不畏死，奈何以死惧之。”朱棣一时还真没有办法了，他其实只是想逼方孝孺就范，心想：你不怕死，你的家里人也不怕死吗？你的亲戚不怕死吗？于是又说：“难道你不怕灭九族吗？”方孝孺此时气愤已极，把头一昂：“便是十族，又能把我怎么样？”接着又大骂朱棣是“逆贼”。朱棣此时把心一横，命人割他的嘴，方孝孺越骂越激烈，满嘴喷血，还痛骂不已。朱棣看制服不了他，露出了狰狞的面目，厉声说道：“我哪能让你那么容易就去死，我要灭你的十族！”
于是，中国历史上的惨剧发生了。
朱棣命人用刀割开方孝孺的嘴一直割到两耳处，恶狠狠地说：“看你的嘴还硬不硬。”然后命人把他投进死囚牢。接着，开始大肆杀戮他们所谓的“奸党”并且施以酷刑。
审讯兵部尚书铁铉的时候，铁铉宁死不屈，不停地大骂。朱棣命人割了他的耳朵和鼻子，又割下肉来烧了，塞到铁铉的嘴里让他吃，还问他：“这肉味道怎么样，香不香啊？”铁铉咬着牙说：“逆贼，忠臣孝子的肉为什么不香！”铁铉至死骂个不停。审讯礼部尚书陈迪的时候，朱棣派人把他的儿子捉来杀掉，并且把鼻子、舌头割下来，塞给陈迪吃。陈迪边唾边骂，最后被凌迟处死，宗族被发配边疆的一百八十多人。刑部尚书暴昭被拔去了牙齿，然后把手脚斩断，还是骂个不停，最后被割断了脖子，绝气身亡。户部侍郎卓敬也是至死不屈，被灭三族。所有的被列为奸党的大臣就这样被残酷地迫害致死，至于被流放、被发配充军的更是不计其数。
为了不让方孝孺这么痛快地死去，朱棣决定最后处死他。让他经受一下丧失亲属的悲痛。朱棣下令搜捕方孝孺的亲属，每捕到一个，就让他看看，然后当着他的面，捆绑杀戮。方孝孺的妻子郑氏和两个儿子，知道在劫难逃，都事先上吊死了；两个女儿投了秦淮河；他的门生卢原质、郑公智、林家猷都因是方孝孺的学生而被杀，以凑足十族之数。方孝孺绝非冷漠无情的人，据说当他的弟弟方孝友被捆绑带到他的面前时，方孝孺泪如雨下，哭着向自己的兄弟说道：“兄弟呀，愚兄对不住你呀，今生今世我没有能给你什么帮助，反而拖累你，让你因我而死，愚兄每想到此事，便心如刀割。我的妻儿有什么罪，让他们也因我而死。我死没有什么，连累了你们，你不会怪我吧。”方孝友从容镇定，安慰他的兄长：“我知道你的个性，一个人为了自己的信念，什么都可以舍弃，我们理解你，兄长不必悲伤，人生天地之间，早晚必有一死。”然后又随口吟诵了一首诗安慰兄长：
阿兄何必泪潸潸，
取义成仁在此间。
华表柱头千载后，
旅魂依旧回家山。
在这次杀戮中，方孝孺的亲戚、门生，被处死的一共八百七十三人，被流放的或者发配边疆的数不胜数。就连他们的后代也遭了殃，有的世代为奴，有的世代在边疆。
朱棣把他的亲族杀了以后，最后把方孝孺绑赴法场。行刑的那一天，观看的人山人海，人们都为这位以身殉道的大儒愤愤不平，为他的死而悲伤。虽然围观的人很多，却很安静。但见方孝孺满脸血污，头发凌乱，在微风中飘动，好像在为死难的亲人招魂。自己的十族被朱棣所灭，该死的人都已经死了。方孝孺反而平静了不少，唯一遗憾的是没能为国锄奸。想到这里，仰天长叹，做了一首绝命词：
倔强的方孝孺没有理睬朱棣，拿过笔来，满怀怒火，奋笔疾书『燕贼篡位』四个大字，然后猛地把笔掷在地上。天降乱离兮孰知其由，
奸臣得计兮谋国用犹。
忠臣发愤兮血泪交流，
以此殉君兮抑又何求？
呜呼哀哉兮庶不我尤！
做完之后，随即被乱刀砍死。时年四十六岁。
其门人德庆侯廖永忠的孙子廖镛和弟弟廖铭，感慨方孝孺一家死得惨烈，就收拾了他的遗骸，葬于南京聚宝门外山上(今雨花台西侧山麓)，死于宁海县城的方氏族人由义士收残骸投入井中，后称“义井”。他的着作当时被禁止流传，门人王徐(td)暗辑为《缑城集》密藏，后文禁松弛以后，有《逊志斋集》、《秋崖集》在世间流传。
方孝孺的死，在朝野上下引起很大的震动。人们都为方孝孺不平，仁宗即位以后，就下诏以平民的身份对待方孝孺的后人，诏书上说：“惠帝的各位大臣，已经受到大量的杀戮。他们的先辈是官的，应该宽仁地对待，还给他们田地；发配到边疆的，留一人在边疆，其余的放还。”万历十三年三月，释放因为方孝孺案受牵连的人的后代，包括浙江、江西、福建、四川、广东各地共一千三百多人。
因方孝孺对汉中教育多有贡献，所以汉中人对他非常崇敬，在当地名宦祠中设位祭祀。到明万历初年，在文庙、学署的东面建专祠祭祀。康熙二十年郡守李仲颗重修。后来年久失修，乾隆四十五年，知县郭嵩重修。以表示对方孝孺的怀念之情。方孝孺的祠堂经历明、清、民国，直到汉中解放后依然存在，20世纪50年代被拆毁。据老人们回忆，方公祠有两幅楹联，一幅是：
做事效周公，试问成王安在；
殚忠侔卓敬，不负太祖相知。
另一幅是：
在当时称为正学先生，如公不愧；
问今世犹有读书种子，是谁之功。
方孝孺，作为一代大儒，在理学发展的历史上，树立了新的里程碑。他为汉中的教育，做出过巨大的贡献。他坚贞的品格和他宁死不屈的人格精神至今令我们敬仰。诛灭十族，千古奇冤。朱棣的暴戾行为令人发指，永远逃不脱历史的舆论的制裁。但是方孝孺受时代的局限，有愚忠的思想。他的那一套修身治国理念，也有封建的糟粕。方孝孺不仅对教育多有贡献，在其他方面，如哲学史、文化史，他都是一颗璀璨的明星。他那宁死不屈的精神，是我们人格精神的宝贵财富。我们还是用古人的一首诗作为结束吧：
瞻仰仪型感慨深，
勿看白日惨秋阴。
祠荒残碣苔重合，
木落空斋鸟自鸣。
仗节一身甘赤族。
褒忠千古见丹心。
西风遮莫吹双泪，
怕染缑城血满林！