近代史学家以考古的成果写中国的原始社会的历史，不仅是在传说的文献中勾勒中国远古社会的图景，这是中国通史编写上的一大进步。但问题是，怎样来运用近代考古的成果，从什么样的视点切入，来揭示中国远古社会发展特点。是仅仅以考古的材料作一种观点的注释，还是以正确的观点为指导，具体地分析考古材料，把考古材料与文献有关的记录结合起来，揭示中国原始社会历史的特点？苏秉琦先生主编的《中国通史》第二卷重大的特色，是以马克思主义的观点、方法为指导，研究中国本世纪以来考古的成果；把中国古史的材料与之比照，展示出中国远古社会的丰富、多彩的景观，具体地阐释中国原始社会历史的过程与特点。
在论述中国远古社会上，从宏观方面说，本卷至少在以下几个方面，显示出作者的独到思考。一是关于中国原始社会的经济文化区域类型说，一是关于远古历史发展中的文化区系的重新组合说，还有一个是关于中国原始社会发展中不平衡的理论。这三者相互联系，构成苏先生的考古学文化的理论。正如白寿彝先生在本书的《题记》中所说的“他们坚持实事求是，认真地从考古学文化入手，理清了中国史前的民族、文化及社会发展的脉络”。
《中国通史》第二卷开篇指出由于我国远古时代的地理环境，“决定了我国史前文化起源的土著性和在世界诸史前文化中的独特地位，决定它在很长时期都基本走着独立发展的道路”。由于我国有两个而不是一个农业起源中心，往后的发展又都各具有特色，从而在史前时期就形成了南北两大农业经济文化和两大农业体系（《序言》）。
中国旧石器时代早期各个地区文化统一性是主要的，但又确实存在着三个不同的文化区，一个是西侯度、匼河文化，一个是周口店第一地点为代表的文化，另一个文化是以观音洞石器为代表的文化。后来由匼河文化而丁村文化，是为匼河——丁村系文化；周口店第一地点而许家窑，而山顶人等，为周口店——峙峪系文化。这种在旧石器已可以划分出不同的地方文化，进而在新石器的开端就形成多元的格局。由于农业形态的不同，在中国神州大地上出现新石器时代的三个巨大的经济文化区。它们是由两个农业经济文化区与东北北部、内蒙古高原、新疆和青藏高原的狩猎采集经济文化区。两个农业经济文化区是黄河中下游的中原地区的旱地粟作物农业经济文化区和长江中下游的水田稻作物经济文化区。
在三大经济文化区的基础上，形成了几个地区性的考古学文化。各个经济文化区的发展，又经历了几个文化阶段。中原地区的农业经济文化经历了磁山文化、仰韶文化、龙山文化三个阶段。长江中下游地区的农业经济文化经历彭头山文化、大溪文化、石家河文化三个阶段。“这样一种既有区别又有联系的农业格局，一直影响到整个历史时期，并且对邻近国家的农业产生了深远的影响。”本卷作者对考古学文化的思考，一是这里说的“文化”，从全书看，是广义的文化，包括物质文化和观念形态的文化，但作者是把农业的特点及变化，作为远古文化地区性的特点和嬗变的根源。二是从各个地区的文化的特点进而揭示这个地区的历史的特征。作者从考古学文化入手，把我国的原始社会的各个地区当做是一个既有区别又有联系的整体。
苏秉琦先生的考古学文化的理论，把各个地区的文化看作是动态的，这就是他的远古文化重新组合说。中国旧石器时代的生产力低下，活动范围有限，但各个地区的文化相互影响，有些文化因素可以在不知不觉中传播到很远的地方。到了新石器时代，三个巨大的经济文化区的形成，如本书说，这是文化区系的第一次重新组合。到了公元前第六千纪，农业的继续发展和人口的增殖加速，引起了考古学文化的大传播，促成不同文化间的接触、影响与融合，考古学文化分布图发生变动，这是文化区系的第二次重新组合。大约在公元前第四千纪，各地进入龙山时代以后，铜器发明，制陶技术改进，蚕丝织品出现，商业交换以及当时的战争，使得考古学文化再一次发生变动，这是文化区系的第三次重新组合（以上参见本书的《序言》）。正是在这种文化区系的不断的重新组合中，历史由野蛮向文明发展，下一次的重新组合，则是文明时代的事。这里同样要看到，作者从文化区系的重新组合，揭示远古历史的变化过程的特点，揭示中国的远古的历史既遵循人类历史的共同大道，又有自身的特点。从氏族到国家，家庭、私有财产发生，城市出现，宗教及文字、艺术的产生和发展，都显示这一条轨迹。
应当重视的另一点是作者对文化区系变动原因的分析，首先，这种文化的嬗变是文化区系中的主要文化因素对立统一的矛盾的发展和变化的结果。这里可以举本书对仰韶文化前后期变化所作的分析为例，作者谈到仰韶后期文化发展的统一性和地方差异，说：“应当指出，上述地区在仰韶前期的文化面貌也不是完全一致的，但其差别不如后期明显，且发展趋势不同：前期的差别越来越小而统一性越来越大，后期是差别越来越大。这种内部分化趋势的加强，以及仰韶文化基本特征的逐渐消失，最终导致仰韶文化的消亡”（219页）。仰韶文化的发生发展及消亡，是文化重新组合中的文化因素的对立统一运动的结果，自身的发展又导致自身的衍变。这样的议论相当精彩。当然还有一种文化嬗变的原因是各种文化相互影响造成的，本书论述北辛文化时，说：“黄河下游地区从北辛文化开始，就已经成为一个相对独立的亲族文化区。自此以后的相当长的一段时期，尤其是山东及苏北地区一直保持着与黄河中上游相区别的相对稳定的历史文化传统，直到公元前15世纪前后商人尤其是以后的周人的侵入，才使得这个地区自成系统的文化逐渐被瓦解，其中一些因素，则被溶入商周文化之中”（第64页）。这是从内因与外因两个方面分析远古文化的嬗变与进展，同样是一种辩证的历史眼光。
《中国通史》第二卷揭示出中国原始社会的历史发展的不平衡性，这种不平衡性从文化区系形成上体现出来，也在文化区系的重新组合上体现出来。作者关于中国远古历史的不平衡性的思想贯穿全书。
中国历史开端就显示出这样的特色，“中国的旧石器文化大体可分早中晚三期，分别与直立人、早期智人和晚期智人相照应，但各地发展的道路有所不同”；“辽宁海城小孤山有很好的骨器，……说明当时的文化发展是不平衡的”（《序言》第5页）。“至今发现的旧石器时代晚期遗址，远远超过了旧石器早期和中期的总和。……在这样广泛的范围内文化面貌自然更加复杂，地区的差异也更加明显”。“总之，我国旧石器时代晚期的遗址已经遍布全国各地，并且出现了明显的地方性的差异，有的已可划分出不同的地方性文化。这就是为什么我国新石器时代文化一开始就是多元的和不平衡的”（第55页）。可见，中国历史一开始，就表现出不平衡性特点，而且这种不平衡性从旧石器时期到新石器的历史过程中，又是在发展之中。中国新石器是从旧石器文化发展而来的，“如果说，中国旧石器文化富有特色，自成体系，那么中国新石器文化也是这样，只不过内容更加丰富，谱系更加繁复罢了”（《序言》）。三个巨大的经济文化区以及三次文化区系的重新组合都充分显示这一特点。