再说丘处机在陇州龙门洞一面继续苦志修炼，一面济世利物，传道度人，如此修炼了六年，大胆炼成。
丘处机曾说：马丹阳证道费时三年，谭长真五年，刘长生七年，自己则费时十七八年。马丹阳悟道神速，在王志谨的《盘山录》中是这么解释的：丹阳真人以悟生死而了道速，其旨如何？答云：修行之人，当观此身如一死囚，牵挽入市，步步近死，以死为念事事割弃，虽有声色景物纷华，周匝围绕，目无所见，耳无所闻，念念尽忘，此身亦舍，何况其他？以此炼心，故见功速。
大定二十六年冬，京兆统军加谷公礼请丘处机移居终南祖庭，路过汧阳（今陕西千阳）的石门时，丘处机见这儿景致非凡，便在此修了个全真堂，现名为玉清宫。
丘处机回到祖庭后大肆传经布道，他的苦行苦修经历骇世惊俗，广为流传，他又以诗文广交各方名士,名声越来越大，终南祖庭日益兴隆。
一日夜里丘处机刚刚坐定，忽有灵光自东南而来，直入丘处机丹室。丘处机见那光中有人，也不施礼，直言道：“我是刘海蟾。因你将赴帝王之召，故特来相告，可嘱后世门人记取：切莫再做林灵素！”言毕不见了踪影。
林灵素为北宋末道士。本名灵噩，字通叟。温州永嘉人。少依佛门为僧，因常受师傅打骂，后改做道士。宋徽宗笃信道教，下诏求天下有道之士。政和六年（1116年）左道箓徐知常将其荐于宋徽宗。林对徽宗说：皇上本为上帝之长子，天上神霄玉清王，号长生大帝君，特下降人世治理黎民。又称自己本是神霄府仙卿，名褚慧，下降佐帝君之治。徽宗信其言，令改名灵素，赐号通真达灵先生，建上清宝箓宫供其居住。政和七年二月，受命宣讲神霄玉清王下凡经过；又令京城官民受“神霄秘箓”，京城信徒越来越多。徽宗又设立“道学”，由林灵素主持修“正一黄箓青醮科仪”，编排三界圣位，校正丹经子书,删定道史、经、灵坛等。林灵素因早年与僧人结怨，欲彻底废除佛教，便煽动徽宗于宣和元年(1119)下诏，改佛主为天尊，菩萨改为大士，罗汉为尊者，其余为神仙，和尚为德士，尼姑为女德，皆留发顶冠执简,并改寺为宫，改院为观。在京师四年，先后被封赐为金门羽客、通真达灵元妙先生、侍中大夫、冲和殿侍晨等。相传林灵素能“呼风祷雨”、“召神驱鬼”。《宋史•方技列传》谓其每“假帝诰、天书、云篆，务以欺世惑众”。宣和元年(1119)，京城发大水，他上城作法，遭到役夫袭击，徽宗始知林灵素已引起众怒。后因与皇太子争道而触怒徽宗,贬为太虚大夫,最后被斥还归乡而死。
果然不几日金世宗诏书来到。原来金世宗听说了丘处机的大名,于大定二十八年二月召丘处机觐见。丘处机到京后，奉旨修官庵为其居住及修炼之所，塑吕洞宾、王重阳、马丹阳像于官庵，并主持万春节醮事，金世宗并赐巾冠衫袍、彩绘用具。同年五年，金世宗召见丘处机于寿安宫长松岛。
金世宗问以延生之理，丘处机说道：“惜精养神是修身的关键，恭己无为是治理天下的根本。富贵骄淫是人之常情，应兢兢业业以自防。如能这样坚持下去，离仙道就不远了。其他荒诞怪异的说法，不足为信。”七月金世宗再次召见了丘处机，丘处机剖析天人之理，演阐道德之宗，金世宗龙颜大开，第二天赐桃一盘。丘处机已很久不吃果品了，皇上赏赐的桃子又不得不吃，只好免强吃了一枚。
丘处机没有忘记刘海蟾之言，同年八月他请求返回祖庭。他在得旨返回终南之时，金世宗赐钱10万，被丘处机婉言谢绝了。
在由京师回终南祖庵的路上，丘处机趁金世宗召见之机，大阐教化，一路不断建造宫观。
但是好景不长，就在丘处机还未到达终南祖庭之时，金世宗于大定二十九年春病逝，继位的金章宗担心全真教的迅猛发展会对朝廷产生威胁，他登基不久就开始打击、禁绝全真教，使全真教的发展再次陷入低谷。丘处机也于金章宗明昌二年（1191年）秋被迫回到了登州栖霞的家乡滨都。
丘处机回乡后在乡邻们的帮助下将故居改建成滨都观作为传道之所，此后来拜师求道的越来越多，后因道徒日众，为规范全真教徒言行，丘处机制定了《全真教榜规》。
再说金章宗泰和元年（1201年），章宗痛失幼子，后继无人，恰逢此时元妃身怀有孕，章宗喜出望外，希望能生下一位皇子，特诏请王玉阳赴亳州太清宫，举行普天大醮。
王玉阳此行吉凶未卜，很多人劝他借故谢绝召请，以防事后元妃生个凤女或有其他不测而引火烧身。但王玉阳没有听从这些人的劝阻，他依然遵旨赶赴毫州，主持了此次普天大醮。作完醮事后，他回到了“铁槎山”云光洞，又度化道士1000余人。
泰和二年八月，元妃（李氏）生下一皇子。十二月朝廷下旨赦免僧道3000人。泰和三年，王玉阳又奉旨前往亳州太清宫，举行普天大醮，为皇子祈福。
为了感谢全真大师们对皇室的善德，泰和七年春天，元妃把道经两部赠予全真门下。一部送到长春真人丘处机的栖霞太虚观，另一部则送到王玉阳的圣水玉虚观。元妃所赠道经名为《大金玄都宝藏》，共6455卷。金崇庆二年（1213年），皇上又给“玉虚观”赐名“玉真观”。
王玉阳一生云游四方，修真布道的地方很多，其中圣水玉虚观是他兴教布道的主要圣地。玉虚观位于昆嵛山南麓乳山冯家镇境内，这里风光秀美，素有“小昆嵛”之称。他在这里创建了全真“嵛山派”，他所兴建的玉虚观为当时中国北方三大道观之一，道众曾多达300余人。
金宣宗贞祐四年（1216年），文登县令温迪罕龟寿迎接王玉阳居住城中天宝观。第二年四月二十三日，王玉阳对弟子说：“群仙约我去呢。”说完即沐浴更衣，并焚香拜天拜地，拜过四面八方后，无疾坐化而逝，世寿76岁。王玉阳生前著有《清真集》、《云光集》、《华山志》等书。
再说丘处机在家乡滨都观收徒传道近十年，后来他让弟子范全生主持滨都观，自己则到外地传道度人。金章宗泰和六年(1206年)，他重返宁海，改马丹阳故居为玄都观。两年后他曾两访崂山，足迹遍及青州、登州、莱州等地，进一步扩大了全真教的影响。
金章宗泰和年间（1201-1208年），金宋开战，山东各地群众相继起义抗金。益都县人杨安儿（原名杨安国，以卖鞍材为业，人称杨安儿）也聚众起义，后投降金朝，金庭封其为刺史、防御使官职。金卫绍王崇庆二年（1212年），蒙古军包围中都，卫绍王诏令杨安儿领兵作战。杨安儿行至鸡鸣山，中途逃回山东，再次起兵抗金。因穿红袄为标志，故称“红袄军”。红袄军攻下了莒州、密州等地，而后金莱阳守将徐汝贤、登州刺史耿格又分别投降红袄军。杨安儿遂称王号，置官属，立年号天顺。进而又攻下宁海，进兵潍州。
成吉思汗于卫绍王大安三年（1211）统一蒙古之后，开始大举伐金，蒙古军队只用了二三年的时间就蚕食了大部分华北平原。1214年,蒙古与南宋建立夹击金朝同盟，蒙古军队包围了燕京。因成吉思汗看到燕京一时难以攻克，便遣使逼和，迫使金朝奉献岐国公主、金帛和马匹，而后引兵退出居庸关。金宣宗趁机逃往并迁都汴京（河南开封）。
蒙古军退后，金宣宗即集中兵力镇压山东各地的起义军。负责平乱的山东驸马都尉仆散安贞想起了丘处机德高望重，就请他去招安起义军，丘处机为了防止两军开战而使百姓遭殃，便欣然同意。
仆散安贞要派兵保护丘处机前往，丘处机说：“朝廷既要派兵，还要我去何用？不如我师徒携诏前往，以此证明朝廷并无恶意。”驸马准许。于是，丘处机不带一兵一卒，只率徒众数人前往即墨。
即墨东山驻扎着一只红袄军，丘处机便直奔东山。他见到这只红袄军的头领后说：“南宋朝庭昏庸腐败，自杀害了抗金英雄****飞之后，天帝震怒，已不再扶宋。金朝也大势已去，灭它之人即将到来，但不是你们！你们再如此闹腾下去，终将大祸临头。请各位回家做个良民，待日后战事一起，我自有保护你等之法。”
当地人把丘处机当作神仙，，他们见丘处机这么说，便表示愿受招安，但不愿效命金人。他们中除大部分人回家外，也有一些人加入了全真教，其中有一个人名叫李学仙，据说此人即是当年龙门老松所转生。
金宣宗为了表彰丘处机成功招安部分红袄军，赐丘处机“自然应化弘教大师”，并赐观额五个，还亲笔题写了观名。此后仆散安贞开始镇压起义军，起义军占领的州县相继失陷。年底，杨安儿与部下汲政等乘舟入海，被奸细曲成暗算，堕水而死，剩余的起义军由其妹杨妙真率领继续抗金，后投奔宋军。但宋军把他们当作异己，又找机会消灭了他们。
在金迁都后不久，成吉思汗又以金迁都违约为借口，遣兵调将围攻燕京，并于1215年攻陷并占领了燕京。
成吉思汗于1218年封木华黎为太师、国王，指挥攻金战争，自己则率主力返回蒙古准备西征。
金和南宋朝廷都感到了成吉思汗的巨大压力，他们为了巩固自己的统治，都想请高道建言广纳良策。此时，王重阳的七位得意弟子已走了六位，丘处机便成为全真教唯一的领袖人物，自然也成了各国帝王争相召请的重点人物。1216年春，金宣宗遣东平监军王庭玉召丘处机赴汴京，丘处机答复说：“我循天理而行，我去哪儿要遵天意，不敢违抗！”1219年8月，南宋宋宁宗遣李全、彭义斌召请丘处机赴临安。丘处机答复说：“我的行止都是天意，非你等所能知，当留不住时我就去了。”丘处机知道金和南宋都已濒临灭亡，为了不至于引火烧身，他断然拒绝了他们的召请。
就在丘处机回绝南宋召请的当年，成吉思汗召他觐见的诏书也到了。成吉思汗是通过耶律楚材和刘仲禄的介绍知道丘处机的，他们向成吉思汗吹嘘说：丘处机行年三百余岁，有保养长生之术。成吉思汗在西域乃蛮（蒙古高原西部）听说后立即令军师耶律楚材撰写召丘处机的诏书，耶律楚材起草的诏书称成吉思汗“视民若赤子，养士若兄弟”、“七载之中成大业”，称丘处机为“道充德重”之士，又谓“三九之位”。成吉思汗表示要“亲侍仙座”，聘丘处机为“三公九卿”，问以“忧民治世之务”和“保身之术”，虽然“先生既著大道之端要，善于不应”，难道不念“众生之愿吗”？并且列举了文王请太公、刘备顾茅庐的典故以表示对丘处机的仰慕。
1219年5月，成吉思汗派宣差扎巴儿和近侍刘仲禄带着御旨和金虎牌前来相请。刘仲禄等一行20余人，五月出发，十二月抵达当时丘处机所住的莱州昊天观。刘仲禄见到丘处机宣诏后说：“大师的美名远扬五湖四海，皇帝特诏仲禄翻山越岭，不限岁月，务必要见到大师”。
丘处机说道：“我循天理而行，我去哪儿要遵天意，不敢违抗！”
虽然还是这几句话，但是否还会像对待金及南宋的召请一样，断然拒绝呢？